2011年3月31日，百度与中国音乐着作权协会达成合作，宣布将共建音乐词曲着作权合作渠道，让词曲权利人通过中国音乐着作权协会获得着作权相关收益。
据百度副总裁兼公司新闻发言人朱光介绍，百度与中国音乐着作权协会签订协议，委托后者作为音乐版权的集体管理组织，沟通所有的词曲着作权人，并帮助百度将版权费用分发到每个词曲着作权人手中。
朱光称，百度今后将采取分成模式解决版权纠纷，“对于百度MP3上所有音乐作品，无论是来自正版网站还是未获授权网站，百度都将按照用户在线播放和下载的次数，委托中国音乐着作权协会向词曲作者付费。无论音乐权利人是否是中国音乐着作权协会成员，中国音乐着作权协会都有义务按以上模式付费。”
朱光表示，百度将重视、尊重音乐人的知识产权，不断回报着作权人、鼓励原创。未来百度将继续探索数字音乐正版化，为数字音乐产业的长期健康发展做出表率。
屏蔽门：三鹿奶粉牵涉的屏蔽风波
提起2008年秋天发生的“三鹿毒奶粉”事件，我们依然记忆犹新。谁也没有想到，这起震惊国内的“毒奶粉事件”竟然和百度扯上关系，使“百度一下，你就知道”的口号已经深入人心的百度公司陷入巨大的诚信危机中。
2008年中秋注定是个多事之秋。
9月8日，距离中秋还有一周的时间，甘肃《兰州晨报》等媒体发起爆料有婴儿因为喝了奶粉而受到伤害的事件。由于报道中有关该奶粉的品牌名称等信息都被隐去，一些用户迅速发起对该奶粉的搜索行动，号召找出该涉嫌致病奶粉的品牌名称，以免更多无辜婴儿受害。
9月11日凌晨，新华网将该奶粉的品牌-三鹿奶粉曝光，社会一片哗然。
9月14日，中秋节这天，中国卫生部证实，受三聚氰胺污染的三鹿婴幼儿配方奶粉能够导致婴幼儿泌尿系统结石。
中秋节后短短几天内，在三鹿奶粉被曝光的同时，在众多网站的论坛和个人博客上，同时涌现出一批针对百度的“檄文”：《三鹿奶粉事件引发百度信任危机》《拷问三鹿奶粉事件中百度的社会责任》《百度深陷三鹿奶粉事件：无良公关凸显媒体》等。
随着事态升级，这些抨击文章的标题和用语日益激烈，《百度是三鹿肾结石奶粉的最大帮凶》《惊爆：百度，杀婴凶手的保护伞》《三鹿奶粉危机扯出百度原是最大网络黑社会》《毒品网站百度，三鹿无事三百万》……这些耸人听闻的标题不断挑衅着李彦宏的容忍度。
据称，该事件的爆发源自于三鹿集团内部的公关信。从这封源自于三鹿集团内部泄露的公关信得知：在百度上享受新闻公关保护政策的企业有蒙牛、伊利、汇源等，政策享受起点为自然年度500万元的广告投放……三鹿公司经与百度相关部门的多次深度沟通后，百度已经同意将对三鹿集团的公关保护政策降低至年度300万元广告投放，可以将当时涉及有关三鹿集团的负面新闻删除。当时三鹿奶粉事业部已经投放120万元，只需再追加万元就可以与百度签署协议，享受新闻公关保护政策。
而质疑百度的证据是两张网络截图，根据截图显示：9月日，搜索热贴标题《三鹿，在小朋友的生命健康面前请不要表演》，百度只有寥寥无几的54篇，而Google却多达11800篇之多。相差如此悬殊，自然让人联想到前者是在有意屏蔽相关新闻。
三鹿奶粉事件为什么很快会同百度扯上关系？网上的这些发文时间是如此集中、论证逻辑也是如此的相似，这让李彦宏不得不怀疑是有人借机挑起事端、意欲将百度陷于不仁不义之中。猜测归猜测，解决问题才是关键。
2008年9月13日，百度郑重发表公开声明称：从未答应过屏蔽三鹿负面消息，并且在第一时间严词拒绝了三鹿的代理公关公司的提议。百度发表的公开声明如下：
近日，网上盛传一封据称为三鹿集团的内部文件，称在最近三鹿的公关危机中，曾计划投放300万元人民币，寻求百度协助屏蔽关于三鹿集团的一切负面新闻。消息传开，很多关心百度的媒体朋友、同事、网民都在第一时间给百度公关部打电话，探问消息的真实性，也引起我们对此谣言的高度重视。
百度价值观中最重要的一条就是实事求是，我们和关心百度的所有网民一样，希望了解全部事实，向大家还原真相。
百度相关部门同事在第一时间找到了这封信的网上原文。该“三鹿内部文件”称，“百度作为搜索引擎，是所有网站的集结地，也是大部分的消费者获取搜索信息的主要阵地，对三鹿集团来说将是公关环节的重量级媒体……强烈建议在此事件还未大肆曝光的特殊时期，与百度媒体建立良好合作关系，防止将来负面爆发重大量失控，同时可掌握新闻公关的主动性，不受小型网站的咨询威胁。”
鉴于百度在新媒体领域内的巨大影响，看到新闻报道后，我们迅速汇集公司大客户部、产品部相关同事，彻底了解事情的来龙去脉。关于此事的客观事实为：
9月9日晚，三鹿的代理公关公司致电百度大客户部希望能协助屏蔽最近三鹿的负面新闻，由于该提议违反公司规定以及百度一贯坚持的信息公正、透明原则，大客户部在第一时间严词拒绝了该提议。
9月12日，该公关公司再次致电希望能屏蔽三鹿的负面新闻，再次被大客户部予以否决。而依照常规，类似事件无需通报公司其他部门，因而早期在百度大客户部也只有少数同事知道该公关公司跟百度有过接触，并遭到多次拒绝。
……中国有句古语，叫做“好事不出门，坏事传千里”。尽管百度公司发表了郑重声明，但百度收取三鹿的好处费，并有意屏蔽三鹿负面消息的传闻，早已像病毒一样传播出去。一些好事者对于这样的消息津津乐道。
诚信门：竞价排名模式遭诟病
2000年，刚刚成立不久的百度只是给新浪、搜狐等门户网站提供搜索服务，每天都苦于门户网站的压价和拖欠技术服务费等问题，这使得一心要把百度做大的李彦宏作出了两个大胆的想法：第一，推出百度自己的网站；第二，尝试一种新的商业模式-竞价排名。
李彦宏的想法几乎遭到所有股东和同事们的反对。反对的理由就是百度还过于弱小，取得现有的收入已经不容易，不希望已经开发的客户突然间成为竞争对手。另一方面，尽管Google当时并未进入中国，但百度推出自己独立的网站相当于直接和世界上最优秀的公司竞争，这是董事们最犹豫的地方。
在董事会上，李彦宏怒发冲冠，他坚决地要在整个公司推动上述两个决定。
竞价排名由美国搜索引擎公司overture于2000年首次采用（该公司于2003年7月被雅虎收购），后被中国多个搜索引擎公所效仿和采用。百度、一搜、阿里巴巴等网站都采用了竞价排名的方式。
既然是按付费的多少排名，竞价排名的公正性和客观性就受到质疑。首先，采取竞价排名这种商业模式使得广告与搜索结果混淆。关于这一点，坊间流传着这样一个幽默：许多用户在百度上搜索资料时，会直接点第二页去找真正需要的资料，因为第一页全是竞价排名的结果。随着参与竞价排名的厂商越多，用户越难找到想要的结果。
其次，竞价排名涉嫌人工干预搜索结果。业内称，百度曾通过各种方式屏蔽负面新闻，以此来推动竞价排名的推广。此外，许多大企业以投放巨额广告或干脆直接收买的形式在百度享受新闻公关保护政策。
再次，竞价排名存在欺诈虚假网站信息。据《央视新闻30分》2008年11月15日报道，从2007年开始，国家食品药品监督管理局对违法网络售药行为进行了严厉打击，但在百度搜索引擎上仍能搜索到大量宣称有特效治疗癌症等病症的非法药品网站，并且这些药品中绝大多数都没有取得国家药准字号。对于参与竞价排名的虚假网站，百度个别工作人员不仅没有进行严格审查，甚至还帮助他们蒙混过关。
最后，不参加竞价排名的网站被屏蔽。据《央视新闻30分》2008年11月16日报道，由于竞价排名让花钱的企业出现在被搜索结果的前列，因此，一些不愿为此花钱的企业只能出现在搜索结果的末尾。
央视的曝光招来了公众对百度提供的信息的公平性及对百度商业道德的强烈质疑。
百度公司立即召开会议，制定整改措施，批量删除被曝光的竞价排名广告。
11月17日，李彦宏公开道歉，表示“有错能改，善莫大焉”；11月18日，百度辞退协助客户提供作假证明文件的员工，并将没有医药许可证的竞价排名网站全部下线。搜索引擎的实质，就是靠大众的点击量形成具有公信力的网络排名，这时点击率的含义不再仅仅是一个数字，而是可引导人们消费行为的指向标。正因为点击率是公共行为的结果，所以它可以反过来指引公共行为；正因为它可以指引公共行为，所以必须客观、公正、透明。任由虚假广告信息发布，制造商业陷阱，这本身属于违法行为。一些媒体认为，假如搜索引擎有意识地操控社会信息，民众就极可能被误导进别有用心的陷阱。
百度竞价排名模式遭遇的质疑，实际上是搜索引擎在发展和完善过程中产生的问题。
2010年3月，李彦宏做客央视经济频道《对话》节目，在谈到百度竞价排名模式时表示，通过点击向中小企业收取广告费的模式像是坐地收钱，不受白天黑夜的影响。
尽管早期竞价排名对百度收入贡献并不高，但发展到后来效果逐渐呈现。按照百度2009年一个季度12亿元人民币的收入计算，竞价排名一天给百度带来的收入就超过了1千万。
2009年11月30日，百度发布新开发的广告系统“凤巢系统”，相比竞价排名，“凤巢”能很好地解决普通搜索结果和竞价排名搜索结果混淆的问题，并帮助企业有效提升推广效果。
所谓“得人心者得天下”，百度作为中文最大的搜索引擎，拥有公信力是最重要的，如果失去公信力，也就等于失去赖以生存的根本，不仅其形象受到损害，其未来发展的道路也将被堵塞。
互联网的造富力量
网络新经济是一个不折不扣的造富行业。李彦宏、马化腾、马云、丁磊、张朝阳、史玉柱、陈天桥等互联网先驱，在短短几年时间都被推上了亿万富翁的宝座。网络又是一把双刃剑，对用户来说，在享受其便捷的同时，也会遭受其弊端；对网站的创办人来说，在赢利的同时，时时会遭受各种争议和谴责。
发生在互联网身上的故事太多，这不得不引发我们思考这样的问题：互联网靠什么盈利？互联网该如何惠及大众？作为一新兴行业，该如何与现存的社会环境进行磨合？