撤退时奥军井然有序，仅撇下重伤员和一些被打坏的火炮，法军精疲力竭无力追击，拿破仑已经把所有预备队都用光了。在近程炮战中双方都投入了400门以上的大炮，因此伤亡惨重。法军伤亡可能高达3万余人，奥军也可能有2. 6万人。对于拿破仑而言，瓦格拉姆之战虽不像弗里德兰之战和奥斯特里茨之战那样可称之为压倒性的胜利，但结果证明它同样是决定性的。查理大公的军队在夜间以数路纵队向北撤退。法军于次日才不紧不慢地追击。7月10日，马塞纳在兹诺伊莫追上奥军后卫，两军交战，马塞纳取胜。此后，奥皇感到自己的军队不能再承受更大损失，遂于11日派列支敦士登亲王向拿破仑请求休战，拿破仑欣然同意。他远离法国本土，况且从西班牙传来的消息也不容乐观。战争行动虽已告终，但双方经过了3个月的艰苦谈判，才于10月4日在肖恩布鲁恩宫签订了和平条约。
2 抉择第二次婚姻
瓦格拉姆之战，使拿破仑再次征服了奥地利。当和约签订期间，拿破仑曾在肖恩布鲁恩住了3个月。此间，几乎每天都有阅兵式或分队式。10月12日，拿破仑正从台阶往下走，一个衣冠楚楚的英俊青年以向皇帝呈送请愿书为名，想靠近他。卫兵把他拉到一边，从他的西装上衣里搜出了一把菜刀。他名叫施塔普斯，是埃尔富特某牧师的儿子，意欲行刺拿破仑。他跟许许多多年轻的德国人一样，把拿破仑视为他们祖国的独裁者。拿破仑亲自审问，想饶恕这位青年。
“要是我放了你，您会回到父母身边去，彻底放弃您的行动吗？”
“如果我们获得和平，我会回去的。可要是战争继续下去，那我决不罢休。”青年人答道。
拿破仑耸耸肩膀。结果，在维也纳响起缔结和约的钟声那一天，施塔普斯被军事法庭判处了死刑。
这件行刺的事发生后，拿破仑突然想到他还没有一个合法的继承人，他不希望他的政治遗产法兰西帝国，像亚历山大和查理大帝的帝国一样在其死后分裂。约瑟芬皇后无生育能力致使他无后嗣可继承王位，他的兄弟们也都不适宜做他的继承人。于是他决定与约瑟芬离婚，另娶一位女人以便能为他生一个儿子。
11月14日，拿破仑经由德国回到了巴黎城。受到了王公大臣们的隆重欢迎。第二天，他找约瑟芬解释说，皇朝的利益需要他俩分手。他希望由她出面要求解除婚约。她低声哭泣，绝望至极而又无可奈何。
12月15日晚9点，杜伊勒里宫灯火辉煌。身着盛装、佩戴各种勋章的国王，内穿丝织紧身服、外加宫廷华丽服装、脖子上挂着金银装饰的王后、公主，派头十足的达官贵人和军装耀眼的元帅将军在御殿恭候。随着叮当一声钟响，皇帝办公室的门扉敞开了。皇太后、路易、卡罗利娜，一个个步履缓慢，依次进入皇帝办公室。拿破仑和约瑟芬坐在一张大桌子后接待他们。桌上铺着红色的绒布，边上带有穗饰、绣有鹰的图案。皇帝手一指，大家都默默地坐了下来。皇后身着白色裙服，没有任何装饰，没有戴任何珠宝首饰，头发上只系了一条普普通通的带子。她脸色苍白，但很冷静。皇帝的样子也呆滞、忧郁，手搓动着衣服的装饰。康巴塞雷斯和皇家政务秘书勒尼奥·德·圣让·昂势利进了办公室。拿破仑便站起来，拿着一张文书，简短地阐明了离婚的政治必要性，最后以动人的口吻赞美了与他昔日倾心相爱、但命运又迫使他与她分离的妻子：
“上帝知道这样的决定给我的心里添上了多少痛苦！但是，只要向我表明了这是有益于法国的利益的，我都会以巨大的勇气作出牺牲……我要赞美我可爱的妻子的忠诚与温柔……我要她继续保留皇后的地位和称号，但希望她千万别怀疑我的情感，要把我当作她最好、最亲的朋友。”
皇上讲罢坐了下来。约瑟芬随着站立起来照文书念到：
“征得我尊严、亲爱的丈夫的同意，我必须声明：鉴于没有任何生儿育女的希望，以满足他的政治需要和法兰西的利益，我自愿向他作出世间从未有过的爱与忠的最大表示……”
念到这里，约瑟芬再也坚持不住了。她声音哽咽，坐回到椅子上。勒尼奥代她往下宣读：
“我的一切全归于他的恩赐。是他亲手给我戴上了皇冠。在皇后的宝座上，我得到的是法国人民的忠诚与爱戴……解除我的婚约决不会改变我内心的情感。皇上将永远不失我这一个最好的朋友……我们俩都为以祖国利益为重作出这一牺牲而感到光荣。”
皇后的讲稿念完了，康巴塞雷斯整理了离婚笔录。接着，拿破仑拿起笔签了字，约瑟芬也颤抖着手指签了姓名，其他国王与王后们也一一签名。约瑟芬由女儿奥坦丝扶着出了门，她刚出去不久便昏倒了……。
离婚后，拿破仑尽可能保障了约瑟芬奢侈的生活。爱丽舍宫、马尔梅松宫或另一座城堡由她自己挑选。她的一切债务一次替她还清，另加300万年金。约瑟芬的儿子欧仁仍然当意大利总督。女儿奥坦丝则可随意带着孩子在巴黎久住，有荣誉和自由保障。
拿破仑离婚之后，立即开始物色新欢。他首先向俄国皇帝的妹妹求婚，沙皇亚历山大却迟迟不表态。拿破仑甚感不安，心里又想起奥地利的千金玛丽·路易丝。约瑟芬急于起点作用，很支持这件婚事。她首先让德·梅特涅夫人来到巴黎，由她给维也纳写信。梅特涅收信后高兴得几乎跳起来。与拿破仑联姻可使他得以减少最后条约上的极其苛刻的条件，他要求弗朗索瓦皇帝先试探一下女儿。与此同时，他不等皇帝女儿作出回答，便让夫人转告约瑟芬，奥地利很乐意把公主许配给法国皇帝，并说奥地利皇室将永远感激皇后宽大的胸怀。
拿破仑征求了家族和朝臣的意见后，决定娶玛丽·路易丝。他委派欧仁去施瓦岑贝格大使处要求尽快订好婚约。
玛丽·路易丝相貌如何，感情怎样，他一无所知。他只见过她的肖像。她是身体虚弱的弗朗索瓦的长女，为原配夫人泰雷兹皇后所生，芳龄18。她个子高高，四肢细长，上身壮实，前胸丰满，手臂白嫩，金发轻盈。突出的双眼像陶瓷般发蓝，又长又直的鼻子下，长着一只厚嘴唇。她年轻幼稚，笑起来一脸娃娃气，虽然从小教养好，琴棋书画样样都会，还会讲六国语言，但整体而言，显得有些傻样。她毫无生活经验，纯洁无邪，身边养的动物，母狗、母猫之类，全都是雌的。她读的书也经过了严格的挑选，看到的内容大都难理解。总之，玛丽温柔、虔诚、漂亮、充满着爱，但缺乏毅力。
从心里来说，这位公主对法国也是憎恨的，她的姑姑是被法国人折磨死的。在她眼里，拿破仑简直是个可怕的恶魔，因为他曾三次打败奥地利，两次把父亲赶出维出纳，甚至使她父亲跪倒在地，蒙受奇耻大辱。当奥地利人得知拿破仑离了婚而谈起她时，这位公主还对女友说：“我任别人议论去好了，反正我不会成为他政治的牺牲品……”而此时，她父亲却已牺牲了她。父亲不敢当面对她说，只派了梅特涅送了一封信来说明。
公主看了这封信，想到为了维护皇朝的生命利益，她只好顺从地答允了。她周围的兄弟姐妹得知这一消息，纷纷来祝贺她，安慰她，说等待她的将是幸福……
1810年3月27日，皇后就要抵达苏瓦松。拿破仑亲自前往迎亲。3月30日，拿破仑与玛丽·路易丝一起到达圣克卢。第二天在那里举行了世俗婚礼。4月1日，在卢浮宫的四方沙龙，由费什主持了宗教婚礼仪式。
婚后，拿破仑对年轻的皇后关怀备至，体贴入微。一年之后，即1811年3月19日，玛丽·路易丝为拿破仑生下了一个儿子。拿破仑为此高兴万分，他的帝国终于有了继承人了，一项元老院的法令，使他这位刚出生的儿子就获得了罗马王的称号。拿破仑还亲自选定了宫廷最受人尊敬的德·孟德斯鸠夫人为儿子的女教师。
1811年6月9日，拿破仑在巴黎圣母院为孩子举行了洗礼，这是帝国最豪华的一次仪式，花费了200万法郎。奥地利皇帝和约瑟夫国王为孩子的教父，皇太后和奥坦丝王后为教母，费什大主教为洗礼的主祭。
娶妻生子的幸福，使拿破仑度过了几年较为平静的天伦之乐的生活。但是，这种平静的生活没过多久，一场与俄国的大规模的战争，又即将爆发了。