前已述及，玉门关是于汉武帝元封四年际伴随着修筑酒泉至玉门关间长城而设立的，既然石关峡为最初的玉门关，那么该峡之地是否也相应地找到了汉长城遗迹呢？该峡是否仍存汉代关址呢？这是不容回避的问题。今天在石关峡一地已无任何长城塞垣可觅，所见塞垣遗迹是于该峡以北约65公里处的金塔县生地湾农场北侧穿过，呈壕堑状，此即汉酒泉郡北部都尉所辖塞段，史书中又称作“酒泉北塞”。如此，石关峡就不可能为玉门关址。然而笔者又注意到，在今酒泉、嘉峪关、金塔一带，除上述那条塞垣外，其南面60公里许还有一条汉塞遗迹，中间已大部缺失，仅存东、西两大段。东段遗迹起自黑河岸边的高台县罗城乡天城村正义峡山嘴墩(汉燧），与沿黑河南北延伸的张掖至古居延间汉塞遗址中段(汉肩水塞)相接，由此西延，经高台县盐池乡北、双井子北、营盘、界牌墩，人酒泉市界，继续西行，复经碱泉墩、芦鼓堆滩、徐家、于家，西止于讨赖河东岸的临水乡暗门八社。笔者实地考察所见，此段边塞除部分隐失和最西段(东壕头以西)1.5公里外，亦皆为壕堑，与河西走廊所见大多数地段汉塞遗迹形制同。保存较好，壕堑残长28公里，壕深1.5米许，底宽约3米，口阔8米许；壕内侧(南侧)垒炮墙体，墙高2.53米，宽约10米，取壕内碱土堆砌而成。壕外侧亦垒矮垣，残高1米许，残宽2.5米。壕内侧有道路延伸，路宽约6米，有明显的路槽，当为古道。这里地处酒泉绿洲下游，绿洲灌溉回归水大量出露，地表泛碱，略呈沼泽状，举目皆白。壕堑西端起墙垣，长约1.5公里，弯曲北折，直抵讨赖河岸。墙垣底宽7米许，顶宽3.55米，残高2，5米，以就地碱土夹柴草夯筑。
在上述东段遗迹之西略偏北约60公里，即石关峡西北25公里许的红柳沟下游(断山口河)今金塔县南部瓜塘子沙窝，即见西段遗迹，为夯土筑垣，已十分残破，高不及米许，残长约5.5公里。东西两段遗迹遥相呼应，可连为一线，中间因后来绿洲农田的垦辟而被破坏隔断。这两段遗迹的连线恰可通过石关峡东口北侧，并向其西北方向延伸20余公里，以对关口形成护卫态势。则当年石关峡一地，筑有汉塞墙垣当无疑义。今日其地不见塞垣，乃由于历史上的破坏而故。
1990年9月、1992年3月、1993年5月，笔者三次在石关峡实查时还发现，该峡东口南侧尚存残垣遗迹，夯筑，残宽3米许，残髙0.5~2米，顺山坡而筑，无疑应为昔日玉门关、玉石障的残址。
写到这里，可能不免有人要问，既然石关峡之地筑有长城塞垣，何故在其北面65公里许又要另修一条汉塞(酒泉北塞)呢？其实这是由于汉塞因时分段而筑造成的结果。笔者考得，河西走廊的汉塞是随着武帝西方战略的拓展实施和河西地区的逐步开发而渐次修筑的。第一次元鼎六年(前111年)由令居“筑塞西至酒泉也”；第二次元封四年(前107年)“酒泉列亭障至玉门矣”，即构筑酒泉至今石关峡段塞垣；第三次太初三年(前102年）由张掖筑塞至居延泽；约在此年或稍后又修筑了西至敦煌西北的塞垣笔者考测，在建造西至敦煌西北塞垣时其起点并未始自石关峡，而是向北移至与张掖居延间塞垣(汉肩水塞)上的今高台县正义峡山嘴墩连结，这样其防线北推60余公里，与其南面酒泉至石关峡塞段相比，不仅可径与敦煌西北的塞垣取直，避免迂回，而且还把讨赖河下游绿洲括于其内，扩大了河西的农业区域，汉于是在这里新设会水县(金塔县西古城）以治由此酒泉石关峡间塞段亦被括于其内，变成了一段内长城，玉门关则随之由石关峡西迁至敦煌西北。又由此可以推得，玉门关西迁的年代当在太初三年或稍后，亦即李广利二次伐大宛之际。据《史记大宛列传》太初二年岁余李广利再伐大宛，“而出敦煌者六万人”，至太初四年得胜回师“军人玉门者万余人”。此处不言军入敦煌，当玉门关已移于敦煌西北。可证玉门关西迁的年代确应在李广利二次伐宛尚未归来的太初三四年际。
玉门关虽自石关峡西移，但该峡作为丝绸之路大道的通衢要口，又有红柳沟水可供行旅补给，其重要的交通地位并未降低，并还多了一段“内长城”的遮罩，故而此后这里又有玉石障之设。
笔者查阅有关史料又发现，石关峡这一最早的玉门关址迨及五代、宋初，又被人们重新利用，重设玉门关。敦煌遗书《西天路竟》(S.383)：“灵州西行二十日至甘州，是汗王。又西行五日至肃州。又西行一日至玉门关。又西行一百里至沙州界，又西行二日至瓜州，又西行三日至沙州。”黄盛璋考得，该文书“为北宋乾德四年(966年)诏遣行勤等157人西行求法中之一沙门行记，与同次赴印之《继业行程》及《宋史》、《佛祖统记》所记行勤等路程皆合”。行勤等由肃州西行一日可抵玉门关，此玉门关当为石关峡。由此玉门关西行至沙州界(即当时沙州归义军政权所控制域界)尚有百里，至瓜州(安西锁阳城)则需百里再加二日，约三天的路程。瓜州位于肃州西约200里，则距上云玉门关约300里，恰合三天行程。由瓜州至沙州又需西行三日，而沙州恰位于瓜州西300里。《元和郡县图志》卷40亦云瓜州“西至沙州三百里”，里数与行程所需日数相符。可见S.383所记行程及玉门关的相对位置无误。
宋人曾公亮《武经总要》前集卷18肃州酒泉郡下记，肃州“西至玉门关七十里”；同卷河湟甘肃瓜沙路下记：“肃州又九十里渡玉门关，又四百二十里至瓜州，又三百里至沙州。”肃州西至玉门关70里，渡玉门关90里(渡，当为渡过、穿过之意，可见玉门关长约20里，这恰与石关峡的长度10公里相符，此亦可证前考石关峡为最初所置玉门关无误），均为一天的路程，与S.383所记合。肃、瓜、沙州间相对位置亦记之不谬。由此证明宋初的玉门关确位于肃州城西一天行程之处。
.五代后晋高居诲《使于阗记》载，由肃州“渡金河，西百里出天门关，又西百里出玉门关，经吐蕃界”。金河，即源出祁连山北麓，流经酒泉城西、城北的讨赖河，下游名北大河，汉时谓之呼蚕水，唐、五代唤作金河。考之史籍，肃州附近从未设过天门关，所记天门关在肃州西百滋，百里系取成数，其位置相当于上引史料中的玉门关，“天门”当为“玉门”之误，因字形相近或字体漫漶致误。顾祖禹《读史方舆纪要》卷63早就指出，此处的天门关即玉门关。至于所记肃州渡金河西二百里的玉门关，实则为当时玉门县的治所，而非玉门关。两唐书《地理志》、《元和郡县图志》卷40、《通典》卷172、《太平寰宇记》卷152皆云，玉门军在肃州西二百里许，天宝十四年改军置玉门县。故知高居诲之玉门关系玉门县之讹。乾隆本《大清一统志》卷212、清《玉门县志》等史籍亦认为这里的玉门关盖玉门县之误。依其位置五代玉门县的所在亦正是位于今玉门市赤金绿洲的汉玉门县故址赤金古城。
综上考知，汉代最早的玉门关址石关峡，在五代宋初又重新设关，玉门关从隋唐时的关址——今安西双塔堡东迁400里许，又返回到最早的关址石关峡。五代宋初玉门关为何又要东移呢？笔者曾考得这主要有两方面原因：一方面从当时河西一带的政治军事形势来看，石关峡的位置正当东面的甘州回鹘与西面的瓜沙归义军政权的天然分疆之地，正处在由一个政权辖地进入另一政权辖地的关口，因而势必成为沟通东西交通的必经要口；另一方面还与当时瓜州直通伊州(今新疆哈密)道路(敦煌文书中称之为第五道）的废弃，以及沙州社会长期稳定、沙州以西道路的畅行有关气五代宋初的玉门关存在了约130年，自北宋仁宗景佑三年(1036年)西夏占领整个河西走廊后，玉门关就从史籍上销声匿迹了。玉门关约自西汉元封四年设置以来，伴随着中西交通的发展，历时1140余年；关址最早设在今石关峡，太初三四年际李广利二次伐宛时西迁敦煌西北，隋唐时又东徙今安西县双塔堡，五代宋初进一步东徙，重新回到石关峡。
事实上，石关峡为故玉门关址直到明清在当地仍有传闻。明永乐十二年（1414年）陈诚、李暹受遣出使哈烈国，撰《西域行程》一书。书中写道是年正月十七日“过嘉峪关，关上一平岗，云即古之玉门关，又云榆关，未详孰是。关外沙碛茫然，约行十余里，至大草滩沙河水旁安营”。明嘉峪关位于今嘉峪关市城西约5公里、石关峡东口南6.5公里处。关上一平岗，即明嘉峪关城楼所在之山岗，远望是山，登临其上为平岗。平岗向西北方向延伸，其北缘群峰突起，正是石关峡所在的黑山。陈诚、李暹路经此地即闻古为玉门关，说明玉门关故址延及明代民间仍有传言。明嘉峪关与古玉门关地域相近，岗峦相连，在一定意义上也可以说嘉峪关即是古玉门关的延续。
另需补充提及，太初三年以后迁往敦煌西北的玉门关的关址迄今学界亦有争论。现许多学者认为，小方盘城并非玉门关关址，而应为玉门都尉治所，关口当在其西。前些年，甘肃省博物馆通过对敦煌境内汉长城烽燧的全面实地调查和所出汉简资料的考证，初步考定小方盘城西11公里的马圈湾遗址为西汉玉门候官治所，玉门关为玉门候官所辖，置啬夫和佐治理，其确切位置似在马圈湾遗址西南0.6公里处，即马圈湾与羊圈湾之间的髙地上，方位东经93。45北纬42°21。