自从1911年海勒姆·宾格哈姆发现了马丘比丘以后，这座古老的印加文明遗址已被广泛的发掘和研究。现代专家们认为马丘比丘并不是一般意义上的城市，而是一个宗教活动遗址的中心。它是由佩查叩堤，即“地球震撼者”国王于公元1460～1470之间建造的。在佩查叩堤死后，马丘比丘成了他的继承人或者族人的财产，他们负责马丘比丘的维护、管理，时而对它进行一些新的改建。
马丘比丘由大约二百座建筑物构成，大部分用来居住，房子有茅草的屋顶和梯形的门，一般没有窗子。有些房子有两层高，上到第二层可能需要用梯子，既然在马丘比丘那样的海拔高度不可能有很多的树，那么可以推断梯子可能是用绳子做的。大约一千二百人居住在马丘比丘，他们中的大部分是妇女、儿童和牧师。另外还有庙宇、仓库和其他公共设施。人们认为这些建筑物是在专业的印加建筑师的监督之下设计和建造的。大部分的结构是由用青铜或石头工具切割而成的花岗岩建成的，花岗岩的表面用沙子磨的很光滑。尽管石块大小并不相同而且是多边形的，但是这些石块相互间却契合的很完美，而且不用灰泥辅助，有些石块甚至有三十个角。它们结合的很紧密，即使用最薄的刀刃也插不进去。
马丘比丘的另一个独特之处是建筑物和周围景观的融合。现有的石头结构用于各种建筑，岩石被雕刻出花样，水流穿过水塔和石头水渠，庙宇背靠着陡峭的悬崖。在马丘比丘的中心有一片长形开阔地，考古学者们称其为神圣广场。专家们相信各种典礼仪式应是在这里举行的，也许这儿就是他们祭祀太阳神的地方。从神圣广场有一条阶梯道路向上直通陡然裸露着岩石的地面，它是一个平台，站在上面可鸟瞰整个广场。这块神圣的岩石名为英提露埃塔那，其含意为“太阳的驿站”。奇怪的是，在古印加帝国各地都没有这种“太阳的驿站”。它与遗址的建筑物和寺庙不尽相同，这一岩石地面不是用石块和砖头铺砌的，而是由这座山的基岩上立体雕凿而成的。据考古者们推测：印加的祭司们就是利用这一巨石作为当时的现象台，从对石头阴影的观测来标明季节和假日。“太阳驿站”也曾被用来作为6月夏至和12月冬至时举行特殊典礼式的地方。
印加人在马丘比丘种植一些像马铃薯和玉米这样的作物。为了尽可能的获得高产，他们使用先进的梯田和灌溉方法以减少侵蚀，增加可耕地的面积。但是，可能仍然没有获得足够多的剩余农作物用于向印加首都库斯科输出。
除了印加统治者之外几乎没有什么人知道马丘比丘的存在。在西班牙征服者到来之前，天花开始在印加蔓延。到1527年，有一半的人口死亡。政府开始溃败，帝国分离出来的部分又开始进行内战。所以，到1532年西班牙征服者皮萨罗来到印加时，马丘比丘已经完全被遗忘了。所以西班牙人没有在马丘比丘进行劫掠，甚至他们根本就没有发现过它，在西班牙的编年史上，也没有提到过这个神圣的隐密的场所以及它在印加人生活中所起的作用。马丘比丘成为了永远的秘密。看起来似乎印加文明四百年前已经消失在稀薄的空气中了。
就像科潘城突然被它的建设者们抛弃一样，马丘比丘这个城市到底发生了什么事，一切都隐藏在神秘的云雾之中。宾格哈姆的意外发现使马丘比丘这座“消逝在云雾之中的城市”得以重见天日，并日渐展现出它不为人知的神秘光辉。
海勒姆·宾格哈姆还在那里发现了形状古怪的彩色石头，认为它们是用做记录的石头。这些石头的出现表明在印加人发明结绳文字之前他们就住在马丘比丘了。在秘鲁只在马丘比丘这个地方发现了这种石头。海勒姆·宾格哈姆相信马丘比丘即是第一代印加人也是最后一代印加人的家园，它甚至还可能是“安第斯山脉文明的摇篮”。
如今，马丘比丘以其独特的山顶建筑和世界上已知的最庞大帝国之一的遗迹而屹立于世上。站在这个远古文明的废墟上，我们会对包围着它的那些美景诧异不已，而且很容易在脑海中勾勒出这样一幅画面，从修女和牧师中选出的代表正在执行他们的宗教仪式，他们祭祀太阳神、月亮神以及他们的侍女，维纳斯和普勒阿德斯。山脉中层叠的梯田和横跨整个城市的沟渠提醒着我们，聪明的印加人在建筑和农业上的造诣是如此非凡。
凝望马丘比丘无数的庙宇和祭祀地，我们相信宗教和精神世界在印加人的生活中占据着很大的一部分。印加人民和自然相处和谐，而他们的周围环境明显是西班牙征服者所未知的，甚至也被库斯科附近的居民遗忘了。他们究竟去了哪里？他们是一个一个死亡，还是放弃了马丘比丘这个避难所？可能我们永远不会知道答案，但是当你站在那里，站在那些废墟之间，你几乎可以设想他们所热爱的太阳神已经把他们聚集在他的臂上，并把他们带回天堂，让他们坐在他的旁边，以报答这些远古人类对他的热爱和服务，而这些显赫的文明遗迹成了马丘比丘人聪慧的诠释。
印加帝国灭亡之谜
印加帝国文化发祥地在的的喀喀湖畔，虽然在高达四千公尺的高原中，但具有丰富的水量，有着先进的水利系统，阳光充足，农产丰盛，国家富饶。在这里，印加人胼手胝足，辛勤经营，以最进步的方法建筑了漂亮宏伟的宫殿，并且日出而作，日落而息，男耕女织，这是多么安祥的一个部落。印加人信奉太阳教，接受太阳神统治帝国的说法。他们还有进步的政治制度，能够推动完善的法律来治理百姓，绝不以严刑峻法苛难。
以农立国的印加人，早在公元前四百年就知道集约栽培法，他们栽培玉米的技术是高超而无人能与之比拟。此外，印加人在纺织品的生产技术上，更有伟大的突破，各色各样的织法以及各种形态的精致图案，都具巧夺天工的技巧。
首都库斯科（在今秘鲁南部）有巨大的太阳神庙，庙中墙壁是用黄金片镶嵌的，中间一个金制圆球，代表太阳；旁边有几百条金制线条，代表太阳的光芒。壁上金光闪闪，豪华非常。从首都到全国各地，包括现在的秘鲁、玻利维亚、厄瓜多尔全部，以及哥伦比亚南部和智利的北部、中部，都有宽广的驿道相通。
由于发掘了金矿，在帝国庄严的宫殿建筑上，四处均镶着金饰品，灿烂耀目，光彩辉煌，但这也同时为其本身带来了不幸的灾难。印加人已大量使用青铜器，但是他们还不知道炼铁，不会使用火器和马。
印加人没有文字记录，人们普遍使用的记录符号是“结绳文字”，即用不同颜色、不同距离、不同大小的绳结来记事、记数。
在印加帝国到了多拿卡巴克王统治时，造成了印加无以伦比的盛世，多拿卡巴克王死后，把印加帝国分为两部分，传与瓦斯卡尔和阿达瓦尔巴两个儿子统治，于是在1532年，兄弟反目，互不相让和战争种下了自取灭亡的祸因。
“他们在太平洋上，乘坐浮水的大房子，掷出快如闪电、声如雷霆的火团，渐渐靠近了。”正如预言所说，猫眼、尖鼻、红发、白皙的皮肤、蓄着胡须的天使回来了，印第安人甚至没有抵抗，便献出一座空城逃逸了。
其实，他们错了，这一批被误认为神祗的人，是西班牙征服者皮萨罗和他率领的舰队，由三只帆船和一百八十名士兵组成，还带着两门大炮和五十匹战马。皮萨罗直指印加国的心脏地区。
皮萨罗深知必须擒获印加帝王的皇帝，方可掳获更多的金银财宝，于是皮萨罗和同来的西班牙籍神父商量后，邀请阿达瓦尔巴——印加皇帝前来卡萨玛尔卡镇，接受天使的蒙召，阿达瓦尔巴带着两千名壮士，手无寸铁地诚心接受召见，谁知竟然遭受监禁的命运。皮萨罗囚禁了皇帝，便将所有珍宝集中，并冷酷地杀死国王，以除后患。
贪得无厌的皮萨罗在杀死国王后，率兵前往印加首都库斯科，企图搜寻更多的宝藏，然而令人惊讶的是，在库斯科城中，无论是宫殿、神庙都空无一物，连称为“太阳的尼姑庵”中百位美女亦不知去向，整个库斯科城成了一个死的世界。
究竟印加帝国的人们以及财富，何以霎时之间消失的无影无踪？至今仍令历史学家们费思难解。有一种说法是印加人民自知抵抗不过刀剑锐利、心思狠毒的西班牙人，于是用竹筏载满国王的木乃伊，和国内所有的金银财宝，经向上天祈祷过后，把这些昂贵的宝物沉到两百五十公尺深的喀喀湖中。然而仔细思考，印加人拥有七万骑精锐，难道不敢和一百八十名西班牙人做殊死战，而任由皮萨罗横行霸道？却私下做大迁移，逃向不为世人知晓的高山中，这似乎说不通。
然而今日许多考古学家在绵延的安第斯山脉中，陆续发掘到许多印加帝国的遗迹，证明印加人确实曾经抛弃辛苦经营的帝国，而在蛮荒的山地中再建王国。
在玛殊比殊地方，考古学家丙海姆发现了一个洞穴，两边排着雕凿极工整的石块，可能为一陵墓，陵墓上是一座半圆形建筑物，外墙顺着岩石的天然形势建造，契合的巨石间插不进一张纸，墙是用纹理精细的纯白花岗岩方石砌成，匠心独具，颇有艺术价值，在这山上的墓穴中的骨骸，女性占绝大多数，从其中贵重的明器也表示她们是重要的人物，是否当年“太阳的尼姑庵”中的美女被送到这里，继续为印加帝国祈祷呢？
由于印加人民没有发明文字记载，使得遗留下来的问题更具神秘性。又有一班学者根据印加人的记录，大胆推测当时印加帝国虽然拥有高度文明，但却被突袭而来的恐怖瘟疫，横扫全国。
然而就算是发生瘟疫，难道当时的西班牙人具有免疫力？即使印加人认命了，纷纷向瘟疫低头，垂首等死，试想一千百万的人口，如何能消灭殆尽？
遗留下来的谜，疑云重重，仿佛替古代印加帝国的神秘灭亡增添点点色彩，有没有可能在西班牙人一入侵印加帝国，另一位国王瓦斯卡尔率领着数以百万的印加人深入蛮荒的安第斯山中，以无比坚毅的信念与勇气，在整座山上建筑藏身的栖息之所，于是一座座宏伟的建筑物在隐密的丛林中再现，当他们养精蓄锐，打算再度恢复当年的印加势力时，一场大瘟疫侵袭，残存的印加人无力再重振奋势力，只得继续逗留在丛林中，埋葬死者，消灭遗迹，为了避免再度引起纷争，他们销毁了高度的文明，企图掩饰当年印加帝国的强盛……然后以最简单的方式，聚集部落为生，形成今日印第安人的祖先呢？
众说纷纭，有待历史学家、考古学家们集思广益，为它寻求一个正确的解释。