盖茨以他独特的组织系统控制着微软。他也很喜欢享受首席执行官几乎无人可比的权力，因此，在管理上，他一直奉行的是金字塔式的管理模式。
在微软组织的最高层，他设置了总裁办公室，由他最信任的3位助理和他自己组成。这个办公室就好比是微软的商业大脑。在总裁办公室之下则是分成15级的经理层，其中第15级约有7人。微软叫这些人为“建筑设计师”，他们是微软最资深的软件开发人员。在编码程序代码方面，盖茨并不是他们的对手，但是他们无人拥有盖茨那样的整体视野和见识。光凭这一点，就足以让盖茨管辖这些高手了。有人指责他喜欢以上欺下，但是他始终坚称他怎么对人，完全看那个人本身怎样。
对于这些最高级的“建筑设计师”，盖茨由衷称赞：“他们有些人真的很不寻常，一定要真正去理解他们才可以。我和他们真的都是朋友。我们一起工作时，真的彼此尊重，但是若有不同的意见，还是由我最后拍板，然后一起做下去。”
这样的组织结构意味着盖茨只需要对一组里的3个人，还有另一组里的7个人发话，就可以控制整个公司了。这是他自己的分层治理的做法，而且看来还挺有效。