无知者比有知者更自信。只有无知者才会自信地断言，科学永远不能解决任何问题。
——达尔文
（一）
1832年7月25日，经过20天的航行，“贝格尔”号驶入约德拉普拉塔的小海湾。海湾里的水又红又脏，但却很平静。第二天，船停泊在蒙得维的亚海湾。
刚一靠岸，达尔文就赶紧在蒙得维的亚上岸，迫不及待地想要去了解当地的情况。他从城旁的一座小山上放眼望去，只见一片无垠的绿色草原上有一群群被放牧的牛羊。
随后，达尔文向那些远处可以看到的辽阔的沙漠走去。在路上，达尔文向当地的高楚人询问当地是否有什么特殊的动物或植物？
高楚人想了想，回答说：
“这里的鸵鸟很奇怪，总是许多雌鸟集体下蛋，然后叫雄鸟去孵蛋，雌鸟再去别处集体下蛋。”
达尔文继续与助手走进沙漠，花了好几天时间观看鸵鸟下蛋的情形。经过仔细观察，达尔文终于弄清楚了，他高兴地对助手科文顿说：
“你看，雌鸵鸟三天下一个蛋，一次连续下十几个蛋，总共要一个月。这里天热，隔上一个多月，早下的蛋就会臭掉。所以，它们就集体下蛋，然后叫雄鸵鸟孵，它们再到别处继续下蛋。这样，之前下的蛋就不会臭了。”
弄清事情的真相后，达尔文十分兴奋，因为他很清楚，自己在这次考察中获得了许多以前不知道的知识。
几天后，达尔文又到蒙得维的亚远郊收集标本。在那里，他打死了一只水豚。这只巨大的水豚重达45公斤。另外，他还获得了一些美丽的蛇和蜥蜴，并收集了一些他喜爱的甲虫。
9天后，“贝格尔”号离开了拉普拉格，沿着海岸向南驶去，这样可以便于对海岸进行观察。然而他们沿途却遇到了风暴天气，这种天气一直持续了一周左右。贝格尔舰几次遇到危险，最终驶入了布兰卡海湾。
9月22日，达尔文一行在海湾周围航行。他们来到一个名叫蓬塔阿尔塔的地方。这个地方虽然风景平平，但天气晴朗，海水也很平静。达尔文在这里继续进行考察。
直到10月8日，达尔文都在这里挖掘。他发现了几个含有贝壳化石和骨化石的山岩，接着又在含石灰质较少的岩石中挖掘出一个大型动物的头骨。达尔文花了三个小时才弄出这个与犀牛很相似的动物颅骨，后来还挖出一个巨大的颌骨，并根据其牙齿判断其为大懒兽，为早已确定的树懒科。
让达尔文感到惊讶的是，所有这些挖掘出来的化石都充分地证明了莱尔观点的正确性，而灾变论者的观点是错误的。
随后，达尔文怀着兴奋的心情给亨斯洛教授写了一封信，信中描述了这次的收集品，尤其是有关化石的事，还把这些搜集品寄给亨斯洛教授。
10月17日，贝格尔舰和两只已改装一新的小帆船一起向南进发。两条小帆船由斯托克斯和威科姆分别指挥完成勘察任务，而贝格尔舰则起航驶向蒙得维的亚和布宜诺斯艾利斯，打算在那里再补充些食物，然后前往火地岛。
10天后，经过维修和食物补充后的贝格尔舰离开布宜诺斯艾利斯，向火地岛驶去。
（二）
火地岛位于南美洲的南端，在麦哲伦海峡以南，是一个多山的国家。那里的悬崖上长满了茂密的森林，森林地带高300-500米，积雪地带高度可达1000米。森林里的地上堆满了大量腐烂的小叶植物，脚一踏上就会陷下去。
看到大量已经死去的植物和正在生长的植物交混在一起，达尔文觉得火地岛在一定程度上很像热带森林。
贝格尔舰刚一进入火地岛港口，山上就有篝火点燃了，一缕缕青烟升起来。接着，岛上一处接一处地飘起青烟。火地岛人正在用这种独特的方式相互通知：有外国人来了。
这里的人脸上都涂着五颜六色的花纹，他们以部落的形式生存，很多部落的人都以软体动物为食。男人们经常乘着独木舟出海去捉海豚和鲸鱼，妇女们则潜入水中捉海胆或捞贝壳，有时也坐在独木舟上钓鱼。如果有幸打死一头海豹或找到一头死去的鲸鱼，对他们来说就是节日了。
在火地岛进行考察充满了危险，有些火地岛部落的人对探险者充满敌意，冲突随时都会发生，因此需要处处小心谨慎。
经过考察达尔文发现，这里的动物很缺乏，树林中鸟类较少，爬行动物几乎没有，甲虫、蜘蛛和蜜蜂也很少，但海洋生物却很多，海藻也十分茂盛，海藻丝上还密密麻麻地粘着一层水螅。各种鱼儿在海藻丛中都能找到栖息的地方和食物。
不过，达尔文还是幸运地在火地岛发现了两种奇特的蜥蜴。其中一种身长几米，脚上长着能在水中游泳的蹼。这种蜥蜴可以游到离岸好几百米远的地方。达尔文将它的胃剖开后，发现它们吃的全是海藻。
另外一种蜥蜴正好相反，脚上没有蹼，也不会游泳，只能在陆地上生活，并且跑得相当快。
这两种蜥蜴生活在同一片天空下，却有着完全不同的生活习性。
过了1833年新年后，船员们便乘着两只小船深入火地岛内地勘测。小船艰难地逆水而上，绕过许多悬崖险滩，来到一片河滩地上。舰长命令大家休息进餐。大家陆续上岸后，拴好船，便到河滩边上生活做饭。达尔文和海员们在河滩上散步，欣赏周围的景色。
忽然，对岸冰山上的一块巨型冰块猛地滑了下来，“轰隆”一声落入河里，激起的巨浪向系在岸边的小船扑来。船上装的全是储备的食物和火器。
达尔文见状，奋不顾身地冲上去死死抓住一艘船的绳头，拼命地往河滩上拉。其他人见状，也急忙抓住另外一只船。由于抢救及时，才保住了两只小船，这突如其来的灾难没有给他们造成什么损失。
第二天，菲茨罗伊舰长召集大家宣布：
“为了表彰昨天达尔文先生的英勇行为，我决定将这片水域命名为‘达尔文海峡’。这个名字将被载入我们的勘测图。”
2月26日，贝格尔舰驶离火地岛，顶着大风向福克兰群岛前进。在抵达路易港之后，他们才获悉许多殖民地国家现在都在物色以前的无人岛。而英国占尽先机，抢先占领了这些岛屿。尽管如此，英国住在这个岛屿上的全部居民也只有24个人。
这个岛屿被长在泥炭土壤中的硬草所覆盖。达尔文在这里进行了长时间的观察，发现全岛都没有树木，而海岸边上有巨大无毛的海生蛞蝓属和白色海牛属所产的卵子，一次产卵居然达到60万粒，可长大的海牛属动物却十分罕见。
达尔文专门寻找了长大的海牛属，也只找到了7个。要让如此稀有的长大了的海牛属动物保存下来，得牺牲多少卵子或胚胎啊！达尔文对此进行了思考，他认为，一定是这些软体动物及它们的卵容易成为海鱼的美食，因此它们就通过这种大量繁殖的方式来延续后代。这种现象说明，动物也具有适应环境的能力，即适应性。
（三）
几天后，“贝格尔”号又向北驶去，停泊在马尔多纳多。在这里，达尔文离开贝格尔舰搬到小城镇去住了两个月。
在小镇里，达尔文经常外出游览潘帕斯草原。这是一片覆盖着绿草地的草原，放牧着无数的山羊。他每天都在那里进行考察整理，对那里的飞禽走兽和爬行动物了解得很清楚，还收集了80多种鸟类标本。
潘帕斯草原有很多有趣的鸟。当地居民的院墙都是用土筑的，有一种造屋鸟总是将这些薄薄的土强当成土丘来打洞，给居民带来很大麻烦。土墙很快就被打穿了，可这种鸟似乎没有厚度概念，换个地方接着再打洞。所以，院墙上就被它们打出许多圆窟窿。
有一次，达尔文还看到一种非常奇特的剪嘴鸟，它的嘴部侧面看上去就像一柄裁纸刀，而且下嘴部比上嘴部长一些，与其他的鸟截然不同。这种鸟成群地掠水飞翔，一看到小鱼，马上就用下嘴将其铲起，然后用上嘴夹住，把小鱼吃下去。
在这里，达尔文还捕获了几只鹿，并注意到鹿身上散发出的一股浓烈而又经久不散的气味；他还观察了少量被吓破胆的长着大颚的最大啮齿动物水豚，并特别注意到了在土里乱拱的、具有鼹鼠习性的小啮齿动物吐科鼠，这种鼠总是断断续续地发出哼哼声，有的眼睛都瞎掉了，可能是眼角膜发炎所致，但这并不影响它们的正常生活。
在潘帕斯草原，达尔文还看到了许多奇特的自然景观。在一座沙石小山中，他发现了一种玻璃状的胶质细管，管子的内面光亮平滑，像玻璃一样。原来这是闪电打入沙土后形成的。
当地的居民，包括大庄园主和牧主缺乏知识的程度让达尔文吃惊。达尔文用罗盘确定方向，让他们觉得好像遇到了外星人。他们向达尔文提出各种问题，如：地球和太阳哪个在运动？向南去是更热还是更冷？船上的人为什么天天都要洗脸？等等。达尔文都耐心地给他们解答。
6月末，达尔文带着他这段时间收集来的全部标本回到“贝格尔”号，开始整理从马尔多纳多得到的宝物，并对此进行了简要说明。这时，当他获悉菲茨罗伊舰长准备绕过合恩角转向美洲西海岸去考察时，感到很高兴。
7月8日，“贝格尔”号离开马尔多纳多，在电闪雷鸣之中向里奥内格罗驶去。
里奥内格罗河口位于南美洲东海岸的最南部，居住的都是白人。这个河口屡遭印第安人的侵犯，达尔文在这里见到了几处被印第安人破坏的牧场，还听到一些击退印第安人进攻的故事。
途中，达尔文离开“贝尔格”号，对海岸的地质状况进行了考察，发现有一些巨砾似乎是从遥远的安第斯山脉冲到这里来的，让他感到很惊奇。
随后，他参观了盐湖，观赏了湖上的火烈鸟。从高楚人那里，达尔文还听说有一种鸵鸟新种代替了普通的南美鸵鸟，这种鸟后来被命名为达尔文鸟。它个子娇小，两腿较短，腿上还长着短短的羽毛，全身的羽毛颜色较深。
达尔文本想去布兰卡港，但却来到了布宜诺斯艾利斯。在那里稍作停留后，他又回到布兰卡港，并于8月24日等来了“贝格尔”号。
次日，“贝格尔”号又向拉普拉诺驶去，达尔文则留下来，步行继续前往布宜诺斯艾利斯。在蓬塔阿尔塔，他收集了许多化石，并至少挖掘出不下5种贫齿类化石：大懒兽、磨齿兽、臀兽、巨树懒等。另外，他还发现了一只披有骨质甲片的大犰狳遗骸，其个头庞大，南美洲的犰狳也无法与之相比。
这些发现让达尔文很感兴趣，因为这些化石与研究物种起源问题有着密切的关系。在这里，达尔文认识了4种现代犰狳，其中有3种都分布在更远的南方，而另外一种是在布兰卡港以北的地方碰见的。因此，在从北到南的旅途中，达尔文发现哺乳动物和鸟类的相似形态都是互相更替出现的。有关这些近似物种的总起源这种想法，时不时地在达尔文的脑海中出现。
在对动物的研究中，达尔文还去过一个绿草如茵的地方。当地的居民告诉他，这里的生态平衡相当和谐完善：野草养活家畜，家畜的粪便又滋养了这里的野草。在附近的瓜尔基亚，他还发现许多如茴香一样在欧洲很普遍的植物，还发现了很多西班牙蓟，所以达尔文据此又证明了莱尔的一个观点：
“人类活动是植物分类的一个重要原因。”
（四）
1833年9月12日，达尔文又返回布宜诺斯艾利斯。一周后，他沿着巴拉那河到圣菲镇旅行。
10月2日，达尔文来到圣菲。这里气候温和，到处都是高高的商陆树，还有一些仙人掌和其他植物的新品种。在这里，达尔文看到了不少新的鸟类。
后来，他沿着巴拉那河到了东岸圣菲巴亚达，开始对那里的地质状况进行考察。他确信，南美洲东岸曾经有一次剧烈的上升。
在动物的遗骸中，达尔文发现了一个巨大的犰狳化石甲壳、箭齿象和柱齿象的牙齿，还有一颗马牙。在途中，他听说了许多关于动物在1827-1830年大批死亡的事，这也解释了他为什么有时能挖到很多被埋葬在一起的动物。
10月12日，达尔文突然感到头痛不适，只好乘坐一只小船返回布宜诺斯艾利斯。沿途路过树木茂密的群岛时，达尔文又看到了许多美洲豹。这种动物在这里特别多，它们锋利的爪子能把树皮抠下来，还经常袭击马、牛等动物和人类。
在布宜诺斯艾利斯没有等到“贝格尔”号，达尔文又赶到蒙得维的亚。11月4日，他在这里等到了“贝格尔”号。但它要到12月初才起航，因此达尔文再次上岸，准备用两周的时间对乌拉圭进行考察。
三天后，达尔文来到了第一个目的地——克罗尼亚·德尔·萨克拉明托。在附近的牧场中，他发现了像狮子狗一样的本地牛“尼阿塔”。这种奇特品种的动物只能进食很高的草类。如果遇到大旱，这些因上唇短而不能吃矮草的动物就会饿死。
此后，达尔文又到了德赛德斯考察。在从德赛德斯返回的途中，他偶然发现了一些古生物残骸，还有这里一些地方的名称，如兽河和巨兽山就表面大量动物都灭绝于此。
12月7日，“贝格尔”号离开蒙得维的亚，往南向巴塔哥尼亚方向驶去。在这次航行途中出现了一个奇特的现象：无数的白蝴蝶向“贝格尔”号扑面而来，水手们都说仿佛“下了一场蝴蝶雪”。
在距离离连得角不远的淡水湖中，达尔文还捞到了海中浮游的活甲虫，其中一部分是淡水栖甲虫，一部分为陆栖甲虫。达尔文认为，应该是有一条来自淡水湖的小河在这个地方流进了海里。
12月30日，“贝格尔”号驶入了好望角，达尔文的面前是一片真正的荒漠。在荒漠斑驳块体的上面，是一片辽阔的草原，还混杂着淡白色泥土的圆形砾石，地面长着棕褐色的草或多刺的灌木丛。
24日这天，达尔文射中了一只羊驼，圣诞节鲜美的大餐总算有了着落。不知不觉间，达尔文已经在船上度过了一年多的时间，他已经成为一个有一定经验的博物学家和旅行家了。
由于不断地搜集研究，达尔文对物质起源这个问题研究得日渐透彻。而且因为发现了许多动物化石，以及对其他动物的分布、先前活动迹象等进行了大量细致的观察，让达尔文对莱尔的某些观点也产生了怀疑。当他还只会采集、收藏时，他就已经表现出对科学执着的追求精神；而现在，作为一名成长起来的博物学家，他更学会了怎样去研究和思考。达尔文的思想在此基础上变得日渐趋于成熟。