雍正十三年（1735年），巴尔库尔更名为巴里坤。准噶尔部再次要求议和，岳钟琪大军撤离巴里坤，但城池从此成为巴里坤政治经济文化的中心。
屯民定居巴里坤
富宁安陈兵巴里坤，岳钟琪修建绿营兵城池，为内地垦民迁入这里实施大规模屯垦提供了可靠保障，他们在政府倡导组织下分批到来，垦荒种地从事农业生产。
康熙五十五年（1716年），康熙帝指令：“巴尔库尔、科布多、乌兰古木等地种地之事甚属紧要，若种地得收，则诸事俱易。”并派副都统苏尔德管理巴里坤等地屯田事务。康熙六十一年（1722年），富宁安向清廷建议在新疆大规模屯垦。同年清兵在巴里坤播种青稞2000石，秋天收获15070石。雍正八年（1730年），岳钟琪的屯兵收获青稞30680石。到乾隆、嘉庆时期屯垦进入高峰阶段，而且变单一军屯为以民屯为主、军屯为辅。清廷为此制定专门的优惠政策，吸引大批的农民、商人，甚至囚徒来边疆参与垦种，并长久留居。不仅解决了当时军队粮草供应问题，更改变了当地居住人口的比例，大大促进了生产、商品流通乃至整个社会经济的快速增长，是边疆长治久安的千秋之计。
据《清史稿》记载：乾隆十九年（1754年），陕甘总督黄廷桂首次将发配到巴里坤的犯人投入耕种。乾隆二十六年到四十二年（1761～1777年），从关内遣来犯人三批868户，乾隆三十一年（1766年）招募安插垦民697户2596人，乾隆三十七年（1770年）2000名满族兵丁携家眷永驻。至嘉庆十一年（1806年），县内人口有15298人，道光二十六至三十年（1846～1850年）全县人口已增到30000余。而作为巴里坤后来的主要民族之一的哈萨克人当时尚未迁居到这里。原先游牧于当地的蒙古人因巴里坤盆地南北山坡大都被开垦辟为农田，放牧受到很大影响而大部分回到蒙古草原，留下来的少数人都游牧于盆地周围的山地丘陵中，因为人数较少，更关键的是他们在生产生活包括文化需求诸方面无法离开盆地内的主体民族人群，因而与当地汉民有着千丝万缕的联系，所以到清朝中叶之后，巴里坤城的居住人口主要是汉族和满族，而满族已经基本完全汉化。
人数的增多，耕地面积的扩大，内地较先进的生产技术的推广应用，国家政策优惠的激励，使农业生产达到空前的水平。据《清史稿》等有关资料记载，当时政府对带家属兵屯的规定，每户给地30亩，照例6年升科，所需的农具、耕畜、食粮、籽种等由官府供给，对能完成屯垦任务的及时转为户民。对屯犯规定，每6人发给农具一副，每百人给牛马100头（匹），屯犯转为户民后，每户发给农具1副、马2匹，作价8两白银，分3年还清。对自愿到巴里坤认垦的户民，每户给地30亩，初垦之地3年或5年升科，并由政府接济他们口粮、农具、籽种，酌情借给买住房耕畜的银两，而且赋税很低。至于商屯，就是政府鼓励有钱的商人招募民户认垦，商户雇人开地，再将地租给贫苦户民耕种。到乾隆四十二年（1777年），商屯耕地达1万亩。
多种屯田形式，使耕地面积扩大到近9万亩，粮食产量达到前所未有的数量，在乾隆中后期，巴里坤就出现“仓库积粮过多”的情况。乾隆二十七年（1762年），游击王绍和守备李执中引种豌豆、小麦获得丰收，改变了巴里坤只种青稞的历史。
这种屯垦形式由巴里坤起向西延伸到木垒、奇台、乌鲁木齐、玛纳斯直至伊犁。
商贾云集成名都
巴里坤自清中叶之后被誉为新疆“三大商都”之一，是新疆东部最繁荣的贸易集散地，和中部的迪化（乌鲁木齐）、西部的伊犁串成一线，构成了沿天山北麓东西贯通的草原丝路大道，东西商品的交流汇集分散运转以这三个点为中心向四周边缘地区辐射。这条大道被称为“北新道”，说它“新”主要指元明清以来的重新振兴繁荣，其实它的开辟恐怕比张骞“凿空”西域打开天山南麓的丝绸之路和由敦煌出阳关到盐泽沿塔里木盆地南缘西去的丝路南道还要更早。
清中叶特别是镇西（今巴里坤）建府后，农牧业生产的发展已经达到了一个较高的水平，为巴里坤奠定了较为雄厚的经济基础，给商业发展提供了较为丰富的商品，尤其是军事、屯垦和民生的需要，刺激了驼运业的快速崛起。首先是官商的运营带动了商业的发展，官商的主要交易是对蒙古人和后来的哈萨克人的茶叶与马匹的易货贸易，这叫茶马交易。游牧民族离不开茶叶，浓茶具有帮助消化油脂肉食和提神的功用，而马匹则是骑兵必须具备的装备。生产工具和生活用品无须赘述，那是一日不可或缺的。驼运较之驴马运输更适合于北新道的地理条件和此一线的自然环境气候状况，而且其利润十分可观，因此凡是有能力从事驼运的人家无不争先恐后地加入到这个行列中。巴里坤先后有十几家驼商“兴财发福”，可谓财源滚滚、家大业大。清末到民国年间最有名的驼商是刘华，他拥有几百峰骆驼。但是驼商家庭大都兴财时日不久便衰落了，其主要原因是这条“丝路”确实是一条不平坦不平静的路，有时就是一条“死路”。经商者都明白，利润越大风险越大，若是单从经营的角度说尚可用变更经营手段、提高经营水平、改换经营理念等办法避免或减小风险，可这条路上的风险是经商者自己无法克服的。土匪军阀恣意妄为、劫财害命的事时有发生，这就使很多家驼商中途破产倒闭。
于是，更多的经商者愿意坐地行商，据《巴里坤县志》记载，当年镇西城里“商贾云集，店铺林立”。商品品种齐全，种类繁多，高中低档样样齐备，完全能够满足社会各阶层各类人群的购买需要。
这一时期先后有100多个商家，其中十几家商号资本雄厚，名气较大，如忠义和、义兴诚、裕祥厚、魁顺和、魁顺祥、兴盛昌、万顺荣、仁和兴、天德全、同兴荣、德生成、永济堂、同心号、元隆号等。到清末民国初期，资产较多的几家被后人合称为“八大商号”。
镇西庙宇冠全疆
巴里坤素有“镇西庙宇冠全疆”之说。据《镇西乡土志》载，自“道光年间，四营有四营之庙，三乡有三乡之庙，庙宇之多巍然诚郡之壮观也”。巴里坤是历代王朝十分重视和加以苦心经营之地。在巴里坤广建庙宇的历史有近200年，出现了中国不多见、新疆罕见的庙宇群落。
首先是数量。在清代之前的庙宇，无史料记载，也由于人口的流动变更，连口碑也不曾留下。到清朝平定了准噶尔叛乱，大量内地屯民涌入新疆，特别是巴里坤已经几乎全部为汉、满族民众。作为当时新疆的重镇，清政府对镇西的各项投入明显倾斜，而以文化投入之量大尤为显著，大兴土木广建庙宇就是最具体的措施。统治者需要用儒家、道家等中国传统思想教化规范百姓，由关内各地移居的百姓们都需要精神的寄托，于是由政府主持、倡导、投资，各商家、行会、同乡会捐资出力，开始了大规模的修庙活动。当地群众把他们热爱忠勇、鼓励义勇、希望英勇和思念故乡的情结、渴望太平的追求、争取致富的愿望都倾注到兴建庙宇之中。为充分调动民众的积极性，鼓动大家的建庙热情，最大限度发掘民间潜力，政府有意将许多庙以同乡会、行业会名称命名，如“山西会馆”“山陕会馆”“凉州会馆”“赣州会馆”“马王庙”“羊会”等等，并交由相关的团体管理。修庙管理庙宇、组织庙会各类宗教文化活动得到了普通百姓的广泛支持和参与，有钱的出钱，有力的出力，人们把尽全力为修庙和庙会布施当做善举，行善积德、乐善好施成为人人修身齐家的行为准则。根据民间口碑及上世纪六十年代之前尚在的庙宇统计，汉、满两城和城关共有庙宇近60座，三乡及山野戈壁共有庙宇30余座（不包括田间地头所建的小型土地庙），全县境内的庙宇累计共百余座之多。
其次是种类。巴里坤庙宇种类之多，几乎包含了全国各种形式的庙宇。佛、道、儒、仙、神、鬼、圣、贤无所不有。有崇拜自然神的，如山神庙、风神庙、土地庙、牛王宫、马王庙；有僧院如地藏寺；道观如三皇庙、三清观、老君庙；儒庙如文庙（也称孔庙）；神仙庙如龙王庙、海神祠、娘娘庙；圣人庙如鲁班庙、方神庙、关岳庙、关帝庙，而且关帝庙就有五六座之多；鬼庙当属城隍行宫、钟馗庙；还有为有功于国家百姓的贤达修建的祠堂，如三公祠，昭忠祠（是为进疆平定阿古柏入侵和和卓叛乱的湘军、川军阵亡将士所建），左公祠（是左宗棠的祠堂）；仙姑庙是甘州人为他们的孝女修建的。此外还有许多的行业庙，如药王庙、廒神庙、案牍庙、羊会、驼会、孙膑庙（鞋匠行）、银匠庙、缧祖庙。乡间的许多庙宇是以该村落居民移居前家乡地名或移居后的地名命名的，如敦煌庙、玉门庙、旧户庙、商户庙，还如北乡西户从东向西的五座庙干脆是以序号命名的：头号庙、二号庙、五号庙等。
第三是庙会文化活动。各庙都有自己的庙会，各庙会都有独特的讲究和风俗，便成为不同风俗文化的汇聚。有些风俗，在母原地已消失，而它却完整地在镇西保留下来，而且大多在不断强化。这些庙会，大都成为节庆活动，丰富人们的文化生活，促进商业经济的发展。如县城北关的关帝庙，据说是清代巴里坤的第一座庙，民间有“先有关帝庙，后有镇西城”之说。后来，在关帝庙旁又修了海神祠、药王庙、驼会、刘猛将军祠和城隍行宫等，形成了一个庙宇群落。一庙有会，整个庙宇群落都欢庆。所有的庙会，几乎都要请戏班子唱戏、耍社火，大型庙会还有贸易活动等，宰牲吃肉、饮酒庆贺自不必说。