探测队在当地玛雅人的帮助下，忍受着只有丛林里才有的酷热，急切地开始了清理工作。他们用了整整一年的时间才把绝大多数灌木清理掉，锯倒后堆在他们面前的树连同折断的枝干足足有一座山那么高。对于那些清理不掉的枝枝蔓蔓他们就放火烧。随着火焰的消退，曾经辉煌一时的古城废墟也一点点地从烟灰中露了出来。当时的情景就像米歇尔·黑吉斯在他1954年出版的自传中说的那样：“看到废墟的宏大场面我们都惊呆了，随着大火逐渐退去，映入我们眼帘的是城墙，宽而大的阶梯，以及墓冢…中间屹立着高大的城堡。城堡的相对高度远远高于周边的山村，刚建起来时一定和雪白的闪烁的岛屿一样壮观。城堡高150英尺，四周散落着住家和平民的坟冢，再远处是上千亩的青玉米地，想必足以养活这里的居民。”
“这个城堡占地六平方英里，包括金字塔、宫殿、梯田、墓冢、城墙、房屋、地下室以及带有阶梯座位的观看场。观看场分上下二层，看样子能容纳10，000个观众。城堡的面积有七英亩半。每个地方都是由切割好的白石头铺成的。”“他们竟然单凭石斧和石凿创造出了工艺如此精湛的作品，其劳动强度简直无法估量。我曾经试着用这样的工具凿出一块相似的方石，用了我整整一天的时间！”
米歇尔黑吉斯的养女安娜此时已经17岁了。她在养父的影响下，对玛雅文化充满了热爱。古城挖掘的进展令她欣喜不已。一天，她小心翼翼地爬上了城堡最高点的金字塔顶，一览热带丛林的绚丽风光。正是因为她的这份好奇心，才使得玛雅人的一个旷世之谜重见天日。
正当安娜饱览风景时，她突然发现金字塔的裂缝深处有一个东西闪闪发亮。她立即告诉了养父，米歇尔带着探险队的全体成员登上了金字塔顶，把裂缝边松动的石头移开。经过了几周的努力，终于刨开了可容一个小个子进出的窟窿，安娜只身爬入这个窟窿的底部，她发现一个闪闪发亮的东西。她将它用衣服包起，把它带回到了金字塔顶。
回到塔顶后，安娜端详着它：“我从来没有见到这么漂亮的东西。”这竟然是一块通体透明的水晶头骨！一看就知道是从整块的水晶石上镂刻下来的。看着水晶头骨把照射到它身上的太阳光反射成一道道眩目的光束，几个探测队员顿时像被施了催眠术一般盯着头骨目瞪口呆：传说中的水晶头骨竟然真的存在！安娜的父亲从她手中接过头骨，把它举了起来给众人看，霎时间每个人都狂喜不已。“来帮忙的玛雅人看了以后又哭又笑。”安娜回忆说。那时候每个人都好像着了魔一般，仿佛有一种古老而强大的力量在在场的每个人身上复活了一样。安娜说那是她漫长的一生中最伟大的时刻了。
安娜发现的这个头骨是一块通体透明的水晶头骨的上半部分。米歇尔命令队员们继续挖掘。3个月后，他们在25英尺外的地方又找到了水晶头骨的下半部分，两块头骨合在一起，正好与真人头骨一般大小。
这个水晶头骨长17厘米，宽和高各是12厘米，重量是5公斤，它是用一大块完整的水晶，根据一个成年女人头颅的形状雕制而成的。它做工非常细致，鼻骨是用三块水晶拼成的，两个眼孔处是两块圆形的水晶，它的下颌部分可以跟头盖骨部分相连，也可以拆开，整个构成异常精巧。
按照惯例，米歇尔将水晶头骨献给了当地居民的首领。而当米歇尔的探险队将要返回英国时，当地的首领又将水晶头骨赠送给米歇尔，以回报探险队给他们提供药品和食物的帮助。后来人们就把这颗头骨称作“米歇尔·黑吉斯水晶头骨”。米歇尔去世后，这颗头骨就一直由安娜珍藏。
4、 接踵而至的谜题
水晶头骨的问世为世人带来了巨大的惊奇。人们对水晶头骨的来历和神奇好奇不已。一位玛雅老人告诉米歇尔，这颗水晶头骨至少有10万年的历史，是为了纪念一位伟大的玛雅祭司而制作的。然而没有人相信他的说法。人们想要的是一个科学的解释。
全世界考古学家和科学家开始对水晶头骨进行科学检测。他们试图弄清楚它确切的制作时间，但是石英水晶的物理属性决定了它永远不会被知晓。他们把水晶头骨和真正的人类头骨作了比较，发现除了眼部特征稍稍偏于人类的正常范围以外，其他参数都与真正的人类头骨相差无几。头骨面部两侧的下方各有一个微小的圆形凹槽，使得下颌可以与头颅连结，还可以像人类头骨的下颌一样自由张合。雕刻精湛的牙齿，线条平滑的颧骨，无不显示出制作者对人体解剖学的透彻了解。
然而，水晶是世界上硬度最高的材料之一，用铜、铁或石制工具都无法加工它，而1000多年前的玛雅人又是使用的什么工具呢？另外，这种纯净透明的水晶虽然硬度很高，但质地却脆而易碎，科学家们推断：要想在数千年前把它制作出来的话，只可能是用极细的沙子和水慢慢地从一块大水晶石上打磨下来，而且制作者要一天24小时不停地打磨300年，才能完成这样一件旷世杰作。
根据传说的内容，水晶头骨里隐藏了人类起源和死亡的全部资料，能帮助人类解开宇宙生命之谜。如果这是真的，那它会以什么方式来告诉人们这些秘密呢？难道有一天它真的会开口说话吗？科学家们当然不会相信。他们认为，如果传说是真的，那么水晶头骨就有可能是一个储存秘密资料的信息存储器，通俗地说，就是一块硬盘。
科学家们做过这样的实验，他们把水晶当作信息的存储介质，用激光把一些信息写进去，一段时间后又用指令将它恢复，里面的数据完好无损。实验证明，如果在数千年、数万年前有人把数据写进水晶头骨的话，它依然可以保存到今天。但如果水晶头骨真的是一个信息存储器，那么，数千年前的古代玛雅人是怎样将信息储存进去的呢，他们是不是已经掌握了现代人还没有掌握的科学技术呢？人们又该如何将信息提取出来呢？科学家们对此束手无策。
水晶头骨的秘密还远不止此。科学家们发现，当有光束照在这颗头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了。种种神奇的现象实在让人无法理解。
5、 一切也许都是谎言
所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，人们对它的猜测也越来越离奇。人们开始怀疑这个神奇的水晶头骨是否只是一个骗局。
最先引起人们怀疑的是水晶头骨的发现时间。发现者安娜本人竟然对时间有不同的说法。她在1962年接受采访时说，水晶头骨是在30年代末，她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的；1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的；1982年，她回答学者尼克尔的询问时，又变成是1924年；而在1995年出版的《水晶头骨之谜》里面，又说水晶头骨是在安娜17岁生日那一天发现的。
而当时探险队的发现者们对水晶骨头的说法也引起了人们对安娜发现水晶头骨一事的怀疑。和安娜共同发现水晶头骨的养父米歇尔·黑吉斯在他的自传中很少提到水晶头骨一事。甚至后来，在1955年自传的美国版中对水晶头骨只字未提。在最初的自传版本里大部分写的都是他后来的非洲之行，提到水晶头骨时也只是简要带过。其中有一句更是让人难以捉摸：“我是怎么拥有它的呢？自有不愿公开的原因……”
米歇尔探险队当时的发现都在大英博物馆中留下了档案记载，然而档案中却没有米歇尔·黑吉斯父女发现水晶头骨一事的任何记录。当时的大英博物馆馆长詹姆斯·乔伊斯曾前往挖掘现场参加探险队的庆祝晚会，但在视察挖掘成果时，也根本没有提及发现水晶头骨的事。而且米歇尔·黑吉斯探险队的其他成员，如著名的托马斯·甘博士或里奇蒙德·布朗夫人，谁都没有公开地谈论或书写过有关发现水晶头骨的事。
加拿大安大略省多伦多市皇家博物馆玛雅文化专家大卫·潘得格斯特博士怀疑，有可能是米歇尔·黑吉斯自己有意把水晶头骨埋起来让安娜发现的。因为安娜找到水晶头骨那天正好是她的生日，这个头骨很有可能是她父亲送给她的生日礼物。
如果真是这么回事，那么米歇尔·黑吉斯又是从哪里得到这块水晶头骨的呢？一位大英博物馆前任馆员的手写笔记中有这样的记载，说水晶头骨1943年9月5日曾在伦敦苏士比拍卖所进行拍卖，编号为“54批”。这个条款的惊人之处在于，它明确指出，是伦敦工艺品商人w·西德尼·博尼而不是米歇尔·黑吉斯拿来拍卖的。条款在备注中还透露，大英博物馆曾经要购买这个头骨，但没有买成。原因是博尼先生本人又买了回去，继而又转售给米歇尔·黑吉斯先生，并且非他不卖，价钱只要400英磅！这桩私人交易的时间大概是1944年。
上述种种问题导致很多人开始认为，这个玛雅人的水晶头骨根本不是古代制品而是现代制品，是十九世纪末二十世纪初在欧洲制作的。
2005年1月，一起震惊考古界的事件更让“米歇尔·黑吉斯水晶头骨”的真假之谜愈发扑朔迷离：英国大英博物馆的墨西哥古阿兹特克人（Aztec）的水晶头骨被科学家正式鉴定为赝品，考古界为之哗然。与此同时，人们对米歇尔·黑吉斯头骨也提出全面质疑。这两颗头骨虽然来源不同，但总体形状却非常相似，而且都是以一具女性头骨为模型，不同的是，大英博物馆的头骨是一整块水晶，而米歇尔·黑吉斯头骨的下颌则是独立的，可以拆下，做工更为精致，但是两颗头骨的惊人相似，让人很难相信它们是独立制作的。
英国大英博物馆所珍藏的那块水晶头骨，最早据称是在墨西哥古阿兹特克人遗址上被发现的。而科学家发现这个水晶头骨是用轮式工具打磨并且切割的，而这种技术在当时的美洲大陆根本就不存在。毫无疑问，现在人们更有理由怀疑米歇尔·黑吉斯水晶头骨的真实性了。
为了消除人们对自己的怀疑，安娜曾经将水晶头骨送去参加科学检验。可是水晶的物理特性和现有的检验技术导致根本无法在实验室中验定水晶头骨的制作年代。如今，安娜已经拒绝对水晶头骨再做任何科学鉴定，因此，它究竟是不是现代人制作的赝品，这个水晶头骨的故事究竟是否只是一个骗局，仍然是个未知的谜题。但人们还是愿意相信，终有一天，现代科技会把水晶头骨上的神秘彻底揭去，让真相浮出水面，事实大白于天下。