在航海中，船只是最为重要的，由于地中海和大西洋的航行条件不同，在地中海中航行的船是不适合在大西洋中航行的，因此，恩利克的最大精力放在了造船上，为此他采取了许多优惠措施鼓励造船：建造100吨以上船只的人都可以从皇家森林免费得到木材，任何其他必要的材料都可以免税进口。在当时货币不足的情况下，免税进口是要付出相当大的代价的。经过努力，到1440年，终于造出了适宜在大西洋上航行的船舶。它是一种多桅三角帆船，用三角帆的目的是使船舶在逆风的情况下也能行驶，只需要调整帆的角度就可以了，不像以前那么依赖风向。这种船船体小吃水浅轻便灵活速度快，这使它可以在紧靠海岸的地方航行，不必为了躲避暗礁和沙洲而远离海岸，这一点在以探索陌生海岸为目的的航行中尤为重要。
这个热爱航海的王子，将所有的精力都用在了航海事业上，虽然他一生只亲自出海数次，但他所作的贡献无愧于大航海家的称号！
●由探险到奴隶贸易
经过多年的研究、训练和准备后，恩利克精心挑选了葡萄牙第一流的探险家和英勇无畏的水手，并进行了深入大西洋和南下非洲海岸的一系列探险活动。并在当年发现了马德群岛的桑托斯港岛，继而于次年发现了马德拉岛。其后，他派出的这些忠心耿耿为他的航海事业效劳的船长和船员，遵照他周密的计划和部署，先后发现了几内亚、塞内加尔、佛得角和塞拉利昂。在恩利克的航海冒险下，这些具有很高经济价值的海上岛屿都一一并入了葡萄牙的版图。
恩利克王子的第一次海上活动就是1415年，由葡王若昂一世亲自指挥的海上远征活动，首先占领了非洲北部重要港口城市休达。当时。1700名水兵、近200多艘战船组成的远征队从里斯本出发。8月21日，船队抵达城下。进攻开始后不久，葡萄牙人由一扇城门攻入城内，至傍晚时候，休达城落入葡萄牙人手中。休达位于直布罗陀海峡，控制着通往大西洋的通道，战略地位十分重要。同时，它还是陆地和海上的贸易中心，其附近有富庶的农业地区。因此，占领休达城，不仅提高了国王的威望，而且为进一步地对外扩张提供了一个前进的据点。占领休达城成为葡萄牙一系列对外扩张和海上探险活动的开端。
1418年，恩利克王子派遣了身边的两个侍从查哥和德绥拉率领一支舰队前往非洲西岸，船队从拉古什出发不久，就遇到了罕见的飓风，整个船队都被漂流到了马德拉群岛之东的圣港岛。船队派出两人回国报告，得到消息的恩利克王子让他们再次驶往非洲西海岸，并且任命裴勒斯特罗为该岛的行政长官，带去了大量的牲畜、家禽、植物，以便随行的葡萄牙人在那里定居。得到命令后，船队立即开始返航，也就是在这次返航中，查哥和德绥拉劫持了一个西班牙领航员，从这个领航员口中得知了马德拉岛的情况，在第二次出航时，他们占领了绿荫如盖，美丽富饶的马德拉岛，以后逐步占领了整个马德拉群岛。后来这里成了葡萄牙探险队的落脚点和物资供应站。
据史书记载，出发前恩利克曾三令五申要求他的船长，必须同被发现陆地上的土著人和睦相处，主张在那里进行和平的殖民。这个时候的航海还是比较文明的，然而后来，葡萄牙王室受到寻找黄金、贩卖黑奴等物质利益的驱使，航海大发现变成了武力征服和掠夺，演变为残酷的殖民主义统治和压迫。
航海给葡萄牙带来了许多看得见的好处，他们在这条道路上越走越远。他的下一个目标是加那利群岛，但是葡萄牙士兵却被当地人打败，恩利克王子以后又作过几次努力，均告失败。后来，葡萄牙放弃了对加那利群岛的所有权，把它让给了西班牙人。
随后几年，恩利克王子又数次派出探险队从两个方向进行探索。一个方向是沿非洲海岸南下，一个方向是离开海岸向西南深处航行以发现更多的岛屿。这一次他们发现了一个重要的地方——亚速尔群岛。
那时水手们还不知道大西洋上有亚速尔群岛的存在，但是一次，恩利克王子从他二哥彼德罗那儿得到了一张意大利人绘制的无人居住群岛的地图，如获至宝。于是经过周密的研究后，按图索骥般地派遣加布拉尔于1431年寻找这个群岛，终于找到了这个群岛的一个组成部分——“蚂蚁”群岛，第二年，又发现了圣玛利亚岛。在1441年的时候，一个逃跑的黑奴告诉葡萄牙官员，他发现在圣玛利亚岛远处有一个岛屿，恩利克王子得知后，继续派遣加布拉尔寻找，可加布拉尔始终没有找到，经过恩利克王子的刻苦研究，终于在在这之后的1444年的5月8日，找到了亚速尔群岛的主岛——盛产柑橘的圣米格尔岛。亚速尔群岛的发现和殖民对以后葡萄牙探险和殖民事业有重要影响，因为它离葡萄牙的距离几乎相当于葡萄牙跨越大西洋到美洲距离的1/3。
1433年，国王若奥一世逝世，恩利克的弟弟杜亚尔特继位。这时候的恩利克则把主要精力放在沿非洲海岸南下的探险上。在这条航线上首要的障碍就是位于加那利群岛正南方非洲大陆上的博哈尔角。虽然早在1341年到1346年，加泰罗尼亚与葡萄牙的航海家曾经沿着非洲西海岸南航900公里，直到博哈多尔角。然而，博哈尔角以南对于当时的欧洲人来说是一个全然未知的世界，那里暗礁密布，巨浪滔天，有神秘莫测的急流，阿拉伯人把这片海域恐惧地称为“黑暗的绿色海洋”，中世纪阿拉伯地图上，在博哈尔角稍南的海岸边，画着一只从水里伸出来的魔鬼撒旦的手。虽然恩里克派出了船队，然而水手们每次都不敢进入这片海域，他们偷偷地回到欧洲，借口遇到种种恐怖的土著，海里的盐厚得连犁都犁不开等难题，拒绝接受这一行还任务。他们同时还扬言，凡是通过博哈多尔的基督教徒都会变成黑人。
这期间，国王杜亚尔特把马德拉群岛1/5的税收作为航海基金。1434年，在经过十几次的尝试后，恩利克王子的远征队终于在船长吉尔·埃亚内斯率领下越过了该角。第二年，埃亚内斯又再次出海到达了博哈尔角以南100海里的地方，他们在那里的海滩上发现了人和骆驼的足迹，证明了这一地区是有生命存在的。1436年他们到达一个叫尼奥·得·奥罗的地方，在那里他们发现了沙金，并且以为那就是欧洲人一直在寻找的金河，其实这甚至不是一条河，而只是一个小海湾，而且根本没有什么价值。
1438年阿方索五世继位，摄政王佩德罗把博哈尔角以南的航海与贸易垄断权交给恩利克并免除航海所得收益的一切税金。为支持恩利克在西非传教，教皇任命恩利克为骑士团团长，恩利克可随意支配该骑士团的经费。以上支持保证了恩利克航海的雄厚资金，是航海探险迅速推进的动力。但航海毕竟不是为了探险而探险，旷日持久的探险如果不能带来多少收益，那就会逐渐受到怀疑和职责，果然恩利克遭受了越来越多的批评，认为他的航海是毫无意义、毫无收益地追求不可知的东西。终于，因进攻丹吉尔惨败，引发了一场反对恩里克的政治斗争。
然而这一切都无法改变恩里克的航海计划，处理完政治斗争的恩利克回到萨格里什，重新开始了非洲沿岸探险。这一年探险队创造了向南航行的新纪录：布朗角（今毛里塔尼亚的努瓦迪布角）。同年派出的另一支探险队带回来十个穆斯林俘虏。这标志着欧洲人开始卷入奴隶贸易。
恩利克看到这是平息批评的机会，于是在1444年组织了以掠夺奴隶为目的航行，这一次他带回来235名奴隶，并在拉古什郊外出售，这是罪恶的欧洲400年奴隶贸易的开始。此后，恩利克组织的航行就是探险、殖民与奴隶贸易并重了。这时，葡萄牙王室又颁发特许状给私人探险者，允许他们获得他们所发现的一切，这对私人来说意味着只要付出很小的资金，只要敢冒险就可发大财；对王室而言，则是不用付任何代价就可以得到收益。果不其然。此举在国内掀起一股私人探险的热潮。不久以后，每年都有25艘船开往非洲海岸。当然私人探险由于其逐利性和无组织性，并不是在真正的探险，不过是在已发现的地区获得财富而已。1448年，恩利克王子派人在布朗角的阿尔金岛建立永久性的堡垒，作为葡萄牙探险的贸易中转站。随着非洲贸易不断扩大，阿尔金岛成为葡萄牙提供金子的重要中心。奴隶贸易大张旗鼓地开始了，这也许违背了恩利克王子的初衷，但从此再没有人认为恩利克的行为是没有意义的了。
在此之后，葡萄牙通过连续性的探险活动，建立了深入大西洋的前哨阵地；海外拓展已由少数人的自发性行动，演变成一种在一定权力支持下、有领导有组织的持续不断的运动，初步形成了各阶层联合扩张的格局。尤其重要的是，随着海外探险活动的推进，葡萄牙和其他地域的经济联系也不断扩展，葡萄牙人在加那利、马德拉、亚速尔从事最初的殖民垦殖活动，购买这里的蔗糖、酒和谷物。这种直接的经济联系甚至扩伸到撒哈拉沙漠以南的黑非洲，这里出产的谷物、黄金，甚至奴隶成为与葡萄牙交易的对象。西欧人对海外资源的追求更加迫切，扩张大西洋已显示出有利可图的利润前景。15世纪末，西、葡两国终于掀起了打通世界航线的航海高潮。1487年，另一位名叫迪亚斯的航海家率领船队沿非洲西海岸南下，于1488年发现了好望角。1497年，达·迦马率领四只船，从里斯本出发，绕过好望角，到达非洲东海岸莫桑比克等地区，并于1498年抵达印度西海岸，从而开辟了欧洲至亚洲的航线，航海纪录一次次被刷新。
然而正当探险事业轰轰烈烈进行的时候，引导着一切的恩利克王子却逝世了。
恩利克王子在一生中，如苦行僧一般简朴地长期生活在航海中心萨格里什，他并没有得到里斯本的朝廷多少支持，并且可以说因其盛名而饱受排挤。在远航探险的事业中恩利克王子耗费了大量的财力、物力、人力，但在有生之年他从航海得来的利益却非常少。恩利克王子虽然一生中只有四次海上航行的亲身经历，而且都是在熟悉海域的短距离航行，但他仍无愧于“航海家”的称号，因为是他组织和资助了最初持久而系统的探险，也是他将探险和殖民结合起来，使探险变成了一个有利可图的事业。
恩利克斯后，为了表示对他的永久敬慕，葡萄牙人民为他建立了纪念碑，设立了《唐·阿方索·恩利克王子勋章》，表彰对葡萄牙作出贡献的本国和外国文化人士。恩利克王子的名字永远同葡萄牙的航海事业和航海大发现联系在一起。