（一）第一阶段—药食同源
在我国，药食同源说源远流长，药物与食物可以说是同期同步起源的，最早的药物都是食物，祖国医学从初起时，便与饮食结下了不解之缘，最早的医疗方法，正是饮食疗法。特别是火的发现与应用，使人类迈入了文明时期，扩大了食物来源，加强了卫生条件，并有效汲取了营养、增强了体质。
远古的神农氏时期，我国步入了农业社会，“神农尝百草”的传说反映了我们的祖先鉴别食物与药物的试验活动，《淮南子·修务训》曰：“神农尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就。当此之时，一日而遇七十毒。”传说神农氏见大家靠吃兽肉饮生水难以长久维持生命，便到处寻找可以果腹的植物，有时一日便中很多次毒，中了毒又解毒，反反复复，从而发现草本植物的药性。尽知其平毒寒温等性味，逐步教给人们认识了植物药，可见那个时候药与食是不分的，无毒者可就，有毒者当避。就这样古人有病时，最初只好这样尝一点，那样尝一点，吃了有毒的就死了，吃了不相干的就无效，吃到了对症的就好起来，于是知道了这是可解这种病痛的药。人们就这样长此以往地积累下去，渐渐有了经验。
夏商周三代是我国饮食文化发展的时期，食品医学形成并且深深地影响着我国的政治文化，那时帝王将相以烹饪为时尚，甚至将其作为选贤举才的标准，伊尹就是这一时期的代表。商汤时期王宫里有位善烹调的厨司奴隶，他有个儿子名叫伊尹，伊尹从小耳濡目染，从父亲那儿学到了一手高超的烹调技艺。有一天父亲生病了，伊尹很是担心。奴隶哪里有钱治病呢？再说，医生也不会为一个奴隶治病的。看到儿子为自己的病情着急，父亲宽慰他说：“孩子，别担心，我很快就会好的，以前你爷爷生病了也是自己治好的。”“自己治好的？”伊尹瞪大了眼睛。原来，以前爷爷生病时，实在没钱治病，只得硬撑着。后来他却发现有些食物能把病“吃”好。次数多了就有了经验。“所有的病都可以‘吃’好吗？”伊尹大感兴趣。“不一定，有时吃的食物反而会使病情加重呢！”父亲说。从这以后，伊尹熟悉了各种食物和药物的性能、功用，掌握了许多能用食物治疗疾病的方法。有一次，汤王病了，医生用药物治疗了半个月仍不见好转。汤王龙颜大怒，命令医生在三天之内治好自己的病，否则就将他处死。医生听说了这件事，便壮着胆子来找伊尹，伊尹建议医生试用几种食物进行治疗。医生满腹狐疑地看着充满信心的伊尹，想想也没有别的办法，只好冒险一试。没想到，汤王病情大为好转，他高兴地要嘉奖医生。医生不敢欺骗汤王，如实作了汇报。“有这样聪明的奴隶？立刻叫他来见我！”当年轻精干颇有见地的伊尹出现在汤王面前时，一下博得了他的好感。从此，伊尹受到了汤王的器重，他从烹调中领悟出许多治国安邦的道理，最后竟被破格任用为宰相。后来，伊尹成为汤王夺取天下的得力助手。《吕氏春秋》记载着伊尹和商汤王谈论烹调方法，伊尹引用了“阳朴之姜，招摇之桂”的语句，姜、桂可以调味，同时也是药品，至今仍是药膳食疗中的基本原料。一次，当汤王问伊尹得天下之道时，伊尹用当时通俗的食疗道理做比喻回答：“吸取新的，除却旧的，肌肤血脉得以通畅。新的精神气力日渐增加，不好的邪气要驱除净尽，才能达到应享的寿命。”这就是著名的“商汤问伊尹”。
伊尹巧妙地运用独特的烹调技术，对药物进行加工制作，制成了中药汤剂，这是食疗法的进一步发展，是中国医药史上的一大创举。后来伊尹写成《汤液经法》一书，他的食疗法对后世的医疗产生了深远的影响。
（二）第二阶段—食为医用
经过药食同源阶段后，到了西周时期，宫廷内出现了专做食疗保健工作的“食医”，居当时各类医师之首，对药膳的总结及食疗保健的发展卓有功勋，也一直享有较高的地位。据《周礼·天官》记载，周代的医生分四类，除专管饮食营养的食医以外，还有“疾医”“疡医”和“兽医”。疡医有“以五气养之，以五药疗之，以五味节之”的理论，是中医“三分治七分养”治疗原则的源流。还提出“凡药，以酸养骨，以辛养筋，以咸养脉，以苦养气，以甘养肉，以滑养窍”，是谓我国养生学之滥觞，体现了“食为医用”。
至春秋时期，《黄帝内经》的药食理论“毒药攻邪，五谷为养，五果为肋，五畜为益，五菜为充”为后世所推崇，并记载了如何运用食疗药膳来治疗疾病。如治目不瞑之“秫米半夏汤”，其秫米就是食物高粱米；治血枯用“四乌鲗骨一藘茹丸”，其中雀卵及鲍鱼汁皆为食物。又在《灵枢·邪气藏府病形篇》载有“诸小者，阴阳形气俱不足，勿取以针，而调以甘药也”，也体现了寓治于食。
汉代，张仲景在其《伤寒杂病论》《金匮要略》中吸收了大量入方的食物，并创制猪肤汤、百合鸡子汤、当归生姜羊肉汤等食疗代表方，体现了“食养为主，食治为先”的思想，将辨证论治和辨证食疗有机地结合起来，为中医食疗学奠定了理论基石。
在此后医家们以食为药，以食代药，以药为食，以食疗病，广开法门。以唐代孙思邈《千金要方·食治》所论最为精要，“为医者当须洞晓病源，知其所犯，以食治之，食疗不愈，然后命药”，还主张“凡欲治病，先以食疗，既食疗不愈，后乃用药尔”。并在其《千金翼方·养性·养老大例》中强调“君父有疾，期先命食以疗之，食疗不愈，然后用药。故孝子须深知食药二性”。食物和药物，用于治疗疾病时两者同时发挥疗效，互用互补不可分割，食治具有药疗难以替代的作用，故曰“食当入药”。这是孙思邈对药与食的辩证关系的论述，他把食疗放在第一的位置，认为食疗者才是良医，并提出“以脏补脏”的脏器疗法，如以动物甲状腺（鹿靥、羊靥）治疗缺碘性甲状腺肿，以动物肝（羊肝、牛肝）治疗夜盲症等，将食疗理论和实践完整结合。
（三）第三阶段—药膳、食疗、养生阶段
宋以后，食疗已经习惯化、系统化，甚至专业化，并走向膳食领域，日趋完善。由以元朝忽思慧撰写的《饮膳正要》对后世影响最大，它把食饮养生与医疗紧密联系在一起，大篇幅叙论诸饮食菜点，主副食及点心的配膳和烹制方法，并据此而说明其食疗作用。从营养学角度提出了有关健康的保养之道，如“补脾胃，益气力”的乞马粥，“治阳气衰败，五劳七伤”的枸杞羊肾粥，“治虚劳，骨蒸久冷”的山药粥以及麻子粥、马齿苋粥等，均有滋补强壮、延年益寿和防治疾病的作用。可见其以“膳”为主，以药（疗）为辅，重在饮食美味，寓治疗价值于饮膳之中，开创了药膳新时代。
明清时期，食疗养生的影响更为广泛，大药学家李时珍极重视临床实践，在其著作《本草纲目》中大量收集了前人及民间的食疗方法、食疗经验等，阐明食治对治病养生的重要性。民间有李时珍采药会寿星的传说。当李时珍问他有何延年之道时，老隐士指着竹背篓里的木耳和胡萝卜说：“山野之人能吃什么？我是常吃这胡萝卜烩木耳。”此后，李时珍反复试验、应用，证实了食用胡萝卜烩木耳特别有益于人的肝脏、心脏的健康，常食延年益寿。在当时食疗并非是独医家尊崇，各业俱重视，如朱棣等编撰的《普济方》是明初以前记载药粥最多的书籍，刘伯温《多能鄙事》、朱权《臞仙神隐》以及万历进士王象晋《二如亭群芳谱》等书中均有记载，可见食疗养生影响广泛。
清代曹庭栋对药粥的研究颇有独到之处，在其编撰的《老老恒言》中列举养生治病的药粥100种，根据“调养治疾功能深浅”分为上、中、下三品，十分适于老年体虚者啜用，“亦能体强健享大寿”。在这一时期百姓的饮膳水平普遍提高，宫廷的饮膳自然更上一层楼，特别是食疗药膳盛行，这在《清宫秘方》《清宫食谱》及《清宫医案和医方》中都有不少记载。
改革开放以来中医食疗、药膳与中医药事业一样，取得了长足的发展，当我们漫步在城市的大街小巷，可见生意兴隆的食疗药膳饭庄；在商场购物时，花样翻新、美味适口的中医食疗保健品琳琅满目。它与饮食文化完全融为一体，自动自觉地回到了“药食同源”的议题上来，同时摆脱了服食的神秘感，走上了以科学为基础的食疗之路。以上概述了中医食疗在饮食文化大背景下的历史发展过程，从食养到食治，再发展为药膳，最后到现代的食疗，是一套完整的、有理论、有方法的以饮食为主的医疗保健体系，现代的科学的食疗原理，先进的制作流程将推动食疗文化的健康发展。