面对衰弱的东晋皇室，权势极大的桓玄、司马道子等人都在虎视眈眈，企图取而代之。那么，桓玄、王恭为何要起兵反对掌握朝政大权的司马道子？司马道子是怎样转败为胜的？最终又是谁控制了政权呢？
皇权衰落
身为皇室成员的司马道子依靠自己的特殊地位，把持朝政，并排挤其他的势力，从而引起了王恭、桓玄等人的不满与反抗。
1.要命的玩笑话
晋孝武帝司马曜，在东晋王朝中算是一个比较有作为的皇帝。他在位的24年里，东晋王朝出现了一些振兴的气象，还历经了闻名后世的军事奇迹“淝水之战”。
司马曜尽心于国事、重用贤臣，却嗜酒如命，整天和司马道子酣歌痛饮。
司马道子为司马曜的同母弟，年少时就以清和恬淡受到谢安的称道。他先后担任过散骑常侍、中军将军、骠骑将军等职，谢安病死后，他领徐州、扬州刺史，录尚书，都督中外军事。
司马道子操纵朝政，广植亲信党羽，亲近僧尼，导致朝政紊乱。他还重用王国宝、赵牙、茹千秋等一批奸佞小人，动用巨资营造华丽的园林，甚至卖官贩爵，横行不法。
此后，他祸乱朝纲的行为被孝武帝知晓，因而兄弟之间失和。孝武帝几次想要罢黜司马道子，都被皇太妃所制止。
太元二十一年（公元396年），司马曜在宫中与自己的宠妃张贵人一起饮酒，他对张贵人说了句玩笑话：“你已经将近三十岁了，按照年龄应该被废弃了。”这句玩笑话致使张贵人当晚便杀了司马曜。
之后，司马德宗继位为帝，他就是晋安帝。晋安帝继位之时，东晋皇帝的权势已经大大降低，朝廷外的许多将军实际上处于自立状态，不接受朝廷的命令，朝内的权力也往往落在权臣之手。
晋安帝愚蠢笨拙，不擅长说话，他连冬夏的区别也辨认不出，因此朝廷的实权完全由司马道子把持着。
2.王国宝的“消失”
晋安帝司马德宗继位以后，司马道子辅政，掌握着朝政大权。后来，司马道子虽然还政于晋安帝，但是实权依旧操纵在其亲信王国宝的手中。
王国宝是太原晋阳（今山西太原西南）人，他的父亲王坦之曾和谢安制止了桓温篡位的企图。虽然他是谢安的女婿，但没有受到谢安的重用。王国宝转而与司马道子相友善，其堂妹成为了司马道子的王妃。
王国宝历任秘书丞、琅邪内史、堂邑太守等职，后官至中书令、尚书左仆射。他和司马道子共同把持朝权，威动朝廷内外。
慕容垂率军入侵青州，王恭奉命御敌，战事失利后被降为了辅国将军。司马道子把持朝政后，王恭常常正色直言，因此受到了司马道子的忌恨。
王国宝十分贪婪，大肆聚敛钱财，同时极力主张削弱方镇的势力，进一步引起了王恭等人的不满。
王恭，字孝伯，太原晋阳人。他是王蕴之子，晋孝武帝皇后王法慧的兄长。王恭年少的时候就有盛名，清操过人，容貌也很好。他历任著作郎、吏部郎、建威将军等职。晋孝武帝时，王恭为前将军，担任兖、青二州刺史。
晋安帝隆安元年（公元397年），王恭、豫州刺史庾楷和桓玄以清除王国宝为名，率军进逼都城建康。司马道子迫于压力，不得不将尚书仆射王国宝赐死，又诛杀了建威将军王绪等人，王恭才还兵京口。
经此一事，司马道子对王恭更加愤恨。
王恭兵败
司马道子虽然暂时让王恭退了兵，但王恭对他的威胁并未因此而彻底消除。为了除掉王恭，他用重金收买了反复无常的刘牢之，从而击败了劲敌王恭。
1.再当一回盟主
王恭退兵后，司马道子让王愉担任江州刺史，以制约镇守外地的王恭、庾楷等人。
隆安二年（公元398年），东晋名将、大司马、南郡宣武公桓温的儿子桓玄向朝廷上疏，请求担任广州刺史。司马道子于是任命他为督交、广二州军事、广州刺史。
桓玄自幼受到桓温的喜爱，长大后，他对自己的才能以及门第也颇为自负，总觉得自己是英雄豪杰，但是由于桓温晚年有篡位称帝的野心，因此朝廷一直对他深怀戒心而不敢重用。
到了二十三岁那年，桓玄被任命为太子洗马，几年后担任义兴（今江苏宜兴）太守。但桓玄还是觉得难以得志，于是弃官回到了其封国南郡（今湖北江陵）。
桓玄虽被任命为广州刺史，但他没有到职。实际上，他是在观望朝廷的形势。
同年，豫州刺史庾楷由于不满他的辖区被割给江州，因此起兵对抗司马道子，声称要讨伐谯王司马尚之和江州刺史王愉。
桓玄和荆州刺史殷仲堪以及南郡相杨佺期接连响应庾楷，并再次推举王恭为盟主，共同进军打到了建康的附近。
2.兵败身陨
王恭等人率军逼近建康，司马道子知道王恭部将刘牢之对王恭屡有怨言，于是派遣庐江太守高素去说服刘牢之叛离王恭。
刘牢之，字道坚，彭城（今江苏徐州）人，出身于尚武世家。东晋太元二年（公元377年），刘牢之应募参加了兖州刺史谢玄统帅的“北府兵”，担任参军。太元四年，刘牢之随谢玄在盱眙（今江苏盱眙东北）一带打败了前秦军的进攻，因功升为鹰扬将军﹑广陵相。太元八年，刘牢之在淝水之战立下大功，晋升为龙骧将军﹑彭城内史。
等到王恭率军征讨司马道子的时候，刘牢之在王恭手下当了一名府司马，领南彭城内史，加辅国将军。然而，王恭认为刘牢之是行阵武将，对他以薄礼相待。刘牢之因此充满了怨愤。
高素见到刘牢之后，说只要他归降朝廷，将王恭杀死，就可以获得王恭原来的职位和封号，刘牢之同意归降朝廷。王恭的参军何澹之提前得知了这件事，便将他们的谋划告诉了王恭。
但是，王恭认为刘牢之和何澹之本来就有矛盾，因此没有相信这件事。他还盛情款待了刘牢之，拜其为兄，精兵利器都配给了他，随后命刘牢之为前锋进军建康。
没想到刚到竹里，刘牢之便背叛了王恭，阵前倒戈。后来，王恭和司马道子相互攻伐，失败后被司马道子在建康的倪塘杀死。王恭的五子及其弟王爽、王爽兄长的儿子秘书郎王和、孟璞、张恪等人一同被杀。
随后刘牢之便代替王恭，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州、晋陵军事。
王恭死后，桓玄等人只好退兵。司马道子为了安抚这些人，任命他们的官职，让桓玄担任了江州刺史（首府浔阳，今江西九江）。
桓玄、殷仲堪和杨佺期三人害怕朝廷讨伐，虽然彼此之间已生猜疑之心，但不得不合作自保，因此在浔阳正式结盟。桓玄由于其家世声望而被推举为盟主。此后，桓玄更加倨傲。
胜者为王
王恭败亡后，在东晋朝廷内部，司马道子父子继续把持朝政；在外部，桓玄、刘牢之、司马尚之等人割据一方，他们相互猜忌，矛盾重重。
1.桓玄一家独大
桓玄和荆州（首府江陵，今湖北江陵）刺史殷仲堪、雍州（首府襄阳，今湖北襄阳）刺史杨佺期为了免受司马道子的进攻，暂时结成了结盟，然而，他们之间的矛盾却是时刻存在的。
殷仲堪认为桓玄过于骄横跋扈，就和杨佺期结为了亲家，彼此互相支援。杨佺期几次想要攻打桓玄，都被殷仲堪竭力制止。桓玄也害怕自己最终会被殷仲堪与杨佺二人消灭，所以向朝廷请求扩大他管辖的区域。
司马道子父子为了打破他们的同盟关系，便顺势加任桓玄为都督荆州四郡军事。同时，他们让桓玄的哥哥桓伟替代杨佺期的哥哥杨广担任南蛮校尉。杨佺期对此事是又气愤又忧心。
杨广原本想拒绝桓伟接任，然而殷仲堪不许，接着便将杨广调出来任宣都、建平两郡太守。
杨佺期集结军队，建立军旗，声称要去援救洛阳，实际是想与殷仲堪一起攻打桓玄。表面上，殷仲堪和杨佺期互相结交，内心却怀疑他的用心，因此极力劝阻杨佺期。他又担心难以阻止杨佺期，就派遣他的堂弟殷通率军驻扎在北部地区，以此来遏止杨佺期。杨佺期势单力孤，又不清楚殷仲堪的真正用意，最终只好将军队解散了。
后来，荆州发生了洪水，平地积水有几丈高。殷仲堪把府库储存的粮食全都拿出来赈济饥饿的百姓。桓玄计划趁他内部空虚的时候征讨他，于是召集军队向西进发，对外说是要去援救洛阳。
最终，桓玄依靠武力将殷仲堪、杨佺期二人的势力消灭了，并占领了长江中游一带的地域。隆安四年（公元400年），司马道子父子看到桓玄势力已经做大，只好任命他为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州及扬、豫八郡诸军事、后升为将军、荆、江二州刺史、假节。
2.子夺父权
司马元显是司马道子的儿子，十六岁就成为了侍中。后来，他被选举为征讨都督，率领王珣、谢琰等人剿灭了王恭。殷仲堪、桓玄撤军之后，司马元显被擢升为散骑常侍、中书令，领中领军。
司马道子击败王恭以后，逐渐沉迷于酒色之中。司马元显劝谏晋安帝解除了他的父亲司徒及扬州刺史之职，自任扬州刺史，后官至尚书、太傅。他让张法顺作为自己的谋主，逐渐培植起自己的政治势力。
司马元显考虑到自身的处境，觉得荆州桓玄对自己威胁很大，而北府兵刘牢之又实在难以控制，因此想要建立一支新军来对抗这两股势力。
然而，因兵源极度缺乏，司马元显不得不在隆安三年（公元399年）下令强行征调浙东诸郡中其本身或父祖本是奴隶，后已放免为佃客的壮丁，让他们集中于京师，当兵服役。
这一举动引起了民众的普遍不满，五斗米教道士孙恩趁机起事，导致东晋王朝的浙东沿海诸郡都变得不安宁，甚至还威胁到了京师建康。
强强相碰
司马氏父子与桓玄都在不断扩充自己的实力，都想要伺机消灭对方。最终，刘牢之的再次倒戈，帮了桓玄的大忙。
1.讨伐桓玄
隆安三年（公元399年），桓玄出兵袭击并占领江陵（今属湖北）后，其势力大增。东晋在暂时镇压了孙恩的叛乱势力之后，权臣司马元显决意要将桓玄一举铲除。
元兴元年（公元402年）正月，东晋朝廷下诏正式讨伐桓玄，命司马元显为征讨大都督，掌握晋军精锐部队的将领刘牢之为前锋都督。然而，司马元显忌惮桓玄，始终不敢发兵。
桓玄决定先发制人，率兵直抵姑孰（今安徽当涂），派遣部将冯该等人攻打历阳（今安徽和县），并命襄城太守司马休之坚守城池。桓玄军截断了洞浦，将豫州守军的舟舰焚烧殆尽。
驻于横江（今安徽和县东南长江北岸）的武都太守杨秋叛降了桓玄，致使司马休之的军队溃败。后来，豫州刺史司马尚之也被桓玄军队俘虏。
司马元显见战事失利，便派遣使者去询问刘牢之战事。
刘牢之觉得桓玄年少时就有雄名，其实力雄厚，恐怕难以打败他。他又考虑到假如平定桓玄，那将会功盖天下，这也定然不能被司马元显所容，因此刘牢之只好带领北府兵驻扎于溧洲（今南京西南长江中）。
2.“踏板”刘牢之
桓玄见刘牢之观望不前，便派遣何穆去劝说刘牢之归降自己。刘牢之权衡利害之后，便派遣使者刘敬宣去联络桓玄。他的外甥何无忌与部将刘裕苦苦劝谏，刘牢之都没有听从。
刘牢之计划假借桓玄的力量除掉司马元显父子，然后自己再伺机夺权。
刘牢之归降后，桓玄便顺利向东进军到新亭（今南京市南）。司马元显弃船退入了建康（今南京）城中，接着在宣阳门外整军列阵，要与桓玄军决一死战。然而，其士兵军心已乱，不战自行崩溃。桓玄率军进入建康，擒住了司马元显。司马尚之和司马元显都被杀死。司马道子随后也被放逐，后被毒杀，当时年仅三十九岁。
不久，桓玄将刘牢之的兵权解除，刘牢之因此发动叛乱，失败后自缢而亡。
消灭了劲敌之后，桓玄矫诏任命自己为太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，完全控制了朝政，随后他又接连杀害北府军将领，以巩固自己的势力。
元兴二年（公元403年），桓玄再次矫诏自任大将军；同年九月，他加授相国，封楚王，有十郡封地，并加九锡，不久正式登基称帝，国号楚，改元永始。
桓楚永始二年（公元404年），以北府军将领刘裕为首的数名将领共同起兵讨伐桓玄。同年三月，楚军在接连战败后，退出了京师建康。桓玄挟持晋安帝西逃到了江陵，最终被益州将领冯迁杀死。