2.清丈土地。明代的赋役中，田赋占有相当大的比重。耕地是征收土地税的主要依据。为了确切掌握耕地的数字，确保财政收入，洪武年间，明王朝曾用了十年的时间，清查丈量全国土地，然后编制成鱼鳞图册。鱼鳞图册就是明朝的田亩册，其中详细记载了每块耕地的方圆界至、形状、土质、等级和业主姓名。鱼鳞图册的编成，使官府可以根据各户的耕地情况定出税粮和差役负担，赋役摊派较为合理。但是，到了明中叶以后，鱼鳞图册上的田亩数字与国家实际能够控制的田亩数已经是大相径庭。这一时期土地高度集中的程度，在中国古代社会中可以说是绝无仅有的。明朝初年，全国土地的数额有八百五十余万顷，到天顺七年（1463年）就只剩下四百二十九万余顷。又过了四十年至弘治十五年（1502年），实额才四百二十二万余顷，比明初减少了一半。关于户口情况，明初，为了加强赋税官吏，朱元璋制定了黄册制度，把每户的籍贯、姓名、年龄、丁口、旧宅、资产等，都详细登记造册，政府每年勘定一次，十年重造一次。黄册所登记的户口情况，是国家征收田赋和征派劳役的依据。据统计，明初全国户口额有一千零五十余万户，永乐年间增加了九百万户，而到了弘治四年（1491年）只剩下九百余万户了，还不足永乐时的一半。以上情况表明：土地集中的情况至嘉靖万历时，仍然是有增无减。土地越集中，隐田的现象就越严重，致使登记在册上的土地有相当的一大部分与实际占有情况不相符合。结果便形成了这样一种局面：中户以上的家庭田亩多而无税，中户以下的家庭无田反而有税。赋税严重不均，老百姓叫苦不迭。面对日益危机的财政问题，张居正一开始采取的是催征捕赋的办法，虽然取得了一定的成效，但是只是暂时的对策，要想彻底解决问题，就得解决田产的隐匿问题。于是，张居正在万历五年十一月，正式下令，在全国清丈土地，清查户口，限在三年内完成。清丈土地是一项十分艰难的工作，为了摸索经验，张居正先派出自己的湖广同乡，南京的左都御史耿定向出任福建巡抚，试行清丈。在张居正的支持下，耿定向很快就完成了清丈任务，共查处隐匿土地二十三万余顷，取得了初步的成功。在试点成功的基础上，张居正同阁臣张四维、申时行及户部尚书张学颜等人，又制定了详细的实施方案，共八条：明清丈之例；议应委之官；复坐派之额；复本征之粮；严欺隐之律；制定清丈之则；颁行丈量计算方法；规定经费供应之法。八条规定得到了神宗的批准，于万历八年十一月颁行天下，有力地推动了全国的清丈。万历九年，清丈三年完成的时限已到，根据考成法，科臣应当对没有完成清丈的官员给予惩罚，这时张居正考虑到清丈工作内容琐碎，加之阻力巨大，实在不容易按时完成，如果草草了事，追赶时间，一定会造成草率用事，以前的清丈工作也会有所流失。基于此，张居正一面要求科臣对于到限尚未完成者，从缓提出弹劾，一面叮嘱负责清丈的地方官，清丈务求祥审，而不必拘泥于时限。在张居正的周密部署和精心策划下，在他坚持不懈地督责下，到万历九年，清丈工作得以顺利完成。从万历六年至万历九年的清查，得户数为一千六百一十二万一千四百三十六户，人口数为六千零六十九万二千八百五十六人，田亩数为七百零一万三千九百七十六顷。经过这次全国范围内的清丈田亩，增加了国家的财政收入，打击了地主豪强，也引起了一部分人的不满，但是，老百姓的生活负担大大减轻了。
3.推行一条鞭法。清丈田亩的成功为全面改革赋役制度创造了条件，原先赋和役是分开的，赋是对田亩的征派，役是对人户的征派。万历九年（1581年），张居正下令在全国推行一条鞭法，废除了唐后期以来沿用已久的两税法。其实，早在嘉靖年间有些地方官员在部分地区就开始试行了一条鞭法了。但是由于官僚、豪强的反对，“屡行屡止”。直到张居正大力推行，才成为通行全国的制度。其主要内容包括如下几个方面：
第一，赋役合并，以丁田分担役银。在一条鞭法中，把原来的赋（夏秋两税）役（里甲、均徭、杂泛）以及土贡方物合成一项。并以州县为单位确立赋役数额。徭役一律征银，取消力役，由政府雇人来充役。役银也不像过去那样依据户、丁征收，而是按人丁和田地多寡来分担，把部分丁役负担摊入田亩。这样的统一编排，化繁为简，既有利于国家统一掌握，也使民户容易理解，小吏也难以从中作弊。
第二，田赋征银。原来明朝的田赋也有征收“折色银”的，但在此之前，田赋的征收仍以“本色”为主。一条鞭法规定，除苏、松、杭、嘉、湖地区继续征收本色，以供皇室官僚使用外，其余一概征收折色银。
第三，赋役的征收解运由地方官吏直接办理，废除原来粮长、里长代征收代解赋役的旧制。明初实行粮长制，以纳万石田赋为一粮区，推选纳粮最多的人为粮长，负责田赋的催征、经收和解运，称为民收民解。但是后来弊端丛生，于是改为官收官解。
一条鞭法的推行是与张居正创行考成法、整顿吏治、抑制豪强、清丈田亩密切配合的，没有这些条件，一条鞭法就难以推行。可以说一条鞭法的推行是张居正改革最主要的措施。张居正推行一条鞭法的直接目的是为了整顿赋役、克服财政危机、稳定明朝的统治，但它所产生的积极作用和重大影响，却远远超越了张居正的主观愿望。首先是简化了赋役征收的形势。传统的赋役制度是将赋和役分开征调的。赋以田为对象，分成夏税和秋粮，向田主征收；役的对象是人丁，官府需要力役时，按户出丁，轮流应役。一条鞭法将力役并入田赋，改变了过去赋与役分开征收的办法，没有土地的农民，或土地少的农民减去或减轻了力役的负担。其次，以银代役，一方面，农民可以不再服役，保证了从事农业生产的时间，有利于农业生产的发展；另一方面，国家对农民的人身控制放松了，农民获得了较多的人身自由，可以离开土地，改革谋生方式，这又为城市手工业的发展提供了更多的劳动力资源。而商人购置土地，则要承担相应的赋役，如果没有土地，可以不纳丁粮，这也刺激了他们不置田产而投资工商业的兴趣，对于发展商品经济、促进资本主义萌芽起到了积极的作用。再次，就是农民对国家承担的赋役，除固定的漕粮外，一律以银折纳，银钱代替实物税，又促进了农作物的商品化，扩大了货币流通的领域，客观上符合经济发展的要求，具有一定生命力。一条鞭法是我国经济发展史的要求，具有一定的生命力。是我国经济发展史上的一项重大革新，实际上它已经成为我国封建社会后期主要的赋税制度。
在这一革新过程中，张居正的个人功绩主要表现在两个方面：
首先，顺应赋税改革的潮流，及时推广到全国。一条鞭法并不始于万历，早在宣德五年（1430年），浙江巡抚周忱和苏州知府况钟，就曾倡言要依据农民的田亩来调剂赋役，但被户部以乱变法不了了之。嘉靖十八年（1539年）应天巡抚欧阳锋和苏州知府王仪在苏州府内创行“征一法”，计亩征银，又因豪绅多歧义，没有获得成功。此后，类似的方法不断推出。在隆庆三年（1569年），应天巡抚海瑞也在南直推广一条鞭法。次年，江西又实行了一条鞭法。一条鞭法的推行，对农民来说百利无一害，但是，有利于民必然要有损于贪官污吏和不法豪绅，自然遭到他们的强烈反对。海瑞就是因为夺田还民被斥为“疯子”，最后以“鱼肉缙绅”的罪名而被革职。隆庆年间，户部尚书葛守礼抓住了南方推行此法过程中的某些偏差，认为一条鞭法不适于北方，上疏废除一条鞭法。所以，一条鞭法没能在更多的地方推行。张居正对于能否在全国推广一条鞭法，采取了极为慎重的态度。他注意到了历史的经验教训，表示适用的地方就推行，不适用的地方也不必强行。万历四年，他先派人在湖广地区试行，一年后只有少数人言其不便。这时张居正的态度有了明显的转变，他开始确信一条鞭法是改革赋役的好方案。于是又开始在北方推广，试点设在山东东阿县，不久就传出了好消息，当地百姓都愿意接受。当清丈田地告成后，张居正不失时机地将一条鞭法推行到全国。这项改革从明中叶开始酝酿，至万历五年通行，几经周折，时行时停，最后定为国策，不能不归功于张居正顺应历史潮流、因势利导的努力。
其次，用于突破重农抑商的传统，作出有利于农资商的决策。一条鞭法作为国家的税收政策，就向前面所说的那样有利于促进商品经济的发展，是对重农抑商传统的一大突破。张居正以其对时弊的深切认识和改革弊政的坚定决心，提出“以原农而资商”“以原商而利农”的进步思想，认为商农应该平衡发展，这在当时的历史条件下，是难能可贵的。
4.兴修水利。在古代社会中，“富国之本，在于农桑”，中国始终以农业为本，而农业的发展又离不开水利事业的发展。张居正作为一位深谋远虑的政治家，也考虑到了这点，在他的改革中，治黄整淮，兴修水利，也是主要的课题。
从元朝至元二十年（1283年）黄河改道，经淮河入海后，夺淮入海的黄河屡次决口。万历三年，黄河在砀山决口向北泛滥，淮河在高家堰决口向东泛滥，高邮湖也在清水潭决口，淮城全部被淹没。水势汹汹，人心惶惶，张居正找到了能够担当治河大任的吴桂芳为漕运总督，治理黄河。万历四年二月，吴桂芳提出了自己的治河方案。他认为：黄河入海口只有云梯关一处，致使河流入海不畅，导致泛滥的情况。他建议开黄河入海口，使黄河顺利入海，这样淮水可顺利出海，高邮等地的水患就可以缓解。他还提议增开草湾及老黄河故道，修筑高邮东西二堤来蓄湖水。张居正认为吴桂芳言之有理，方案可行，于是以极大的热情予以支持。治黄工程开工后，流言蜚语不可避免，张居正鼓励吴桂芳：“为了治理黄河，即使占用土地也不要觉得可惜，无论遇到什么状况，都要坚持下去。”在张居正的支持下，吴桂芳的草湾工程，在万历四年八月竣工了。
万历五年，黄河再一次决口，河岸的大多数地方被毁坏，淮河被黄河水逼迫，再次向南改道。张居正本想再次起用吴桂芳，但不幸的是，吴桂芳身患重病。张居正于是任用了在家闲住的治河专家潘季驯继续治河。潘季驯上任后，亲自实地考察地形水势，然后上了《两河经略疏》，提出了对水患及黄河、淮河治理的一套看法和理论。他认为：黄河新道宽二十余丈，深一丈有余，只及故道三十分之一，不可能容纳洪水季节的流量。如果像有人主张的那样再开新河，更加削弱水的冲力，加速泥沙淤积，更易导致新的决口。因此，潘季驯建议：堵塞决口，加固堤坝，导河归海，迫使黄河回归故道。为解决故道淤塞的问题，他主张采取“以水治水、束水攻沙”的先进方法。为此，需要修复高家堰等处的堤坝，迫使淮水仍然在清口与黄河合流，利用两河的水力冲刷淤泥，以保持河道畅通。淮水仍然由以前的故道入海，淮扬等湖的水位自然下降。潘季驯的奏疏刚一到朝廷，引起议论纷纷，治河历来关系就比较复杂。潘季驯就曾为此事在隆庆四年被罢官，所以他心有余悸，担心朝廷在中途变卦，于是向张居正提出辞呈。张居正认为潘季驯是一个有着二十多年治水经验的难得的人才，此事非他莫属，于是他不准潘季驯辞职，并拟旨支持他的治河方案，同时指示：各分任官员如果有玩忽职守者，随时追究制裁。从万历七年二月到万历七年十月，前后仅八个月的时间，潘季驯主持的各项工程就全部竣工了。
在任用潘季驯治河的同时，张居正还更改了漕船起运、到京的期限。世宗时曾规定了南方漕运的过淮期限，江南为正月，浙江、湖广、江西为三月。按照这一规定，浙江、湖广、江西的漕船恰恰是在春汛期间路过黄淮地区，往往受到较大的损失。而三省漕粮每年平均在一百四十至一百五十万石左右，占总数的三分之一。鉴于三省漕粮的重要性，张居正改为南方各地十月开仓，十一月兑完漕米，十二月起运，二月过淮，三月过洪入闸，避开了春汛，减少了损失。
治理黄淮历代都有，张居正摒弃了历来只顾漕运无视民生的治水方案，采取民生与漕运的治水方针，结果保障了农业生产的发展，稳定了政府的财源。
5.整顿驿递。我国的驿递制度由来已久，甲骨文对此也有记载。随着国家制度的日益完善和社会经济的逐步发展，驿站也普遍设立，驿道四通八达。明代，从京师到各省的交通干线上都设有驿站，共一千九百三十六处。驿站专门负责接待因公出差的官员，其内部的车、马、驴、船等交通工具均征自民间，马夫、船夫也来自民间，过往官员不付任何报酬。这表明，使用驿站人数越多，次数越频繁，百姓的负担也就越重。正德以后，随着明代政治的腐败，驿递制度的执行也日渐松弛。到嘉靖年间，驿递制度更是弊端丛生。官员使用驿站的范围大大扩大了。更为严重的一个问题是过往使客对驿站的骚扰。使用驿站的过往使客，大多都是皇亲国戚和朝廷命官，对沿途的驿站过额支应，滥派差役、索要下程供应的现象，比比皆是。驿递的弊病使驿递制度渐渐成为一项扰民的苛役，严重影响了国家的正常经济秩序，张居正于是在万历三年（1575年）对驿递制度进行了整顿。
首先，张居正重申官员非军国大事，不许领取勘合的用驿原则，具体规定“凡官员人等非奉公差，不许借行勘合。非系军务，不许擅用金鼓旗号”，“抚按司府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递，违者抚按参究”。