凡事必须要有统一和决断，因此，胜利不站在智慧的一方，而站在自信的一方。
——拿破仑
（一）
随着拿破仑的战绩越来越令人瞩目，巴黎督政府对拿破仑日渐增长的权势和不断提高的声望也越来越感到不安。督政府的政要官员一方面贪得无厌地享受着拿破仑从撒丁王国、教皇国和意大利各公国勒索来的大量财物，并兴致勃勃地欣赏着拿破仑掠夺来的一流油画和雕像，一方面又从心底厌恶这个才华非凡、桀骜不驯的年轻军官，害怕他的功业有朝一日会动摇自己的统治地位。
督政府的担心不是没有道理，此时的拿破仑不再是获胜共和国的一位将军，而是一位按照自己意志行事的征服者。他有更为远大的理想，那就是成为未来的领袖。他对法国外交官奥·德·梅里托说：
“您是否设想在我意大利的胜利，仅仅是为了给督政府的那些律师们，为了给卡尔诺和巴拉斯增添荣誉？……国家需要一个领袖，一个以其功业驰名的领袖，而不是一个以其管理学说以及理想家的高谈阔论和讲演闻名的领袖。”
为了实现自己的雄心壮志，住在米兰的拿破仑时刻都在密切注视着巴黎的动向。
1797年5月的一天，拿破仑收到法军占领地里亚斯特一位急使送来的公事包，这个公事包是从一个名叫德·昂特雷格的保王党那里没收来的。在这个公事包中，拿破仑发现了一个惊人的文件，那就是五百人院的主席、因征服荷兰而出名的皮什格鲁将军暗通保王党，企图帮助保王党推翻现任的督政府。拿破仑觉得自己的机会来了，他要有所行动了。
这时，巴黎的政局的确是动荡不安。在法国葡月流血事件发生后，保王党虽然元气大伤，但其余孽在法国西部重新发动暴乱；法国国内还有一些人暗暗联合起来，企图推翻现存的私有财产制度，实现共产主义。但这些过激的革命运动因走漏风声而以失败告终，主谋们也在1797年5月被送上了断头台，追随者们则全部被流放。
激进分子的行动失败了，但他们的企图却让资产阶级震惊，也令法国人民震惊不已，尤其是那些定居在被没收的贵族和僧侣土地上的农民，他们害怕一旦这些革命成功，他们所居住的土地也会被没收，他们将再次变为无家可归的流浪者。在经历了一连串的政变后，人们需要休养生息，过平静的生活，不再希望发生任何动乱和革命。
人们的情感转向对保王党十分有利，趁着督政府惩治那些激进分子时，保王党出手了。在改选元老院和五百人院的三分之一议员时，保王党赢得了大部分的席位。巴拉斯、勒贝尔等督政府官员虽然经常开会计划对保王党下手，但最终也没有付诸实施。形势对巴拉斯一派十分不利。
在米兰截获了保王党公事包的拿破仑预见到：保王党和共和党之间的斗争即将爆发了。对此，他的下属和朋友们开始催促他立即决定自己的立场，但拿破仑考虑再三，认为现在自己的功劳还不足以支持他获得最高权利，因此他决定保卫共和国，反对王政。
其实在拿破仑的内心里，他早就瞧不起那个懦弱、无决断的督政府了，并且也作好了不能永远为督政府服务的打算，但他更不希望波旁王朝取胜。所以，保卫这个令他不屑一顾的督政府，无非就是保卫一个能让他达到权利巅峰的政权而已。
（二）
拿破仑的政治手段非常高明，他不会让自己在众目睽睽之下锋芒毕露，他要秘密采取行动。
1797年7月27日，拿破仑派遣政治观点偏激而又好大喜功的将军奥热罗回到巴黎。奥热罗是部队中最善战的一个师的师长，同时他还会吹嘘自己英勇而贬低他的主将。这样，拿破仑就将自己置于这个政治旋涡之外了。
拿破仑给巴拉斯写了一张字条，称奥热罗是为“料理私事”回巴黎的，同时还带去了军队的请愿书，表示“远征意大利的军人们绝对效忠于宪法，效忠于督政府”。没有人会怀疑拿破仑是秘密指示奥热罗去执行政变的，拿破仑将自己的企图掩盖得严严实实。
奥热罗回到巴黎后，口口声声要杀光保王派，督政府还任命奥热罗为军事司令官。1797年9月4日，奥热罗下令所有部队开赴指定地点，占领了首都所有战略要地，然后闯入五百人院，将那里的保王派和他们的头领皮什格鲁将军都投进了监狱，大批保王党人遭到逮捕。就这样，政变在没有任何抵抗下便圆满完成了。
政变胜利了，拿破仑向督政府表示祝贺。然而，督政府对拿破仑始终不放心，他们想方设法对付拿破仑。现在，领导政变胜利的奥热罗正了他们的“新武器”。奥热罗被任命为莱茵方面几万大军的指挥官，这让这位虚荣心极强的将军认为自己已经可以与拿破仑平起平坐了。
在督政府的怂恿和支持下，奥热罗向自己的上级拿破仑发出了趾高气扬的指责声明，这让拿破仑异常愤怒，他使出了自己的杀手锏。
9月25日，拿破仑向督政府提出辞职。督政府自然是不会批准的，因为他们只是想打压一下拿破仑的气焰，他们还需要拿破仑为他们稳固政变后的江山呢！对于这个与胜利划等号的年轻人，他们只能暂时忍耐，拿破仑仍然是意大利方面军的总司令。
巴黎政局的动荡乐坏了奥地利和整个君主制的欧洲政府，他们都急切地盼望着督政府和共和国被推翻，波旁王朝复辟，从而得以收复所有被法国占领的土地。但政变中保王党的溃败令他们的幻想破灭了。拿破仑看准时机，要求督政府尽快与奥地利签订正式合约。
9月27日，双方谈判开始了。这是一场艰难而漫长的谈判，双方都互不相让，谈判甚至一度出现僵局。
这时，巴黎发出最后通牒：若奥方拒绝法方提出的要求，则立即恢复军事行动，向维也纳进军。但拿破仑并不同意采取新的军事行动，因为此时英国正向法国发起第二次战争；奥地利在总体上也要强于法国，只是暂时和局部被打败；而法国因连年爆发动乱，急需休养生息。所以，他拒绝执行督政府要求恢复军事行动的命令，千方百计促成两国和谈。
在谈判过程中，拿破仑这个瘦小的科西嘉人的确十分善于运用外交手段，他表现出来的外交才能丝毫不逊色于其军事才能。
1797年10月7日，经过一段持久和苛刻的谈判之后，法奥两国终于在坎波福来奥签署了正式和约。根据这一和约，法国获得了奥地利的尼德兰（比利时）、莱茵河左岸的全部德意志领土以及整个意大利北部至威尼斯共和国边境。作为补偿，威尼斯的大部分变成了奥地利的一个省，剩余部分则割让给阿尔卑斯共和国。
这个和约显然是不公正的，但拿破仑通过这一和约，极大地强化了法国在意大利的霸权。
（三）
拿破仑在意大利的独断专行令督政府愈加不安，他们任命拿破仑为对英作战的总司令，请拿破仑回国。
对于督政府的这些伎俩，拿破仑心知肚明。他很清楚，这是督政府害怕他权利过大，想召他回国压制他。尽管如此，拿破仑还是决定愉快地回到巴黎。
1797年12月7日，离开巴黎两年的拿破仑带着胜利的无上光荣凯旋归来。拿破仑为法国打败了最强大的对手奥地利帝国，占领了广大的领土，在意大利传播了自由，建立了新的共和国，用价值连成的珍贵文物充实了巴黎博物馆……这一切，已经使他成为巴黎城中几乎人人都交口称赞的英雄，数不清的群众聚集在督政府门前，对拿破仑报之以暴风雨般的欢呼和掌声。
对于人们的这种狂热情绪，拿破仑显得很镇静，事后他对人说：
“现在我凯旋了，他们对我报以欢呼；假如有一天把我送上断头台的话，他们也会这么兴高采烈、争先恐后地跑来看热闹的。”
外交部长塔列兰代表督政府发表了一篇十分讲究、对拿破仑百般阿谀的欢迎辞。随后，拿破仑也发表了一篇简短的讲话：
“各位督政、各位将士！法兰西人民为保证自由、和平与平等，必须同欧洲诸多君主作战。为了获得一部充满理性的宪法，需要战胜1800年来的政治陋习与偏见。在共和之年宪法的指导与各位的奋斗下，已经战胜了这些困难。宗教、封建主义和人权主义在欧洲已经盛行了2000年，而今缔结的和平条约，开创了民主与自由的新纪元，我们已经建立了一个伟大的国家。意大利是欧洲文化的发源地之一，由于法军的胜利，使意大利人民的自由灵魂已从古罗马共和时代的坟墓中苏醒。和约的签订，不仅使法国人民获得了幸福，也使全欧洲人民获得了自由与平等。”
最后，巴拉斯又上台讲演，称赞拿破仑为法国人民雪耻洗辱，恢复了法兰西民族的自我尊严。
接下来的几天里，督政府为拿破仑举行了各种欢迎宴会。对此，拿破仑并没有表现出其他年轻军人那样激动、感激的情绪来，而是态度冷淡、阴沉威严，把眼前的一切都看成是理所当然、司空见惯的事。
28岁的拿破仑对掌声和赞美声表现出厌倦，对这些没多大的兴趣。鲜花、掌声和赞美词对这位雄心勃勃的将军来说，实在是太微不足道了，更何况这种赞扬也未必出自真心。
一个月过去了，拿破仑的门庭渐渐冷落下来，他只是偶尔去官方世界混混，出席法兰西学院的各种会议。但更多的时间是呆着赴意大利前居住的那所朴素的房子里，俯身读书和研究地图，有时会接待几个至爱亲朋，还有几位政界的朋友。人们注意到，这个瘦削、苍白、神情疲乏的小个子将军在听人说话时总是心不在焉，谁也猜不透他到底在想些什么。
事实上，这阵子的拿破仑闲极无聊，烦腻透了。他说：
“假如我长期这样无所事事，我就完蛋了。”
不过，这期间也发生了一件令拿破仑真正高兴的事，那就是在12月28日，他被法国科学员接纳为院士。在欢迎宴上，他说：
“我将这个头衔视为我极大的荣耀，只有这次在授衔仪式上的掌声才真正感动了我。”
拿破仑所言非虚。长久以来，拿破仑都崇尚科学发明，如今能做个真正的科学院院士比做个将军更让他感到自豪。此后在远征埃及期间，他所有的命令和文告上都会签上“科学院院士、东方远征军总司令”的字样。
在巴黎期间，拿破仑还于1798年2月10日到北部诸港作过短暂的视察。他认为，暂时不应北征英国。他想通过远征埃及以威胁通往印度的道路，以强迫顽敌屈膝投降；而且，东方早已令他心往神驰，亚历山大和恺撒的功业总在他的大脑中盘旋。拿破仑想步其后尘，在尼罗河的滚滚波涛中寻找他们的踪迹，为自己建立一个地中海帝国。
于是，在研究对英战略的过程中，拿破仑的宝剑逐渐指向了令他神往的东方埃及。而督政府也因急于摆脱这位讨厌的将军，因此很爽快地供给他黄金、士兵和船只，表示援助他的远征计划。