吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，尚之信、耿精忠也随之造反。叛乱的形势正如康熙当初估计的一样，一开始气势汹汹，很快就打入了湖南，四川、广西一带的文、武官员也附和响应，半个中国都燃起了叛乱的战火。这吓坏了清廷的一些官员，他们主张向昊三桂等叛军屈服，甚至割长江以南给叛军，还有的人要求杀了当初主张撤藩的人。在这种情况下，康熙果断地做出了决定，下令处死了吴三桂留在北京做人质的儿子吴应熊、孙子吴世霖。这样，朝廷官员知道，朝廷再也没有退路，只有同吴三桂等叛军决一死战，清廷因此统一了思想，坚定了信念。而吴三桂等叛军也知道对清廷的要挟已失去了作用，只能死拼到底。但大部分将领也因此开始离心了。
康熙面对“三藩”之乱并不惊慌，而是首先确定正确策略，认为“三藩”之乱以吴三桂为首，其余多是胁从，若能击败吴三桂，其余叛军不难攻破或收服。这样，康熙就调兵遣将，重点向吴三桂进攻，对川、陕一带的胁从叛军，反复进行说服争取工作。康熙的这一招十分奏效，在不长的时间里，吴三桂就被分化瓦解，困在了湖南。
1678年，康熙收复了浏阳等地的许多城池，吴三桂知形势不好，赶快过一过皇帝瘾，撕下了“复明”的假面目，于三月二十三日在衡山祭天，自称皇帝，改元昭武，改衡州为定天府。
同年八月，吴三桂病死。吴三桂死后，其孙即位，退据云南，后昆阳城破自杀。吴三桂被掘坟折骨。耿精忠、尚可信等人也早已被杀，川陕等地也已平定。至1681年，历时八年之久，折腾了十多个省份的“三藩”之乱终于被彻底平定了。
在平乱之中，康熙的英雄睿智表现在三个方面：一是坚决平叛，临乱不惊；二是方针正确，先攻吴三桂，分化收服其余；三是调兵遣将，指挥得当。平叛过后，这位少年天子已经二十八岁了，到这时，他已成为一位较为成熟的政治家。
在他后来的四十年里，更立下了不朽的功勋。
据说，吴三桂引清兵入关是“冲冠一怒为红颜”，那么，他后来“三藩叛清”又是为了什么呢？无论是为了什么，其民族败类的罪名似乎是永远无法洗雪的！因此，无论何时，人的大节要拿定，大节一亏，无论再做什么，都无济于事了。
在统一中国，使台湾回归方面，他做出了杰出的贡献。郑成功从荷兰人的手里夺回了台湾，本想把他作为抗清的海外基地，但壮志未酬，于三十九岁（1662年，康熙元年）去世，其后，郑氏子孙和部将互相争斗，一直未能振作。1683年，康熙派施琅攻入台湾，并及肘制定政策，让施琅和平解决台湾问题。在康熙的正确指导下，郑成功的部将投降。康熙在台湾设置一府三县，并让郑成功归葬南京。对于西北部的准噶尔部的叛乱侵扰，康熙数次亲往征讨。经过艰苦的奋战，终于平定了中国的大西北。
在抗击沙俄侵略的卫国战争中，康熙的决策也很正确。他指挥大军赶走了沙俄侵略军，并订立了《中俄尼布楚条约》。这一条约划清了中俄的国界，为中国争取了大片的领土。
另外，康熙本人在科学方面还有一定的贡献。少年时期就学习天文历法，后来还倡议学习数学，设立“算学馆”，培养了一批数学人材。在医学方面，他以权力推广中国古老的种痘免疫法，收到了良好的效果，并尊重由西方传来的用金鸡纳治疟疾的方法。
在地理学上，他还花费心血测绘中国地图；在农学方面，他也能亲自培育出一个新的品种。康熙大帝不论从哪个方面来看，都是中国历史上十分优秀的皇帝，不仅在成年以后做出了突出的贡献，就是在少年时期所做的除鳌拜，解决新、旧历法之争，平定“三藩”之乱三件事，也足以证明他是一位非凡的人物了。
智慧金言
平心而论，除掉近代史上的几十年，清朝在中国历史上并不是一个很坏的朝代，起码要比明朝好得多。清朝的前几位皇帝，的确还是很有作为的，尤其是康熙大帝，在中国历史上恐怕很难找出几个这样的皇帝来。为什么会出现这种情况呢？别的原因先不说，也许与满清入主中原以后，总是担心自己的统治能力有关，在这种担忧之下，比起以前的朝代来，多少增加了一些兢兢业业的精神。
法家三宝：法、术、势
法家讲究法、术、势，即法令、方法和权势。法家说来头头是道，都是道理，似乎无可辩驳。但是，法家的理论在实施时会出现极大的问题，即过度地实行严刑峻法。更重要的问题是，法家忘记了人是什么，法家的理论好像不是在治理社会、在治人，而是在驯兽，将人看成是没有目的、没有道德、没有价值感的动物。因此，法家的逻辑往往是强盗的逻辑。
谭嗣同在总结中国传统的政治实践的文化特征时说：“两千年之学。荀学也。”他说得十分沉痛，意思是说中国历史上一直是在遵循荀子的法家思想，在政治实践中，真正的儒、道是很少被应用的。的确，荀子强调礼，强调社会规范，忽视了仁的一面，历来受到统治者的青睐。真正的仁学在实际应用中往往显得迂疏，很难起到立竿见影的作用。国学大师钱穆在总结中国政治时，也用“上焉者王霸杂之，下焉者不堪闻问”来形容，意思是说，好的政治也不过是王道加霸道，从来没有实现过统治者自己所标榜的王道政治，至于坏的政治，就是纯粹的法术统治，哪里还讲什么仁义道德。
确实，如果能够透过某些现象和口号，剥去其仁义道德的外衣，我们可以看到，中国在历史上真的可以称得上是一个“法治”的国家。法家学派有其系统的理论，《韩非子》是其代表。但法家内部又有不同的派别，可以分为法、术、势三派，即有的法家强调法令的重要性，有的法家认为法令的实施要靠具体的方法、制度、技术，即术，有的法家认为上述的两个方面都不是根本，根本在于要有势，即把握形势发展的权势。因此，可以说法、术、势是法家的三宝。
中国的一些法律理论和法律思想十分有意思，对我们今天“法制”的发展也许不无启发，兹摘述一些。
商鞅说：“法令是人的生命，是治理天下的根本。”慎到说：“统治者如果舍弃法律，用自己的道德理想来治理天下，其结果是受赏的人虽然感到很好，但其欲望是无穷的。受罚的即使也感到罪有应得，但总是希望无休止地减轻自己的罪罚。国君如果舍弃法律，只凭自己的主观愿望来量刑，很多人就会感到不公平，怨恨就会萌生。因此，分马的人采用抽签的办法，分田的人采用抓阄的办法，这并不是说抽签、抓阄比人的智慧更高明，而是因为这样做可以祛除人的私心，堵塞产生怨恨的渠道。所以治国要用法制而不能靠个人的主观意愿。这样，人们就不会产生怨恨，举国上下才会和睦相处。”
《长短经》上说，一只兔子在前面跑，后面可能有一百个人在追逐，不是一只兔子可分为百份，而是这只兔子属于谁的还没有确定，因而谁都可以据为已有。然而，卖兔子的满街都是，盗贼不敢去抢，是因为这些兔子的主人已定。所以，名分未定，就是尧、舜、禹汤也都可能去追逐，名分既定，就是再穷的盗贼也没有理由去抢夺。圣人制定法令，安置官吏，实际上就是在定名分。
如果是发动民众，圣旨己下还迟迟见不到行动，如果是分地大家就能很快地行动起来，为什么呢？因为圣旨可以推托而分地无可推脱。由言语形成的名分，也像分地一样，要分清职责权限。国君如果和大臣分担同样的职权，大臣们就有推脱罪责的机会了。就像用墨斗划线使木头无法投机取巧一样，一考查名分，大臣们就无法隐藏自己的职责。
申不害说：“君如身，臣如手，君管理根本，臣操持细务。作为人君，就是要拿法律公文来稽查人臣，看看是否名实相符，名分就好像是天地之网，圣人之符。张网持符，天下万物就无可逃遁了。
韩非子说：“人主的眼晴不像离朱的眼睛那样明亮，耳朵不像师旷的耳朵那样敏锐，如果不借别人的眼晴和耳朵去看去听，只等自己耳目聪明后才去观察、聆听，那么，看到和听到的东西就太少了。这可不是使自己不被蒙蔽欺骗的办法啊！明君是让整个天下为自己去听去看，他虽处于深宫之中，却能明察四海，举国上下既不能隐瞒他，也无法欺骗他，这是什么原因呢？是因为隐瞒之罪深重而举报之赏丰厚。”
荀子说：“职责明确，事业有序，材尽其用，官尽其能，天下就不会得不到治理。如果是这样，品德好的人就会更加上进，廉洁的人也会越来越多，加上善于倾听来自各方面的意见，就会事事清楚，无所遗漏。一个国家的领袖之所以能够做到不看而能见，不听而能闻，不思而能知，不动而能成，岿然不动而能使天下顺之，就是因为抓住了名分这个法宝。”
尸子说：“明君要想保住自己的权势，就应当形象端庄，心境空灵，目视九州而不觉烦躁，眼观红尘而不感诱惑，文武百官的职权了然于心，与人言谈对应得体。如果能达到这种境界，那么他就可立于朝堂之上，纵然下属有所隐漏，也不会太多。明君无须使用耳目或间谍去侦探，也不必勉强去听去看。有物则观，有声则听，事至则应，身边的事情不轻易放过，远处的事情也可妥善处理。贤明的人才不使流失，微贱的人就会对他恭敬。这就是万事万物都不能逃脱他的控制之根本。”
尸子说：“治理水患的是大禹，播种五谷的是后稷，掌管刑罚的是皋陶。舜虽然没去具体办这些事情，但他却是全国臣民的父母。”
尸子说：“上朝议事，国君听了朝臣们的启奏后，使每个人各负其责，分工理事。发现有特别好的大臣，就要问清是谁举荐的，发现有重大过失的大臣，一定要问清是谁任用的。然后决定赏罚，并用这种办法来考察大臣的优劣，使人不敢徇私舞弊，文武百官就不会徒有其名。优秀的就会受到尊重和礼待，失职的就会受到蔑视和惩罚。好与坏，忠与奸，如此鉴别，就会像白和黑一样的分明了。”
因此有道之君要用名分来纠正一切不合名分的现象，并实事求是地确定名分。
尹文子说：“贤能的人有用，人君便不得不使用他们，愚昧的人无用，人君就不能使用他们。用与不用，这些人各得其所，又何必担心天下大乱呢？”
尹文子说：“名分定，万物不争，职责明，私欲不行。人不争，不是因为无心争，而是因为名分已定，所以争也是白用心，私欲不行，并不是因为没有欲求，而是职责已明，有欲望也要克制。然而私欲人人都有，要想使人无私无欲，只有使用法制的手段。”
李斯在给秦二世的信中说：“韩非认为慈爱的母亲养出败家的儿子，而严厉的主人没有强悍的奴仆。原因何在呢？原因就在于能不能实行严厉的惩罚。商鞅变法，对在路上随便倒垃圾的都处以刑罚。随便倒垃圾是小罪，而判刑却很重。轻罪都要严惩，更何况重罪呢？所以人人不敢犯法。现在如果不致力于使人不犯法，而去学慈母娇惯的方法，必定会出现败家子，这就太不理解圣贤的理论了。”
商鞅规定以伍家为伍，十家为什，一家犯法，九家举告，不告发者连坐有罪。同时明确尊卑、爵位、等级，贵族所拥有的田宅、奴婢衣服等都依照爵位高低而定。使有军功的人感到荣耀，无军功的人虽富有也不会感到光荣。注重农事、战事，这就是商鞅变法的主要内容。商鞅、申不害和韩非子的治国之术就是这样。
桓范说：“商、申、韩这些人，看重人的狡诈和智谋，因而推行法制时特别苛刻。废除礼义的教化，用刑名律法来统治天下，不师法古代的仁政，致使全国普遍的伤风败俗。因此说，他们是伊尹、周公的罪人。然而他们使人君尊贵，臣子卑下，富国强兵，信守法度，坚持法制，在这些方面还是可取的。到了汉朝，又有宁成之类的酷吏，效仿商、韩，专门以残暴的杀戮、惩罚为能事，迎合人君的旨意，趋炎附势，争名于朝，争利于市，肆无忌惮地败坏朝纲，祸害百姓，这又是商、韩的罪人了。然而酷吏抑制豪强望族，抚慰孤独贫弱，自身清廉，使各级官吏奉公守法，一心为公，在这些方面又有可取之处。到了后世，所谓的能人，就都是一些执法犯法，不为老百姓办事，只想徇私舞弊的人，在处理事务又敷衍了事，玩忽职守，做官不必担心受处罚，根本不体察和同情老百姓的意愿，这就又是申、韩的罪人了。”
智慧金言
法家说来头头是道，都是道理，似乎无可辩驳。但是，法家的理论在实施时会出现极大的问题，即过度地实行严刑峻法。更重要的问题是，法家忘记了人是什么，法家的理论好像不是在治理社会、在治人，而是在驯兽，将人看成是没有目的、没有道德、没有价值感的动物。因此，法家的逻辑往往是强盗的逻辑。