他们共同生活的时间并不久。它导致了与贵族们的对峙和最后的投降。1567年6月17日晚，当玛丽·斯图亚特被船运到洛赫利文湖上的监狱时，她的思想就像湖水一样沉郁。以前人们用最隆重的礼节接待她，视她为最尊贵的国王客人，如今人们只给她一间陈设寒酸的屋子，而许多贵族们、威廉·道格拉斯和他的母亲玛格丽特·埃尔斯金——玛丽父亲的一位老情人——公开表态，对如此对待女王保留意见；由于被切断了与外界的联系和遭到这样有伤尊严的侮辱，玛丽·斯图亚特几乎有两个星期的时间拒绝下床。然而有消息说，她流产了。但更详细的情况就不得而知了。也不知道她怀孕多久了。据说，她自己曾说流产是在怀孕第七周时发生的。这也许意味着，孩子是四月底有的，在她被诱拐到邓巴要塞期间——对仓促举行的婚礼的一个可行的解释。但是另一方面：她能在仅仅九天后知道她怀孕了?也许她此前已然怀孕，的确欺骗了她的丈夫达恩利?她是故意造成流产，以消灭她不贞的证据吗?一个接一个的问题，对此有许多推测猜想，然而直到今天，仍然没有最终的答案。
当伊丽莎白一世接到来自苏格兰的最新消息时，她派遣密使前往苏格兰，谋求释放苏格兰女王。她愿意让统治苏格兰的权力保留在苏格兰贵族手中，只有一个条件，让小王子詹姆斯得到英格兰人的监护，在英国抚育长大。伦敦和爱丁堡之间频繁地交换着紧急公函，但苏格兰勋爵们冥顽不化，不为所动。7月26日，他们造访玛丽·斯图亚特，强迫她为了儿子而退位，并把儿子的监护权移交给继兄詹姆斯。几天后，年仅13个月的王储，在一次新教式的庆典中被加冕为苏格兰国王。在洛赫利文湖上，领主为了庆贺新王登基，燃放了礼炮。仅仅六年后，玛丽的统治就正式结束。而英格兰的伊丽莎白也没有承认新政府。
1567年12月，玛丽25岁，她太年轻了，以至于不能在阴森的牢狱里消耗生命。她想到了逃跑，并找到了帮助者：威廉·道格拉斯，平常人称威利，她在洛赫利文湖上所住房屋的“主人”的年轻侄子，在洛赫利文湖上作宫廷侍童，以及乔治·道格拉斯，领主的年轻弟弟。后者狂热地爱着玛丽。当这件事暴露后，他不得不离开城堡。但是，后来证明，驱逐乔治对玛丽的出逃是一件好事。因为他能在外面与留在洛赫利文湖的威利一起，为玛丽出逃做准备。
5月5日，威利在一次愉快的晚餐期间，偷到了钥匙串，悄悄地打开了所有的门，又从外面锁上它们，急急忙忙带着玛丽跑向湖边。之前，玛丽借口要到城堡小教堂去祈祷，摆脱了监视她的女人。威利把钥匙扔进一只大炮炮管，并藏起了所有船只，仅剩下惟一一只小艇载着他和玛丽离开小岛。在另一边的陆地上，乔治·道格拉斯牵着马在等待他们。他们当即策马狂奔，逃离那儿。玛丽似乎得救了。她逃走的消息很快传遍开来，她的追随者聚集到汉密尔顿宫，玛丽的藏身之处。她收回了退位宣言，寻求重获皇冠。但是她的夺权之战一开始就被判断要失败。在她尚未真正进人战斗之前，格拉斯哥附近的朗塞德一役就失败了。女王尬尴地逃向南方，在加洛韦的修道院避难，第二天一早，她坐上一艘渔船驶过索尔威湾，抵达对面的海岸。傍晚7点，玛丽·斯图亚特双足踏上英格兰的土地，这一天是1568年5月16日。
有回头路吗？
“我亲爱的姐姐”，玛丽抵达后，给英国表姐写信道，。我不想在这里叙说我遭遇到的一切不幸……我只能说，那些由我赐予最多恩惠的我的臣民……，把我从我的王国驱赶出来，推到此种境地，根据上帝的旨意，我只敢指望您了。”这是竞争对手多么谦卑的投诚书!由于伊丽莎白既不亲自接见这位苏格兰逃亡者，又不允许她穿过英格兰去往法国，玛丽只得先在卡莱尔安顿下来，作为客人，正如人们所说的。事实上，她从现在起已成为伊丽莎白的囚犯，虽然大家并未使用这个词。她不断变更所住的城堡，监视者也换了一批又一批，伦敦的命令却一直如下：不再允许玛丽获得自由。其实，这种情况对英格兰女王来说，未尝没有危险：玛丽到达后，英格兰的天主教贵族开始发动针对信仰新教的伊丽莎白的政变。她不得不承认，只有当这个除了在信奉天主教的欧洲人外，也受到男人世界的一大部分人尊崇的富有吸引力的表妹死去，国内外试图扶持这位来自苏格兰的竞争者登上英国王位的努力才会停止。
玛丽·斯图亚特的一只银匣——她在
里面保存着写给博思韦尔的情书。
玛丽不断变换的居所对于每一个为她提供宿吐的宫殿主人来说：都是一件花大钱的事儿，因为尹丽莎白一直允许出自贵族的女流亡者带有自己抅侍从人员。而伊丽莎白从未想过自己为她的女囚徒付钱。最初几年里，玛丽一直不清楚自己真正的地位。她在流亡，但毕竟生活舒适，而且还有改善境遇的希望。她接待英格兰高级贵族的来访，大部分是好奇者，他们想亲眼目睹从前的苏格兰女王的美丽和风采。这个年轻的女人引起越来越多的赞叹和同情，当伦敦的女王仍然乐于看到这一点时。鉴于苏格兰的反叛者可能越海而来，玛丽被从临海的卡莱尔迁到比较安全一点儿的内陆地区，送往博尔顿宫。两件事对她在此地的停留产生决定性影响：一件是诺福克公爵，宫殿女主人的兄弟爱上了她，另一件是在一个临近的约克城里，由伊丽莎白任命的一个委员会正在调查亨利·达恩利之死和玛丽·斯图亚特的同谋嫌疑。当莫里勋爵把一只装信的银匣递交给诺福克公爵，即委员会主席时，玛丽伊丽莎白一世，英格兰女王。
玛丽·斯图亚特的表姐和竞争对手。的处境变得恶劣了。早在一年前，博思韦尔的仆人乔治·多格莱西被捕后遭到严刑拷打，直到他向玛丽的敌人交出这只银匣。它内装玛丽写给博思韦尔的信、一份婚约和情诗。这所谓的“银匣信件”载人了历史。诺福克激动地把这一新情况报告伦敦，而这一切都并不能阻止他不几天后即向美丽的女犯人求婚。
每一位委员会成员都得到一份这些资料的副本。伊丽莎白命令在她附近的威斯敏斯特开庭。1568年12月26日，人们宣读了起诉书。玛丽被指控在亨利·达恩利勋爵谋杀案中是。知情者、策划者和主使者”。被告在庭上只有一个全权委托的代表。如果人们完全相信“银匣信件”的真实性，那么它们不容置疑地证实了玛丽的罪行。婚约日期注明为1567年4月5日，那么这起草的时间早于博思韦尔诱拐女王事件。
“银匣信件”的大部分来自玛丽在格拉斯哥探访丈夫亨利·达恩利期间。写信的女人不断提及他的病情。此外，她写下十分明了的话：“啊，我以前从未欺骗过任何人，但现在我全心全意地听从您。告诉我，我现在应该做什么，以及这也许导致什么结果，我将听您的”，所谓的“第二封给博思韦尔的信。里这么说。“就我而言，如果您没有给我任何别的指点，我还是愿意实施我们计划好的事……告诉我，您对我俩谈过的这件事有何决定，这样我俩才能相互保持一致，不犯任何错误。”在庭上，玛丽愤怒地驳斥这些信说，她是惟一手里没有信件副本的人，是伪造的。并从她的角度指控苏格兰的贵族们知道对达恩利的袭击行动。事实上，有许多原因让人怀疑这些信的真实性：没有一件书面材料有玛丽的签名——这已经够奇怪了，因为她在其他所有文件上都以自己的名字作结。没有一封信标注日期，有真正的开头和明确的结尾，而玛丽一向重视这点。信的行文用字和许多内容不符合她的风格，这些内容充满了嫉妒的指责。最后，所谓的证据中有一段是这样写的：“您怀念您的女朋友，写信给她，而且相当频繁地这么做。”这是一个画蛇添足的抱怨，因为玛丽并不计划在格拉斯哥呆太久，很快就会返回爱丁堡。由此看来，也许某人把玛丽的信与其他女人写给博思韦尔的信掺合在一起。这位海军上将的感情生活丰富多彩。
可惜这些原件现在已经没有了，它们在审判后立刻消失得无影无踪。只有副本保留至今。1569年1月11日，伊丽莎白最终结束了委员会的工作。没有证据能够证明玛丽在她丈夫被谋杀一案中犯有任何罪，然而她的囚徒生涯在继续。这样对待她没有法律依据，英国女王也知道。“因为您，我的好姐姐，最清楚我们的事，所以我们毫不怀疑，一切最终将会变好；为此我们永远感激您。”11月份，玛丽又卑躬屈膝地给英格兰的表姐写了一封信。直到现在她才认识到，她是一个囚犯。
女囚
苏格兰女王又一次被转移了，这次是到图特伯勒堡。在这儿，风寻找一切缝隙，钻进屋来。冰冷的房间损害了玛丽的健康。因此，她不得不继续前往温菲尔德。在她四处迁徒、没有任何安慰的监禁生活中，惟一不变的是诺福克公爵的探望，他不屈不挠地追求着她的婚姻对象。
玛丽并非无动于衷。终于，连伊丽莎白也知道了他们之间的这种温柔的关系。她宣召诺福克来伦敦，斥责他为了帮助那苏格兰女人而鼓励了英格兰境内天主教的反叛者。她断然禁止他们结婚，为了强调她的决心，她把公爵投入伦敦塔监狱。诺福克很快获释。出狱后，他写了许多信件，送往国内国外，在信中，他请求人们支持释放玛丽·斯图亚特。对伊丽莎白而言，这是他对英王不忠诚的最大证据。他受到起诉，被判死刑，1572年6月2日被处死。又一个男人为玛丽·斯图亚特献出了生命。现在伊丽莎白的谋士们也呼吁尽快对这个知名的女囚进行判决。在诺福克为她获释所作的努力中，她的名字必定已被透露出去，众所周知了。但伊丽莎白在犹豫，仍然在犹豫。
处死玛丽·斯图亚特的福瑟临黑堡，如今只剩下一个草坡。