这类基因武器是指通过基因重组，在一些不致病的微生物体内“插入”致病基因，或者在一些致病的细菌或病毒中接入能对抗普通疫苗或药物的基因，从而培育出新的致病微生物或新的抗药性很强的病菌。
随着基因组学的进展，肺结核、麻风病、霍乱等病菌的完整基因序列已经发表，鼠疫杆菌等的基因组测序工作也将完成，这些天然的细菌和病毒都可能通过基因重组而被改造成易存储、便携、毒性更大的生物武器。
炭疽热本来是一种存在于自然界的疾病，而日本侵华战争期间，臭名昭著的731部队通过大量试验，改进了炭疽的存储、携带技术，使炭疽成为一种广泛使用的细菌武器。
炭疽热可以用青霉素的衍生物来治疗，但是，如果在炭疽杆菌中引入一种内酰胺酶基因，就可以使抗生素失效。这方面研究取得突破性的新进展后，在炭疽杆菌中可接入使现有的十几种西方主要疫苗和解毒剂失效的基因。
1994年，某国一家生物公司培育出一种大肠杆菌，该大肠杆菌对抗生素的耐药性是普通大肠杆菌的3.2万倍。