初，龟兹王布失毕妻阿史那氏与其相那利私通，布失毕不能禁，由是君臣猜阻，各有党与，互来告难。上两召之，既至，囚那利，遣左领军郎将雷文成送布失毕归国。至龟兹东境泥师城，龟兹大将羯猎颠发众拒之，仍遣使降于西突厥沙钵罗可汗。布失毕据城自守，不敢进。诏左屯卫大将军杨胄发兵讨之。会布失毕病卒，胄与羯猎颠战，大破之，擒羯猎颠及其党，尽诛之，乃以其地为龟兹都督府。戊申，立布失毕之子素稽为龟兹王兼都督。
二月，丁巳，上发东都；甲戌，至京师。
夏，五月，癸未，徙安西都护府于龟兹，以旧安西夏为西州都督府，镇高昌故地。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵将兵攻高丽之赤烽镇，拔之，斩首四百馀级，捕虏百馀人。高丽遣其大将豆方娄帅众三万拒之，名振以契丹逆击，大破之，斩首二千五百级。
秋，八月，甲寅，播罗哀獠酋长多胡桑等帅众内附。
冬，十月，庚申，吐蕃赞普来请婚。
中书令李义府有宠于上，诸子孩抱者并列清贵。而义府贪冒无厌，母、妻及诸子、女婿，卖官鬻狱，其门如市，多树朋党，倾动朝野。中书令杜正伦每以先进自处，义府恃恩，不为之下，由是有隙，与义府讼于上前。上以大臣不和，两责之。十一月，乙酉，贬正伦横州刺史，义府普州刺史。正伦寻卒于横州。
阿史那贺鲁既被擒，谓萧嗣业曰：“我本亡虏，为先帝所存，先帝遇我厚而我负之，今日之败，天所怒也。吾闻中国刑人必于市，愿刑我于昭陵之前以谢先帝。”上闻而怜之。贺鲁至京师，甲午，献于昭陵。敕免其死，分其种落为六都督府，其所役属诸国皆置州府，西尽波斯，并隶安西都护府。贺鲁寻死，葬于颉利墓侧。
戊戌，以许敬宗为中书令，大理卿辛茂将为兼侍中。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德薨。敬德晚年闲居，学延年术，修饰池台，奏清商乐以自奉养，不交通宾客，凡十六年。年七十四，以病终，朝廷恩礼甚厚。
是岁，爱州刺史褚遂良卒。
雍州司士许祎与来济善，侍御史张伦与李义府有怨，吏部尚书唐临奏以祎为江南道巡察使，伦为剑南道巡察使。是时义府虽在外，皇后常保护之。以临为挟私选授。
显庆四年己未，公元六五九年春，二月，乙丑，免临官。
三月，壬午，西突厥兴昔亡可汗与真珠叶护战于双河，斩真珠叶护。
夏，四月，丙辰，以于志宁为太子太师、同中书门下三品；乙丑，以黄门侍郎许圉师参知政事。
武后以太尉赵公长孙无忌受重赐而不助己，深怨之。及议废王后，燕公于志宁中立不言，武后亦不悦。许敬宗屡以利害说无忌，无忌每面折之，敬宗亦怨。武后既立，无忌内不自安，后令敬宗伺其隙而陷之。
会洛阳人李奉节告太子洗马韦季方、监察御史李巢朋党事，敕敬宗与辛茂将鞫之。敬宗按之急，季方自刺，不死，敬宗因诬奏季方欲与无忌构陷忠臣近戚，使权归无忌，伺隙谋反，今事觉，故自杀。上惊曰：“岂有此邪！舅为小人所间，小生疑阻则有之，何至于反！”敬宗曰：“臣始末推究，反状已露，陛下犹以为疑，恐非社稷之福。”上泣曰“我家不幸，亲戚间屡有异志，往年高阳公主与房遗爱谋反，今元舅复然，使朕惭见天下之人。兹事若实，如之何？”对曰：“遗爱乳臭儿，与一女子谋反，势何所成！无忌与先帝谋取天下，天下服其智；为宰相三十年，天下畏其威；若一旦窃发，陛下遣谁当之？今赖宗庙之灵，皇天疾恶，因按小事，乃得大奸，实天下之庆也。臣窃恐无忌知季方自刺，窘急发谋，攘袂一呼，同恶云集，必为宗庙之忧。臣昔见宇文化及父述为炀帝所亲任，结以昏烟，委以朝政；述卒，化及复典禁兵，一夕于江都作乱，先杀不附己者，臣家亦豫其祸，于是大臣苏威、裴矩之徒，皆舞蹈马首，唯恐不及，黎明遂倾隋室。前事不远，愿陛下速决之！”上命敬宗更加审察。明日，敬宗复奏曰：“去夜季方已承与无忌同反，臣又问季方：‘无忌与国至亲，累朝宠任，何恨而反？’季方答云：韩瑗尝语无忌云：柳奭、褚遂良劝公立梁王为太子，今梁王既废，上亦疑公，故出高履行于外。”自此无忌忧恐，渐为自安之计。后见长孙祥又出，韩瑗得罪，日夜与季方等谋反。臣参验辞状，咸相符合，请收捕准法。上又泣曰：“舅若果尔，朕决不忍杀之；若果杀之，天下将谓朕何！后世将谓朕何！”敬宗对曰：“薄昭，汉文帝之舅也，文帝从代来，昭亦有功，所坐止于杀人，文帝遣百官素服哭而杀之，至今天下以文帝为明主。今无忌忘两朝之大恩，谋移社稷，其罪与薄昭不可同年而语也。幸而奸状自发，逆徒引服，陛下何疑，犹不早决！古人有言：‘当断不断，反受其乱。’安危之机，间不容发。无忌今之奸雄，王莽、司马懿之流也；陛下少更迁延，臣恐变生肘腋，悔无及矣！”上以为然，竟不引问无忌。戊辰，下诏削无忌太尉及封邑，以为扬州都督，于黔州安置，准一品供给。祥，无忌之从父兄子也，前此自工部尚书出为荆州长史，故敬宗以此诬之。
敬宗又奏：“无忌谋逆，由褚遂良、柳奭、韩瑗构扇而成；奭仍潜通宫掖，谋行鸩毒，于志宁亦党附无忌。”于是诏追削遂良官爵，除奭、瑗名，免志宁官。遣使发道次兵援送无忌诣黔州。无忌子秘书监驸马都尉冲等皆除名，流岭表。遂良子彦甫、彦冲流爱州，于道杀之。益州长史高履行累贬洪州都督。
五月，丙申，兵部尚书任雅相、度支尚书卢承庆并参知政事。承庆，思道之孙也。
凉州刺史赵持满，多力善射，喜任侠，其从母为韩瑗妻，其舅驸马都尉长孙铨，无忌之族弟也，铨坐无忌，流巂州。许敬宗恐持满作难，诬云无忌同反，驿召至京师，下狱，讯掠备至，终无异辞，曰：“身可杀也，辞不可更！”吏无如之何，乃代为狱辞结奏。戊戌，诛之，尸于城西，亲戚莫敢视。友人王方翼叹曰：“栾布哭彭越，义也；文王葬枯骨，仁也。下不失义，上不失仁，不亦可乎！”乃收而葬之。上闻之，不罪也。方翼，废后之从祖兄也。长孙铨至流所，县令希旨杖杀之。
六月，丁卯，诏改《氏族志》为《姓氏录》。
初，太宗命高士廉等修《氏族志》，升降去取，时称允当。至是，许敬宗等以其书不叙武氏本望，奏请改之，乃命礼部郎中礼志约等比类升降，以后族为第一等，其馀悉以仕唐官品高下为准，凡九等。于是士卒以军功致位五品，豫士流，时人谓之“勋格”。
许敬宗议封禅仪，己巳，奏：“请以高祖、太宗俱配昊天上帝，太穆、文德二皇后俱配皇地祇。”从之。
秋，七月，命御史往高州追长孙恩，象州追柳奭，振州追韩瑗，并枷锁诣京师，仍命州县簿录其家。恩，无忌之族弟也。
壬寅，命李勣、许敬宗、辛茂将与任雅相、卢承庆更共覆按无忌事。许敬宗又遣中书舍人袁公瑜等诣黔州，再鞫无忌反状，至则逼无忌令自缢。诏柳奭、韩瑗所至斩决。使者杀柳奭于象州。韩瑗已死，发验而还。籍没三家，近亲皆流岭南为奴婢。常州刺史长孙祥坐与无忌通书，处绞。长孙恩流檀州。
八月，壬子，以普州刺史李义府兼吏部尚书、同中书门下三品。义府既贵，自言本出赵郡，与诸李叙昭穆；无赖之徒藉其权势，拜伏为兄叔者甚众。给事中李崇德初与同谱，及义府出为普州，即除之。义府闻而衔之，及复为相，使人诬构其罪，下狱，自杀。
乙卯，长孙氏、柳氏缘无忌、奭贬降者十三人。高履行贬永州刺史。于志宁贬荣州刺史，于氏贬者九人。自是政归中宫矣。
九月，诏以石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、北拔汗那、悒怛、疏勒、朱驹半等国置州县府百二十七。
冬，十月，丙午，太子加元服，赦天下。初，太宗疾山东士人自矜门地，昏姻多责资财，命修《氏族志》例降一等；王妃、主婿皆取勋臣家，不议山东之族。而魏征、房玄龄、李勣家皆盛与为昏，常左右之，由是旧望不减，或一姓之中，更分某房某眷，高下悬隔。李义府为其子求昏不获，恨之，故以先帝之旨，劝上矫其弊。壬戌，诏后魏陇西李宝、太原王琼、荥阳郑温、范阳卢子迁、卢浑、卢辅、清河崔宗伯、崔元孙、前燕博陵崔懿、晋赵郡李楷等子孙，不得自为昏姻。仍定天下嫁女受财之数，毋得受陪门财。然族望为时俗所尚，终不能禁，或载女窃送夫家，或女老不嫁，终不与异姓为昏。其衰宗落谱，昭穆所不齿者，往往反自称禁婚家，益增厚价。
闰月，戊寅，上发京师，令太子监国。太子思慕不已，上闻之，遽召赴行在。戊戌，车驾至东都。
十一月，丙午，以许圉师为散骑常侍、检校侍中。
戊午，侍中兼左庶子辛茂将薨。
思结俟斤都曼帅疏勒、朱俱波、谒般陀三国反，击破于阗。癸亥，以左骁卫大将军苏定方为安抚大使以讨之。
以卢承庆同中书门下三品。
右领军中郎将薛仁贵等与高丽将温沙门战于横山，破之。
苏定方军至业叶水，思结保马头川。定方选精兵万人、骑三千匹驰往袭之，一日一夜行三百里，诘旦，至城下，都曼大惊。战于城外，都曼败，退保其城。及暮，诸军继至，遂围之，都曼惧而出降。