这四笔交易完成之后，阿里集团形成了三足鼎立的股东构成，雅虎持股40%，马云团队持股31%，软银持股29%。这意味着：其一，阿里巴巴除软银之外的前三轮投资人彻底套现退出——他们当初投入的总成本是3200万美元，退出时获得5.7亿美元，17.8倍回报；其二，软银也获得部分套现（软银此前给阿里巴巴与淘宝的总投入是8000万美元，如今不仅套现1.8亿美元，而且还继续持有阿里集团29%的股权）；其三，雅虎支付的10亿美元，实际只有2.5亿美元进入了阿里的口袋，其余部分则都被阿里的前几轮投资人套现瓜分掉了。
“总统”与“议员”的战争
雅虎的注资令淘宝在与eBay的烧钱大战中彻底胜出。当然，马云不得不开始面对其最大的隐患：自己的大股东地位不保，雅虎成了阿里集团第一大股东，马云有可能丧失对企业的控制权。
据说，马云为了确认雅虎创始人杨致远的确无意控制阿里集团并插手经营事务，在雅虎入股之前，二人在美国著名的圆石滩高尔夫球场有过一场私人会晤。在此次会晤中，马云反复试探杨致远的真实想法。马云得到的反馈很大程度上打消了自己的疑虑，这才最终将意向确定下来。
不仅如此，马云还通过交易合同中的具体条款来强化自己对企业的控制权。
第一，虽然雅虎持有阿里集团40%的股权，但只拥有35%的投票权，多余部分投票权归马云团队所有，此条款有效期至2010年10月。
第二，阿里集团董事会的四个席位中，马云团队拥有两席，作为大股东的雅虎反而只有一席，另一席属于软银。到2010年10月，雅虎才有权获得与马云方面数量相等的董事会席位。
第三，2010年10月之前，董事会在任何情况下都不得解除马云的阿里集团CEO职务。
杨致远在主政雅虎期间，确实践行了自己的承诺，基本没有干预阿里集团的运营，而且在公开场合他与孙正义也都采取了站在马云一边的姿态。这很大程度上缓解了马云对因股份稀释而失去控制权的担忧。
2009年1月，由于雅虎的业绩远未达到华尔街的期望，杨致远被迫辞任雅虎CEO，由卡罗尔·巴茨（Carol Bartz）接任。自此，阿里集团与雅虎之间的蜜月期结束，马云与雅虎之间的矛盾也日益公开化，马云也公开表达了回购雅虎所持阿里集团股权的意愿。
随着2010年10月的到来，马云在雅虎入股阿里集团时所设置的包括投票权、董事会席位、CEO任免等系列有利于自身的控制条款统统失效。雅虎随时可能行使自己的权利，马云的控制权岌岌可危。
但马云在2011年初以强硬的姿态对媒体表示：“外界说2010年10月雅虎会行动，现在都1月了也未见动静。雅虎即使派10个董事进来，不还是按照正确的事情做？你不派董事进来，我也会听你有没有道理，如果没有道理，一万个董事都没用！”
支付宝“单飞”
出乎外界意料的是，2011年5—6月，雅虎与马云管理层之间爆发了最为严重的冲突。
2011年5月10日，当时身为阿里集团大股东的雅虎发布公告称：马云将支付宝从阿里集团转移到了马云与谢世煌（阿里创始人之一）二人设立的“浙江阿里巴巴电子商务有限公司”（马和谢各占股80%和20%），而作为阿里集团大股东的雅虎，对于马云转移支付宝的行为毫不知情。消息爆出，雅虎股价应声下跌7.3%。
雅虎公告的言外之意是，马云转移支付宝并未获得阿里集团董事会的授权许可，因为代表雅虎的董事会成员杨致远对此事并不知情。这在华尔街看来，是严重违背公司治理规则的。
而且，雅虎声称支付宝转让的价格仅为3.3亿元，远低于彼时支付宝的实际价值。
于是雅虎与马云之间上演了一场“国际舆论战”，雅虎抨击马云是在自己不知情的情况下“窃取”了支付宝，而马云则回应说“不完美，但唯一正确”。他所说的“不完美”指的是单方面取消了阿里集团与支付宝之间的“协议控制”有违约之嫌；而“唯一正确”则意指这一行为100%遵守了国家法律。
关于此次支付宝的转移，有个关系密切的背景：2010年6月，央行出台了《非金融企业支付服务管理办法》，规定从事第三方支付的企业必须向央行申请许可证，且申请者必须是“境内依法设立的有限责任公司及股份有限公司”，而对于有外资成分企业的牌照申请则“由中国人民银行另行规定，报******批准”。央行政策的言外之意是，申请牌照者最好是内资企业，外资企业要按“另行规定”报批，而这个“另行规定”并未出台。
阿里集团一直由外资控股，且雅虎是第一大股东。而此前两年马云又与雅虎屡曝分歧，他一直在谋求从雅虎手中回购股权，以重新获得控股权以及对企业的绝对控制权。
于是乎，支付宝事件很自然地被外界解读成了“马云借助央行禁止外资的政策机会，以极低的价格私自将支付宝转移到个人腰包，进而增强自己与雅虎谈判股权回购的筹码”。
“支付宝事件”令马云付出了极为惨重的声誉代价，这在其创业史中，并不多见。
众所周知，在“生米煮成熟饭”之后，马云与雅虎、软银达成了关于支付宝的补偿协议。根据阿里集团IPO文件的披露，相关框架协议于2011年7月29日签署，并于2012年11月15日及2014年5月3日进行了两次修订。协议约定：
1）在与支付宝相关的特定清偿事件发生时（包括支付宝IPO、转移支付宝37.5%或更多股权、出售支付宝全部或绝大多数资产），浙江阿里巴巴电子商务有限公司将向阿里集团支付相当于支付宝市值37.5%的金额，最低20亿美元，最高60亿美元；
2）如果10年内特定清偿事件没有发生，阿里集团有权要求支付宝尽快启动清偿事件；
3）马云及蔡崇信分别拿出各自所持有的阿里集团3500万股及1500万股，注入到一间特殊目的公司（SPV）APN Ltd.，并将该等股权质押给阿里集团，作为清偿事件支付的保障；
4）如果7年内特定清偿事件没有发生，浙江阿里巴巴电子商务有限公司或APN Ltd.，必须向阿里集团支付5亿美元，此支付额在日后发生清偿事件之时，可在支付总额中扣除；
5）支付宝公司每年向阿里集团支付知识产权许可费与技术服务费，金额为当年税前净利的49.9%，该项费用的支付直到支付宝上市时终止（2012财年、2013财年、2014财年前3季度，支付宝向阿里集团支付的此项费用分别为2700万元、2.77亿元、6.33亿元）；
6）支付宝向阿里集团提供支付处理等商业服务，前者向后者按年收取服务费（2012财年、2013财年、2014财年前3季度，阿里集团向支付宝付款分别为13.07亿元、16.46亿元、18.99亿元）；
7）所有与支付宝框架协议相关的事项，必须获得雅虎及软银委派的董事许可方可执行。
支付宝脱离阿里集团之后，以其为核心逐渐孕育出了阿里小微金融服务集团，除支付宝之外还包括阿里小贷、天弘基金、众安保险等金融业务，它们的持股母体皆为浙江阿里巴巴电子商务有限公司（以下简称“浙江阿里巴巴”）。
浙江阿里巴巴目前有三个股东：杭州君澳股权投资合伙企业（有限合伙）、马云、谢世煌，其中君澳股权投资为阿里集团内部的员工持股平台，目前股东结构为，马云持有46.29%，君澳股权投资持有42.14%，谢世煌持有11.57%。
阿里集团IPO文件披露，马云向阿里集团书面承诺：有意逐渐减少在小微金融服务集团中持有的直接或间接经济权益，直到保证在阿里集团IPO之前，他在小微金融服务集团中权益所占比例，不超过他以及他的关联方在阿里集团所占权益，并且他本人不会在这种减持中获得任何经济收益。
赎身雅虎
与雅虎新任CEO的矛盾公开化之后，马云为回购雅虎所持股权的努力从未停止过，甚至在2012年2月之时曾“无限接近双方交易成功”，但双方还是在签字前夕宣布谈判破裂。
2012年5月20日，阿里集团终于与雅虎达成股权回购协议。此次阿里IPO文件的披露，得以使外人一窥此回购交易的相关细节。
根据招股书披露的数据，在回购之前，雅虎共计持有阿里集团10.466亿股股票。2012年5月20日，双方签署协议约定，阿里集团以13.5414美元/股的代价，向雅虎回购5.23亿股股票（雅虎持股总量的大约一半），总代价为70.82亿美元。其中，62.82亿美元以现金支付，8亿美元通过“可赎回优先股”支付。
所谓“可赎回优先股”，简言之，阿里当时并没那么多现金作一次性回购，故可以将其中8亿美元以优先股的方式代替现金支付，日后有了现金，再把这部分优先股赎回，从此二者互不相欠。
接下来，马云需要为此奔走筹集足够多的资金。
2012年8月27日，阿里集团以15.5美元/股的价格，向中投牵头的财团发行了1.677亿股普通股，融资26亿美元。这个股份数量，按照目前阿里的总股本计算，占比约为7.2%。关于此次融资的出资财团详情，阿里向SEC提交的文件仅仅披露了中投公司作为领投方，其他投资人名称未有披露。而据阿里之前的官方公告，此财团除了身为国家主权财富基金的中投之外，还包括国开金融、博裕资本、中信资本等，看来是这几家共同“分食”了这7.2%的股权。
2012年8月31日，阿里集团再次发行了一批A系列可转换优先股，融资16.88亿美元，该等优先股可按照18.5美元/股的价格转换为普通股（最终转股数量为9124.32万股）。此次融资的具体投资人，阿里集团的招股文件同样未有披露。根据当时的媒体报道，投资人中包括了对冲基金、主权财富基金、共同基金等在内的12家国际机构。
此外，阿里集团还进行了一笔40亿美元的债权融资，但并未披露参与此次银团贷款的金融机构的具体名单。据阿里之前的官方公告，其中10亿美元由中国国家开发银行提供，另外花旗、瑞士信贷、德意志银行、巴克莱银行等8家国际银行合计提供了等额贷款。阿里集团的财报显示，截至2013年末，其长期银行贷款余额为302.26亿元。
在完成了上述股权+债权的融资之后，2012年9月18日，阿里完成了对雅虎所持5.23亿股普通股的回购，总计支付62.28亿美元现金、8亿美元优先股。2013年5月16日，阿里集团利用贷款所得的8亿美元现金，赎回了雅虎所持的等额优先股。
回购完成之后，雅虎所持阿里的股票还剩余5.236亿股，占比22.6%。根据2013年12月13日双方修订的回购协议，在阿里IPO之时，雅虎须进一步出售2.08亿股（修订前约定的数字为2.615亿股），此部分股票或者向公众出售，或者由阿里集团回购。此次出售完成后，雅虎所持股权将仅剩3.156亿股，持股比例将降至13%以下。