中国共产党十四届三中全会通过的《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》（以下简称《决定》），把中国企业改革的目标确定为建立现代企业制度。《决定》指出，现代企业制度是适应市场经济要求、产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学的企业制度，通过改革企业制度加强政府对国有企业的管理。
国家体改委于１９９４年选择了１００家企业作为建立现代企业制度的试点。试点的主要内容：一是确立企业法人财产权，健全企业法人制度；二是建立、明确国有产权运营主体；三是建立和完善企业组织制度；四是完善企业领导体制和组织管理体制；五是健全适应市场经济需要的企业财务会计制度；六是建立新的企业内部劳动人事分配等经营管理制度；七是实行政企分开，建立新型政企关系。同时还采取了相应的配套措施。百户试点企业改制于１９９５年３月正式运行，１９９７年底基本结束。１７％的企业由工厂制直接改制为多元股东持股的公司形式；８０％改制为国有独资公司，其中１０％是由主管厅局改制为控股型国有独资公司；其余企业采取先改组后改制的原则进行结构调整。与此同时，股份制试点工作迅速展开。一方面，原有的股份制公司按照《公司法》进行规范，重新登记；另一方面，积极扩大国有股份制试点范围。通过理顺产权关系，使政府与国有企业的关系开始向政企分开、政资分开、所有权与经营权分开的方向转化。
中国共产党十四届三中全会明确提出建立社会主义市场经济体制，这就意味着中国改革已经跨越了新旧体制的“分水岭”，宏观经济体制改革全面启动，政企关系也发生了质的变化。１９９３年３月２９日第八届全国人大一次会议通过的《宪法修正案》规定：“国有经济，即社会主义全民所有制经济，是国民经济中的主导力量。
国家保障国有经济的巩固和发展”；“国有企业在法律规定的范围内有权自主经营”。虽然和１９８２年通过的《宪法》相比，仅是“国营经济”改为“国有经济”，“国营企业”改为“国有企业”，一字之差，但却意味着国家和企业的关系开始从传统计划体制时期国家经营转变为“资产国家所有，企业经营”，实现了所有权与经营权的分离。
这一时期政府和国有企业关系的主要特点是：
（１）由上下级隶属关系转为产权所有的关系。在现代企业制度改革中国有企业产权关系明确规定为：企业中的国有资产所有权属于国家，企业拥有包括国家在内的出资者投资形成的全部法人财产权，国家按投入企业资本额享有所有者的权益；企业破产时，国家只以投入企业的资本额对企业债务负有限责任。
（２）由以计划为约束的直接联系转向以市场为导向的间接联系。经过宏观经济体制改革和在微观上建立现代企业制度等一系列改革，政府对国有企业的经济管理职能和资产所有职能基本分开。政府对国有企业的生产经营和投资决策基本全部或大部分放开，一般竞争领域的国有企业经营几乎完全依据市场供求和价格信号运行。政府通过运用财政税收、金融货币等经济杠杆调节市场，企业按照市场需求组织生产经营。政府通过产业政策、贸易政策引导企业的经济行为，使之达到国家的宏观经济发展目标。
（３）由单一的行政关系转为法律、行政并存的双元关系。改制后的国有企业是享有民事权利、承担民事责任的法人实体。企业以其全部法人财产，依法自主经营，自负盈亏，照章纳税，对国家承担国有资产保值增值的责任。国有企业同其他非国有企业一样，都是市场竞争的主体，在市场竞争中优胜劣汰。
（４）政企很难分离。由于长期以来政府和国有企业之间的千丝万缕的联系，到目前为止，政企依然难分。调查表明，不同的企业对政府的期望迥然不同：效益好的企业希望政府干预越少越好，企业应该拥有的权利全部落实到位，在资产重组中企业的兼并、联合完全由企业自行决定；效益差的企业，尤其是严重亏损、资不抵债的企业则要求政府给予各方面的支持，包括企业的扭亏解困、技术改造、资产重组、职工再就业、养老保险等，对政府有很大的依赖。企业在需要扩张、优化资产时，希望政府采取直接的、有效的行政手段予以支持；企业在稳步求进时，希望政府不要干预企业的资产重组，以免“拉郎配”而影响主体企业自身的收益。因此，国有企业和政府之间的关系仍然具有“父子”关系的特征。
市场经济条件下，企业是独立的市场主体，政府和企业之间是以市场为纽带的法律关系。政府为企业提供公平竞争的市场环境，维持合理的经济秩序，并依法管理企业；企业依法经营，依法纳税。政府通过财政、税收、金融货币等经济杠杆调节市场，影响企业的经营活动。政府通过制定经济计划和经济政策引导企业投资决策，从而保证国民经济稳定健康的发展，不断增强国家经济的综合实力。但在当前我国体制改革的过渡时期，目标和现实、理论和实践有着相当大的差距，规范政企关系存在着许多障碍。
４．２．４新时期政府对国有企业的管理
有关权威专家指出，改革２０多年来始终困扰政府与企业而至今没有解决的问题，就是政府与企业的关系。与以往中共的会议报告相比，党的十六大报告第一次没有把国有企业作为一个标题提出来，而是探讨了国有资产管理体制。这实际上是从更高的层次来考虑企业的问题，即重新界定政府和企业的关系。
１．新时期政企关系的转变
与原来相比，未来的政府为适应新时期的发展要求，与企业关系将出现如下新的转变：
第一，政府不再作为对企业进行资源配置的主体。资源配置的主体是市场，不是政府，即便有一些资源需要政府配置，政府也不能采取行政的方式，而要采取市场的方式。一般人认为有三种资源政府还要统一配置：土地、公共建设项目、政府消费。三者都要采取市场化的方式：土地不能批租，必须拍卖；公共建设项目不能审批，而要招标；政府消费必须走向政府采购。
第二，政府不再是企业制度设计的主体。企业制度的设计主体应是企业本身，政府主要职责是搞好企业外部环境。《公司法》应修改，本该企业做的事，却在由政府做，这种情况必须改变。
第三，政府不能再作为国有产权的代表存在。政府作为国有产权的代表存在，会导致有的企业有政府背景，有的企业没有政府背景，这实际上可能构成一种不公平竞争。
第四，政府对企业剩余的收取要有服务意识。所谓剩余的收取，就是收税、收费。政府到底收多少税和费，要由政府提供的服务决定。２００１年好多企业反映税率太高，但最终税率依然居高不下，其理由是国民生产总值增长很快，这引起全世界的哗然。因为任何国家税率调整都不是根据国民生产总值变化，而是根据服务好不好来收。党的十六大报告对此作了清楚的界定。
第五，政府对企业的挤出效应必须受到约束。政府和企业都在投资，在投资项目一定的条件下，政府投得多就把企业挤出去了，这就是挤出效应。一般来说，政府应提供公共产品，商务投资应交给企业来做，不收费的项目政府才适合干，否则无法处理好政府与企业的关系。
第六，政府最终是为企业服务的。政府是公共部门，是为企业服务的，如果这个关系界定不清楚，企业就难以快速发展，全面小康社会也很难实现。现在，好多政府部门都没有转变过来，它们就是喜欢管企业，这是不行的。我们要接受政府是服务性组织的观念，中共十六大报告反复强调的一点就是：政府的职责是服务于企业。
第七，政府对企业的管理应改为备案制度。政府应主要制定准入的条件，谁符合条件谁就进，而我们现在是审批制度，所以中共十六大报告提出要进一步严禁繁冗的审批制度，大量的政府审批项目要取消，推广备案制度。
第八，政府和企业都是建立在法律基础上的两大平等主体。政府是依法管理，企业是依法经营，都是以法律为基础，没有谁领导谁的问题，是构建在法律基础上的两大活动主体，这一条很重要。现在政府对企业的干预还是太多，导致政府官员自己也很累，连休息日都没有，但该干的事没有干，严重影响了企业的发展。
第九，不具有司法权力的政府行政机构，不能查封企业的财产。政府机构分两种：一种具有司法权力，另一种则没有。没有司法权力的政府行政机构，不能随便查封企业的财产。人大赋予此权的司法机构包括比如海关、警察等司法部门，工商税务都没有这方面的权力，这是原则问题。政府行政部门不应被授予过多的司法权。
第十，企业对政府有完整的法律诉讼权。如果政府干预出了问题，企业完全可以起诉政府，有完整的法律诉讼权。这是世贸组织对中国的必然要求。
如果以上转变都能够实现的话，对中国企业的发展，将会有非常大的促进力量。
２．建立国有资产管理机制是解决政企关系的重要途径
在市场经济条件下，政府与企业的关系是：政府对企业实行有效的宏观调控和微观规制，企业则在政府的调控和规制下，实行有效的现代企业制度。政府对国有企业始终在“是实行国家所有权委托代理，还是政府直接干预”中徘徊。因此，解除困扰国有企业政企不分、政资不分、国有资产严重流失等一系列问题，必须首先深化政府机构改革，按照政资分开、政企分开的原则，建立新的国有资产管理、运营、监督体系和机制。十届全国人大一次会议上，设立国资委的提议获得批准。国资委的设立，从宏观管理层次上基本上解决了国家与国有企业的关系问题，即解决了所有者的缺位现象以及“五龙戏水”与多头管理的问题。这对于进一步搞好国有企业，推动国有经济布局和结构的战略性调整，更好地实行政企分开无疑具有重要的现实意义。但是，从微观层次上说，政府机关（尤其是国资委）与国有企业的关系问题仍有进一步妥善解决的必要。
国资委是代表国家“管资产、管人、管事相结合”的一个国有资产管理的新体制，在国有资产监管中起着相当重要和有效的作用。但国资委作为国有资产的监管人，也要处理好和国有企业的关系，国资委与国有企业的关系，是出资人与出资企业的关系，是出资人所有权与企业法人财产权的关系。国资委主任李荣融说，国资委与出资企业的关系，最根本的是坚持所有权与经营权分离，依据《公司法》和《企业国有资产监督管理暂行条例》等法律法规，履行出资人职责，享有所有者权益，承担相应的法定义务和法律责任，不直接干预企业的生产经营活动。
微观规制经济学理论告诉我们，政府规制是具有法律地位的相对独立的政府机关，依法对微观主体（主要是企业）所采取的一系列行政管理与监督行为。它不同于政府的宏观调控。宏观调控是间接的、总量的，是借助财政、货币政策等手段直接作用于市场，通过市场参数的改变，间接影响企业行为。而政府规制则是直接的、个量的，是借助有关法律和规章直接作用于企业，对企业行为实行有效的约束和监督。国资委成立后，面临的一个重要问题就是如何做到像“真老板”一样履行其监管职能，独善其身而不被利益集团所俘获，尽其所能提高国有资产的监管效率。要做到这一点，必须进一步改革和完善政府规制。