由于《集成》规模宏大，卷帙浩繁，所以它的印刷次数和印刷数量都十分有限，传世的印本十分稀少。因此，对《集成》印刷版本的研究，长久以来一直深受学术界的关注。经过几代学者的不懈努力，关于《集成》的印刷版本已基本达成了共识。该书现在大概有十种版本，下面将对其逐一进行介绍。
（一）武英殿铜活字本
《集成》一书，在经历了十八年的编写、修正后，到雍正元年（1723年）至四年（1726年），在删去了真正编者陈梦雷的情况下，用了四年的时间用铜活字排版印成。第一版本共印了六十五部以及一部样书，包括正书一万卷，目录四十卷，一共分订成了五千零二十册（正书五千册，目录二十册），共装在五百二十二函（装书用的套子。正书五百二十函，目录两函）里。板框高20.6厘米，宽13.6厘米，每半页九行字，每行是二十个字，白口，四周双边。据说，印刷所用的铜活字是陈梦雷早在诚亲王府时就已经准备齐全的，而且他还亲自参与了制作。这套铜活字的数目经过后人的考证应该不少于二十五万个，再加上书中图、文、表兼备，所以它的铸造工程非常艰巨。这次的版本用了两种纸张，一种是产自浙江开化县的开化纸，这种纸是清代最名贵的纸张，因为它质地细腻，纸质洁白，无帘纹，纸虽薄但韧性很强，柔软可爱，摸起来十分柔润；一种用的是太史连纸，这种纸张比开化纸稍黄，正面光滑，背面稍涩。两种纸张都是当时大清朝非常名贵的纸张。《集成》印刷精良优美，装裱又非常华丽，所以成书后非常美观大方，后人将这一版本称为“铜字版”“雍正本”或“殿本”。
铜字版印刷本十分稀少，所以在当时乃至现在都是非常珍贵的版本。在当时只有文渊阁藏太史连纸印本一部，乾清宫藏开化纸印本一部，皇极殿藏两种印本各一部，圆明园中的文源阁存一部，辽宁故宫的文溯阁两种印本各存一部。当时非常有名的私人藏书楼浙江宁波范钦的“天一阁”，祖籍安徽迁居到浙江杭州的汪啓淑的“开万楼”，以及同样是从安徽迁居到浙江杭州的鲍廷博的“知不足斋”，还有江苏藏书家马裕等因朝廷编写《四库全书》时献书有功，故各赐一部。据调查研究，现今存世完整的或是残缺的《集成》“铜活字”印本大概共有二十四套，我国国家图书馆和台北故宫博物院都有收藏。另外，伦敦的大英博物馆中藏有一套，法国巴黎和德国柏林也各有残秩一部。
虽然整体上对《集成》一书的版本没有大的争议，可对于“铜字版”的争议却一直没有停止。关于第一次印本的具体时间和印刷部数历来存在争议。有的学者认为这一版本是雍正六年开始印刷的；而关于印刷部数，有六十四部和六十六部之争，但据后来学者对当时文献资料的考证，应该是六十六部。关于现存世的数量，也是说法不一，学者张秀民认为大约是十二部，而裴芹认为大概是二十四部。如果加上残缺的印本，据考证，二十四部更接近真实的数目。
（二）扁字铅印本
由于第一版本弥足珍贵，数量稀少，极少数的人才能看得到。所以在清光绪十年（1884年），由英国人安·美查和弗·美查在上海集股成立了“图书集成印书局”采用铅字印刷《集成》一书，所以第二次印本也被称为“美查本”或“铅字本”，这是国内较早的铅字排版印刷。此次印刷主要是用机器，采用十开尺寸的大纸，纸薄而均匀，洁白如羊脂玉。选用了多用来制作高级手工印刷品的连史纸印刷，绘图部分则使用较好的宣纸石印。
这部书的印刷前后共用了四年的时间，是以三号扁铅体印的，所以这次印本又称“扁字体”。采用的形式是半页十二行，每行三十八个字，白口，四周单边，单鱼尾。此次印刷共印了一千五百部，每部一千六百二十册，另外还有目录八册。这一版本的携带和存放都比第一版方便。在该版本的牌记（牌记是指直接在书的空白处刻上一行或两行字，说明出书时间、地点或者刻书人、刻书铺号等，大概相当于现代书的版权页）上题的是“光绪甲申年夏上海图书集成铅版印书局集股重印”。这一版本是现代最流行的版本，尤其在国外收藏较多，所以国外绝大多数学者看到的都是这一版本。这一版本对于宣传和利用《集成》一书起到了极大的推动作用。
但该书也有很多不足，“美查本”用的连史纸和绢纸比较起来颜色较黄，印刷所用的又是扁铅字，字与字间距比较窄，而且当时的铅字印刷技术又比较落后，所以到现在已经有许多字都看不清楚了。但是宣纸石印的绘画部分，印刷效果较好，到现在仍十分清晰，也稍稍弥补了该书字体部分的不足。
（三）石印本
光绪帝当政以后感觉到《集成》一书的原印本越来越少，而且当时石印的技术也越来越好，所以使《集成》恢复陈梦雷当初编纂的样子，已经有了现实的可能性。于是在清光绪十六年（1890年），皇帝下旨令当时的上海同文书局石印一百部《集成》，因此这次版本又称为“同文版”或“光绪版”。此版本主要是用来赠送外国使节和嘉赏有功大臣的。所以印书所用纸张非常讲究，主要用的是洁白如玉的开化纸，这种纸被当时人称为“桃花纸”。用纸三开大小，而且图书的装订也与第一版相同。这次版本的印刷质量追求精益求精，对于所用底本中图画丢失、页数缺失以及字画不清楚和纸张中泛出的黄色斑点等现象，印刷人员都用粉笔加以涂盖，再用墨笔重新加以描写，所以这次的印本墨色鲜明。此次印刷共花费三年的时间，直到光绪二十年（1894年）才正式出版。
上海同文书局，是中国人自办的第一家近代石版印刷图书出版机构。光绪八年（1882年），由徐鸿复、徐润等集股在上海成立，专门用来翻印具有较高文物价值的古书版本。当时的同文书局购置了石印机十二架，雇佣了五百多名工人。石印本《集成》费时三年，耗费白银高达五十万两，所以此次印刷质量上乘、规模浩大，堪称当时印刷界的一大盛事。这次版本最难能可贵之处在于增刊了清代龙继栋所作的《考证》二十四卷，这二十四卷订正了原书引文的错误和脱漏之处大约两万条。
但是令人感到遗憾的是，光绪十九年（1893年）五月十七日，该局不慎发生火灾，大批设备被焚毁，这次印刷的本数本来就不多，除少量赠送外国友人和奖赏大臣外，存于书局的都被大火烧毁，所以流传下来的版本非常稀少。价值不亚于“铜活字”版本，清末时期该书一整套就索价白银一万两，到现在更可以说是难以估价。
（四）第四次影印本
第四次影印本是1934年由上海中华书局影印的缩小本。因此此次印本又称作“中华书局本”“中华本”或“缩印本”。主要是以康有为所收藏的雍正殿本为底本，同时又借用浙江省立图书馆所藏的文澜本补充。纸张采用的是江南造纸厂的机制连史纸，三开大本，将原书的九页合为一页，缩小印刷。成书后的尺寸板框高16.5厘米，宽28厘米，版式是上中下三栏，每栏二十七行，每行二十个字，黑口，四周双边，单鱼尾。缩印后字的大小相当于现在的五号铅字，版面清晰而篇幅大减，所以查阅起来相当方便。第四次印本共合计四万五千余页，一共分订成八百零八册，其中一至六册为目录，七至八百册是书的内容，八百至八百零八册为考证，同时又将借来的浙江省立图书馆所藏的文澜本以六页合成一页影印，版式为两层楼形式，共计八册。当时每部定价八百元，从1934年10月第一期交书六十二册开始，直到1940年2月才将整套书出齐，基本上印了一千五百份。这次印本校勘精细，字迹清晰，墨色均匀，查阅方便，切合实用，是现在运用最广泛最精善的版本。台湾也以这个版本为底本出版了三个版本的《集成》：有1964年文星书局版本，精装一百零一册；1964年的艺文书局版本，精装七十九册；1977年鼎文书局本，精装七十九册。
上述四种版本都已经成为珍贵的古籍，除少数收藏机构和个人收藏外，社会上早已绝迹。
（五）第五次联合影印本
《集成》的第五个印本也被称为“文星版”或“文星书店本”。是由台湾的台北文星书局在1964年印刷出版的。该书主要是以“铜活字本”为底本影印。采用十六开的本子，精装。
（六）第六次鼎文影印本
《集成》的第六个印本也被称为“鼎文本”。是由台湾的台北鼎文书局于1977年4月影印出版的。此次影印和“文星版”所采用的底本和装订形式都是一样的。到20世纪80年代，江苏古籍书店曾以该版本为底本进行影印，装订形式为十六开本精装本，每部二百四十五册，但是印刷数量很少，现在也很难见到。
（七）第七次巴蜀影印本
第七次版本也称“巴蜀版”。由中华书局和巴蜀书社于1985年到1988年联合影印。全书统一采用十六开精装，共八十二册。此次印刷以中华书局1934年的印本为底本。包括目录、正文、考证及广西大学古籍整理研究所编制的索引，黑色漆皮封面，并配有函套。但由于当时的条件有限，所以此次印本无论是设计、用纸还是印刷质量等方面都不尽如人意。当时只发行了八百余套，现在已经不易找到。
值得提及的是此次印书版本加上了广西大学编写的《古今图书集成索引》，其实在广西大学编纂之前，外国学者就已经把《集成》作为研究中国科技文化的重要文献资料了。早在1907年圣彼得堡就出版了瓦伯尔的《古今图书集成方舆汇编索引》；1911年由伦敦英国博物院出版了翟理斯编写的《钦定古今图书集成索引》，方法是将条目英译后按英文字母的顺序排列，并附带中文。1933年大连右文阁发行了日本泷泽俊亮编著的《古今图书集成分类索引》；1972—1977年日本汲古书院出版了《古今图书集成引用书目录稿》。
（八）第八次影印本
《集成》的第八次印刷版本也称作“齐鲁版”。由齐鲁书社与中国国家图书馆合作于2006年影印出版。主要是将国家图书馆馆藏的“铜活字本”按原大小影印，手工印刷装订，分装成五千零二十册，五百二十函，共印制五十部。
（九）电子版本
第九种版本是1999年台湾以藏在台北故宫博物院的铜活字本为蓝本出版了电子版的《集成》。使这部书被更多的人所知晓应用。《集成》的印刷本有一万卷，五千多册，可是电子版仅需要二十七张光碟就将全书的内容收录，再加上索引共二十八张光碟。将这部珍贵的《集成》加以现代化，而且电子版在检索质量和检索速度等方面都远远超过了印刷版，便于我们更好地利用《集成》。
（十）排印本
第十种版本是由吉林文史出版社出版的《集成》排印本。
目前可以看到的版本主要有中华书局影印本、台湾鼎文书局影印本、吉林文史出版社排印本。
当然《集成》这部卷帙浩繁、包罗万象的巨作，也并不是十全十美、没有瑕疵的。这部实用价值较高的大型类书，由于其征引了上自先秦下至清初的大量史料，所以在辑录资料时难免会出现征引错误或是丢失缺漏资料等问题。而且从《集成》的编纂背景来看，它是由康熙帝“钦定”的一部类书，而且编写者陈梦雷又蒙受皇恩，所以难免在编写过程中带有阶级的烙印，有着封建的正统思想，存在着时代和阶级的局限。如从三级类目安排和内容概括上就可以反映出封建正统观念及其伦理、道德的标准，编排顺序上如《明伦汇编》中编者先介绍“皇”接着是“官”而后是“家”，这也正符合了封建社会的实际情况。分类上编者把乞丐、刺客、娼妓等列入《艺术典》，而把历代领导农民起义的人物列入《盗贼部》等等。文中还专设《神异典》《术数部》，各部后还大多有外编，内容主要是关于神仙鬼怪、星命巫术、风水相面等迷信资料。
但这并不能影响《集成》的整体功用，而且从当时编者所处的社会环境来看，这样的编排仍不失为当时组织辑录知识的最佳手法，因为整个结构体系以及内容囊括上是完整的。真正做到了编者所言的“凡在六合之内，巨细毕举，其在‘十三经’‘二十一史’者，只字不遗。其在稗史子集者，十亦只删一二”原则。
《集成》在编制过程中，留存的资料非常少，再加上它卷帙浩繁，排版和印刷都不是在短时间内可以完成的，而有些版本又流传甚少，所以各图书馆或是个人引用时，常有歧义之处，我们在查找阅读时要谨慎对待。