设立适应社会发展的业务行政机构。光绪三十年（1904年），设兰州邮政分局。1906年，设甘肃农工商矿总局、督垦总局、农务总会、官铁厂、官报书局等具有近代意义的业务行政管理机构。光绪三十四年（1908年），设甘肃商务总会。宣统元年（1909年），设甘肃矿务总局。
清末新政在行政机构等方面推行的一系列举措，部分地适应了近代社会发展的潮流，对近代社会的发展起了些推动作用。比如新的教育机构在推行近代新式教育方面做了一些工作。有些新设的机构，虽然没有发挥应有的作用，但毕竟也算是具有近代意义的政治变革。比如省咨议局的设置，至少使专制集权内有了不同的声音。许多新设的机构，与传统专制体制相比，仍然有令人耳目一新的感觉。它事权统一、各司其职、注重业务，这冲击了原来权限不分、职责不明、名实不符的传统行政权力体系。新政推行的举措与社会经济基础的变革相比，程度仍然不够，许多举措与社会变革很不配套，赶不上社会变革的步伐，或与社会变革的步伐不吻合，社会问题仍然层出不穷，社会矛盾继续激化，最终导致的是这一套权力体系的分崩瓦解。
3．地方驻军
清朝实行八旗和绿营相结合的两种基本军事制度。清后期，八旗兵和绿营兵都开始衰落。驻防地方的多为绿营兵，八旗兵数量很少。绿营兵的特点是因官设兵，因地设兵，在地方上将官的基本编制是：总督、提督、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等，分别节制标、协、营、汛。标、协、营是绿营兵的几种编制，它们又以营为基本的单位，称为“标营”、“协营”、“营”。汛兵不编营。各个级别的营的兵额不固定。总督、提督、总兵所属营兵称“标营”，副将所属营兵称“协营”，参将、游击、都司、守备所属营兵称“营”，千总、把总、外委所属营兵称“汛”。凡不设总督的省，提督多由巡抚兼任。
清后期，陕甘总督为地方最高军政长官，直辖左中右前后五标营及一城守标营，直辖的营兵称为“督标”。“清制度，总督辖督标，各营伍官，自中营副将至各营经制外委数十人，兵有战守马二千数百人，月有试，旬有操，年有大阅，城内外营署相望。”总督下辖两个提督，即甘州提督和固原提督各一员。甘州提督驻甘州，节制左中右前后五标营及凉州镇、宁夏镇、西宁镇、肃州镇四镇及一协八营；固原提督驻固原州，节制左中右前后五标营、河州镇及一协十六营。提督直辖营兵称“提标”或“标营”，提督下设总兵。甘肃两提督直辖的总兵情况是：凉州总兵节制中左右前后五营及分防二协二十营；宁夏总兵节制左右前后四营及分防一协十五营；西宁总兵节制中左右前后五营及分防一协十二营；肃州总兵节制中左右三营及分防二协十四营；河州总兵节制左右二营及分防一协十二营。总兵直辖营兵称“镇标”。由上大略可知，甘肃地方军事官员的隶属建制是总督下辖两个提督，提督下辖五个总兵。各地的绿营负责当地的防卫及协助地方官员进行捕盗、缉私、消防等治安行动。
甘肃除了绿营兵，还驻扎一定数量的满八旗。驻扎满兵的营地民间又称为满城。甘肃有三个满营，分别是：凉州满营，设将军统领；庄浪（今永登满城）满营，设副都统统领；宁夏满营，设将军统领。到清末，除了宁夏满营仍由将军统领，其他都有变化。凉州改设副都统一员，庄浪改设城守尉一员，后庄浪满营兼归凉州满营，由副都统节制。需要提及的是，满营有眷属，享受政府的定额俸禄，俗称“铁杆庄稼”。乾隆时庄浪满营有骑兵1000人，步兵400人，506户，2000多眷属。
清后期回族事起，左宗棠任陕甘总督，率湘军到西北平定回事。自左宗棠任陕甘总督以后，甘肃地方军事编制部分地采纳了清后期兴起的勇营编制（即从湘军和淮军发展而来的一种新的军事编制）。勇营以营为基本编制单位，陆军是一营四哨，一哨八队，分别由营官（以后又称为官带）、哨官、什长率领，一营500人，一哨100人；马步（即骑兵）一营五哨，一哨五棚，一营250人。
进入近代，清朝原来的兵制已不适应社会发展的需要了。光绪新政，对地方兵制也进行了革新。光绪二十九年（1903年），设练兵处，仿西洋之法着手编练近代意义上的新军。光绪三十二年（1906年），将兵部改为陆军部，练兵处也并入，并制定陆军军制，在全国编练新军。最先编成的是袁世凯统辖的北洋六镇新军，其他正在编练的新军后因辛亥革命的爆发而终止。根据新军的兵制，北洋常备军的编制是军、镇、协、标、营、队、排、棚等，分别由总统、统制、协统、标统、管带、队官、排长、正目率领。镇为军队的基本单位，每镇步队2协，每协2标，每标3营，每营4队。另外，还设马、炮、工程、辎重等兵种。马炮兵每镇各1标，每标均3营，每营马4队，炮3队；工程队1营，辖4队；辎重队1营，辖4队。步、炮、工程每队皆3排，每排3棚。马队2排，每排2棚。辎重队2排，每排3棚。每镇总计有12512人。宣统二年（1910年），设海军部，又从陆军部分出军咨府，相当于全国军队的参谋总部。
光绪三十一年（1905年），甘肃布政使升允任陕甘总督，着手编练新军，在兰州的总督署设置了督练公所。地方新军的编联是将总督直辖的军队分编为“督标兵”和“建威军”，下设的各提督军队称为“续备队”，或称为“巡防队”。1909年，又把一部分地方军队改为常备军，又称为常备陆军，实行新的编制。成立了马步四标：马步一标（标统为马安良）、步兵第一标（标统为张定帮，后为陆洪涛）、步兵第二标（标统为马福祥）、步兵第三标（标统为周务学），由固原提督张行志任协统，统带四标。十月长庚任陕甘总督后，又在马步四标的基础上，设炮兵一营，附于第一标。
辛亥革命爆发后，陕甘总督长庚将部分常备军、马步四标等部队整编为东、西、南、北四路巡防队。固原提督张行志率东路巡防队统领；宁夏镇总兵张绍先为北路巡防队统领；河州镇总兵杨廷弼为南路巡防队统领；马福祥为西路巡防队统领；罗平南为东南路巡防队统领。各路巡防队多则统辖六营，少则统辖三四营。在组织攻陕武装时，又做了调整，命名汉军陆洪涛部为振武军，张行志部为壮凯军，周务学部为忠武军，吴炳鑫部为建威军，回军马福祥部为昭武军，崔正午部为骁锐军，马安良部为精锐西军。编练后的各军向陕西开拔，后因革命已成定局，无果而返。
二、民国地方建制
1．区域建置
1911年辛亥革命以后，封建集权政治改旗易帜，旧的政治体制陷入瘫痪，省咨议局暂行职权。1912年3月11日，驻秦州的骁骑军统领黄钺在甘肃首举反正义旗，建立了秦州临时军政府。I临时军政府分设军政、内务诸司，成为秦州地方的新政权。3月15日，甘肃军政府成立，24日，袁世凯任命赵惟熙为署理甘肃都督，这样甘肃便有一省两署。秦州临时军政府和甘肃军政府是两个不同性质的地方政权，彼此矛盾重重，僵持不下。后在临时甘肃省议会的斡旋下，举行和谈。1912年6月7日，黄钺妥协退让，签订了《和平解决条约》十四款。从此甘肃地方政治步入北洋政府统治时期，地方建制发生了很大的变化，建置也随之变革。
在行政建置方面，北洋政府调整了清朝省、道、府（州）、县（厅）四级地方行政建置，实行省、道、县三级地方行政建置。道的行政建置基本上沿用了清朝的规模，并进一步规范之。民国2年（1913年），甘肃全省共设置7道，分别是：兰山道、陇南道（原巩秦阶道）、陇东道（原平庆泾固化道）、朔方道（原宁夏道）、海东道（原西宁道）、河西道（原甘凉道）、边关道（原安肃道）。民国4年（1915年），改称为兰山道、泾原道、渭川道、甘凉道、安肃道、宁夏道、西宁道。
各道辖县的情形是：兰山道辖兰州府和巩昌府及其所辖州县（厅），有皋兰县、导河县（原河州）、狄道县（原狄道州）、宁定县（原太子寺城）、红水县、洮沙县、靖远县、榆中县、渭源县、定西县、陇西县、临潭县（原洮州厅）、会宁县、岷县、漳县等。
渭川道辖巩昌府、秦州直隶州、阶州直隶州及其所辖县，有天水县（原秦州直隶州）、秦安县、清水县、徽县、两当县、礼县、通渭县、武山县、伏羌县、西和县、武都县（原阶州直隶州）、西固县、文县、成县等。
泾原道辖平凉府、泾川直隶州及其所辖州县（厅），有平凉县、华亭县（原化平县）、静宁县（原静宁州）、隆德县、庄浪县、庆阳县、宁县（原宁州）、正宁县、合水县、环县、泾川县、崇信县、镇原县、灵台县、固原县（原固原直隶州）、海原县（由海城县转来）、化平县（原化平川直隶厅）等。
甘凉道辖凉州府、甘州府及其所辖州县（厅），有武威县、永昌县、民勤县、古浪县、平番县、张掖县、东乐县、山丹县、临泽县（原抚彝厅）等。
安肃道辖甘州府、肃州直隶州、安西州及其所辖州县（厅），有酒泉县、金塔县（原为肃州州同署理的金塔寺）、高台县、鼎新县（原为高台县丞署理的毛目城）、安西县（原为安西州）、敦煌县、玉门县等。
宁夏道辖宁夏府及其所辖州县（厅），有宁夏县、宁朔县、灵武县（原灵州）、盐池县、平罗县、中卫县、金积县、镇戎县（今同心县）等。
西宁道辖西宁府及其所辖州县（厅），有西宁县、碾伯县、大通县、循化县、贵德县、巴戎县（原巴燕戎格厅，即今化隆县）、湟源县（原丹噶尔厅）等。
各道所属县级建置基本沿袭了清朝县的规模，并将原来的散州和散厅进行了整合调整，均改为县，共设县77个，从而使县级建置较之清代规范了许多，数量也有所增加。1927年，新增了夏河县、噔口县，县级建置增加到79个。县以下设区、乡（镇）、保甲等基层组织。
国民军西进后，进一步调整甘肃原来的行政建置。民国十六年（1927年）9月，甘肃省政府成立，废道为区，裁撤各道道尹，将全省划分为兰山区、泾原区、渭川区、宁夏区、西宁区、甘凉区、安肃区等七个行政区，各区设行政长，后撤甘凉区，改为六区。国民军还针对甘肃当时的省级建置格局已不适应社会发展的现状，1928年，经国民政府批准，从甘肃析置青海和宁夏两省。1929年1月，三省正式分治，今天甘肃、青海、宁夏行政区域的雏形基本形成。国民军除了调整各级地方行政机构，还致力于革新政治风气。针对一些县署封建衙门习气仍然很浓的现象，所到之处，撤衙门为县政府，废除县知事出门来往坐轿呜炮的旧制，将原来的三班六房改为新的科室，革除百姓上堂诉讼下跪，路见官轿避让的旧做法。这些举措革新了封建官府的习气，为地方政治带来了新气象。
近代城镇扩大以后，对城镇的行政管理也逐渐展开。民国12年（1923年），甘肃省政府推行市政制度，设市政筹备处，将皋兰县划为特别市，后因建市条件不成熟而仍称为皋兰县。1941年，正式设立了兰州市。市政府与皋兰县政府合署办公，市县并列，市辖市区，市设市长，由省长委派，其下分设各科。县辖乡村。市作为近代社会发展的新的行政机构，它的设立是社会近代化的一个显著标志。
民国25年（1936年），甘肃省政府推行行政督察专员公署制度，将全省划分为七个行政区，各区专员兼任本区保安司令及所在县的县长。到1944年，全省共设9个行政督察专员公署。分别是：岷县第一行政督察区、平凉第二行政督察区、庆阳第三行政督察区、天水第四行政督察区、临夏第五行政督察区、武威第六行政督察区、酒泉第七行政督察区、武都第八行政督察区、临洮第九行政督察区。各区所辖县仍如从前。从1926年开始，甘肃省还奏准中央政府批准，陆续在少数民族地区设置了几个设治局，有拉卜楞设治局（后撤改为夏河县）、康乐设治局、洮西设治局、卓尼设治局、肃北设治局。
进入民国，甘肃行政建置因当权者的频繁更迭，常有变更。但总的来看，行政建置在向规范、统一、稳定及适应社会发展的方向过渡。
2．地方行政机构