同任何一个皇帝一样，朱元璋在生前也安排自己的后事。他将自己的陵墓修在了钟山南麓，称为孝陵。明孝陵方圆四十五华里，规模宏伟。1398年6月24日，71岁的朱元璋驾崩，葬于孝陵，谥号“圣神文武钦明应运俊德成功统天大孝高皇帝”，庙号“太祖”。明孝陵建于明洪武十四年（1381年），翌年马皇后去世，葬入此陵。因马皇后谥“孝慈”，故陵名称“孝陵”。洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝，启用地宫与马皇后合葬。
此外，朱元璋还继承了殉葬制度，且只殉葬妃嫔宫女。朱元璋死时生殉四十六名伺寝宫人；成祖殉三十余人，并且曾因权贤妃之死疑案而一次处死宫女两千八百余人；仁宗殉葬七名妃嫔；宣宗殉十人。“节烈从殉”的风气，向下广为延伸至宗室公侯、官宦之家以至民间，至英宗时才废止。杀死从殉妇女的方法是将她们吊死，她们的家属被称为“朝天女户”，可以得到一定的补偿待遇。