长期以来，清华紫光集团向有创业意向的学校教工或紫光内部员工提供一定的资金支持，并以较低的价格为其提供创业场地。新企业在发展壮大后与集团谈判决定与集团总部的关系，一般新企业会成为紫光的事业部。事业部的产权属于紫光集团，财务统一管理、各事业部独立核算。紫光集团总部为各事业部提供商誉等无形资产、帮助事业部向银行寻求贷款、统一申请国家级重点项目、提供进京指标、为事业部员工提供统一宿舍等优惠条件。
2000年4月，清华紫光作为发起人联合了8家上市公司成立了一个风险创业投资公司，总共投入1．8个亿。集团认识到，现在很多科研单位、学校、团体甚至个人手里有高科技项目，但要研发出成果还需要资金支持。用风险投资的方式为一些有前途的项目提供发展资金，一旦研发成功，就可以为各分支机构提供可靠的项目来源。此举突破了集团以前风险创业投资只局限于清华大学及集团员工的限制，而将视野扩展到整个社会。
总部的第三个职能是统一的职能。清华紫光必须有统一的企业形象，如果多元化做成各唱各的调、单兵作战，只能算是个失败。为此，集团总部从体制上加以调控：各分支机构采用同样的分配制度，人力资源由总公司统一调度，干部的选拔任免有共同的标准，激励机制的主要方式如期权、分红、养老金计划等都非常一致。此外，在市场形象推广方面采用统一的整体形象标识系统，力图让清华紫光集团带给人们的印象是三个旗舰统一在一个总体形象非常强大的舰队下并肩作战，而不是各自飘摇的小舢板。
对于企业而言，每天都存在着机会，每天都面临着选择。而选择既意味着可能的收益，也潜藏着可能的风险。尤其对于高科技企业而言，市场变数更大，在高收益诱因的背后，潜藏的风险更大。为了减少投资选择中的失误，清华紫光形成了独特的“大舰队体制”。整个集团是一个“大舰队”，而新增加的业务是一条条”小船”，建立独立的事业部或子公司进行运作，发挥“船小好调头”的优势，一旦出现风险，可以予以剔除，而不至于使集团伤筋动骨；而开发成功、市场广阔的业务，则成为集团的“旗舰”。
清华紫光的大舰队体制的渊源，可以追溯到清华紫光创业初期。由于资金不足，经验不够，在市场竞争十分激烈的情况下，清华紫光意识到把鸡蛋放在一个篮子里的危险，故而广泛撒种，重点培养，以求东方不亮西方亮。
就这样撒下了一片种子，经过5年的优胜劣汰，清华紫光已经有了几个比较成气候的公司，清华紫光的营业额已超过3亿元，利润也有1000多万元。此时，清华紫光的决策层意识到，靠自然生长法办企业已经不行了，清华紫光什么都做，太杂。清华大学的内部人员也在说：“北大一枝独秀，清华满院是草，连一枝花都没有。”
集团开始调整产业发展战略，企业经营由分散逐渐走向集中，开始有计划地发展技术含量高、市场潜力大。有长远效益的产品，主业领域不断突出、明确，产品结构趋向合理，“最适合什么于什么”取代了过去“抓到什么干什么”，逐步确立了三大“旗舰”业务：信息、环保、生物与制药。
1999年3月16日，以清华紫光（集团）总公司为主发起人，联合中国北方工业公司等4家企业共同发起创立了以信息为主营方向的清华紫光股份有限公司。清华紫光股份有限公司成为集团上市的第一个板块。在信息领域，以紫光系列扫描仪、紫光笔记本电脑、紫光系列网络产品、公检法等政府机构专家系统及全面解决方案为代表的产品在国内外享有盛誉。
随着2000年集团对湖南古汉集团21．4％的股权的收购，清华紫光的生物与制药板块又成功上市。
2000年，清华紫光环保一举收购了拥有国家科委和建设部推荐产品和全球免冲厕具先进技术的、原来亏损的泰和通环保技术有限公司，成立了清华紫光泰和通环保技术有限公司，经过半年多的经营，该公司参与了王府井地铁、申奥工惩和宁夏沙湖等项目，资产负债率大大下降，财务状况有了很大改善。清华紫光环保目前已经控股了5个专业的环保公司，参股了5个环保公司，并在北京密云、怀柔和通州建立了3个大型环保产业基地。清华紫光环保也成为中国环保产业的第一品牌。
中国的网络需要安全，而这只能靠我们民族产业自己来解决。为此，清华紫光集团和清华大学等股东，投人注册资金1．16亿元，于2000年创立了清华紫光比威网络技术有限公司。在高性能多协议路由器和国际互联网安全项目安全路由器等科研项目的基础上，该公司研究开发完成了具有自主知识产权的比威（BitWay）系列高速路由器和安全路由器。其性能和功能与国外同类产品相比，极具竞争力。比威的数据产品从低到高覆盖HUB、以大交换机。路由交换机、LAN一ATM交换机、路由器（包括交换路由器）五大系列，可为用户提供完整的从核心、边缘到企业、个人的全套网络解决方案。可以预见，比威公司又将成为清华紫光“大舰队”里的一艘“旗舰”。
张本正曾经说过：“我的最重要的责任就是对外造成一个良好的企业生存环境，对内形成一个非常的凝聚力，这也就是造势，举起一个大伞，让企业受到一种呵护。我还相信，今日成功的企业家是最善于激励员工去实施他们的目标的人。”在张本正举起的“大伞”下，就是清华紫光这个“大家庭”。
正是因为清华紫光给予了每位员工大家庭的感受，才得以聚集一批高素质的优秀人才。集团总部现有员工1000多人，平均年龄仅29．5岁，其中30岁以下的就占70％，而具有中级以上专业技术职务的则占员工总数的48％，具有大学本科以上学历的近90％。
（4）别具一格的人才工程论
人是技术载体，谁拥有了人才，谁就在科技竞争中获胜。清华紫光依托清华大学，在人才资源方面占有独特优势，它将为清华紫光发展注人永恒的潜力和势能。人才不是全才。宏观选拔、微观培育是清华紫光在人才工程上所采取的基本战略。不从宏观角度（即基本素质和基本功能）挑选，永远发现不了人才；不重视微观（具体行为和工作）培育，被发现的人才也难成熟。清华紫光在留住人才和使用人才方面采取的方针是：提供适合其创造发展的舞台，创造良好的工作条件和环境，提供少后顾之忧直到无后顾之忧的后勤服务。用人不疑，疑人不用。
在企业中，只要提供舞台和基本条件能为企业带来丰厚利润者为“帅才”；提出主攻方向并提供基本条件能完成任务者为“将才”；在指导下能完成具体工作者为“兵才”什么都干不好者为“闲才”。在清华紫光，所信奉的是“清华紫光，行胜于言”的训诫。
全由“精英”（帅才、将才）组成的企业不稳定，无“精英”的企业没有作为，闲才太多会断送企业。尽可能减少闲才（或化消极因素为积极因素，或鼓励流动），合理配置“三才”才会使企业成功。人才工程不是对一、二个人才的挑选和提拔，而是对帅将兵三才配备得当的群体的培育。
任何人在企业的位置都不是一成不变的。适时地把合适的人才放到合适的岗位上至关重要。优胜劣汰，合理分流，群众评议才能做到“适时适才适所”。
有伯乐之才可用“慧眼”，无伯乐慧眼应靠实践。实施人才工程的基本方式是实践，只有靠实践才能锻炼人才，发现人才，理顺人才。实践是人才工程成功的根本保证。
人才工程是个动态工程，这是它与其它工程不同之处，实践、群众是检查人才工程的两把尺子。
对于“大家庭”而言，必须满足其成员各个方面的需要，物质需要自然也不例外。
2001年，在薪酬体系上，清华紫光推出了“工资十期权工资”的人力资源薪酬决策。就是原有的年工资不动，同时每年增加一个工资额度，这部分工资会在3到4年内发到员工手中，所以称为“期权工资”，公司内戏称为“以观后效工资”，以便有效地留住人才。
2000年清华大学领导已经批准，2001年开始，将清华大学所有权益20％对应的分红权授予清华紫光集团的全体员工。2001年将对母公司进行改制，使员工在母公司持股，并争取进人试点单位行列。
技术人才和管理人才是企业的核心竞争力，这两项措施的实行，对于清华紫光吸引人才、稳定人才、激励人才、约束人才，充分调动他们的积极性，激发他们的潜能十分重要，也可以保障人才同公司的长期合作。
“大家庭”的融洽关系需要进行有效的沟通。在沟通方式上，张本正倡导“简单沟通法”和“不信任第三方”。
张本正刚开始非常讲究沟通方法，但是讲究来讲究去，最后觉得全不管用。经过一番周折，他总结出一个方法：就是将最复杂的问题简单化，坦诚直言谈问题。可能开始别人感到别扭，多了就会发现非常有效。“你很坦诚，人家就跟你交心，人家交心了，就能够沟通了。”张本正形容自己与部下沟通是“刺刀见红”。张本正说：“不要兜圈子，不要把人弄得很圆滑，太累。”而这个简单也是张本正修炼出来的，因为人还以本来面目有时候非常困难。在沟通链条上，总裁处在最上端，他的个人风格直接影响到公司沟通的调子。
张本正经常关心干部之间的关系。他认为干部之间不要伤感情，造成硬伤后就不容易修复。
张本正认为总裁如果缺乏信息沟通就成了聋子和瞎子，而没有真实的信息则更加可怕。张本正将信息来源分为两种，一种是外部的，靠媒体和圈内朋友的交流获得。张本正认为做企业在圈内需要各种朋友。张本正觉得自己的“圈子还不够大，圈子大对企业家来说是个财富。”另一个信息是企业内部的，张本正主要是通过从公司的核心会上交流获得，还有各级事业部反映上来的情况。
在听下面人的意见时，张本正不相信第三方。意思是不相信一个人将另一个人说的话传给他听，他希望当事人当面给他说。”我有一个原则：凡是从第三方传来的告状性质的话，我不信。我给自己定了一个规矩，必须是亲手拿到事实，我才做决定。我觉得怀疑很可怕，这样企业就很危险。如果疑心太多，这个企业就完蛋了。”
在清华紫光，过生日、结婚的员工当天都能收到总裁签名的礼品。每年都有形成传统的“敬亲日”——以发信函的方式感谢家属对员工的支持……这些，都让员工真正感受到企业清华紫光这个“大家庭”的温暖。