“欧文先生，您说的事实就一定是事实吗？最近我也在对人脑、大猩猩的脑和猕猴的脑作比较。我是学医学的，对人脑的大小、形状等都非常清楚，大猩猩的脑同人脑的接近程度要远远超过猕猴。而且，我有具体比较试验的数据可以证明。我所了解的事实是：大猩猩的脑更接近人脑，而不是猕猴的脑。我不知道欧文先生所谓的‘事实’是如何得来的，请您拿出您的证据来。如果拿不出，就不要以所谓的‘事实’来断言达尔文先生的理论是错误的，这只能说明您的态度是不科学的。科学要求我们以事实说话，而您这样讲岂不是太轻率了吗？”
欧文没想到，赫胥黎最近正在研究人猿同祖的问题，这让他碰了个大钉子，一下子将自己推入了尴尬的境地。于是，这天的论战以赫胥黎赢得了第一回合。
（三）
1860年6月30日，纽约的茨威波特博士也准备在大会上宣读一篇论文，题目为《论欧洲的智力发展兼论达尔文先生的观点》。这天，进化论的反对派代表、牛津大主教威尔伯福斯带着许多教士和保守的学者，准备彻底“摧毁”达尔文的无神论学说。
茨威波特博士的论文并没有多大的吸引力，只宣读了一半，下面就一片窃窃私语声了。好不容易宣读完毕后，威尔伯福斯大主教便走上讲台，对主席亨斯洛教授说：
“主席先生，我要求发言。”
威尔伯福斯是牛津的主教、数学家，对自然史了解甚少。但这位被欧文“塞满”了许多反对达尔文观点的宗教界发言人，妄图用连篇累牍的花言巧语蛊惑人心，控制会场，抨击达尔文。他对生物学根本是一窍不通，对进化论更是极端无知，之所以敢大肆批判进化论，就是仗着欧文“拼凑”给他的那些所谓的根据。
他首先将欧文为他找的“证据”通通列举了一遍，然后又责问道：
“达尔文先生要我们相信所有的动物和植物都是由第一个原生细胞繁衍下来的，蘑菇也是原生细胞，那么是不是说我们生活中的动物和植物都是由一个蘑菇变来的呢？达尔文先生可真会变戏法啊！我们的信仰是上帝赐予我们的，我们怎么能抛弃上帝而去相信达尔文那些没有根据的理论呢？”
威尔伯福斯的演说很吸引人，充满了对达尔文的冷嘲热讽，博得了他那些追随者们的阵阵掌声。
主教此时十分得意，以为自己无知的言论可以击溃达尔文的进化论。这时，他又走到赫胥黎面前，挑衅地说：
“赫胥黎先生，您那么支持达尔文，我倒想知道，您是依靠您的祖父还是依靠您的祖母同无尾猿取得亲缘关系的呢？”
这种无理的、粗鲁的、带有侮辱性的挑衅引起了神学人士和“神创论”人士的哄堂大笑，同时也惹怒了站在过道中的一些大学生，他们觉得主教的语言和行为对赫胥黎教授是一种极大的不敬。大家将目光齐刷刷地投向了赫胥黎，大学生们更是齐声喊道：
“请赫胥黎先生讲话！赫胥黎！赫胥黎！”
赫胥黎镇静自若地站起来，不慌不忙地走到讲台上，语气铿锵地说：
“主席阁下，应大家的要求，我来讲几句。”
“我很感激刚刚威尔伯福斯大主教在这里所作的那篇奇妙无比的演说，……至于主教向我提出的问题，不论是侮辱还是嘲笑，我都不介意。我们在这里开的是科学会议，是讨论怎样发展我们的科学事业，清除阻碍科学发展的障碍。而主教先生的演讲充分说明，他关心的不是科学，而是上帝；主教先生的演说也不是在讨论科学，而是在布道，因为他满嘴讲的都是一些无知的外行话，所举的反对达尔文先生的例子更是连一点起码的科学常识都没有！……我不想在这里列举大主教的诸多无知，我要说的是，这样一个对科学无知的人，怎么能参加我们这个讨论科学发展的会议呢？”
赫胥黎的话刚落，大厅里立即响起了热烈的掌声。尤其是那些大学生们，鼓掌鼓得特别起劲。
接着，赫胥黎又用慷慨激昂的声音说：
“主教大人刚刚谴责达尔文先生的理论是愚蠢的，他可能不知道，这一理论是达尔文先生花了22年的时间搜集资料、查阅文献、不断实验后才的出来的。……每一个观点都是有根据的，绝不像某些人没有根据地在这里信口雌黄。只要读过《物种起源》的人都知道，书中到处都可见到确凿的事实，而且那还只是达尔文先生列举出来的极少的一部分。
“关于人类起源于猿猴的问题，当然不能像大主教那样粗浅地理解。这只是说，人类是由类似于猿猴那样的动物进化来的，而且这也是作为一个科学问题来研究的。而主教先生却完全不以研究科学的态度向我提出问题，只是利用听众的宗教情感对我发难。我觉得，任何一个人都没有理由为他的祖先是无尾猿而感到羞耻。我感到羞耻的倒是这样一种人；无视事实，信口胡说，善于权变，粉饰自己的无知；不安分于自己职业范围内的事，却插足于他一窍不通的科学领域中来。所以，他只能避开辩论的焦点，用花言巧语和诡辩的辞令转移听众的注意力，以宗教的偏见和情感来压倒对方。这样的人才是最该感到羞耻的！”
赫胥黎以平静的语气、充分的说理，有力地回击了大主教，博得了绝大多数听众的好感。他的话音一落，场上便响起雷鸣般的掌声，那些年轻的大学生更是个个喜形于色。原来那些准备讨伐达尔文的人，一个个都缩了回去，谁也不敢再要求发言了。
随后，胡克也上台发言。他只是作了简短的演说，一方面指出威尔伯福斯主教对达尔文着作的曲解，分析这位主教其实没有读懂或根本没有读过《物种起源》；另一方面，他讲述了自然选择可以很好地解释他所研究的植物现象。所以他的结论是：他心悦诚服地接受达尔文的这个理论。
刚才还神气万分的威尔伯福斯主教听完胡克的发言后，再也没有勇气登台答辩了，只好悄悄地离开了会场。这场妄图扼杀达尔文进化理论的论战，最终以科学战胜宗教而告终。
（四）
在牛津的论战结束之后，赫胥黎为了进一步宣扬达尔文的进化学理论，根据自己多年从事动物学、比较解剖学、生理学和古生物学研究的经验体会，利用休息时间在伦敦圣马丁教堂的讲演厅中向工人们通俗地讲解了进化理论。
赫胥黎那广博的知识、通俗易懂的语言，以及清晰的表达方式，吸引了很多听众前来。除了工人之外，还有学生、学者、大学教授，甚至马克思的夫人燕妮女士都来这里听他的演讲。
同时，《物种起源》的影响也很快从伦敦蔓延到欧洲大陆和大西洋彼岸的美国。
在德国，着名胚胎学专家冯·贝尔公开表示支持达尔文的学说；弗里茨·米勒写了一本以《支持达尔文》为书名的书，高度赞扬了达尔文的理论和着作；而动物学家海克尔更是达尔文理论最热情的拥护者，1863年，海克尔在出席德国自然科学大会时，直率而肯定地宣称：达尔文主义传播了新的世界观。
在俄国，达尔文的理论也很受欢迎。《物种起源》发行不到两个月，俄国彼得堡大学的库托尔加教授就开始在课堂上讲授《物种起源》和达尔文的一些新观念，并在报刊上发表文章，表示支持和赞扬达尔文的学说。
但在法国，由于受灾变论思想影响，人们对达尔文的理论大多采取冷漠甚至嘲讽的态度。一直到1867年后，才有古生物学家吉恩·葛德利发表论文表示支持达尔文的观点。即便这样，他还是受到了排斥和孤立。
在美国，达尔文的学说同样遭到了强大的阻力。美国着名博物学家阿加西斯甚至专门撰写文章批评达尔文的理论。不过很快，美国就爆发了一场扞卫达尔文学说的斗争。
可以说，到19世纪60年代中后期，《物种起源》的理论已显着占据上风了，一些支持进化论的着作相继出版，达尔文的理论也被广泛传播开来。此后，他便不断获得对他作品的奖励和赞许，世界各地的学院和科学团体也都纷纷颁发给他奖章、勋章等，授予他各种博士、名誉院士、名誉会员等头衔。不过，达尔文对这些东西一向比较淡漠，有几张奖状甚至还遗失了。
教会人士和神学学者们对达尔文理论的态度也逐渐发生了变化，他们在教堂上的神坛上虚情假意地说，达尔文的学说并不抵触宗教观念；相反，自然选择的理论与神学是完全相符的。至于以前对《物种起源》的抨击都纯粹是出于误会。他们还散布谣言，称达尔文是个有宗教信仰的人。事实上，达尔文一生对宗教都持一种很复杂的态度，甚至是有些反感的。对达尔文来说，生命将由科学来解释，而非宗教教义。
总之，虽然《物种起源》的出版引来了一次又一次的轩然大波，但它的确成为自然科学史上的一个最为重大的事件，同时也成为19世纪绝大多数有学问的人改造世界观的开始。达尔文相信，物种起源学说终究会为生物学领域带来充满曙光的未来。