前面提到过，大肠内便便长时间滞留就会腐烂，这是有害菌在作怪。有害菌会在分解食物残渣时制造出氨、硫化氢等释放恶臭的有害物质。这些物质随即会腐败变质。便秘时便便、放屁很臭就是这个原因。而同样以食物残渣为食的益生菌，在分解残渣时会制造出乳酸、醋酸、酪酸等对人身体有益的物质（=发酵）。也就是说，肠内细菌都是以食物残渣为食的，它们靠分解食物残渣来获取养分，根据在此过程中它们制造出的物质对人体有益还是有害而分别被冠以“益生”或是“有害”之名。
除此之外，两种细菌喜爱的食物也各不相同，益生菌的食物是在蔬菜中含量丰富的食物纤维素以及低聚糖。为了消除便秘常常会有人建议说“多吃些蔬菜吧”，原因就在于此。另一方面，有害菌却喜爱脂类。所以如果总是偏食肉类、零食点心等高脂肪少纤维素的食物的话，有害菌就会变得活跃，加上膳食纤维不足便便体积无从增加就会导致便秘，一旦便秘，有害菌处于优势，就会陷入恶性循环。另外肠内细菌中占7成的中性菌就会投奔处于优势的有害菌，使得肠内环境不断恶化下去。