把有组织的整体看做由一些互相联系的子系统组成，这是人们研究整体通常采用的方法。但是在很多场合，整体的性质往往如鬼魂一般，在部分之间突现。金观涛认为，人们看不到整体的性质和各部分具有的性质之间的联系，这大多是因为我们没有找到一种正确地将整体分解成部分的方法造成的，也就是说子系统定义得不对。整体从来是混沌的，它是无限复杂的，它包含着无限多种分解成部分的方法。有机体可以看做由器官组成的整体，但也可以看做细胞组成的整体，甚至当做分子、原子和粒子组成的整体。社会组织可以分为由政治、经济、文化等子系统组成的整体，但也可以当做由成千上万人集合组成的整体，甚至可以当做地域组织的集合。哪一种分法是合理的？整体中哪些部分形成整体功能，即哪些部分是在整体之中真正起作用的子系统？通常人们不重视这个问题。但这正是造成困难的关键！
人们通常习惯于从物质的大小尺度，所在层次、解剖上的特点和空间位置、性质分类等来区分和定义整体中的子系统。比如，把人体看做细胞组织，把大脑看做是由一个个神经元组成的组织，把社会看做个人的集合。在很多场合（对于系统的确定功能来说），这些人们想当然的“子系统”实际上不是真正存在于整体之中的子系统，而是把整体肢解后我们都能发现的那些已经被破坏的子系统。如果对“子系统”定义错误，那么整体的性质当然很难由这些子系统来组成。
研究整体和打开黑箱很相像，当我们把整体功能分解到某一层次，在这个层次中所有子系统所遵循的规律完全是我们已知的广义因果律时，我们才可以说黑箱被打开了。
为了阐明结构主义方法的本质，1976年皮亚杰写了《结构主义》一书，书中归结出三条基本原则。
一、结构的整体性。任何结构中各个部分不是孤立存在的，而是作为和其他部分的关系存在的。整体的性质不是从整体以外去寻找，而是由互相依存的各个部分的关系来说明。皮亚杰举出数学中的群、环、体，逻辑结构，有机体结构，心理学中的“格式塔”理论，语言结构，人类思维结构等例子说明这一点。
二、结构的各个部分必须满足转换规则。正是转换规则把部分联成整体，产生整体的性质。比如数学中的群，其中任何两元素根据结合律可以得到第三个元素，它必定也是整体的某个部分。结合律就是转换规则。亲属关系也是一种转换规则，它规定家庭成员在这种关系中的互相位置。因此，皮亚杰说：“一切已知结构……都是一些转换体系。”
三、任何结构都具有“自身的调整性”。（金观涛《系统的哲学》，新星出版社，2005年8月第一版，第88页）
这三条基本原理，筑成了结构主义的体系骨架。
第一条原则讲的恰恰是怎样寻找整体中的子系统。
转换规则，正是功能耦合系统中的子系统的输入与输出集。
而转换规则正是由广义因果律（输入集和输出集的关系）组成的功能耦合网。
一种最为常见的结构是“关系”。包括人的社会关系，亲属关系，概念之间的关系以及语言学中的句法、符号之间的关系等。结构中的任何一个部分，离开对于其他部分的关系就没有意义。如果把概念、句法部分当做符号，符号的意义是从关系中产生的。但什么是关系？什么是由一定关系网构成的组织？
金观涛先生认为，它正是一种最为简单的功能耦合系统。用自耦合系统表示关系，不仅仅把关系研究数学化、形式化了，而且可以说在某种程度上，它揭示了关系的本质。以往，关系的概念总是带有浓厚的思辨色彩。哲学家早就感到关系和一般的因果联系、事物存在的条件等有所不同。关系使事物具有互相依赖互相定义的特点。如父亲是针对儿女而言的，脱离了这种关系联系着的整体，每个部分本身也就毫无意义。关系实际上是事物或概念之间的互为因果和互为条件性的自耦合系统。任何一个概念、规定的成立必须依赖于某些条件。
同构的组织具有相同的关系网。因而利用同构可以将形形色色的结构用一种方式表示。同构的系统具有某种共性。在同构系统中那些取决于结构的性质常常与集合元素是什么无关，因而它们常常用符号表示。
可能性海洋
“人类惊奇地发现，那包围着我们生存的无边无际的可能性海洋，原来我们生活在一个千变万化但却需要依靠自己的洞察力的世界。我们必须在认识存在合理的同时更加珍惜创造，把理性的目光投向那远方可能稳定的存在之岛。”
在这里，金观涛为我们揭示了世界的“非线性”本质。
在非线性的功能耦合网内可能出现完全无规则的随机扰动。而现实组织中绝大多数功能耦合系统都是非线性的。我们在各式各样的组织系统中，特别是组织在趋于瓦解和演化过程中，经常看到混乱。混乱就是无序。人们通常有一个根深蒂固的偏见，认为混乱只能来自混乱，而自耦合系统这种奇特的行为证明，混乱完全可能来自于某种秩序。自耦合系统完全是用严格的因果性建立起来的，当因果关系是非线性时，互为因果会造成巨大的随机扰动。它的出现的根源就在组织内部！它对于研究组织解体、社会矛盾的激化甚至社会的演化提供了新的思路。
可能性与现实存在的关系，历来是哲学家热衷争论的问题。自古以来，现实的存在（客观存在）曾被科学和哲学看做原始的出发点，特别是唯物论和经验论的出发点。而可能性仅仅被当做一种不太重要的潜在，它只是现实存在的外推，是未来所面临的某种选择。用一个现实来说明另一个现实，虽然保守、僵化，难以解决诸如生命起源、人类起源、意识起源、社会起源这样的难题，但这种哲学毕竟给人一种安全可靠的感觉。但是，一个不以科学为自己基石的哲学体系必然会碰到科学的挑战，它的基础性概念必然会随着科学的迅速发展而被冲垮。确实，自本世纪初以后，我们看到这种古老的信念崩溃，人类惊奇地发现包围着我们生存的那个无边无际的可能性海洋。（金观涛《系统的哲学》，新星出版社，2005年8月第一版，第88页）
金观涛指出，首先，物理学家发现原子并不是坚实的，原子核只是基本粒子的某种组合，原子科学家曾把世界比做一个巨大的尚未引爆的炸药堆。同样，我们所知道的分子结构更是难以计算的原子组合方式中一小部分而已。生物可看做基因的组合，计算机科学发现了组合性爆炸，天体演化理论甚至已经证明：今天的宇宙只不过是大爆炸后各种可能宇宙之一！现实的宇宙只不过是无穷无尽组合可能性中的一个小岛。
总之，三十年代以后，几乎在所有人类知识领域中，都同时发现现实的存在比起可能有的只是沧海中可怜的一粟。变化中的世界只是在展开它本来就具有的巨大的可能性海洋，到目前为止，存在了一百亿年历史的世界只尝试了其中极少一部分。人们感到生命可能是偶然的，进化也可能是一种偶然性。文明进步似乎也并非必然。存在和确定的演进再也不是基本的东西了，它只是无数的可能性的偶然的一刹那。
但是，在这一切的可能性海洋之中，有一个更为深层的基础：那就是只有那些可能组合中的稳态才能成为真实的存在！整体的哲学正是建立在一种更为彻底地理解存在和发展的强大的理性。组织理论证明，那些有组织的整体，只有具备稳定的结构才能存在。我们一定能用科学和理性来剖析稳定的机制，理解存在的原因。这样，现实的存在依然是合理的，有意义的，但我们已经对它看得更深了。从稳定即存在的角度来看，存在虽然合理，但并非不可动摇和不可怀疑的；进步是可能的，但并非不需要理性的争取和努力。我们生活在一个千变万化但却更需要依靠自己洞察力的世界，我们必须建立对世界的整体观念和不盲目相信现实的理性。问题的关键在于，我们必须在认识现实合理的同时更加珍惜创造，把理性目光投向那远方可能稳定的存在之岛。
总之，我们发现，整体哲学的基础必须遵循着一条独特的思路，这就是从有条件的存在，到它们互相依存的各种组合可能，再从中找出稳态，最后这些稳态中的部分才对应现实的整体。这样整体的哲学本质上是发展的，因为我们在探讨任何现实的整体时，一定要考虑可能性的海洋，只有在可能性背景下的整体才是有意义的。金观涛先生指出，把现实存在看做可能性空间中的稳态，一下子给组织起源的研究指明了方向。起源在思辨哲学中是一个从无到有的变化，它是神秘的。而在我们的哲学框架中，起源则变为从可能性空间的一个稳态向另一个稳态的变迁，它是可以用科学方法来研究的。我们的视野投向那新的世界的岛屿和大陆，这就是组织理论向我们展示的组织系统的产生、存在、生长、发展、老化的历程。
普利高津力求寻找远离热力学平衡的李雅普诺夫函数，终于发现在远离稳定态（热力学平衡态）的地方可能形成代表组织状态的洼。这就是耗散结构。
在组织进化中，新的组织形态常常是旧组织瓦解后出现的，在旧有非线性系统瓦解前，自耦合系统可以出现巨大的随机波动，它也许正是使系统进入新组织结构的巨涨落。这种巨涨落在社会瓦解时经常看到。如果深究当代各门自然科学方法的本质，我们可以看到一种深刻的思想汇合，它就是用可能性组合中稳定的状态来说明整体的存在。而整体哲学最重要的基本思想，则是用维生结构稳定性的破坏和再建说明组织的发生和演变。
为什么有组织的整体一定大于部分之和？为什么只要把组织支解，作为整体的属性就会消失？关键在于任何组织系统都形成了部分之间互为条件、互为因果的维系网。组织作为功能耦合系统，其中任何一个部分（子系统）存在的条件是由整体中别的子系统或它自己的功能提供的，因而一旦割断功能耦合网，每个子系统都失去了别的子系统对它功能存在必须的那些条件的提供，这样整体功能当然不复存在。
活的组织和死的仪器组织有本质不同。像机器这样简单的无生命组织，把它拆成零件后还可以重新装配起来，而对有生命的组织只要一经解体，各个部分就会不可避免地死亡。问题的关键在于，我们必须考虑功能耦合系统的层次性和复杂性。人造组织如仪器等大多具有层次相对简单的特点。将仪器拆成零件后，这些零件本身存在条件并不是仪器组织提供的，他们在仪器组织瓦解时通常都是稳态。因而只要将其重新组合，整体功能就会恢复。仪器组织之所以有这个特点，是因为这些零件大多是在功能耦合系统形成之前制造好的。因此这种制造程序决定了每个子系统结构存在的条件与功能耦合网相对独立！否则，仪器装配工作将十分麻烦。
当功能耦合网涉及几个层次时，组织“活的”功能将显示出来！也就是说，只要功能耦合是多层次的，那么肢解后它就会出现“死亡”“不可能恢复”等特点。当然，这并不是说这些子系统绝对不能从组织中剥离出来，只不过要“剥离”就需要人为地提供子系统生存的条件。当然这些条件的控制是十分复杂的，要模拟得和整体中原有的条件完全一样是十分困难的。活的组织的功能耦合系统层次复杂，而且各个层次互相纠缠，这个特点本身就暗示着它们的起源和机械性组织是不一样的。它们不像仪器那样先制造零件，再实行功能耦合。它们在生成过程中，功能耦合和层次的出现，包括子系统结构的形成要和功能耦合同时进行！对耦合层次很多的复杂组织，组织从无组织状态直接起源不可能，因为巨涨落一下子把一个混乱系统推进到极为复杂的组织之洼是不可思议的。
生长——这才是生命组织形成的统一模式。
生长与老化
生长，不仅意味着组织系统量的变化，更重要的是内部子系统增多，关系日益复杂和组织规模的扩大，其各种功能的日益复杂完善。任何生长过程总是以稳态为基础，生长随着新的稳态建立而继续，当新的稳态不再形成或稳态不足以维系新的功能耦合网时，生长也就随之而停止了。
组织生长有两个必要条件：第一，原有组织提供完备的内稳态，这些内稳态能适当配合以产生新的功能耦合；第二，功能耦合创造出的新稳态会进一步促成新的功能耦合，即：组织生长内稳态要自动增加，必须通过“内稳态→新的功能耦合网→新内稳态……”这样的一条链。组织系统的结构稳定性是一个十分重要的性质，它也是研究组织理论的金钥匙。由此推出的第一个重要结论是：任何一个结构固定的组织生长必定有一个极限。
当系统中某一数量的增长速度和这一系统本身的增长速度成正比时，系统就会出现指数增长的现象，如细菌的繁殖、细胞分裂、科学文献的增加在某一阶段都服从指数规律。但是系统一直按指数增长是不可思议的，根据逻辑推断，任何指数增长到一定程度，其增长速度必定会受到其他种种因素的限制而越变越小，最后增长速度降为零。因此，生长曲线一般都呈S形，当超过某个量（增长曲线的拐点）时，增长趋于一个极限。因此人们也常把增长曲线称为S曲线或逻辑曲线。