馆不久，全国大规模的征书活动已经展开，馆内的各项工作也已经正常运行，乾隆帝考虑到《四库全书》篇幅规模较大，为了方便查阅，因此撷取《四库全书》书中的精华编写成《四库荟要》。《四库荟要》与《四库全书》相辅相成、各有所用。表面上看，乾隆帝编撰《四库荟要》是为了把所有的重要典籍汇于一处以方便观看阅览，但其背后仍有一个鲜为人知的理由。乾隆决定编撰《四库全书》时年事已高，但仍旧野心勃勃，欲撰写成一部中国历史上前所未有的大型丛书，以凌驾于前代帝王之上。乾隆知自己命不长久，想尽早看到修书的成果，于是下令编写了这部《四库全书荟要》。
乾隆帝任命四库总管于敏中、王继华专门负责《四库全书荟要》的编辑工作。《四库全书荟要》的编写机构，基本上由校对官组成，另外还有一名总校兼编撰官。《四库全书荟要》的工作人员中大都是四库的馆臣，可以说，《四库全书荟要》编辑处，实际上是由四库馆臣临时组成的一个分支机构。
从提名录的情况来看，四库荟要处提名录也仅仅是反映了当时参与编撰人员的大致情况，有很多曾在此任职的官员未被提名。如四库总馆臣于敏中虽然被乾隆帝委以重任，但未被提名，此外参与校对的分校和总校的人员有近一半人榜上无名。由此可见，四库全书荟要处的实际组织机构比我们想象的要大得多。
四库全书荟要处的总裁大臣们按照乾隆帝的意旨制定了《四库全书荟要》的选编宗旨，即“于《四库全书》中取其优醇者，务在简而能赅，宁缺毋滥”，以“撷著述之精华，作艺林之珍秘”。总裁大臣们根据这一标准，对收入《四库全书荟要》的各类书籍进行了精密的筛选。
经部。首先列入经部首选的是清朝历代皇帝“御纂”“御注”“钦定”的各种书籍和十三经注疏，其他的则按照以下几个原则进行筛选。
第一，比较注重反映经学源流的著作。我国经历了漫长的封建社会，在封建社会里，经学也几经变迁，流派不一，立说也各不相同。《荟要》主要选录反映经学源流和各个不同派别的著作。第二，注重选取有代表性的著作。由于受统治阶级的推崇和扶持，经学在封建社会得到畸形的发展，各种解经书籍如满天繁星、数不胜数。四库馆臣在选取书籍时，非常注重书籍的代表性。以小学为例，作为经书的副产品，小学随着经学的发展也繁荣起来，各种字书、韵书一类的著作数量巨大。第三，崇尚实证。面对经学中长期存在的汉、宋两大学术派别，《荟要》馆臣本着不偏不倚的公正态度，但事实上，在书籍的选录过程中，却明显地出现了各种摒弃空疏、崇尚实证的倾向。如有关《诗经》的研究，馆臣们认为，“《诗》必先明山川方域而后能辨士风”，“他如鸟兽草木，悉之多识，期间音训同异，尤于经义攸关”，因而《荟要》要特别开设“专论地理”和“专论名物”两个子目，收录《诗地理考》《诗集传名物抄》等著作。如在研究《三礼》方面著作的时候，馆臣们则特别偏重于选择能够诠释名物典制的书籍。他们认为宋代儒学在注释《礼》的时候，多推求文句和阐发义理，但对训诂制度研究得不够。汉代的儒学离我们并不遥远，如所谓某字当作某解，某制即今某制者，言之有证。所以朱子说《礼》，亦不能废郑、孔。“今首列注疏，他如聂崇义《三礼图》，足与注疏相证者，亦存备考。”所谓“尽汏扈言珍必栗”的主要，主张“诸书皆取其有裨时学者”，鲜明地反映了四库馆臣的学术倾向。
经部书籍的选录取舍，除了有一定的选取规则以外，皇帝的旨意对其也有一定的影响，并且往往起着决定性的作用。如《荟要》中不收录有关《尚书·洪范》的著作，不收录元王元杰的《春秋献义》等著作，认为他们大都是牵强附会或者“晦经蚀义”或是“殊乖笔，削大旨”，执行的都是乾隆帝的命令。由此可以看出，清朝的帝王对《荟要》编撰工作的控制也是颇为严格的。
史部。《四库全书荟要》的编撰工作正值禁书活动进行之时。在禁书活动中，许多有价值的历史书籍由于触犯了清朝统治阶级的利益而被篡改甚至销毁。馆臣在辑录史书时，自然也倍加小心，以至于“慎之又慎”了。首先“钦定”二十四史，因“正史体尊，义与经配”，学者“流观运会，取古证今”，可以“考一代之兴衰，存百世之鉴戒”。除此以外，则尽可能选录本朝“敕撰”和“钦定”的书籍以及皇帝的著述。如诏令共收录八种，都是清太祖至雍正皇帝的圣训、廷训谕旨一类的著述。法治的仅收录四种，也都是“钦定”书籍，如《大清会典》《大清通礼》等。编年类的共收录八种，其中有五种“御批”“钦定”。《四库全书荟要》共辑录书籍七十种，即使不把二十四史辑录在内，其余仅有的四十六种中，也有二十四种“钦定”之书，数量竟然多达一半以上。这种大量的收录“钦定之书”的做法，可以减少馆臣们承担的风险，但一些重要的书籍也同时被排除在《荟要》以外。如《元和郡县图志》《西汉荟要》《唐荟要》等重要典籍都是研究古代典章制度的重要书籍，《荟要》却均未将其收录。
子部所包含的内容是四部当中最为庞杂的一部。为了选录精华，《荟要》馆臣们制定了“大旨皆不诡于正”的总原则。在这个基础上，适当地兼收并纳来反映诸子百家的风貌。如法家，《荟要》录《管子》《韩非子》二书，以其“不甚谬于理，而时或窃见古圣者之绪余”。杂家则收录了《淮南子》以下六种“是非疑信之间，亦贵忠于礼要而已”。就连不入流的小说家也予以收录。辑录《拾遗记》著书七种。但对某些宗旨与儒家正统思想迥异的学派及其论说著述则采取轻蔑态度加以排斥。如佛教作为一种外来宗教，尽管曾在维护封建统治秩序方面起到过一定的作用，但是其基本的教义仍与儒家思想不尽相同，所以《荟要》全书皆未收录。其中有关释门典故如《法苑珠林》等以其“可助词章”，《全书》中采取之，而《荟要》“别择较精，亦未暇及也”。又如墨家，其说素为“儒家所不道”，《荟要》虽延前代史志之例、列其书目，但也只是为了“存其书以示戒，使人不误入其说”而已。总之，“百家近正言方取”，其余，“义理为存而词采客观者，则但录入《全书》，兹无取焉”。这恰恰反映了《荟要》馆臣坚持维护封建正统思想的编选立场。
集部。首先入选集部的是清朝历代皇帝的“御选”“钦定”等各种著述及诗文集等。除此以外，《荟要》馆臣还注意从历代流派冗杂、种类繁多的诗文和别集中，选出比较具有代表性的作品。以此来反映此期间的学术流变及大致风貌。他们认为，“文至六代而衰。唐始复振，诗盛于李、杜，而王维、刘禹锡、李商隐等羽翼之；文盛于韩、柳而权德舆等羽翼之。至宋而徐铉、稍变五代之格，欧、曾、王、三苏大振其绪，梅尧臣、陆游等先后继起，亦称一时之作者。今并录其集，用以考见源委。其他如唐之陆龟蒙，宋之文同、张孝祥、王慎中、归有光、李攀龙等亦均已正派相乘，为一代冠冕，悉宜并存”。至于“理学诸儒如周、张、程等其精华已具于诸经传注及性理各书，文章乃其余事，毋庸重录”。如此选择应该说是比较具有代表性的。其他的各类如总集收入《文选》《唐文萃》《宋文鉴》等十余种，也比较经典。但在集部的筛选中，仍可以看到禁书活动对其产生的巨大影响。《荟要》辑录诗文集，自称“始之六朝下，迄于胜国”，至于清代诗文方面的著述，则一概未予收录，原因是《荟要》之编，务在简约，故阙之”。但是实际上，《荟要》收录别集的下限仅到明代的中期，明末以降直至清朝初年，期间一百多年中众多文人学士的诗文著述，未被收录。这明显是受到了禁书中所谓的“违碍”“悖逆”之影响才如此大加摒弃的。《四库全书荟要》的馆臣对书籍的选择总的来说还是比较精当的，中国古代的重要典籍和图书基本包括在《荟要》以内。但是由于该书在选编过程中受到了禁书活动的影响，加之编撰的目的是为了供皇帝阅览，所以馆臣在辑录书籍的过程中也就格外地谨慎小心，不但要让皇帝满意，而且还不能触犯忌讳，于是造成了《荟要》的入选书籍大都是“钦定”“御纂”，而一些重要的典籍却悉数缺席。
（二）《四库全书荟要》的校订与缮录
《荟要》设立誊录两百名，并设立分校对十二名，专门负责《四库全书荟要》书籍的校订和誊录工作。四库荟要书馆规定，每人每天誊录一千字，这样荟要处每天就可誊录二十余万字，然后由十二名分校官加以催收校订，之后再与四库全书缮成校对完毕的四十万字书一起送到武英殿装潢检查，以便随时呈给皇帝阅览。但是这样的辑校工作存在很多弊端，以至于出现了全部书籍满纸讹误的现象。乾隆帝翻阅第一批《四库全书荟要》的缮本，发现有两处错字，龙颜大怒，责成总裁大臣“妥立章程，俾各尽心校录无讹”。按照乾隆皇帝的意旨，总裁大臣制定了《功过处分条例》并且决定在《四库全书》和《四库全书荟要》两处分别设立分校，以便加强校对的准确性。《四库全书荟要》缮本处还添派副校官六名，分别从现在校对精确者中选派担任，分校的空职另外找人填补。在一定程度上提高了《荟要》缮本的质量。但是这种按部就班的校对工作并没有持续太久。由于乾隆帝急于求成，总裁也一味追求速度，破例允许候补的誊录自备一些誊录员，导致誊录人数大量增加，每天的誊书量也直线上升，造成校对人数严重不敷的现象。乾隆四十年又急增八位分校，以解燃眉之急。不久，又陆续将分校增加至二十二人，复校增加到十二人。但分校、副校这样层层勘磨的方式不适合大规模的缮录工作，不仅“多一层转折，即多数日稽迟”，而且“分校”“复校”相互倚持，导致了虽然校阅人员大量增加，但仍没有办法解决校勘字书“亏债累累”以及所校之书“仍多讹误”的问题。同年十二月，《荟要》总裁大臣经过反复商议，由四库全书荟要处每天设定当天校对书的任务总量，然后让各个分校官催收，校对后再送给复校官复阅，由复校官开具证明、装订成书、登记造册，再经过总裁“稽核进呈”，这种层层勘磨的方法将副校改为分校，并且将选定的两百名誊录人员分派到各个分校名下，大致为一个分校六个誊录，这样“每日仅各收缮书六千字，尽可从容详校。”另外，为了保证校订质量，添设了总要两人，各自负责。凡各个分校已经校订的书汇交成册，由提调分发给两个总校，细加勘磨改正谬误，登列黄签，放到各个书籍之上，以专责成。总裁随之抽阅，每三个月向皇帝回奏一次。从此以后，基本解决了校对不敷的矛盾，做到了随缮随校，保证了《四库全书荟要》缮校工作的顺利完成。
在总裁和所有四库荟要成员的努力下，《四库全书荟要》的各项工作基本进行顺利，每本书籍在复核校勘后，即送到武英殿进行精心地打磨装潢。在装帧形式上也采用包背装，而且严格按照四库全书馆制定的“经史子集四部各依春夏秋冬四色”的装潢原则，至于《四库全书荟要总目》则以“香色用寓中央之义”，强调其提纲挈领的重要地位。为了方便保存，馆臣们特别选用质地坚硬的红木做书匣，再配上甲板、束以绸带、将每几千册书置于其内。如果有不同的书置入一个书匣内，则用隔板隔开，以做区分。
早在乾隆四十三年，第一份荟要已经顺利完成。而第二份荟要在乾隆四十二年七月陆续缮成三千两百余册，乾隆四十四年七月，第二份荟要已经陆续完成，截止到十二月，所有的《四库全书荟要》应办理的各项书籍均已进呈完毕。
《四库全书荟要》完成以后，仍然有少量书籍由于种种原因尚未被及时收录，因此在其后的数年间进行了一些补遗副校的工作。需要增补的各种书籍中，大部分是史部著作。有的是因为原书的内容不够详备，需要再进行增补，有的书籍由于重改译音而延误了时间，此外还有个别的书籍是在《荟要》完成之后才决定增加的。至补遗工作结束之时，共有十一种书籍被补入荟要之中，其中史部九种，子部、集部各一种，使《四库全书荟要》收录的书籍基本上都做到了完整无缺。在此基础上，又进行了几次大规模的复校工作。《四库全书荟要》成书以后一直深藏于禁宫，直到清朝末代皇帝溥仪退出故宫，才为世人所见。1933年，故宫博物院将《荟要》的书目、册数等公开发布在了《故宫殿本书现存目》中，这是成书近两百年来首次被公开披露。后经大量学者的不断研究认为，《荟要》除了选书精当，与《四库全书》一精一博，而且在许多方面可以与《四库全书》互为参考。但是可惜的是，味腴书屋的《荟要》已于咸丰十年被英法联军烧毁，目前仅有摘草堂的一部存于台湾，是人间的孤本，弥足珍贵。