12月3日清晨，奥地利皇帝向拿破仑请求休战。拿破仑要俄军撤至波兰才答应议和。12月27日，法奥正式签订《普莱斯堡和约》，第三次反法同盟宣告失败。
奥斯特里茨之战是拿破仑的军事杰作，这次的胜利之日，恰巧是他加冕为法兰西皇帝一周年的纪念日。由于这次战役有3个皇帝直接指挥参战，因而被人们称为“三皇会战”。自然，拿破仑在军事、政治两方面都凌驾于奥俄二皇之上，而且这次胜利，还使他赢得了欧洲第一名将的桂冠。
3 挺进柏林
拿破仑回到巴黎，自然又受到法国臣民们疯狂的欢迎。为了庆祝自己在奥斯特里茨战役的辉煌胜利，拿破仑下令建造“凯旋柱”。经约5年的修筑，这个凯旋柱终于在1810年建成。该柱用拿破仑从战场上缴获的敌方大炮炮身熔铸而成，高约44米，直径有3米多。柱身上精细地雕刻了螺旋形状的花纹，角上装饰着4只展翅飞翔的雄鹰，柱子的顶端雕有拿破仑叱咤风云的图像。
拿破仑感到经过奥斯特里茨战役后，自己可以与历史上的恺撒大帝及亚历山大平起平坐了。他要让历史记住这个战役。
奥斯特里茨之战后，欧洲大陆也暂时沉寂下来，但不久，普法关系却日趋紧张。由于贝尔纳多特在进军多瑙河时，未经允许即穿越了普鲁士的安斯巴赫公国曾使普鲁士当局甚为愤慨，几乎导致普鲁士参战，仅由于拿破仑贿以汉诺威才勉强无事。但奥斯特里茨之战结束后，拿破仑在与英国谈判时，又空前狡诈地提出将汉诺威归还给英国。这种口是心非，两面三刀的做法于1806年7月底传到普鲁士政府的耳朵里，使普鲁士当局十分愤怒。在柏林，反法情绪高涨，几乎到了威廉三世在8月9日被迫宣布总动员时的程度。
8月25日，威廉三世召集了一个军事会议，决定成立两个军团，分别由不伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥，还有一个独立军由吕歇尔将军指挥，兵力总计达13万人。
9月5日，拿破仑在获悉普军集结并向其南部移动的情报，战争即从那一天开始，拿破仑宣称第一枪是普军放的。当时法军大军团已通过人烟稀少的图林根山林而向北推进。10月8日，苏尔特的前卫与陶恩齐恩的萨克森师在霍夫遭遇。法军将萨克森师逐退到北面20英里的施莱茨，在那里又碰上贝尔纳多特的前卫。在法军的前后夹击下，萨克森师损失惨重。
此时，费迪南德亲王指挥普军南进到萨尔费尔德。在此与法军左路纵队遭遇，结果这支由10个步兵营和10个骑兵营组成的部队被法军歼灭，年轻的亲王饮弹阵亡。
初战即败的消息传来，负责战场指挥的不伦瑞克公爵意识到自己犯了错误，因为向维尔茨堡推进，正好把自己的左翼和“尾巴”暴露在拿破仑的优势实力之下，于是他立即退至马格德堡和易北河谷，以掩护其与柏林的交退线。在他右翼的吕歇尔军，奉命退至魏玛，军团的大部兵力，定于11日在此集中。同时，又命霍恩洛厄将兵力集结在耶拿以西的高地，以便掩护他的左翼。但不伦瑞克在此又犯了一个大错：他没有命令霍恩洛厄不惜代价守住萨勒河上的渡口！
从地形上看，图林根山林以北，一片地形起伏的高原缓缓下降伸入易北河谷，由于受易北河左岸支流萨勒河的横向冲刷，这块石灰石高原上形成了一道很深的沟壑，而萨勒河水就是在比高原水平面低几百英尺的这段沟壑中流过的。费迪南德亲王的惨败和陶恩齐恩部的溃散，使拿破仑的军队在整个萨勒河以东地区可以长驱直入了。
10月11日，以苏尔特的第四军为先导的法军右路纵队到达普劳恩；以贝尔纳多特的第一军为前锋的中路纵队进抵奥马以北；而左路纵队的拉纳第五军也进入萨尔费尔德。拿破仑的意图是以第四、第五、第六和第七军进逼耶拿，渡萨勒河，在16日进攻普军主力，他认为敌方主力就集中在魏玛和爱尔福特之间。与此同时，缪拉的骑兵、贝尔纳多特的第一军和达武的第三军则应夺取萨勒河在多恩堡和柯森的渡口，切断敌军向莱比锡或易北河谷的退路。
13日下午3时，拿破仑在离耶拿不到14英里的地方，收到了拉纳的一个报告，说他已占领了该镇并把一支1. 2万人的敌军逐往魏玛方向；另有一支3万人的敌军驻扎在耶拿以西3英里靠近魏玛的大路上。
一小时后，拿破仑赶到耶拿并在该镇西北一英里半处的兰德格拉芬山与拉纳会合，他从那里仔细侦察了敌军前哨阵地。
10月13日夜间至14日凌晨，大雾笼罩着萨勒河谷及其以西的高原。对于法军而言，这真是幸运之至。因为普军没有察觉，而内伊、苏尔特和奥热罗通宵都在沿狭窄、蜿蜒的小道从耶拿奋力往高原上调动兵力。
他们历尽艰险，终于把大炮拉上山顶，拿破仑本人午夜时亲临现场进行监督。
拂晓时分，拉纳的第五军和跟在他后面的近卫军向前推进，清除了克罗维茨和鲁茨罗达两村中的萨克森部队，霍恩洛厄便将其余部队和吕歇尔军从卡皮仑多夫调上来，在高原上集结了4. 7万人。他依靠这些兵力攻占了依塞尔斯塔特和维尔柴恩——海里根之间的另一道山脊，激战随即爆发。上午9时，内伊率第六军赶到，此时晓雾已经消散。内伊本来奉命在拉纳的右侧展开，但当他发现拉纳的左侧空虚时，他便不顾一切地迅速冲到那里，一举攻占了要地维尔柴恩—海里根村。会战全面展开了。拿破仑现已集中了7. 5万人对付霍恩洛厄的4. 7万人，并亲自指挥督战。普军作战虽然顽强，但动作迟缓，法军步兵在机动性和主动性方面均远胜普军。法军炮兵的运用也较普军有效，与步兵的协同也较普军密切。
下午3时左右，普军已溃不成军，缪拉的骑兵跟踪追击，直扑魏玛和爱尔福特。拿破仑以为他已击败了整个普军，其实他只不过粉碎了担任不伦瑞克军团侧卫的霍恩洛厄部而已。
普军因在萨尔费尔德和施莱茨受挫，现在又受到法军右翼向格拉和瑙姆堡迂回前进的威胁，普鲁士国王和不伦瑞克公爵决定经梅泽堡和哈雷退回交通线。到10月13日夜，其主力从爱尔福特和魏玛向北行军到达耶拿以北14英里的埃卡茨贝加。再由东北的一条主要干道在柯森隘路处跨越萨勒河后再通往瑙姆堡。10月14日清晨，普军继续通过埃卡茨贝加和奥尔施泰特向瑙姆堡撤退。进攻的前卫由施米图师和布吕歇尔的骑兵师组成。晨雾升起时，普军前卫在奥尔施泰特东北4英里的哈森豪森村附近遭遇了一支法军纵队的先头部队，随即爆发一场激战。原来，他们碰上了达武（第三军）的前卫。当时达武根据贝尔蒂埃的命令，正从瑙姆堡出发，先头师于上午6时在狭窄的柯森隘路未遇抵抗即顺利渡过萨勒河，2小时后抵达哈森豪森。
此时大雾弥漫，不伦瑞克军团正在北撤，普军先头部队施米图师与达武军的先头部队古丁师在此遭遇。施米图师得到了布吕歇尔骑兵师的支援，后者向法军纵队冲锋，而法军纵队则组成方阵自卫。达武赶紧将后面的两个师部署在哈森豪森和奥尔施泰特之间，战斗全面展开了。在这节骨眼上，不伦瑞克公爵赶到了，他立即派沃腾斯勒本和奥林奇亲王两个师增援施米图和布吕歇尔，这样普军便以其主力与达武一个军会战。然而，这位公爵却中弹牺牲，施米图也同时阵亡。普王到达后指挥冲锋，但普军阵脚已乱。达武把火炮架在松纳贝格山山脊上对着奥尔施泰特谷地纵射，普军增援队像刈草一样纷纷倒下。于是，普王下令退往魏玛，但这样做反而增加了混乱，因为其撤退的队伍碰上了从耶拿战场败下阵来的几千名逃兵，他们正遭到缪拉骑兵的追杀。法军一直追击到很晚才收兵。
法军在耶拿和奥尔施泰特的二次大捷使普鲁士陆军作为一个战斗实体受到了致命打击。但是，拿破仑的这次成功却不像在奥斯特里茨那样是靠高明的战术机动赢得的。他在敌军近在咫尺的情况下，冒险让4个军及其近卫军拥挤不堪地从狭窄的耶拿隘道通过是很不合理的。如果敌人机警而又有胆量的话，拉纳军或许已被歼灭了，其他各军也有可能被各个击破。由于在兰德格拉芬山上，拿破仑自以为与其对阵的是普军的全部兵力，因此他对部队的这种高度集中就十分危险。他以7. 5万之众的有生力量击败霍恩洛厄分批投入的4. 7万人的兵力也并非什么惊人之举。比较而言，达武在奥尔施泰特所取得的成就倒是值得赞叹的，他仅以2. 6万人击溃了4. 5万普军，这才是一场硬仗。
由此可以看出，拿破仑在耶拿战役中的成功主要是由于普军指挥官的无能。首先在战略上，普军将左翼和后方交通线都暴露在萨勒河谷和萨克森边境之间拿破仑所实施的迂回行动之下；其次在战术上，他们忽略了扼守萨勒河在耶拿和瑙姆堡之间的各个渡口。假如普军拼死抵抗，拿破仑是很难使其营方阵渡过水深流急的萨勒河的，而且如果普军夺取并守住了柯森隘路的话，那么达武也几乎不可能到达奥尔施泰特。
法军这两次大捷的战利品是非常可观的，俘获的普军有2. 5万人，野炮200门，军旗60面。此后，普军方面便几乎没有什么抵抗，而拿破仑终于在开战3周之后，耀武扬威地进入了柏林。途中，他在波茨坦逗留了3天，从逍遥宫拿走了弗雷德里克大帝的宝剑和军功章，并将它作为战利品送给了巴黎残废军人院。
4 建立华沙大公国
拿破仑进入柏林之后，继续挥兵追歼溃散之敌。霍恩洛厄亲王经马格德堡撤退，在普伦茨堡被缪拉截住，于10月28日率1. 6万人投降。布吕歇尔虽狡猾，但仍不敌贝尔纳多特和苏尔特经吕贝克的围追堵截，终于11月7日在波罗的海边的特拉弗朗德附近，被迫与1万名普军一起放下武器。吕贝克被法军攻陷并遭洗劫。次日，克莱斯特也率2万守军连同马格德堡要塞向内伊投降。尽管普鲁士国王早已在休战协定上签了字，但拿破仑却不予理会，照样挥兵入侵普属波兰，以便对抗俄国人。
当时，俄国人正急于为奥斯特里茨战败雪耻。他们派了两支俄军，总计9. 1万人，分别由本尼格森和布克斯霍夫顿率领，开始向法军逼近。
拿破仑指挥大兵团向前推进，他于12月15日离开波森，19日在华沙建立了大本营。26日，法军与俄军遭遇，打了第一仗，其地点在普尔塔斯克。12月29日，拿破仑在写给约瑟芬的信中说：
“亲爱的，我此刻正住在一间破谷仓里，只能给你写一二句话。我已击败了俄军并缴获了30门火炮及其辎重，还俘虏了6000人，但天气坏透了，大雨下个不停，而且泥深过膝……”
这封信对于普尔塔斯克之战来说，倒是一个十分简明扼要的描叙。拿破仑在那里一直待到月底才返回华沙过冬。
1807年元月，拿破仑率军从华沙北进。2月7日，由缪拉指挥的骑兵军和苏尔特的第四军在一个名叫普鲁希——艾劳的小镇追上了俄军。双方在此又爆发了一场激烈的战斗。结果双方都损失惨重：法军以8万人参战，损失1. 5万人；俄军以7. 3万人参战，损失1. 8万人。此战之后，拿破仑利用休战时机重新整编了其疲惫不堪的军队，并巩固了他在所占领的德意志北部的地位。
到了6月4日，兵力已增至10万人的本尼格森开始向法军发动攻势。6月14日，双方在弗里德兰又进行了一场大战，结果交战双方都伤亡很大。俄军参战4. 6万人，损失了1万人，法军8. 6万人中损失了1. 2万人。但拿破仑的近卫军和维克托军的主力，除其炮兵外，都未参战。俄军还有80门大炮落入法军手中。
同时，缪拉与苏尔特和达武也将莱斯托克的普鲁士军从艾劳往北一气撵到了柯尼斯堡，并在普鲁格河左岸扎住了阵脚。普军继续撤退，缪拉又继续追击，一直追到提尔希特。
弗里德兰会战又以法军获胜告终，这次会战意义是深远的。6月19日，本尼格森请求休战，拿破仑立即接受。因为他无意也无力深入俄国腹地，那时他的交通线伸得已很远，给养已难跟上。现在除涅曼河以北的梅梅尔地区外，他已占领了整个普鲁士领土。同时，他也急于同沙皇亚历山大达成协议以先发制人，对付奥地利可能的敌对行动。6月25日，拿破仑和亚历山大在涅曼河中游一只设有帐篷的木筏上举行会晤。塔列朗抵达但泽，也奉召参与拟订和平条款。经过14天的谈判，拿破仑终于在7月7日与沙皇签订了提尔西特和约，两天之后，又与普鲁士签订了和约，月底时，拿破仑返回巴黎。根据提尔西特条约，拿破仑重建了中欧和东欧。在普俄之间，他建立了一个华沙大公国作为缓冲国，由萨克森的傀儡国王弗里德里希·奥古斯塔统治。