明神宗朱翊钧继位后，张居正接任首辅一职，在公元1573年进行了大规模的政治、经济改革，取得了很好的效果，国势渐见中兴，处于统治危机中的明王朝出现了短暂的复苏和繁荣。可惜好景不长，张居正死后，反对改革的官僚纷纷起来攻击、诬陷张居正。神宗于是下诏追夺了张居正的封号和谥号，查抄了张家。改革由此被废止，朝廷又一天天走向没落。
一、三套马车并驾齐驱
张居正是名震荆州的“南郡奇童”，12岁中秀才，16岁中举人，23岁得中二甲进士，可谓少年得志。对于自己的前途，张居正也是信心满满，期望着能做一番为国家致太平、为个人求不朽的大事业。
公元1549年，凭着初出茅庐的锐气，张居正上呈《论时政疏》，力陈时政的五大弊病：宗室骄恣，侵凌地方官民；不重视人才，官吏徒有虚名；吏治不健全，官场腐败；边疆防备不利，边患不止；财政用度大奢，入不敷出。这份奏疏是颇有见地、句句切中时弊的，当时的宰相严嵩看到这份奏疏后，如芒在背，一怒之下将奏疏掷到地上。由于疏中并没有指名道姓，此时的张居正也是位卑言轻，还构不成对自己的威胁，严嵩也就没有追究。但是这种石沉大海的平淡对于满怀激情的张居正来说，无疑是个巨大的打击，他告病黯然回到了故乡江陵。
乡居江陵的三年，张居正学会了忍耐。张居正知道，他需要等待时机。很快，嘉靖帝对已过八十高龄、人老智昏的严嵩渐渐疏远了。恰在此时，御史邹应龙上疏弹劾严嵩父子，得到内阁辅臣徐阶的支持，不可一世的严氏父子集团终于垮台。而嘉靖帝也走到了生命的尽头，其子裕王即位，是为明穆宗。公元1567年，张居正晋升为吏部左侍郎兼内阁大学士，入阁参与机要政务。这一年，张居正43岁。
隆庆初年的内阁，是徐阶、高拱、张居正三驾马车。但是未等张居正施展抱负，徐阶和高拱之间便发生了尖锐的对立。在这次政治斗争中，徐阶失败，高拱大权在握，开始大肆重用私党，排斥异己，驱逐内阁中的大学士。最后，内阁大学士竟只剩下高拱和张居正两人。张居正因为与徐阶的关系密切，感受到了威胁，他知道单凭自己的力量是无法同高拱集团抗衡的，只有寻求坚定有力的同盟，形成自己的势力集团，才能巩固自己的地位，施展自己的才干。最直接最强有力的支持，莫过于皇帝和后宫，而这之间的桥梁，就是宦官。
其实，早在穆宗即位之前，张居正便利用侍讲读的身份，与裕王府中的宦官打得火热，并与司礼监太监冯保拉上了关系。明代宦官机构庞大，号称“内府”，共有二十四衙门，即十二监四司八局。其中尤以司礼监的权力最大，因为它可以根据皇帝旨意批答官员们的奏章，传谕圣旨。司礼监设掌印太监、秉笔太监和随堂太监。掌印太监的地位最高，人称“内相”。冯保在嘉靖朝时已经是司礼监的秉笔太监了，穆宗继位后，屡次想升其为掌印太监，但是高拱因畏忌冯保权力过大，多次从中作梗，遭到冯保忌恨。在张居正送给冯保黄金三万两，银十万两，夜明珠九颗、名琴七张、珍珠帘五副之后，冯保与张居正的关系愈加密切起来。
公元1572年，穆宗病重。冯保串通张居正预先起草遗诏，不想被高拱发现。高拱当面责问张居正说：“我是内阁首辅，掌管国家大事，你凭什么背着我单独与宦官一起准备遗诏？难道是想图谋赶我走吗？”张居正大窘，无言以对，只好谢罪。没过几天，穆宗皇帝死了，年仅十岁的太子朱翊钧即位，是为神宗，即万历皇帝。高拱、张居正、高仪三人以顾命大臣的身份辅政。
小皇帝朱翊钧还是皇太子的时候，冯保就伴随着他，悉心照料，被朱翊钧称为“大伴”或“冯伴伴”，视为亲信。因此神宗一登基，冯保就成为了司礼监的掌印太监，集司礼监、东厂兼总内外大权于一身。
高拱无法容忍自己大权旁落，决定先下手为强，向小皇帝上疏，请求削减司礼监的权力，还之于内阁。高拱还命他的门生故吏等同党一起上疏弹劾冯保。冯保见状，忙派亲信徐爵向张居正请教对策。张居正深知，如果对冯保投井下石，对自己没有半点好处；如果协助冯保逐去高拱，自己便可升为内阁首辅，实现多年的夙愿。于是，张居正向冯保献计，要冯保饰词激怒两宫皇太后，借刀杀人。
高拱是个心直口快的人，常常出言不慎。穆宗去世时，高拱曾在内阁一边痛哭，一边对同僚感叹，说：“十岁天子，如何治天下!”这虽然是实话，却被张居正、冯保抓住了把柄。冯保于是跑到两宫太后面前煽动。两宫皇太后品味着这些话，不禁惊悚，小皇帝也是惊恐变色。
于是，神宗召集群臣早朝。高拱满以为皇上要下令斥退冯保，颇为高兴。不想太监捧出的圣旨却是：“今有大学士高拱专权擅政，夺威福自专，全不许皇帝做主，我母子日夕惊惧。令高拱回籍闲住，不许停留。”高拱大惊失色，面如死灰。张居正为了避嫌，与高仪联名上疏，请皇上收回成命，挽留高拱。这篇奏疏写得情真意切，其实张居正心里清楚，高拱的被逐已是覆水难收。在这次党争中，张居正棋高一着。
二、独裁改革
三位顾命阁臣，高拱被逐，高仪病故，只剩下张居正一人，理所当然地成为了内阁首辅，再无人与之分庭抗礼。两宫皇太后对张居正也是毫无保留地予以支持，期待他开创一个新局面。神宗则视张居正为严师，既尊敬，又惧怕，朝政大事全部由张居正做主。
这个时候，沿海的倭寇虽然已经解决，但北方的鞑靼贵族还在不时侵入内地，成为明王朝的很大威胁。张居正把抗倭名将戚继光调到北方，镇守蓟州(今河北北部)，戚继光从山海关到居庸关的长城上修筑了三千多座堡垒，多次击败鞑靼的进攻。鞑靼首领俺答表示愿意和好，要求通商。明朝便封俺答为顺义王，一面和鞑靼通商往来，一面在边境练兵屯田，加强防备。此后的二三十年间，明朝和鞑靼之间没有发生战争，北方的局面安定下来。
当时，黄河年久失修，河水常常泛滥，加上大地主兼并土地，逃避税收，国库日益空虚，各地的民变也有再次上升的势头。张居正见形势不容再拖延下去，决意进行改革。
张居正改革的重点，主要是整顿赋役制度。张居正认为，财政危机的主要原因是豪民隐占田地，逃避赋税。为了解决这个严重的问题，张居正于公元1578年下令清查全国土地，凡勋戚庄田、民田、职田、军屯田等，一律丈量。清查结果，全国的耕地比已大大超出了明朝初年。张居正又下令，全国推广一条鞭法，力求将赋税完全征收。
一条鞭法的内容较为复杂，概括起来主要有以下几点：
1．赋役合并。将田赋和各种名目的徭役合在一起征收，并将部分丁役负担摊入田亩。
2．农民可以出钱代役，力差由官府雇人承应。
3．田赋征银。田赋中除政府需要征收的米麦以外，其余所有实物都改为用银折纳。
4．赋役征收由地方官吏直接办理，废除了原来通过粮长、里长办理征解赋役的办法。
经过这种税收改革，张居正花了十年的时间，防止了一些官吏的营私舞弊，国家的粮仓存粮充足，足够支用十年。明王朝也因此赢得了政治、经济上的巨大成功，史称“起衰振焕，纲纪修明，海内殷阜”，万历一朝成为明朝最为强盛的时期之一。但是，这些改革措施从根本上触动了大官僚、大地主的利益，引来旧党的诸多怨恨，反对的声浪日益激烈。
张居正是一个很有远见的政治家，他知道要进行规模如此庞大的社会变革，单靠个人的力量是无论如何也办不到的，必须聚拢一批志同道合之人，同心协力完成这项壮举。在改革初期，张居正称得上是唯才是举，凡赞成改革，有真才实学者，张居正就破格重用。但可惜的是，随着改革取得了一定的成就，张居正居功自傲起来，喜欢别人对自己阿谀奉承，用人唯贤的方针也抛在脑后了。例如吏部侍郎王箓，利用职权营私舞弊，本应受到惩处，但由于巴结张居正，反而受到重用。与他的前任首辅高拱一样，张居正也是以乡谊、年谊、姻谊、亲信及贿赂、请托等各种关系为纽带，形成了一个依附于他的朋党集团。
张居正为了让自己的儿子早日获得功名，曾暗中疏通考官，结果他的两个儿子分别高中状元和榜眼。科场风纪因此大坏，申时行、申用嘉、王国光、王箓等新党大臣，都通过各种不正当手段为后代猎取功名。不仅是子侄青云直上，就连张居正的家奴也经常打着他的旗号狐假虎威、为害乡里。对此，张居正不闻不问，不加约束。
首先站出来弹劾张居正的，是南京户科给事中余懋学。公元1574年，翰林院有白燕飞翔，内阁有碧莲花早开，张居正把它们当作祥瑞献给皇上。余懋学抓住这件事大做文章，说皇上刚刚还在忧虑大下大旱，下了罪己诏，与百官一起祈祷上天免除灾祸，张居正却在这个时候献祥瑞，实在不是大臣应该做的事。张居正心中愤恨，只是不便发作。次年，余懋学再次上疏，对张居正个人的品行进行大肆攻击，并对改革说长道短。张居正看后勃然大怒，请求皇帝严惩余懋学。神宗是新党的坚强后盾，当即下旨将余懋学革职为民，永不叙用。