我不能忍受游手好闲，因此，我以为只要我能够做的，我就会继续做下去……
——达尔文
（一）
在华莱士事件发生后，达尔文加紧了关于物种一书的写作。根据有关记载，达尔文是在怀特岛上的三塘开始这一工作的。
1858年7月20日到8月12日，达尔文虽然感到身体不适，但依然坚持每天工作几个小时。然而，达尔文发现，这个摘要要比他预计的长得多。他已经将说明某些论点的事实限制在最低限度内了，已经不能再压缩了，可仅自然选择的第一章就占据了40多页。
达尔文写信给胡克，询问下一步该怎样进行才好。胡克回信建议达尔文将摘要分成几个部分，分别在《林耐学会会报》上发表。
虽然达尔文觉得胡克的建议很有道理，但他却担心这样发表会令理论过于分散，读者读起来会觉得理论不完整。
果然，当第一部分的摘要在《林耐学会会报》上发表时就遇到了麻烦，编辑不同意这样分散刊载。
因此，达尔文便决定以1856-1858年写的初稿为基础，正式撰写他的物种理论专着。这一决定，推动了举世闻名的生物学巨着——《物种起源》的诞生。
在写作期间，胡克简直成了达尔文忠实的顾问，达尔文几乎每写完一章都要寄给胡克，征求胡克的意见。让达尔文感到高兴的是，胡克看了以后并没有发现许多错误，但却给达尔文提出了许多宝贵的意见。
1858年9月，英国科学协会代表大会在利兹召开。会上，古生物学家理查德·欧文在开幕词中分析了“物种的创造或形成”问题。欧文的发言本来是想调和一下两个对立派之间的观点，因为当时关于物种问题有两个对立的观点存在：一种认为，物种起源是通过创造活动形成的；而另一种观点认为，物种起源是进化的“自然”过程。
虽然会议并没有对两派观点真正达成调和，但却客观上帮助了达尔文的事业。因为欧文的发言是代表大会广大听众所讲的，当时英国最着名飞学者和专家都出席了此次大会，大多数学者和专家似乎都接受达尔文的学说。会议结束后，人们简直已经是迫不及待地想要看到达尔文的这部着作了。
到12月底，达尔文已经完成了300多页的手稿，他估计还要再完成150-200页。经过这段时间的写作，达尔文写信对胡克说，还是出版单行本比较好些，毕竟“这个课题实在太大了，不能在任何学会中对它进行讨论”，更何况一些好事者还会“将宗教问题扯进来”。
到1859年3月，达尔文已经写好了关于地理分布的一章。3月6日，达尔文写完了关于分类法、形态学、胚胎学等内容的最后一章。
在即将完稿时，堂兄福克斯听过达尔文的身体状况后，特意写了一封信给他，劝他多注意身体，不要为了名誉而让自己太辛苦。达尔文回信说，堂兄误解他了，他并不是为了什么名誉，而是为了一种试图发现真理的本能在工作。
达尔文说得很对，在今天看来，达尔文的物种起源学说的确带给他巨大的荣誉；可在当时，否定创世理论是需要承受巨大的压力的。伟大的科学家哥白尼在自己临终前才敢于拿出他否定地心说的《天体运行论》，布鲁诺则因宣传哥白尼的学说而给活活烧死。这些都说明，当时摆在达尔文面前的道路上绝不是铺满了鲜花，而是充满了荆棘。
（二）
在19世纪50年代时，英国的出版商大多数都热衷于文学作品和通俗读物。因此，当达尔文的初稿完成后，便请求莱尔帮他同出版商约翰·莫里先生联系一下出版事宜。为了出版这本讲述真理的书，达尔文不得不进行一些策略的考虑，因为他很担心莫里先生会因为这本书中的一些非正统观点而拒绝出版。
莫里曾出版过莱尔的《地质学原理》，但对是否出版一本关于物种起源的科学论着还比较犹豫。因为科学专着的发行量一般比较小，赚不到什么钱，弄不好还可能亏损。何况，当时莫里并不认为达尔文的这部着作能成为名着，倒是觉得有些过于标新立异。
为了能让达尔文的这部着作得以出版，莱尔以科学史上一些伟大的标新立异的着作，如哥白尼的《天体运行论》、伽利略的《关于托勒密和哥白尼两大世界体系对话》等来劝说莫里先生，最终莫里先生勉为其难地答应先印上1250册。
1859年4月初，莫里回信告诉达尔文，他同意出版这本书，然而关于书的标题达尔文与莫里先生之间出现了一些分歧。达尔文觉得书名应叫《关于通过自然选择的物种和变种的起源一书的摘要》，而莫里先生却坚决反对叫《摘要》，莱尔则不赞成用“自然选择”这个术语。不过，达尔文坚持自己的意见，并认为“选择”这个名词，畜牧家和一般人都能理解，对他们可以更好地说明家养动物和野生动物的选择原则的共同性。
就在《物种起源》开始排印时，又出来一件事，让该书的出版又差点泡汤。原来，达尔文每写完一章都会寄给胡克看，而胡克将稿子给达尔文寄回时却丢失了一部分。幸好达尔文还留有底稿，否则就会大大延误出版时间了。
6月份，达尔文看到了被陆续排印出来的手稿清样，结果感到非常不满意。因为他发现自己的文笔非常差，需要修改的地方很多。他马上写信给莫里先生，请求再让他修改一遍。这次修改，达尔文几乎将清样涂得满纸乌黑，还粘贴上许多纸条。
之所以这样不遗余力地注意文笔，是因为达尔文担心这样写出来的东西读者会因为文体的枯燥而影响对进化论思想的接受，那样就会很少有人愿意耐心地阅读它。要想让读者接受自己的理论，他就要将科学真理用最优美、最通俗流畅的语言写出来。另外，他还将校样寄给莱尔和胡克，请他们在事实和证据上为他修改一些错误。
9月初，第一次校样基本修改完了。随后，达尔文打算再用几周的时间修改第二次校样，写完后就去休养看病，因为这段时间他累坏了，身体感到了明显的不支。
1859年10月1日，达尔文校完了该部着作的最后一个样张。从开始写作到最终完成，一共历时13个月零10天。第二天，达尔文就在埃玛和孩子们的陪同下，拖着疲惫不堪的身体到艾克蕾矿泉疗养所进行疗养去了。
1859年11月24日，《依据自然选择的物种起源》（简称《物种起源》）这一伟大的着作正式出版了。
这一天，莫里先生的书店出现了前所未有过的热闹场面：人们都来这里竞相购买这本刚刚出版的新书。长期以来，这些人被达尔文的着作吊足了胃口，现在终于等到着作出版了。在购买书的人当中，有大学生，有园艺家，有畜牧家，有绅士，还有牧师……
不到半天的时间，从印刷厂里拉来的300本书就卖完了，这让莫里先生又高兴又发愁。高兴的是，书店里的生意从未这么火爆过；发愁的是，书马上就卖完了，可前来求购的人还是络绎不绝。他马上吩咐店里的伙计到其他书店去看看有没有多出来的书。伙计跑遍了伦敦的书店，结果都是一样，书已经全部销光了。
在仅仅一天的时间里，1250册书全部销空，而且还不断有人前来寻购。这在当时英国同类书籍的发行史当中可是一个了不起的创举。
（三）
《物种起源》的成功，让达尔文感到有些始料不及。当初他其实只想印几百本，卖给一些专家和学术团体的图书馆作为参考资料，没想到书一出版居然成了畅销书。许多购书者从德国、美国等世界各地纷纷而来，都要一睹达尔文这部着作的真面目。到1862年，该书已经出到第五版，并被译成了三种外国文字。
《物质起源》的畅销也说明当时的人们对于物种起源这一问题还是十分关心的，但是，书的大卖并不代表读者就都能接受达尔文的这一生物进化理论。
在当时的英国，许多受过教育的人都是信仰宗教的，包括绝大多数的科学家在内，都认为《圣经》中的上帝创世说是正确的。因此，《物种起源》的出版无疑就像一石惊起千层浪。各种人在阅读了这部书以后，都作出了比较强烈的反应，一些学者们甚至竭力论证达尔文学说的荒谬和错误。
在这些反对达尔文的人当中，还包括达尔文的老朋友莱尔。达尔文曾说，《物种起源》的出版离不开胡克和莱尔的大力支持，可是莱尔对书中的主要观点所持的态度并不完全赞同。
莱尔曾在地质学领域点燃了反对旧理论、旧思想的火焰，将地质学从“上帝创造的行动”中解放出来，并向生物学投放了光明。所以，莱尔的理论推动了达尔文向进化论方向的转变，并为胡克与赫胥黎等人接受达尔文的理论铺平了道路。可以说，莱尔是当时科学界中的伟大人物之一。
莱尔认为，在地球上起作用的各种力都是不变的，地球也不是按照一定的规律和方向发展的，而只是毫无联系、偶然地变化着的。虽然他发现了古今物种存在悬殊的大量事实，本来也很容易得出物种变异的理论，可长期以来他一直坚持物种不变论。
因此，当他看到达尔文《物种起源》的校样时，与达尔文在物种是否由上帝创造、物种变与不变、进化过程有无创造力干预等十分重要的问题产生了原则性的分歧。
但是，莱尔的伟大之处在于：他没有凭着自己在科学界的地位去打压甚至扼杀达尔文的这些理论。这可能与他个人的经历也有关，当年他的《地质学原理》问世时，就曾饱受科学界一些学者和神学论者的诘难和压制。所以，虽然《物种起源》中的一些观点与他的《地质学原理》中的一些观点背道而驰时，他虽然不完全赞同达尔文的观点，但对达尔文《物种起源》的研究工作还是给予了由衷的支持和帮助，并给予这本书适度的肯定，认为这本书推理严密，论证有力。
另一个曾对达尔文产生过较大影响的人，也同样不赞同达尔文《物种起源》中的观点。这个人就是赛奇维克教授。
赛奇维克教授是达尔文在剑桥大学时期的导师，达尔文的第一次地质考察就是在他的带领下进行的。但是，赛奇维克教授是个很守旧的人，不愿意接受新思想、新理论。当初莱尔刚刚提出他的地质学说时，赛奇维克教授就坚持用居维叶的灾变理论加以驳斥；现在，他曾经的得意门又提出了生物进化论，甚至还出版了《物种起源》一书，这简直同他信奉的上帝创世说形如水火，他自然是难以接受的。
1859年12月，《物种起源》刚刚出版一个多月后，达尔文就收到了老师赛奇维克的信。在信中，赛奇维克教授说他不能接受达尔文的荒谬观点，认为这本书的出版简直是让人无法忍受的恶作剧，并说达尔文的结论中多半都是错误的。
不仅如此，赛奇维克教授还发表文章公开驳斥达尔文的理论，认为如果按照达尔文的自然选择法则，那就会出现这样的情况：
“人类就会受到损失，人性就会受到摧残，人类就会堕落，堕落的程度比我们在人类史中可以查到的任何一次都要巨大……”
他还在《旁观者》杂志上发表评论文章，讽刺达尔文的学说就像“用一串肥皂泡做成的一根绳子”，指责达尔文头脑腐朽，并宣称自己要同达尔文的进化论斗争到底，绝不停止对达尔文的批评。
赛奇维克批判达尔文理论的文章充满了愤怒、讽刺甚至是嫉妒，让达尔文既痛惜又愤慨。他在给葛雷的信中提到“可怜的老赛奇维克对《物种起源》发出的狂怒”时说：
“我永远不相信宗教裁判者会是一个好人。但现在我知道了，一个人可以火烧另一个人，同时又可以有一颗像赛奇维克那种既慈善又高贵的心。”