人一旦确立了自己的目标，就不应该再动摇为之奋斗的决心。
——牛顿
（一）
作为卢斯卡数学教授，牛顿每年大约有100英镑的收入。再加上担任主修课研究员的薪资，牛顿每年的工资收入大约有200英镑。在17世纪中期，200英镑是一笔不小的财富，已经算得上是富裕阶层了。
但到了1675年初，牛顿遇到了一件不小的麻烦。在辞去卢卡斯讲座教授之后，巴罗教授便以牧师的身份去了伦敦。然而，这位牧师在神学方面的才华显然没有在学术及学术管理方面那么出色。没过多久，他又回到了三一学院，并被任命为院长。
牛顿高兴极了！巴罗主动让贤一事一直让牛顿心里惴惴不安，总感到有些歉疚。要知道，巴罗辞去卢斯卡数学教授那年也只有39岁，正值风华正茂的年龄。现在好了，巴罗回来当院长了。
但到了1675年，牛顿突然感到了压力。在巴罗当院长之前，三一学院的管理极为混乱，学校的各种规章制度形同虚设，根本没有人按学校的规定办事。巴罗回到三一学院之后，便决定在适当的时机整顿风气，严格按照规章制度来管理学院。
1675年，巴罗院长公开表示了他整顿学院风气的坚强意志。这一下，牛顿首先慌了神。按照三一学院的规定，主修课研究员的任期通常是7年。在这段时间里，研究员必须全面、细致地学习宗教科目，以便将来能够获得神职，成为一名教士。
从表面上看，这是一个非常合理的规定，但根本没有多少人去认真执行，许多主修课研究员都不愿离开岗位，任期也远远不止7年。因为教士的收入极低，甚至连主修课研究员薪资的一半都不到。
牛顿是个慷慨大方的人，对金钱也没有什么具体的概念。不过，少年时代的遭遇让牛顿意识到，金钱是生活中非常重要的东西。从1667年担任主修课研究员以来，牛顿的7年任期已满，而且还没有取得神职。如果他按照规定辞去研究员的职务的话，他每年将损失100英镑的薪资。这对牛顿来说将是一个沉重的打击，因为科学实验不但耗费精力，也需要资金的支持。
巴罗很清楚牛顿的处境，也很同情他。但身为院长，他不能不将牛顿与其他主修课研究员一视同仁地对待。一连好几个晚上，巴罗院长都在学院教堂旁边的小路上徘徊，时不时地望一望牛顿那烛光摇曳的窗口。
怎么办呢？牛顿确实是一个才华横溢的小伙子，又对科学研究如此痴心。如果因为收入减少而中断了科学实验，不管对牛顿，还是对英国科学事业的发展，都将是一个巨大的损失。
从私人感情方面来说，巴罗院长也不愿意将牛顿从主修课研究员的位子上拉下来。从某种意义上来说，正是巴罗院长发现了牛顿的天才，并将他推向了公众的视野。但身为院长，他又不能不按规定办事。
牛顿似乎还没有意识到自己面临的危机，仍然整日整夜地看书、做实验、做笔记。当他到院长办公室去见巴罗院长时，两只眼睛又红又肿，似乎好久没有睡觉了。巴罗院长用温和地语气对他说：
“艾萨克，你知道，按照规定，主修课研究员的任期只有7年。任期满了之后，即使主修课研究员已就任着名的教授席位，也得接受神职！”
牛顿一愣，哀怨地看着巴罗院长，半晌才回答说：
“巴罗先生，您知道，我和我的家人都是虔诚的教徒，但我不喜欢被宗教生活束缚住，就如同我在哲学上需要自由一样！”
巴罗院长耸了耸肩，声音低沉地说：
“非常遗憾，艾萨克，这是学院的规定，我也没有办法。”
牛顿低下了头，似乎略有所思。过了一会儿，他一声不吭地转过身，默默走出了院长的办公室。
几天后，牛顿去见巴罗院长，开门见山地说：
“巴罗博士，我想好了。我想我不能接受神职。”
巴罗院长显得很平静，这本来就在他的预料之中。巴罗没有说话，静静地看着牛顿，示意他继续说下去。牛顿接着说：
“别人也许应该走这条路，但我要更好地侍奉上帝，我要用自然哲学的研究来论证上帝的存在。”
牛顿说得很诚恳，没有丝毫矫揉造作的痕迹。巴罗几乎要被这个年轻人的激情感动了，他的眼睛里噙着泪花，动情地说：
“那么艾萨克，我们就谈到这儿吧！我想我们总会有办法的。”
（二）
一天晚上，牛顿正在实验室里认真地做实验，巴罗院长突然派人来请他。这是相当不正常的事情，因为巴罗院长很少会在牛顿做实验的时候去打扰他。
牛顿知道巴罗院长一定有重要的事情要跟自己商量，立即赶往院长办公室。一见到牛顿，巴罗院长就兴奋地对他说：
“艾萨克，有办法了！我想我应该给国王陛下写一封信。他是一个热爱科学、爱惜人才的明君，我想他一定会法外施恩，给你颁布一条特赦令的。”
牛顿简直不敢相信自己的耳朵，这是一个多么令人高兴的消息啊！他激动地看着巴罗院长，喃喃地说：
“这真是太好了，太好了！”
巴罗院长笑了笑，继续说：
“我想，你应该亲自去一趟伦敦。现在，皇家学会正在召开例会，你应该到会议上去露露脸，让国王陛下见识一下你的风采。”
牛顿愣了愣，略一沉思，便高兴地回答道：
“好，我听您的。”
几天之后，牛顿出现在了皇家学会的例会上，巴罗院长的信也被送到了国王查理二世的手上了。非常幸运的是，牛顿在例会上见到了许多着名的科学家，如波义耳、胡克、惠更斯等人。不善与人交往的牛顿并没有表现出太多的惊喜，再说，他现在最关心的事情是国王查理二世是否会批准巴罗院长的申请，给他颁布特赦令。
但除了耐心等待之外，牛顿什么也干不了。牛顿连续在伦敦呆住了5个星期，他还从来没在伦敦住过这么长时间。伦敦的繁华和热闹丝毫引不起他的兴趣，皇家学会每星期三举行的例会也让他感到心烦。
在焦急的等待之中，长期困扰牛顿的失眠症越来越严重了，他头上的白发也慢慢多了起来。对年仅30来岁的牛顿来说，这是不正常的；但对一个长期在实验室里操劳的科学家来说，“早生华发”又是再正常不过的了！
时间一天天过去了，牛顿终于等来了好消息。3月2日，宫廷里传来消息说，国王查理二世已经给他签发了一道敕令：
“允许艾萨克·牛顿就任卢卡斯数学教授时，可以不受神职而保留三一学院主修课研究员的职位。”
牛顿高兴极了！他长长出了一口气，如释重负。随后，他满怀感激之情向国王查理二世谢了恩。这天晚上，他美美地睡了一觉。
第二天一早，牛顿就匆匆地收拾行囊，乘坐马车返回剑桥去了。牛顿把这个令人兴奋地消息告诉巴罗院长。巴罗院长一把将瘦弱的牛顿揽入怀中，喃喃地说：
“我们总算做到了，我们总算做到了！”
在当时的英国，如果一个人想要在大学里出人头地，就必须按照常规，接受神职，这也是主修课研究员不准结婚的主要原因。得到了国王查理二世的特许，意味着牛顿可以抛开研究员不准结婚的陈腐规定，和自己心爱的女子结婚了。但命运往往会在人生的关键时刻搞一些恶作剧，牛顿唯一心爱的女子——斯托瑞此时早已嫁人了。对牛顿来说，这是他人生道路上的一个沉重的打击。从此之后，牛顿便决定终身不娶，以便潜心于科学研究。
（三）
保住了三一学院主修课研究员的职务之后，牛顿的性格越加孤僻了。他几乎每天都呆在屋子里，静静地思考或是做实验。偶尔出门活动一下，他也总是蓬头垢面，独自行动。三一学院的同事们早已习惯了牛顿奇怪的举动，尽量不去打扰他。就这样，牛顿独自完善着他的光学、数学和力学理论。
与此同时，牛顿还在进行着一项极为隐秘的活动——炼金。炼金术和中国的炼丹术一样，都是在科学技术不发达的时代产生的一种带有神秘色彩的活动。炼金术士认为，金属都是活的有机体，可以逐渐发展成为十全十美的黄金，而且可以用人工的方法促进发展的过程。炼金术便是在这种背景下诞生的。