特瑞尔和契科夫撒谎，说寇克盗取了“创世计划”。卡洛愤怒地联系寇克，质问他为什么要盗取她的“创世计划”。由于信号忽然中断，寇克根本来来不及跟卡洛解释什么。
寇克很疑惑，他根本不知道什么是“创世计划”，为了搞清楚一切，他当机立断，马上接管了“企业号”，并下令以五级曲翘速度赶往创世计划的实验基地——“雷克拉一号行星”。他想找到卡洛，当面跟她解释。
这一切都在可汗的计划之中，他就是要用这样的形式引寇克上钩。他和手下们操纵着“信望号”，想在途中给“企业号”致命一击，并杀死寇克。可贪婪的可汗不止想复仇，他还想得到“创世计划”的完整资料，盗取创世机器，统治世界。
在航行途中，寇克取得了“创世计划”的完整资料，他总算了解了这个计划的全部内容：这个是个名副其实的“创世”计划，目的是从无生命的环境中创造出生命。这个计划有三个阶段，第一个阶段在实验室中完成，第二个阶段在地下完成，第三个阶段在颗无生命的行星上完成。现在，计划已经进行到了第二阶段。
生命产生的过程包括了多种复杂的分子重组，所以创世计划的实验装置是一个控制化学反应的高能辐射器。这个被称为“创世机”的装置具有无比强大的威力，既可创造生命，也以轻而易举地毁灭任何生命。“创世计划”的顺利实施将有助于建造人类新的栖息地，缓解地球的人口和资源危机。
“企业号”飞行途中，“信望号”飞船的影像忽然出现在了主控制室的屏幕上。寇克试图与“信望号”上的船员取得联络，可是呼叫了好几次都没成功，对方根本没有任何回应。寇克起了疑心，他赶紧命令全船警戒。然而，他还是迟了一步。“信望号”对“企业号”发动了突然攻击，在“企业号”还未反应过来时，主动力系统即被毁坏，导致曲率引擎受损，不少船员或死或伤。直到这个时候，主控制室的屏幕上才出现了对方控制室里的画面。
指挥信望号的竟然是可汗，他用毒虫控制了特瑞尔与契可夫，让他们变成了自己的傀儡，并以此控制了整个“信望号”。现在，可汗的复仇行动正式开始了！“企业号”受到重创，船上的人根本无法逃跑。可汗以此为要挟，提出要“企业号”上的所有人投降。他可以放过“企业号”上的人，但他有两个条件——第一，他要寇克死；第二，他要“创世计划”的完整资料。
寇克表面上答应了可汗的要求，他说自己需要一点时间寻找“创世计划”的资料。可汗考虑了一下，给了他一分钟的时间。在这短短的一分钟时间里，寇克悄悄地让史波克破译“信望号”防御系统的密码，破译成功后摇控“信望号”卸下了防护罩。
“企业号”趁机发射星际导弹，“信望号”遭遇迎头重击，可汗的得力手下当场毙命，而他却大难不死。可汗沉痛地抱着手下的尸体，说会为他报仇。
一计不成，可汗再生一计，他驾驶着“信望号”飞速离开了。
莎维可再次询问寇克当年是怎么通过“马鲁号”测试的，寇克仍然没有回答。
由于曲率引擎受损，“企业号”只能用普通的行驶速度继续向“雷克拉一号新星”行进。这浪费了大家不少时间，到达太空实验室后，“企业号”试图与实验室的人员取得联系，却得不到任何回应。
糟了！实验室不会出什么意外状况了吧！寇克、麦考伊、莎维可三人赶紧通过传送器来到了实验室里。可惜，他们来晚了一步——实验室的工作人员成了一具具血肉模糊的尸体。是可汗做的！他来到这里，就是为了得到整个“创世计划”的资料。可工作人员们已经转移了资料，实验室里的资料库空空如也，可汗对工作人员们威逼利诱，却没有从他们口中得到任何东西，恼羞成怒的他终于忍无可忍，大开杀戒。
不过，实验室里还有人活着——莎维可手持的生命探测仪发出了微弱的信号。最终，寇克发现了被锁在储物柜内的特瑞尔与契科夫。两人都还活着，他们告诉寇克，他们之前是受了可汗的威胁才撒谎的——可汗在他们的脑中植入了毒虫，以此来控制他们的思想。可现在他们已经不受可汗的控制了。
寇克一行人找到了实验基地的传送室，他发现每个传送器的传送目的都指向地心深处。是啊，“创世计划”的第二阶段正是在地底进行，聪明的寇克猜想：或许，地底下还有另一个秘密实验室。
不过，寇克万万没有想到，他们的行动正受到了躲在暗处的可汗的监视。
此时，“企业号”上的史波克通知寇克，说“企业号”的动力系统还需要两天的时间才能修复——其实，这是史波克和寇克之间的暗语，“两天”代表两个小时，他们之所以定下暗语，目的便是为了防止他们的通讯可能会被监听。
寇克没有猜错：此时，可汗通过无线电通讯听到了寇克和史波克之间的对话，他真的相信“企业号”需要两天的时间才能完成修复工作，这个狡猾的人开始麻痹大意起来。
寇克等人利用基地的传送器来到地底，他们这里还有一间密室，密室里到处都是精密的仪器，而“创世机”也藏在这里。
寇克开始查看周围的状况，忽然，一个躲在暗处的年轻人冲出来不由分说给了他一拳，两个人立刻扭打在了一起。那个年轻人高大很英俊，细细看来，他的长相竟与寇克有几分相似。正当两人打得难解难分之际，卡洛博士冲了出来，她慌忙制止两人的缠斗。寇克这才知道，眼前这个年轻人正是自己多年不见的亲生儿子戴维。
戴维认为是寇克杀死了实验室的工作人员。寇克正要解释，忽然，让所有人瞠目结舌的事情发生了——特瑞尔与契科夫居然拿起激光枪对准了卡洛博士和寇克。
原来，他们两人仍然处在可汗的控制之中。
可汗命令契科夫和特瑞尔用枪杀死寇克。可这一次，两人却宁死不从，寇克是他们的朋友，他们不能杀死朋友。
可汗恼羞成怒，他开始遥控毒虫。毒虫开始噬咬契科夫两人的大脑，特瑞尔因为受不了毒虫噬脑的痛苦而举枪自杀，契可夫也昏迷不醒，可汗趁机把“创世机”传送到了“信望号”上，他得到了整个“创世计划”。
此时，卡洛和戴维才明白这是怎么一回事。
毒虫从契科夫的耳朵里钻了出来，寇克用火烧死了可怕的毒虫。不久，契科夫醒了过来，他这次是真正脱离了可汗的控制，与死神擦肩而过。
“创世机”被可汗偷走了，而“企业号”还没有修改完成，根本无法追击，大家都显得心烦意乱起来。寇克不愧是一位优秀的船长，他极力安抚着众人，并带大家到“创世计划”的模型洞穴参观，那里面的风景美极了，大家都陶醉了，暂时忘掉了烦恼。
莎维可再次询问寇克关于“马鲁号”测试的事儿，这一次，寇克总算说出了实情——他修改了电脑程序，用“作弊”的方式通过了测试。
“企业号”终于修复了80%以上，能勉强飞行了。寇克一行人得以重返飞船，但他们并没有紧追“信望号”，而是拼命想相反的方向开去。莎维可这才知道这个老谋深算的家伙又“作弊”了——可汗抢走的创世计划根本就是假的。
可汗发现自己被骗，不禁火冒三丈，他指挥着“信望号”追击“企业号”，势必要杀死寇克。
“企业号”没有得到完全修复，很多功能还无法使用，而“信望号”却已经修复完毕。硬碰硬的话，“企业号”肯定不是“信望号”的对手。
寇克心生一计，他把“企业号”开进了一团弥漫的云层之中。在这里，两艘飞船的感应器，主屏幕和防护罩全部失灵。在这样的情况下，“企业号”和“信望号”势均力敌。可汗的手下劝说他，让他不要进入云层。正当可汗犹豫不决的时候，寇克联系上了可汗，不停地嘲笑可汗，说他是胆小鬼，不敢跟自己决一死战。可汗被激怒了，不顾部下的阻挠，把“信望号”驶入了云层之中。
经过了一场惊险万分的激战，寇克凭借高超的格斗技术，在最好的时机开火，给了“信望号”致命的一击。
“信望号”上的人死伤遍地，可汗也已经血肉模糊了。可是，他临死也不忘复仇，这个疯子挣扎着从地上爬起来，颤颤巍巍地启动了创世机，准备与“企业号”同归于尽——高能的创世波可以制造新的生命，也可以毁掉一切旧的生命。而此时，“企业号”的曲率引擎仍未修复，它前进的速度比创世波的发射速度慢得多，一旦创世波赶上“企业号”，“企业号”上的所有人都难逃一死。
时间只剩下四分钟了，史波克偷偷地离开控制室，跑到了引擎室。他不顾麦考伊医生的劝阻，奋不顾身地走进充满辐射的反应堆中，试图徒手修复曲率引擎。时间一分一秒地过去，就在所有人都灰心绝望的时候，“企业号”突然加速到了七级曲翘速度，有惊无险地摆脱了创世波。
此时，指挥舱里的寇克才直到史波克做了些什么。他赶紧来到引擎室的门外，看到玻璃屏障后的史波克已经被辐射腐蚀得面目全非，己奄奄一息了。
为了避免辐射传染给同伴，史波克锁死了引擎室的门，大家根本进不入引擎室，只能隔着玻璃跟史波克道别。史波克面带微笑，艰难地说着自己的口头禅：大部分人的利益永远高于小部分人或个人的利益，为了大家，他宁愿牺牲自己。他还说，寇克是他永远的朋友。
史波克牺牲了，寇克在“企业号”上为他举行了隆重的太空葬礼，并把他的遗体发射到了临近的“创世星”——那颗本来死气沉沉的小行星被创世波改造了，地表长出了成片的绿色植物，鸟儿在天空飞翔。寇克有一个心愿，他希望生的奇迹也会出现在史波克的身上。
从《星际迷航》的第一部电影算起，时光已经静静地流淌了30多年，如果从《星际迷航》的第一部电视剧算起（1966年，星际迷航TV第一季在NBC首播），“星际时代”已经走过了将近60年。如今，《星际迷航》已经成了6部电视剧（700多集）、12部电影的超级帝国，也成为全世界最著名的科幻影视系列之一。
科幻，科学幻想，讲的是科学或想象中的科学对人类影响的故事。《星际迷航》给我们描绘了一个宏大的世界，为我们讲述了一个个光怪陆离的故事，这些很多并不是凭空想像的，而是建立在科学的基础之上。因此，《星际迷航》又成为一部神奇的“预言片”，因为其中的很多东西已经从科幻变成了现实。
现在，就让我们来一一盘点下《星际迷航》里已经实现或即将实现的技术吧。
一、通讯器
这个早已经不是科幻，我们已经用了一阵子了。而且，当今世界各地的通讯器，都可以通过人造卫星和中继卫星，把信号发送到任何你希望的地方。所以影片中迪克·崔西的腕式收发器，在未来两百年里都显得太大了，现在人类更倾向于往袖珍式通讯器的方向发展，以后，可能还会出现戒指通讯器，或者干脆把它们植入体内的某个地方。
二、多用途传感器
英国伯明翰大学生物科学学院的一组研究人员研发出了《星际迷航》中多用途仪器Tricorder的现实版本。在剧中，它可以扫描并收集某一区域的地理、物理及生物信息。研究人员研制出的这台鞋盒大小的仪器，能通过合成生物学原理，在5分钟内成功地检测出大肠杆菌。
三、透明防弹铝材料
《星际迷航4：抢救未来》中，出现过一种透明的铝材料。铝是一种常见的银白色金属，现实中有透明的铝材料吗？
有的。据英国《每日邮报》网站报道，一种以氮氧化铝为主要原料制成的高硬度类陶瓷材料已经问世。这种神奇的物质被称为AION，硬度是石英玻璃的4倍，是蓝宝石的85%。厚度为1.6英寸（约合4厘米）的AION足以阻挡点50口径子弹，传统的夹层防弹玻璃根本无法抵挡这种子弹。
AION还具有耐高温的特点，在1200摄氏度下仍处于稳定状态。更值得一提的是它是透明的，与《星际迷航》电影里的透明铝材料相似，而影片中那种技术属于未来的24世纪。
实际上从1981年起，有关氮氧化铝粉末的研究就已开始进行，数年前在军事领域中得以应用，美国马萨诸塞州的苏尔梅特公司将其制成了装甲车的防弹玻璃、战场所用的光学透镜以及导弹传感器上的圆窗等。
透明铝目前还不可能在日常生活中广泛应用，毕竟它的成本高达每平方英寸10多美元。不过在不久的将来，它也许能越来越多地被大众使用。
四、“牵引光束”
《星际迷航》中，企业号太空飞船可将遇难的友舰用光束牵引至一个安全区域，目前，这一技术已经可以实现了！
纽约大学物理系软质材料研究中心的大卫·格里尔教授和研究生大卫·鲁夫涅尔表示，他们已实现《星际迷航》中的牵引光束技术，但仅能在微米范围内实现。这项技术与实际应用仍有一定的距离，他们最理想的实验效果是操控“激光镊”牵引微粒物体在二维空间中实现微观距离移动。
这项研究报告发表在《物理评估快报》期刊上，格里尔和鲁夫涅尔称未来这项技术将获得更好的预期，能够真实牵引微粒物质。
五、“曲率引擎”
《星际旅行》中描述了一种先进的宇宙航行技术，即“曲率引擎”，可实现恒星际间的超光速航行。现在，科学家们最新的研究发现“曲率引擎”并非不切实际，可通过对时空的人为控制达到超光速移动飞船的现象。在之前的计算中，研究人员认为这种装置需要消耗宇宙飞船无法承受的大量的能源，但物理学家们通过最新的理论研究发现可通过较少的能量来打开时空，启动“曲率引擎”，该理论似乎将这个科幻小说中的情节带回了现实之中。