根据我国《集成电路布图设计保护条例》的规定，国务院知识产权行政部门可以处理集成电路布图设计的纠纷。国务院知识产权行政部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，没收、销毁侵权产品或者物品。当事人不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，国务院知识产权行政部门可以请求人民法院强制执行。应当事人的请求，国务院知识产权行政部门可以就侵犯布图设计专有权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
三、侵犯高新技术知识产权的刑事责任
（一）侵犯著作权的刑事责任
1.侵犯著作权的犯罪行为的构成要件。侵犯著作权的犯罪是一种严重的侵权行为，所以这种行为首先应该符合侵犯著作权行为的基本要件。除了这些要件之外侵犯著作权的犯罪还应该具备的条件有：首先，客观上以营利为目的。我国刑法的才能构成犯罪。
2.侵犯著作权犯罪的种类。
（1）非法复制发行作品罪。刑法的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
（2）非法出版图书罪。《刑法》的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
（3）非法复制发行录音录像制品罪。刑法的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
（4）假冒美术作品罪。刑法的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
（5）销售侵权复制品罪。刑法第二百一十八条规定，以营利为目的销售明知是上述第二百一十七条中所规定的侵权复制品，违法所得数额巨大的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
（二）侵犯专利权的刑事责任
我国专利法五十八条规定，假冒他人专利，构成犯罪的，依法追究刑事责任。我国刑法严重。
此外，伪造、变造他人的专利证书、专利文件的行为，除了侵犯他人专利标记权以外，情节严重的还有可能构成伪造、变造国家机关证件罪。在专利申请过程中国家机关工作人员违反有关保守秘密的规定，故意或者过失泄露国家秘密，情节严重的，有可能构成泄露国家重要机密罪。专利法还规定，对于从事专利管理工作的国家机关工作人员，以及其他有关国家机关工作人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
（三）侵犯商业秘密的刑事责任
侵犯商业秘密的刑事法律责任，是指通过刑事法律程序对商业秘密的保护方法。主要由人民法院依法判处罚金、徒刑，制裁侵犯商业秘密的犯罪分子。我国的《刑法》中增设了侵犯商业秘密罪。根据我国《刑法》第二百一十九条，侵犯商业秘密的犯罪包括：
1.非法获取商业秘密罪。“以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的，并给权利人造成重大损失或者特别严重后果的，”构成非法获取商业秘密罪；2.披露、使用或允许他人使用非法获取的商业秘密罪。“披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取权利人商业秘密的，并给权利人造成重大损失或者特别严重后果的，”构成披露、使用或允许他人使用非法获取商业秘密罪；3.违反约定或保密要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密罪。“违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的行为，并给权利人造成重大损失或者特别严重后果的，”构成违反约定或保密要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密罪；
4.视为侵犯商业秘密罪。“明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人商业秘密的，以侵犯商业秘密论。”构成视为侵犯商业秘密罪。
商业秘密犯罪的构成要件与侵犯商业秘密的行为的构成要件基本相同。首先，必须有被侵犯的商业秘密存在。对于商业秘密的判定并不容易，必须符合保密性、实用性、价值性、采取保密措施和新颖性等特征；其次，侵权人没有经过商业秘密权利人的许可，如果征得许可而使用或允许他人使用等行为，不构成侵权，更不可能构成犯罪。第三，必须有法定的侵权行为。在我国《反不正当竞争法》中列举了四种侵权行为。根据这四种侵权行为，在我国《刑法》中规定了四种有关商业秘密的犯罪。一般侵权和犯罪都要符合法律中规定的情形。当然，一般的侵犯商业秘密的行为与商业秘密犯罪之间也有重要的区别，就是犯罪行为给权利人造成了重大损失或者特别严重的后果，仅以民事和行政手段不足以惩罚侵权者，故对其处以刑事制裁。
对侵犯商业秘密罪的量刑，依据《刑法》第二百一十九条规定，有上述的侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处罚金；造成特别严重后果的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。单位犯有前述侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密权利人造成重大损失或者造成特别严重后果的，按上述相对应的规定处罚。
（四）侵犯植物新品种权的刑事责任
我国的《植物新品种保护条例》也规定了侵犯植物新品种权的刑事责任。该条例严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。此外，条例第四十四条还规定，县级以上人民政府农业、林业行政部门及有关部门的工作人员滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊、索贿受贿，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
（五）侵犯集成电路布图设计权的刑事责任
在我国《刑法》和《集成电路布图设计保护条例》中都没有规定侵犯集成电路布图设计权的刑事责任。也就是说，侵犯集成电路布图设计权不构成犯罪。但是，我国《集成电路布图设计保护条例》第三十四条规定：“国务院知识产权行政部门的工作人员在布图设计管理工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。”
解决高新技术知识产权纠纷的途径
一、协商、调解的方式解决纠纷
对于高新技术的知识产权纠纷，首先可以用协商的方式来解决。发生纠纷的双方应当本着互利互惠的原则，互相尊重、互相理解，尽量通过协商的方式来解决纠纷。这样既避免了双方的损失，又可以节约社会成本。这是一种最理想的纠纷解决途径。
调解，是指发生纠纷时，在调解组织的主持下当事人达成和解协议的纠纷解决方式。调解组织可以是著作权行政管理部门、专利管理机关或者其他部门，也可以是其他社会团体和群众组织。高新技术的侵权纠纷和合同纠纷都可以通过调解解决。调解协议不具有法律上的强制性，不能予以强制执行。达成协议后，一方反悔，不同意按调解协议执行的，调解协议即失去效力，当事人可以通过诉讼来解决纠纷。
《植物新品种保护条例》规定，未经品种权人许可，以商业目的生产或者销售授权品种的繁殖材料的，省级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权，根据当事人自愿的原则，对侵权所造成的损害赔偿可以进行调解。调解达成协议的，当事人应当履行；调解未达成协议的，品种权人或者利害关系人可以依照民事诉讼程序向人民法院提起诉讼。
二、行政管理机关处理的方式解决纠纷
高新技术的知识产权纠纷也可以通过行政管理机关处理的方式解决。知识产权的行政管理是知识产权保护方式的特色之一，我国近年来不但没有削弱反而加强了知识产权的行政管理，建立了健全的管理机构。包括管理著作权的版权局，管理专利权的国务院专利行政部门，管理商标的国家工商总局商标局和各地工商局，管理商业秘密的国家和地方工商局的公平交易局等等。高新技术发生纠纷之后也可以通过行政管理机关处理的方式解决纠纷。
著作权行政管理，是指著作权行政管理部门通过行政行为，代表国家对著作权工作进行管理的活动。著作权法第八条规定：“国务院著作权行政管理部门主管全国的著作权管理工作；各省、自治区、直辖市人民政府的著作权行政管理部门主管本行政区域的著作权管理工作。”我国在著作权制度中十分重视对著作权的行政管理，实践证明这符合我国的国情。但是，著作权本身是一种民事权利，所以国家的行政管理应该保持在一定的限度之内，著作权的行政管理应该依法进行。我国的著作权行政管理部门具体而言就是国家版权局和地方版权局。1985年，经国务院批准设立了国家版权局，随后又在各省、自治区、直辖市人民政府设立了版权局，有的省还在地、市一级设立了著作权行政管理部门。
《专利法》第六十条规定：“对未经专利权人许可，实施其专利的侵权行为，专利权人或者利害关系人可以请求专利管理机关处理。”专利管理机关包括两类，一类是部委专利管理机关，另一类是地方专利管理机关。专利管理机关是一个行政机关，主要管理专利事务，它主要行使的是行政职能。专利管理机关可以处理的纠纷主要包括：专利权属纠纷、专利侵权纠纷、临时保护期间的费用纠纷、职务发明权属纠纷、是否提出专利申请纠纷、发明奖励纠纷等。由于专利管理机关对纠纷的处理属于行政性质，所以，对专利管理机关的处理决定不服的，可以在收到通知之日起3个月内向人民法院起诉。
三、向人民法院起讼的方式解决纠纷
向人民法院诉讼是解决高新技术知识产权纠纷的最主要方式。无论是著作权纠纷、专利权纠纷、商业秘密权纠纷、植物新品种权纠纷还是集成电路布图设计权纠纷，都可以通过向有管辖权的人民法院起诉的方式来解决，在相关的法律法规中对此都作了明确的规定。
著作权的诉讼，是指通过向人民法院起诉，利用诉讼程序解决著作权纠纷的一种方式。诉讼是我国著作权法所规定的解决著作权纠纷的主要方式。当事人可以直接向人民法院起诉，或者当事人之间调解不成以及调解达成协议后一方反悔的，也可以向人民法院起诉。此外，执行仲裁申请的人民法院发现仲裁裁决违法的，有权不予执行，当事人也可以就纠纷向人民法院起诉。当事人向人民法院请求保护著作权的诉讼时效期间为2年，时效期间的起算日从著作权人知道或者应当知道权利被侵犯时开始计算。人民法院在审理案件过程中，对于侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，可以没收违法所得、侵权复制品以及进行违法活动的财物。
在专利侵权纠纷发生后，专利权人或者利害关系人可以请求人民法院审理。从我国的实际出发，最高人民法院规定以下人民法院为专利侵权纠纷的第一审人民法院：各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院；各经济特区的中级人民法院；各省、自治区高级人民法院根据实际需要经最高人民法院同意，可以指定本省、自治区开放城市或者有专利管理机关的较大城市的中级人民法院。
对于专利侵权纠纷的地域管辖，以侵权人所在地或者侵权行为发生地为准。侵犯专利权的诉讼时效为2年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。关于举证责任，专利侵权纠纷应当适用原告举证的原则。但是专利法第六十条第二款规定，在发生侵权纠纷时，如果发明专利是一项新产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法的证明，即举证责任倒置的原则。
《植物新品种保护条例》规定，未经品种权人许可，以商业目的生产或者销售授权品种的繁殖材料的，品种权人或者利害关系人可以直接向人民法院提起诉讼。
四、仲裁的方式解决纠纷
仲裁，是指仲裁机构依照一定的仲裁程序对当事人的纠纷进行裁决的纠纷解决方式。高新技术知识产权的纠纷，特别是合同引起的纠纷可以适用于仲裁解决。适用仲裁解决纠纷的，纠纷双方必须有仲裁协议或者仲裁条款，如果没有仲裁协议或仲裁条款的不能进行仲裁，任何一方有权向人民法院起诉。如果有仲裁协议或仲裁条款的适用仲裁解决纠纷，单方不得向人民法院起诉。仲裁机关所作出的仲裁具有法律上的强制力，一方不履行仲裁裁决的，另一方可以申请人民法院强制执行。
著作权、专利权、商业秘密权、植物新品种权、集成电路布图设计权等方面的纠纷，符合条件的，都可以依法向约定的仲裁机关申请仲裁。