当晃晃悠悠的江亚轮驶近位于东经31度15分、北纬121度47分的长江口时，江亚轮的右舷后部，骤然传出一声如炸雷般的巨响，船体随之发生剧烈震动，顷刻间，原本灯火通明的江亚号客轮瞬间陷入黑暗的海洋。与爆炸处紧挨的电报房也在瞬时坍塌，其中一名报务员被炸得尸肉横飞，收发报机损毁，与外界的联络被中断。而船头驾驶舱内，求援的汽笛在象征性地鸣响一声后，就再也发不出半点声响。
至此，一场巨大的灾难拉开了序幕。
在发生爆炸的船体后部，船舱内漆黑如墨，冰凉的海水哗哗涌入，船尾迅速下沉。
首先遭到灭顶之灾的是位于船舱底部的四五等客舱的旅客，这里聚集了全船大部分的旅客。在爆炸发生的那一刻，因为船上逃票的人数众多，为了查票，一道厚厚的铁门将下面的船舱紧紧地锁死了，一条狭窄的扶梯成了连接船舱与甲板的唯一通道。爆炸发生十几分钟后，汹涌的海水已经淹没了甲板。
或许这个时候，船上的人还不知道为什么江亚轮怎么这么脆弱．仅仅一阵狂风就能让船体爆炸，乃至于沉没。其实这和江亚轮的严重超载有关。按规定，江亚轮正常的载客量是一千二百三十六人，同时还可载货二干吨。但在实际航行中，客货每班都是超载的。按照当时交通部航政局的规定，江亚轮额定的最大载容量为二干二百五十人。但是在十二月三日那天，江亚轮上所承载的人数却远远超出了这个数字。
在海难事件发生之后，人们对当时的载员情况进行了核查，发现在当时的出口报告单上所填的乘客人数为二干六百零七人，其中包括船长及船员一百七十九人，载货一百七十五吨。但后来根据此次海难事故中的幸存者透露，这个数字并不是当时船上真正的载客人数。出口报告单上所填的数字也许仅仅是对那些有船票人员的记录，除此之外，船上还载有通过各种渠道混上船去的无票乘客一千余人，另外还包括水手、茶房的三亲四戚。大致估算，那天船上的总人数高达四千以上，比正常客位数的三倍还多。就是这样一个沉甸甸的数字，最终酿成了一场血淋淋的悲剧。
那么江亚轮到底是因为暴风而沉没还是因为超载而沉没，抑或是因为触礁而沉没呢？现在似乎没有能给予一个正确的、完全客观的答案。不过人们后来在救援的过程中，发现客轮失事的地点——横沙西南的里铜沙是一处浅滩，因此也不排除是因为触礁而导致船体爆炸的可能性。
据一些生还者介绍，当时船体大部分都已被海水吞没，但是船上的烟囱、桅杆以及悬挂的救生艇仍露在水面之上。可是此时船上所有的人都陷入了一片慌乱之中，又加上天黑，人们根本就看不到外面的真实情景而只顾逃生。于是，窄窄的扶梯上挤满了人，却没有一个人想到要去解开救生艇的缆绳。要知道，这条窄窄的扶梯是人们逃生的唯一通道，但很遗憾的是当时它却被惊慌而又拥挤的人群给堵住了。
按照一般人的想法，在这种情况之下，生还几率是相当小的，甚至根本就没有，即便幸运跳人海中，也会因为天气太冷，被冻死。江亚轮之所有生还者，还得归功于中国渔业公司渔轮华孚一号和华孚二号，事发之时，他们恰好从花鸟岛渔场返航经过，此时的江亚轮已经几乎沉没，仅烟囱和桅杆露出水面，海面上还隐约漂浮着忽沉忽浮的人影。震惊之余他们立即一面拍发急救讯号，一面抢捞漂浮着的旅客。
看见有救生船到来．落水者便纷纷靠拢，奋力攀住船舷，救生的本能使得大家都想抓住这最后的‘救命稻草”，一双一双大小不一的手瞬时布满了救生船的两边。吨位本身就不大的渔轮顿时处于倾斜状态，情况万分紧急。
这些渔轮为了避免翻沉、与江亚轮同归于尽，只搭救起二十八人便开足马力驶离了铜沙洋面，直驶上海杨树浦码头。
当时，除了华孚一号和华孚二号经过事发地点之外，还有由老板张翰庭押船自沪南返装橘子的一艘临海机帆船也经过事发点，他率领自己的船员搭救了几百个落水者，折回上海。另有一艘机帆船装运桔子自南向北航行，经过江亚轮出事处，抛掉了几十箱橘子，也救起了数十人。
四艘幸运经过的船舶，搭救起了不多的幸运者。这是不幸之中的万幸。可是结果还是悲惨的，江亚轮上大多数的人还是难逃一劫。出事后至十二月九日止，招商局登记失踪人数达三干二百余名，扣除后来被救起的人数后，死亡人数还在三干一百人左右。
江亚轮海难事件是中国乃至世界有史以来最大的一次海难事故。
江亚轮海难至今已过去半个多世纪了，但沉船的原因至今仍为一个谜。虽然超载是一个不争的事实，但是把如此沉重的灾难简单地归罪于超载，这于情于理都说不通。在海难发生后，不论是遇难者的家属，还是外人，都希望能弄清楚整个事件的真相。那么，到底是什么原因引发了此次的大海难呢？根据史料记载，对于造成此次特大海难事故的原因有以下六种可能：锅炉爆炸；触礁；定时炸弹；夹运爆炸物；遭受鱼雷袭击；误触水雷。当时人们对此各执一词，迄无定论。随着调查的逐步深入，沉船事故的真相逐步呈现在人们的面前。
一九四八年十二月五日，悲痛交加的江亚轮死难旅客家属包围了该船东主——上海市招商局的办公大楼，要求找出事因，追究责任，严惩肇事者。同时，上海各大新闻媒体也对相关的交涉处理细节及时进行追踪报道。
迫于社会舆论的强大压力，国营招商局为了摆脱罪责，于是选派了十四位专家，以及航政、监察等部门的代表，于一九四八年十二月七日上午十时三十分前往江亚轮出事地点勘察爆炸原因。
根据潜水员作出的报告及通过对其他迹象的观察，当时受邀勘察的十四位海轮机工程和验船专家一致认为，江亚轮航线正确，不可能触礁，同时爆炸处距锅炉房尚有六十英尺距离，也绝非锅炉爆炸所致。
在调查沉船事故的过程中，招商局也曾传讯生还的江亚轮理货员，但他透露说在仓载货物中并无爆炸物夹带，就算是有人随身携带小型定时炸弹，但是也不可能有这样大的爆炸当量。
六大沉船原因被排除了四个，难道真的受鱼雷袭击或者是误触水雷吗？
当时大多数的意见都趋向于这两点，其中又以误触水雷最让人信服。因为我们知道，鱼雷必须由潜艇、水面舰艇、水鱼雷机发射或投掷，才能击中目标。而在当时，作为一艘民用客轮．没有理由让其遭受鱼雷的攻击。而对于“误触水雷”一说，则存在有极大的可能性，但对此也没有立得住脚的证据来证明。当时海军方面只是给出了一个模棱两可的答案，他们说“白龙港附近航线为本埠连接外海的咽喉，进出船只，日以百计，故不可能触定位水雷，唯漂雷随风势潮流而动，触船爆炸，亦未可知。”而中国渔轮公司副经理顾久宽在对《新闻报》记者发表谈话时则说：“我认为可能系一种——战时遗留下之水雷，因受波涛激荡过久，成为漂雷。若干月前，大西洋上曾有类似江亚轮所遇之海难事件发生。”
所有的都只是人们的一种猜测，没有任何有力的证据来加以证明，谜底依旧未解开。这件谜案似乎就要不了了之了，但是到解放以后，原招商局经理胡时渊于多年沉默之后，突然吐口，对失事原因作出另一种解释，爆出惊人内幕。
据他讲，一九四八年十二月，国民党上海海军航空兵的轰炸机曾飞往海州执行任务，在返回上海高昌海军基地经过吴淞口外上空时，机上悬挂的一枚五百磅炸弹，因安放欠妥导致其脱钩坠海。而此时江亚轮恰好驶经这片水域，炸弹坠入客轮右舷水中，被行驶中的客轮产生的引力吸向船体爆炸。
事故发生之后，国民党当局深恐脱钩炸弹事泄，导致海军部遭受不堪设想的祸害，于是下令将此事视为绝密事件，对有关炸弹坠海的消息严加封锁，转而将事件的矛头指向当时江亚轮的拥有者——上海市招商局，让他们代为受过。而这段真相也直到一九四九年四月，国民党兵败准备逃往台湾，时任国民党海军司令的桂永清为了诱劝招商局董事长刘鸿生、总经理徐学禹及胡时渊，在上海国际饭店会见他们时，才将事情的真相吐露出来。但江亚轮爆炸真相是否就是如此，同样需要进一步考证。
对于造成江亚轮海难事件的真相，一直都是众说纷纭，提出的种种谜底也都是悬而未决。就在人们快要将这一事件淡忘的时候，上海研究海运史的上海海运集团的豆功亚先生又提出了一种新的说法，他说江亚轮的爆炸，可能是国民党海军飞机蓄意轰炸的结果。因为国民党与招商局之间有一段宿怨——国民党海军战舰伏波号沉船事件。
在一九四七年，招商局轮船海闽号，准备由福建驶往上海。不料在轮船刚开出闽江口不久，便突然与国民党海军的伏波号战舰相撞。海闽号因为是夜间行船，所以行驶速度非常之快，而“伏波”号战舰又很小，在巨大前冲力的惯性之下，海闽号一下子将国民党海军的伏波号战舰拦腰撞成了两截。被撞断以后，该舰迅速下沉，全舰官兵除轮机员一人侥幸生存外，全部遇难。
事件发生之后，海闽号船长被国民党逮捕。但是，招商局却竭力保护该船船长，同时还暗中指使航海协会、驾驶员协会中的主要负责人组织各轮船的船长和船员，进行示威游行，要求释放海闽号船长。
招商局在当时是国民党政府的四大支柱企业之一，同时也是政府经济收入的主要来源地。最后地方法院迫于压力，只得将‘海闽”号船长无罪释放。至此，国民党海军与招商局之间的宿怨埋下了引子。
后来，国民党海军提出要招商局对沉船事故中的遇难官兵进行赔偿，但招商局采取了不闻不问的态度，本来招商局的仗势压人就引起了诸多国民党军官的不满．现在对赔偿问题又这样一种冷漠的态度，这更加激起了海军之中不少遇难者的同学、同乡和战友的气愤之情。他们扬言要报复招商局，炮打海闽号，为死难弟兄报仇。
招商局的上层在听到这一消息后，心里多少还是有些害怕，于是急忙派人到船厂，对‘海闽”号进行了快速地改装和修理，同时更名为‘海辽”号，改路线航行于上海和辽宁之间。这些，招商局都是在暗中进行的，国民党海军对此一无所知，他们寻找了几次“海闽”号，也没找到，这样他们对招商局就更加气愤了。
国民党海军与招商局之间本来只是局部仇怨，但随着时间的推移，逐渐演化成了一种集体性的宿怨。海军方面因为寻找不到‘海闽”号，遂产生了‘只要是招商局的船，我就炸，我就报仇”的念头。于是，在国民党海军轰炸机奉命返回上海高昌庙基地、途经吴淞口上空之际，发现了招商局的江亚轮，便把一枚五百磅的炸弹投了下来，遂酿成此惨祸。
这种种关于江亚轮沉没真正原因的说法，似乎都有道理，又似乎都有一个有力的支撑点。历史，总喜欢留点悬念给我们，真真假假，也许只有万能的上帝才清楚。