升降舵失灵、一名机枪手死亡、另一名昏迷不醒，自己也像被戳了一刀的猪，血流如注，欧内斯特知道现在已不可能去攻击敌航空母舰了。他朝着左侧一艘巡洋舰飞去，投下仅有的那枚鱼雷。他投雷位置太高，当时南云的巡洋舰没有报告说附近发现鱼雷。欧内斯特本能地抓住着陆用的调整片，把它向后拉。这一动居然产生了奇迹；他感到机头又翘了起来，于是就小心翼翼地把飞机拉起来。这时，2架零式机缠住了他，从不同位置不断向他射击。他像一名带球进攻的足球运动员，千方百计地去瓦解对方的一些攻势。后来这2架零式机飞走了，也许是被航空母舰召回，也许是弹药用完了。他惊奇地松了一口气。
欧内斯特进行规避，已从日舰队上空飞过去。此刻敌舰队处于他和中途岛之间，他只能祈求上帝，保佑他能以迂回路线飞回中途岛。电器系统全部失灵，液压系统也被击毁；弹舱门关不上，罗盘在尾部，不知读数是多少；空速计和油压表也都完蛋了。事实上，飞机上还能运转的除发动机外就是欧内斯特了。他采取古时候航海家“靠猜测、靠上帝”的办法，先朝南飞，而后再折向东，及至他看见云层中一柱黑烟时，他穿出云层，发现下方是库雷岛。这时他知道了自己的方位。更幸运的是，费里尔恢复了知觉，爬回了自己的位置。9时40分，他们全然不理会地面上让他们离开的信号，在中途岛着陆。飞机在地上打了个转，在滚滚扬起的尘土中戛然停住。
派往中途岛的VT-8的分遣队中，在这次攻击后生还的只有欧内斯特和费里尔两人。对TBF机来说，首战失利乃不祥之兆。但尼米兹仍像往常一样一针见血地指出，问题不在于飞机。他在报告中说，“尽管TBF机装备精良，但没有战斗机掩护显然无法突破敌战斗机群的拦截。”
与此同时，利林斯的B-26小队径直扑向机动部队的中心。他们先稍向左舷，而后一个急转直向右舷，以避开对空火力。他们对“几艘巡洋舰”不屑一顾，直逼“舰队中央部分一艘大型航空母舰”，显然是“赤城号”。科林斯看见TBF机发起了攻击，可接着他就不得不尽力保护自己了。所有敌舰都在对空射击，6架零式机从700英尺高处朝他俯冲。科林斯俯冲到200英尺，敌机的大部分子弹都从他上方飞过，他的2号、3号机的乘员则时乖运蹇，科林斯以后再也没有见到他们。
“赤城号”化出浑身解数左避右闪：一个左满舵，接着一个右满舵，但仍处于科林斯攻击范围内。科林斯认为只要鱼雷方位准确，他就能击中敌舰。他在800码高处投下鱼雷。这时他瞧见了在自己左下方没有遇难的队友詹姆斯·P·穆里中尉。
穆里在450码高度、“赤城号”的近前处把鱼雷投下后转身飞向“赤城号”，从它上方飞过，从而避开了舰上大部分对空火力。但他的B-26机仍受了重创。他报告说：“几百发子弹击中机身，许多子弹打穿了油箱。”他感到很遗憾的是，飞机上没有固定机枪、他惋惜地说：“要是有固定机枪，我好几次都能把敌战斗机揍下来。”他仅有的自卫武器就是一挺机尾机枪，“而且还常卡壳”。
从穆里故障甚多的机尾机枪的枪口下侥幸逃脱的日本战斗机驾驶员中，有一名可能就是“苍龙号”的藤田海军大尉。藤田参加过袭击珍珠港和印度洋海战。他本想参加攻击中途岛，对分配他护卫航空母舰怏怏不乐。“苍龙号”给他发了份摩尔斯电报，说敌轰炸机正从西北方向逼近。他顿时精神大振，迅速率领自己9架零式机中的2架朝西北飞去。由于没有发现敌机，他又飞回到机动部队上空。这时，他又接到通知说，美机正从东北方向飞来。藤田认出来者是B-26，向它们发动了几次冲击，但均未奏效。他也和欧内斯特一样，认为零式机密度太大，结果互相妨碍、无法瞄准。天下事真乃无奇不有，战后藤田和穆里两人居然一起在日本航空公司共事多年，而且成了知交。
科林斯亲眼看见一条鱼雷入水，似乎直接冲向航空母舰。不过，“赤城号”遭受的唯一损失只是：三号高炮的两名炮手被敌机机枪打伤，该炮也被打坏，有半个小时无法转动。航空母舰上的观察哨发现，一枚鱼雷向右舷破浪冲来，另两枚鱼雷落在左舷，其中一枚从航空母舰尾侧飞驶而过，另一枚自行爆炸。
“赤城号’上第二波鱼雷机的飞行员们聚集在甲板上兴致勃勃地观战。舰上的所有高炮都在对空射击，可是有架美机还是呼啸着冲过来。有人惊呼：“要撞到舰桥上了！”可它却在离舰桥仅几码的地方一掠而过，深蓝色机身上的五角星熠熠闪光。渊田倚在舰桥边的一只降落伞上，很容易就识别出这是架B-26机，它从舰上方一掠而过，冲向“飞龙号”，接着在左舷骤然下跌，一头栽进海里。
“赤城号”上的人乐得手舞足蹈，但村田这一回却没说什么得意洋洋的俏皮话。他那和善的面孔显得很严肃，两眼注视着轰炸机坠落处水柱高高升起，又跌落下去。也许他在这一瞬间替这个连姓名都不知道的敌人做了祈祷，因为这人也像他一样，是个英勇的、愿为国捐躯的鱼雷机驾驶员。也许他想到这大概也是他自己的归宿。一阵肃穆之后，他又兴奋地大笑起来。危险似乎已经过去，舰上一阵欢闹。渊田说了声：“真逗！”
大约9时15分，科林斯和默里的两架飞机摇摇晃晃地返回中途岛。这两架飞机不经大修是无法再飞了。科林斯对火力配备特别恼火。他的两挺炮塔机枪不断出故障。有一挺机尾机枪刚一打就哑了，而且两挺机尾机枪的子弹带都不动，送弹必须用手。实际上没有一挺机枪令人满意。科林斯的话言之有理：“……碰上战斗机机群，什么轰炸机也不是对手，更何况有限的几挺机枪还打不响，机枪手又缺乏足够的射击训练。”默里也遇到类似的情况。他机上3名机枪手都负了伤，液压装置被击毁，螺旋桨叶片全被打坏，左轮胎被打落，动力炮塔也失了灵。不过他俩对B-26机的防漏油箱及其防护挡板都大大地夸了一通。
欧内斯特没有报告说他命中过目标。科林斯报告说有两次命中，一次是他自己，一次是“四号船”。默里说他估计自己击坏了一艘航空母舰。后来陆军方面声称B-26机实施了3次鱼雷攻击，而海军比较谦虚，只说有1次。南云也毫不示弱，他声称在战斗中击落敌机约19架。仅“飞龙号”就报告说它击落了9架来犯敌机中的8架。山口多闻这个人是从来不讲什么谦虚的。
南云刚收到友永发来的关于建议再度攻击中途岛的电报，美陆基TBF和B-26机的进攻就开始了。这似乎更加说明友永建议的重要性。7时7分，小川在无线电里报告说“轰炸沙岛取得重大战果（当地时间3时40分）”，但他的报告几乎没引起什么反应。无论取得多么“重大的战果”，敌陆基飞机依旧十分活跃，纵然这批飞机当时实施攻击的表现可以说明它们并不中用。
源田仰着头、眯起眼观察这批B-26机。他说：“他们实施鱼雷攻击的水平太差，这次进攻简直是一败涂地。”源田不愧为真正的飞行员。他认为首要任务是要在这批敌机以及其它仍在飞行的敌机返回中途岛降落时，将它们摧毁。
当然南云也不会忘记，当天的主要作战目的是在登陆前对中途岛进行空袭，削弱岛上火力。这些讨厌的美机如果不是对付速度快、机动性强的航空母舰、巡洋舰和驱逐舰，而是对付笨拙的运兵船，运气可能要好得多。南云还必须考虑岛上“猛烈的对空火力”，并设法把岛上的高炮敲掉。他不知道友永的空袭究竟杀伤了多少守军，不过当然是越多越好。
这时由于没有得到情报，南云仍然以为美国舰队顶多也只是在夏威夷水面。派出的侦察机估计现在也该到达搜索扇面的尽头了，它们并没有报告说发现敌人的水面舰艇。当然它们在返航途中也许还能发现一点敌情？但这种可能性微乎其微。侦察机驾驶员的任务毕竟还是观察前进方向的情况，而不是注意已经飞过的海域。
因此，南云决定采纳友永的建议。但这意味着在匆忙之中要同时顾及许多问题。正如读者所知，“赤城号”和“加贺号”的第二波攻击飞机装备的是鱼雷，为的是对付可能发现时敌舰队。“飞龙号”和“苍龙号”却不同，因为它们将为第二波攻击提供俯冲轰炸机。它们的鱼雷机已参加友永的水平轰炸机编组，从而开了先例。“赤城号”上村田的人和“加贺号”上小川的人都在飞行甲板上，鱼雷也都已就位，只待一声令下便可出击。南云的决定意味着要把这些飞机送进甲板下的机库，卸下鱼雷、改装炸弹，然后再起吊到飞行甲板上来。这样一折腾就需要近一个小时时间。如果南云想赶上返航的美机，在它们降落时把它们打掉，那么要完成这项任务的准备工作，时间已经不够了。
源田匆匆草拟出一项电令：“第二攻击波飞机准备今天出击，换上炸弹。”7时15分，南云以第一航空母舰战队司令长官的身分向各舰下达了这项命令。
由于在对机动部队的命令中没有明确写上在任何情况下装备鱼雷的飞机不得少于一半，所以南云的这项决定使黑岛和渡边两人难过得捶胸顿足。但源田却对这种“僵化的思想”提出了质疑：“如只照那样办，那么没有发现合适的目标，有一半攻击飞机将闲置无用。应当相机行事。”草鹿也指出：
……南云及其幕僚对山本的意图一清二楚：第一航空母舰战队至少要保持半数飞机以攻击随时可能遇上的敌航空母舰舰队。事实上，它们一直保持若最大程度的战备状态。在敌陆基飞机巳向我发起攻击，而且在未发现预期的敌航空母舰部队的情况下，
要求把一半部队处于无限期的战备状态，以等待也许根本不在这一海域活动的敌舰队，这是第一线的指挥官所难以容忍的。
因此草鹿认为，即使事后可以对南云的决定提出质疑，但在当时的实际情况下，南云采取这一决策还是正确的。
南云因此而备受严厉的指责。事后全面地来看，读者们完全有理由认为，这是南云的重大失误。但本书的作者们和草鹿与源田持相同的看法：南云所采取的步骤是合乎逻辑的，是有理智的。当时的实际情况是：处于作战现场的友永建议要实施第二次攻击，以中途岛为基地的美机的进攻说明岛上基地仍在发挥作用，深得南云信任、而且也值得他信任的源田同意他的决定，南云自己健全的判断力也促成他下了这样的决心。促成他下决心的还有一个最关键的因素：前一天他收到东京来电说：“丝毫未发现敌人有怀疑我企图之迹象。”
我们在看待南云所作的这项重要决定时，不能脱离他当时在“赤城号”舰桥上的各种具体情况。作出这项决定至少有部分原因是他对敌舰队的部署和实力一无所知。因此这不是指挥不当，而是情报不灵。南云因情况不明而吃了大亏。