在寿夭论、衰老论的基础上，为了预防疾病、延缓衰老，以“尽终天年”，《内经》在长期实践的基础上，形成了丰富多彩的养生方法，但贯穿于这些养生方法之中的具有普通指导作用的准则，即其基本的原则，即其基本的原则，是养生所需知的。
平衡阴阳
年四十而阴气半也，起居衰矣。
——《黄帝内经》
阴阳是人生之根本。阴阳平衡则健康长寿，阴阳失调，易引起疾病而加速衰老。如《黄帝内经》说，“年四十而阴气半也，起居衰矣”。《千金要方》说：“人年五年以上，阳气日衰，损与日增，心力渐退，忘前失后，兴居怠惰。”人到中年，往往阴常不足，阳亦衰减，所以，调补阴阳是抗衰延年的重要措施。
肾藏真阴真阳。《医学正传》指出：“肾元盛则寿延，肾元衰则寿夭。”肾为先天之本，主藏精、生髓、生殖、主骨，内寄元阴元阳，为人身生长发育、健康长寿的主要器官。肾阴（精）亏虚，往往无力，潮热盗汗遗精，小便短赤，舌红少苔，脉象细弱或细数等症。补肾阴的食物和药物，如枸杞子、桑葚子、女贞子、海参、龟肉、鳖肉、猪脊髓、牛脊髓等。肾阳虚衰可出现形寒肢冷，腰腠酸冷，阳痿早泄，耳聋耳鸣，小便清长，舌淡质润，脉象沉迟等症。补肾阳的食物和药物，如鹿肉、鹿血、鹿鞭、鹿茸、韭菜、虾仁、牛肉、狗肉、羊肉、补骨脂、淫羊霍、金樱子、菟丝子、肉苁蓉、牛膝、杜仲等。阴阳两虚则阴阳双补。
补益阴阳主要补益肾阴肾阳，若心、脾阳虚可先用干姜、白术、茯苓、山药、肉桂等。若肺、胃阴虚则可先用沙参、麦冬、石斛、荸荠、甘蔗、蜂蜜、梨、白茅根、芦根、西瓜等。
人体脏腑功能的衰减，阴阳气血失去平衡是导致疾病发生的主要原因。食物疗法与药物疗法一样，可以调整人体阴阳气血的盛衰，纠正脏腑功能的失衡。为什么这样说呢？因为药物和食物并无严格的区分，自古以来就是药食同用，许多药物都可以食用，许多食物亦可供药用，如莲子、红枣、百合、桂圆、核桃、山楂、生姜、葱、蒜、花椒等。不同的食物有不同的性味和功能。只要根据不同的疾病及其症状表现，结合病人的体质、性别、年龄等因素，选择适应于该种疾病的食物，即可达到调整阴阳气血、脏腑功能平衡的目的。如寒体寒症选择性味温补的食物；热体热症选用清补的食物；不寒不热的病人给予平补的食物；脏腑功能失调的人，选用以脏补脏的疗法。
中医以及民间习惯运用动物的内脏来调理补养人体内脏虚弱之症，如以肺补肺，以心补心，以肾补肾、以脑补脑等，已经有了相当悠久的历史。唐代医学家兼养生学家孙思邈发现动物的内脏和人体的内脏无论在组织形态还是在生理功能上都十分相似，他在长期临床实践中，积累了丰富的食养食疗经验，创立了“以脏补脏”和“以脏治脏”的理论。例如，肾主骨，他就利用羊骨粥来治疗肾虚怕冷。肝开窍于目，他又发明了以羊肝来治疗夜盲雀目。男子阳痿，多责之命门火衰、肾阳不足，他就运用鹿肾医治阳痿。自唐代孙思邈以后，许多医家又发展了“以脏补脏”的具体运用，不少重要的医学著作中都记载了行之有效的以脏补脏疗法。如宋朝《太平圣惠方》中介绍用羊肺羹治疗消渴病，《圣济总录》用羊脊羹治疗下元虚冷，元《饮膳正要》介绍用牛肉脯治疗脾胃久冷，不思饮食。明代李时珍主张“以骨入骨，以髓补髓”。清代王孟英介绍以猪大肠配合槐花治疗痔疮。中医认为肾主骨，骨生髓，西医则认为骨能造血，现代医家叶橘泉教授介绍治疗血小板减少性紫癜及再生不良性贫血，就是以生羊胫骨1～2根，敲碎后同红枣、糯米一同煮粥食用。
顺应自然
人以天地之气生，四时之法成。
——《素问·宝命全形论》
“天食人以五气，地食人五味”
——《素问·六节藏象论》
“人与天地相参也，与日月相应也”（《灵枢·岁露论》），“天食人以五气，地食人五味”
（《素问·六节藏象论》），人类生活在自然环境中，与自然界息息相通，大自然是人类生命的源泉，人体要依靠天地之气提供的物质条件而获得生存。而自然界的各种变化，无论是四时气候、昼夜晨昏的交替，还是日月运行、地理环境的演变等，都会直接或间接地影响人体。因此，人类必须掌握和了解自然环境的特点，使自己的活动顺应自然界的运动变化，根据自然界变化规律以避害就利，即“与天地如一”（《素问·脉要精微论》），与天地阴阳保持协调和谐的状态，以保持“生气不竭”（《素问·四气调神大论》），身心健康，才能达到延年益寿的目的。
《内经》顺应自然的养生原则，首先强调顺应自然界四时阴阳的消长规律以养生。一方面，《内经》认为四时气候变化影响五脏的生理活动，五脏的生理活动必须与四时气候的活动规律相适应。“五脏应四时，各有收受”（《素问·金匮真言论》），认为肝通于春气，心通于夏气，脾通于长夏之气，肺通于秋气，肾通于冬气。并进一步认识到人体各脏腑都是由气构成的，也就是说具有共同的精气基础，其区别是在不同时相中表现出来的“象”不同。正如《素问·平人气象论》所说：春“脏真散于肝”，夏“脏真通于心”，长夏“脏真濡于脾”，秋“脏真高于肺”，冬“脏真下于肾”，从而构建了中医学特有的四时五脏的“时脏”理论。因此，中医学五脏的概念与现代解剖实体的五脏有明显的差别，它更注重从时间维度上把握人体整体的功能状态，五脏功能系统实际上反映了自然界四时阴阳消长变化的时间节律。故恽铁樵说：“《内经》之五脏，非血肉的五脏，乃四时的五脏。”另一方面，《内经》认为人体经络气血津液等的运行分布也随着四时气候的变化而发生相应的改变。如《素问·八正神明论》明确指出“天温日明，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉”，说明人体气血在不同的气候变化条件下，其分布部位、分布状态及运行状况会有明显的差异，呈现出规律性的节律变化。而四时气候的寒热变化对人体津液的代谢及其输布状态亦有非常大的影响。《灵枢·五癃津液别》云“天暑衣厚则腠理开，故汗出……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留（通“流”）于膀胱，则为溺（音义同“尿”）与气”。提示人体津液在不同季节气候的寒热变化条件下，其分布部位及代谢状况亦会呈现出明显的变化规律。由此可见，人的各种生命活动都受到四时阴阳变化规律的影响，人们如果能顺从天气的变化，就能保全“生气”，延年益寿，否则就会生病或天折。因此，《内经》非常重视顺应四时阴阳消长的变化来调养精神，以达到健身防病的目的。《素问·四气调神大论》对一年四季如何顺应自然以调养精神意志，调节起居和情志、劳逸等做了深入探讨，认为“春三月，此谓发陈。天地俱生，万物以荣。夜卧早起，广步于庭，被发缓形，以使志生，生而勿杀，予而勿夺，赏而勿罚。此春气之应，养生之道也。夏三月，此谓蕃秀，天地气变，万物华实。夜卧早起，无厌于日，使志无怒。使华英成秀，使气得泄，若所爱在外。此夏气之应，养长之道也。秋三月，此谓容平，天气以急，地气以明。早卧早起，与鸡俱兴，使志安宁。以缓秋刑，收敛神气，使肺气平，无外其志，使肺气清。此秋气之应，养收之道也。冬三月，此谓闭藏，水冰地坼，无扰乎阳，早卧晚起，必待日光。使志若伏若匿，若有私意，若已有得，去寒就温，无泄皮肤，使气亟夺。此冬季之应，养藏之道也。”这就要求人们应遵循“法于阴阳”（《素问·上古天真论》）的养生原则，掌握和适应自然界四季的春生、夏长、秋收、冬藏规律，根据春、夏、秋、冬四时气候的阴阳消长变化规律，科学地安排生活起居、形体劳逸、饮食五味，调摄精神情志，从而达到养生防病、健康长寿的目的。同时还进一步提出了“春夏养阳，秋冬养阴”的养生思想，因为“夫四时阴阳者，万物之根本也，所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根……逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”再次告诉人们，四时阴阳之气，生长收藏，化育万物，为万物之根本。春夏养阳，秋冬养阴，乃是顺应四时阴阳变化的养生之道的关键。所谓春夏养阳，即养生养长。春夏两季，天气由寒转暖，由暖转暑，是人体阳气生长之时，故应以调养阳气为主。秋冬养阴，即养收养藏。秋冬两季，气候逐渐变凉，是人体阳气收敛，阴精潜藏于内之时，故应以保养阴精为主。春夏养阳，秋冬养阴，是建立在阴阳互根规律基础之上的养生防病的积极措施。
其次，《内经》还倡导顺应月节律、日节律的变化来养生。《内经》认为，“月满则海水西盛，人血气积，肌肉充，皮肤致，毛发坚，腠理郄，烟垢著……至其月郭空，则海水东盛，人气血虚，其卫气去，形独居，肌肉减，皮肤纵，腠理开，毛发残，瞧理薄，烟垢落”（《灵枢·岁露论》）。人体经络气血的循行以及体力、智力、情志等变化，与月郭之盈亏密切相关。月郭满则血气实，肌肉坚，思维敏捷，情志稳定，体力充沛，这时人们可适度运动，增加工作时间或安排一些较艰巨的任务。月郭空则肌肉减，经络虚，体力减弱，反应迟钝，此时人们应减少活动，适当增加睡眠时间或安排一些较轻松的工作。在一日之内亦是如此，随着太阳的东升西降，人体的生理活动表现山昼夜节律，如阳气具有“平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭”（《素问·生气通天论》）的变化规律，平旦、日中、日西、日暮是太阳周日视运动在不同位置上的时间段，人体阳气伴随着太阳的周日视运动而不断地调整着分布状态和分布的部位，阳气在白昼时段则分布并活跃于体表阳分，晚上则收敛并静藏于内脏阴分。如果阳气应当在外而不能在外充分发挥作用，或者应当内敛静藏而不能足够的闭藏时都属病态。若能掌握阳气昼夜分布状态和分布的部位并随时调整自己的生活起居，就能达到保养阳气的养生要求；如果不能掌握并遵循阳气昼夜运行规律，就可能招至病痛。所以《内经》倡导“暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露”的养生观，若“反此三时，形乃困薄”（《素问·生气通天论》）。
最后，《内经》顺应自然以养生，还要求因地制宜。不同的地区，由于气候特点、物产种类不同，人们的饮食结构、居住条件、生活方式有别，导致人的体质不尽相同，就要有不同的养生方法。如《素问·五常政大论》说：“西北之气散而寒之，东南之气收而温之。”指出了我国不同地区地势和气候的差异，西北地区，地处高原，气候寒冷少雨；东南地区，地势低下，气候温暖潮湿。《素问·异法方宜论》中亦曾详细论述了地域方土不同，人受到不同水土性质、气候类型、生活条件、饮食习惯影响所形成的东、南、西、北、中五方人的体质差异及其特征。清·徐大椿《医学源流论·五方异治论》指出：“人禀天地之气以生，故其气体随地不同。”一般而言，北方人形体多壮实，腠理致密；东南之人多体型瘦弱，腠理偏疏松；滨海临湖之人，多湿多痰。居住环境的寒冷潮湿，易形成阴盛体质或湿盛体质；温室厚衣，又可形成阳盛内热体质等等，此时就应根据不同的体质选用不同的养生方法（详见因体施养）。
由上可见，《内经》非常重视顺应自然以养生，强调“智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔。如是则僻邪不至，长生久视”（《灵枢·本神》），即要求人们掌握自然界的变化规律，适应性地调节人的生活起居、形体劳逸、饮食、情志等，做到地宜时顺，否则“治（养生）不法天之纪，不用地之理，则灾害至矣”（《素问·上古天真论》）。
形神兼养
故生之来谓之精，两精相搏谓之神。
——《灵枢·本神》
五脏安定，血脉和利，精神乃居。故神者，水谷之精气也。
——《灵枢·平人绝谷》
《内经》认为“形与神俱”（《素问·上古天真论》）是养生的目的，形神共养是中医学的重要养生原则。形乃神之宅，神乃形之主。形体是人体生命存在的基础，有了形体才有生命，有了生命才能产生精神活动。《灵枢·本神》曰：“故生之来谓之精，两精相搏谓之神”，形是神的物质基础。人体的神无形无质，它不能先于形体或离开形体而独立存在，神又必须依附于形而存在。所以《灵枢·平人绝谷》云：“五脏安定，血脉和利，精神乃居。故神者，水谷之精气也。”强调了血气精微是神存在的物质基础。人体的物质基础充盛，人之精神才能旺盛饱满。而且人的精神情志变化与脏腑功能密切相关，“人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐”（《素问·阴阳应象大论》），若“喜怒不节则伤脏”（《灵枢·百病始生》）。神生于形，依附于形，但神又主宰着人体脏腑组织的功能活动及气血的运行，神的昌盛与否，直接影响着形体的盛衰存亡。故《素问·移精变气论》云“得神者昌，失神者亡。”《灵枢·天年》则直接提出“百岁，五脏皆虚，神气皆去，形骸独居而终矣。”认为神的存在是生命活动的前提和统帅。人体只有在心神的统帅调节下，才能促进脏腑的功能活动，保持阴平阳秘的生理状态。一旦精神情志失调，往往导致形体的异常变化而为病。现代医学已发现，某些疾病，如高血压、溃疡病及月经不调等可能均与情绪不良有直接的关系。同时，人体是一个有机统一的整体，不但自身各部分之间保持着密切的相互协调关系，而且与外界环境（自然环境、社会环境）也有着密切的联系。保持机体内外环境的相对平衡，也是靠神来实现的。故《素问·至真要大论》云：“天地之大纪，人神之通应也。”若神受损伤，则调节机能失常，机体的整体性遭到破坏，于是便发生相应的病理变化，甚至死亡。
无神则形无以生，无形则神无以附。形神合一，两者相辅相成，不可分离，共同维持着人的生命活动。健康的人，应是形神双方都保持着正常的活动，即健康的形体是精神充沛、思维敏捷的物质保证；而充沛的精神和乐观的情绪又是形体健康的主要条件。故《内经》重视形体与精神的整体调摄，提倡形神兼养，守神全形，保形全神，既要遵循“法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有时，不妄作劳”的养生方法，又要追求“恬恢虚无，真气从之，精神内守，病安从来”（《素问·上古天真论》）的境界。
养形，就是摄养人体的内脏、肢体、五官九窍及精气血津液等。形乃神之宅，保养形体是非常重要的，形盛则神旺，形衰则神衰，形体衰亡，生命便可告终。《内经》提出了很多养形的方法，如《素问》的《上古天真论》、《素问》的《四气调神大论》、《生气通天论》等所述调饮食、节劳逸、慎起居等养生的方法，多属养形的内容。此外，养形重在保养精血，《景岳全书》说：“精血即形也，形即精血”，《素问·阴阳应象大论》亦指出：“形不足者，温之以气，精不足者，补之以味。”告诉人们可运用药物调补或饮食调养来温补阳气，滋养精血，保养形体。