1929年春，当地农民燕道诚在住宅旁挖水沟时发现一坑精美的玉器，由此拉开三星堆文明的研究序幕。1986年，三星堆两个商代大型祭祀坑的发现，上千件稀世之宝赫然现世，轰动了世界，被誉为世界“第九大奇迹”。近年来，考古人员对三星堆遗址500平方米范围内的20个探方实施发掘。但随着大量文物的出土，三星堆文明的谜团也越来越多地呈现在世人面前。
三星堆的发现将古蜀国的历史推前到5000年前。然而这里数量庞大的青铜人像、动物不归属于中原青铜器的任何一类。青铜器上没有留下任何文字，出土的“三星堆人”高鼻深目、颧面突出、阔嘴大耳，耳朵上还有穿孔。关于三星堆文化的起源，目前有其来源与岷江上游新石器文化有关、与川东鄂西史前文化有关、与山东龙山文化有关等看法，即人们认为三星堆文化是土著文化与外来文化彼此融合的产物，是多种文化交互影响的结果。但究竟来自何方？
目前学界已有氐羌说、濮人说、巴人说、东夷说、越人说、三苗说等不同看法。一般认为，岷江上游石棺葬文化与三星堆颇有关系，其主体居民可能来自川西北及岷江上游，其族属为氐羌系。但也有学者认为三星堆遗址的居民是由土著与多个外来民族融合而成的。
三星堆出土的大量青铜器中，基本上没有生活用品，绝大多数是祭祀用品。这表明古蜀国的原始宗教体系已比较完整。这些祭祀用品带有不同地域的文化特点，特别是青铜雕像、金杖等，与世界上著名的玛雅文化、古埃及文化非常接近。
根据学者的考证，三星堆青铜器群的产生因素，有中原文化及其他地区文化的影响，但更主要的还是属于自身特点，即本地因素。三星堆的青铜器群是如何产生的，这是一个谜。
在祭祀坑中发现了一件价值连城的瑰宝——一柄世界最早的金杖。其权杖之说早已被学术界认同，但所刻的鱼、箭头等图案却引起了一场争论。
一个民族必备的文明要素，三星堆都已具备，只缺文字。学者们对此的争论已有些历史，《蜀王本纪》认为古蜀人“不晓文字，未有礼乐”，《华阳国志》则说蜀人“多斑彩文章”。至于金杖上的图案是图是文，仁智各见。有的已在试图破译，另一些专家则认为刻画的符号基本上单个存在，不能表达语言。不过如果能解读这些图案，必将极大促进三星堆之谜的破解。三星堆在文字方面尚存问号，这也是它吸引人的地方之一。
三星堆遗址及其出土文物的许多重大学术问题，至今仍是难以破译的千古之谜。虽然专家学者对其中诸多“千古之谜”争论不休，但终因无确凿证据而成为悬案。
三星堆遗址及其出土文物的许多重大学术问题，至今仍是难以破译的千古之谜。虽然专家学者对其中“七大千古之谜”争论不休，但终因无确凿证据而成为悬案。
第一谜，三星堆文化来自何方？目前有其来源与岷江上游新石器文化有关、与川东鄂西史前文化有关、与山东龙山文化有关等看法，即人们认为三星堆文化是土著文化与外来文化彼此融合的产物，是多种文化交互影响的结果。但究竟来自何方？
第二谜，三星堆遗址居民的族属为何？目前有氐羌说、濮人说、巴人说、东夷说、越人说等不同看法。多数学者认为岷江上游石棺葬文化与三星堆关系密切，其主体居民可能是来自川西北及岷江上游的氐羌系。
第三谜，三星堆古蜀国的政权性质及宗教形态如何？三星堆古蜀国是一个附属于中原王朝的部落军事联盟，还是一个相对独立的已建立起统一王朝的早期国家？其宗教形态是自然崇拜、祖先崇拜还是神灵崇拜？或是兼而有之？
第四谜，三星堆青铜器群高超的青铜器冶炼技术及青铜文化是如何产生的？是蜀地独自产生发展起来的，还是受中原文化、荆楚文化或西亚、东南亚等外来文化影响的产物？
第五谜，三星堆古蜀国何以产生、持续多久，又何以突然消亡？
第六谜，出土上千件文物的两个坑属何年代及什么性质？年代争论有商代说、商末周初说、西周说、春秋战国说等，性质有祭祀坑、墓葬陪葬坑、器物坑等不同看法。
第七谜，晚期蜀文化的重大之谜“巴蜀图语”。三星堆出土的金杖等器物上的符号是文字？是族徽？是图画？还是某种宗教符号？
古蜀国的繁荣持续了1500多年，然后又像它的出现一样神秘地消失了。历史再一次衔接上时，其间已经留下了2000多年的神秘空白。关于古蜀国的灭亡，人们假想了种种原因，但都因证据不足而始终停留在假设上。
一是水患说。三星堆遗址北临鸭子河，城中又有马牧河穿过。因此，有学者认为古蜀国消失是洪水肆虐的结果。但考古学家并未在三星堆遗址中发现洪水留下的沉积层。
二是战争说。三星堆遗址中发现的器具大多被破坏或烧焦，似乎也印证了这一解释。但后来人们发现，这些器具的年代相差数百年。
三是迁徙说。这种说法无需太多考证，但它实际上仍没有回答根本问题，即人们为什么要迁徙？成都平原物产丰饶，土壤肥沃，气候温和，这种说法似乎难以自圆其说。
古蜀国消失于历史长河的真正原因至今无人知晓。
如果说金沙遗址的发现是中国考古界在20世纪初收到的一份大礼，那么三星堆则已经积累了长达70年考古发掘的成果。然而十几次的大规模发掘不过发掘了8000多平方米的面积，在12平方千米的文化重点保护范围内，这个数字小得可怜。那些没有揭开的地层中，还藏着多少秘密？
精绝国消失之谜
几乎同古罗马庞贝、南美洲玛雅的消亡一样，大约2000年前，曾经繁盛一时的古代西域三十六国之一的精绝国，悄然沉没在塔克拉玛干浩瀚无垠的沙海之中。由于难以逾越的天然屏障的遮掩，其宏伟的国都——尼雅默默沉睡在大漠深处上千年，鲜有人能够扰乱它的平静。
1901年，英国探险家斯坦因在位于今天新疆民丰县的塔克拉玛干沙漠中考察时，无意中在尼雅河畔发现了一些保存完好的古代竹简，简上刻着一些无人能识的古代文字。自此，尼雅遗址开始向世人露出神秘的面貌。斯坦因从这里还发掘并掠走了大量经文、日常用具和精美工艺品，每一件发现都引起了西方世界的轰动。中国学者在震惊和心痛之余，敏锐地意识到，尼雅遗址可能就是消失千年的古精绝国。精绝国与古楼兰一样，为西域三十六国之一。它虽然地域很小，都城面积不到1平方公里，全国上下只有3000人，却是丝绸之路上的重要通道，来自世界四大文明古国的文明成果均在此交汇。然而这个小国在三国两晋之后竟消失无踪，成为困扰历史学家上千年的文化悬案。
新中国成立之后，有系统的考古活动才得以开展起来。考古学家们发现，遗址以佛塔为中心，散布于长25千米，东西宽5～7千米的区域内。遗址内有房屋、场院、墓地、佛塔、佛寺、果园、田地，甚至发现了陶窑、冶炼遗址等遗迹，并出土了木器、铜器、毛织品、木简等遗物。此外，还发现了当时炼铁留下来的烧结物和炭渣。最重要的是发现了一种奇怪木简的符号，经专家考证是一种叫佉卢文的文字。这是一种早已消失的文字，起源于公元前4世纪的印度西北部，距今已有1600年，当今世上只有极少数专门的研究者才能读懂它。佉卢文出现在异国他乡，这很难解释。
现在学者大多同意尼雅即古精绝国遗址一说。然而古精绝国是如何消失的呢？为此，历史学家们既困惑不解又争论不休。
从尼雅城发掘出的文字——佉卢文解读内容来看，精绝国王朝长期受到西南方向的强大部落的威胁和入侵，木牍的文字表明精绝国受到外族入侵是一步步地加深，如“威胁令人十分担忧，余等将对城内居民进行清查”，“现有人带来关于……进攻之重要消息”，“现来自且末之消息说，有来自某国之危险……兵士必须开赴，不管有多少军队……”考古学家们在这个沉睡了1600年的废墟上，看到了宅院四周尸骨累累，内部各种遗物四处散落，房门敞开或半闭。用来存放佉卢文的陶瓮密封完好没有拆阅，储藏室里仍有大量的食物，甚至纺车上还有一缕丝线。这一切似乎告诉人们尼雅王国在面临长期的入侵威胁后，遭到了惨重的致命一击，甚至没有留下最后的文字记载。
另一种说法是植被破坏和水源的逐渐枯竭，以及沙漠化的不断扩展迫使尼雅人终于放弃了祖辈居住的家园。水是生命的源泉，尼雅河流来水从多到少以致最后断流，导致了自然景观的连锁反应，这是尼雅毁灭的根本原因。
尼雅人的命运告诫我们，如果不保护我们的地球，即使再辉煌的文明也会成为废墟。
楼兰古城消失之谜
1900年3月28日，瑞典探险家斯文·赫定一行正在罗布泊沙漠考察途中，他雇佣的驴工兼向导，维吾尔族农民艾尔迪克在寻找丢失的铁斧的途中，遇到了沙漠狂风，意外地发现沙子下面一座古代的城堡，他把这发现告诉了斯文赫定。斯文·赫定听说后，马上随艾尔迪克来到了罗布泊西北岸的这片遗迹处，发现古代遗迹散布着美丽的木雕、织物、钱币。因缺乏饮用水，斯文·赫定只好返回。经过一年的悉心准备，在1901年3月3日，斯文·赫定专程来到这片神秘遗迹，进行了一个星期的发掘工作，发掘不少文物，钱币、丝织品、粮食、陶器、36张文书、120片竹简和几支毛笔……斯文·赫定回国后，把文物交给德国的希姆莱鉴定。经过整理分析，根据出土文书中有楼兰字样，遂认定此遗迹就是消失多时古楼兰城。
斯文·赫定为楼兰古城的宏伟和完整而惊讶，于是他向世人宣布这是“沙漠中庞贝城的再现”，轰动了全世界，世人称之为“东方庞贝城”。随后英国人斯坦因、日本人橘瑞超等，都是沿着赫定的路线图找到楼兰遗址的，他们的发掘工作更彻底和细致，但同时也是破坏和掠夺性的。不过，这些工作成了以后楼兰探险的重要地理依据。
1979年，新疆考古研究所组织了楼兰考古队，开始对楼兰古城古道进行调查、考察。在通向楼兰道路的孔雀河下游，考古队发现了大批的古墓。其中几座墓葬外表奇特而壮观：围绕墓穴是一层套一层共七层由细而粗的圆木，圈外又有呈放射状四面展开的列木。整个外形像一个大太阳，不由得让人产生各种神秘的联想。它的含义究竟如何，目前还是一个未解之谜。
100多年来，楼兰古城一直是中国乃至世界各地探险家、史学家、旅行家所向往的地方。楼兰古墓、楼兰彩棺、楼兰美女，不断重见天日的发掘并没有消除人们的疑惑，相反却使得楼兰古城的神秘色彩更加浓厚。人们针对各种发现进行着各种各样的猜测。尽管从戈壁和雅丹地貌中难以辨认楼兰城昔日的面目，但科学家从大量资料和考察中发现，楼兰遗迹已经有了1800年的历史。作为南北两条丝绸之路的交汇点，楼兰城当时充分吸纳了来自东西各方的交通和商业资源潜力，加之邻近孔雀河，河道密布而水量充盈，楼兰城曾经在丝绸之路上辉煌一时。
而如今，经历了风沙洗劫后，楼兰遗迹仅存残缺的胡杨木架和少量的芦苇墙。
楼兰城为何衰落是人们长期争论的一个谜题。
有专家们指出，孔雀河与车尔臣河汇入塔里木河，经库鲁克河流入罗布泊。罗布泊是古楼兰的生命之源，罗布泊的迁移，使楼兰水源枯竭，植物死亡，导致了气候恶劣，楼兰人继续留在这里只可能坐以待毙，于是他们只好弃城别走，楼兰古城也就在历史上消失。
许多学者也认为，古楼兰的衰亡与战争有关。我国古书记载楼兰古国的最后存在时间在东晋十六国时期，这正是我国历史上政局最为混乱的时期，北方许多民族自立为藩，相互战争。而楼兰正是军事要冲、兵家必争之地。频繁的战争、掠夺性的洗劫使楼兰的植被和交通商贸地位受到了毁灭性的破坏。而沙漠边缘的古国，丧失了这两个基本要素，也不可能存在下去。于是，它就变成了今天满目黄沙、一片苍茫的景象。
有说楼兰的死亡，是由于人类违背自然规律导致的，楼兰人盲目砍伐致使水土流失，风沙侵袭，河流改道，气候反常，瘟疫流行，水分减少，盐碱日积，最后造成王国的必然消亡。
有的学者确信，瘟疫对楼兰古城的消失起着致命性的作用。这是一种可怕的急性传染病面前，楼兰人被迫选择逃亡。人们盲目的逆塔里木河而上，哪里有树有水，就往那里去，那里能活命，就往那里去，能活几个就是几个。楼兰人欲哭无泪。他们上路的时间，正赶上前所未有的大风沙，一座城池在混浊模糊中轰然而散……
还有一种说法是，楼兰被生物入侵打败。一种从两河流域传入的蝼蛄昆虫，在楼兰没有天敌，生活在土中，能以楼兰地区的白膏泥土为生，成群结队地进入居民屋中，人们无法消灭它们，只得弃城而去。
究竟极度辉煌的楼兰古城为什么会在这么短的时间消失得无影无踪？谁也无法断然下结论。我们期待着考古工作者会有更多地发现，期待着他们早日为我们揭开楼兰古国之谜。
古格王朝消失之谜
作为佛教的一支，藏传佛教在全球拥有很大的影响力，有人说，它的发展和壮大有赖于已经消失的古文明“古格王朝”。发迹于世界屋脊喜马拉雅山的古格王朝，曾经掌握着这一带的商业、交通，一度繁荣，但它的突然消失却给人留下了一连串的谜团。
位于欧亚大陆腹地中心的西藏阿里地区被认为是地球上离大海最远的地方，那里的平均海拔都在4000米以上，有“世界屋脊的屋脊”之称。但就是在这片广袤无垠、人烟稀少的土地上，被现代文明遗忘的角落里，却隐藏着一个古文明的传奇——古格王朝。17世纪的时候，古格地区就已开始出现西方传教士，但是直到20世纪30年代，古格遗迹才被人们发现。由于当地恶劣的自然环境，直到1985年才由中国政府组织的考古队对古格遗址进行了第一次科学考察。