差点让章太炎玩砸同盟会员和革命知识分子，把《民报》等革命思想言论编成宣传手册，流传到国内的各地学校和政府编练的新军内部，学生和士兵争相传诵，“如饮狂泉”，成为秘宝。立宪派的宣传节节败退。当时身居内地的高一涵，后来在《辛亥革命回忆录》中说：“我早先总喜欢读梁启超主办的《新民丛报》和《中国魄》之类的刊物的，看到《民报》后，才认识到国家不强是‘政治恶劣’，而不是‘国民恶劣’，应该建立共和，不应该维持专制，种族革命与政治革命必须同时进行，种族革命绝不会妨害政治革命。”从这个意义上来说，没有革命派与改良派的论争，就不会有辛亥革命大波迭起。
然而，就在彼此笔战不分胜负的时候，有位令康、梁闻之变色的人物登台亮相了。这人从国内一来日本就任《民报》主编，他叫章太炎（1869—1936，浙江余杭人，名炳麟，一名绛，字枚叔，号太炎）。章太炎少时即在杭州从师俞樾（1821—1907，经学家）学习经史。因钦佩康有为“公车上书”的精神，寄费16块银元报名加入康在上海办的强学会，并为《时务报》写些时评。时年31岁的他因不满康有为倡言孔教而自称“教主”，曾遭康氏门徒围攻殴打，愤而离开《时务报》。他曾上书李鸿章言事，未有结果。1898年3月，受张之洞之邀，赴武昌办《正学报》，但因政见不合又被张逐出。后因参加维新运动被通缉而携家避难台湾，任《台北日报》记者。在台期间又与康、梁书信往来频繁，流亡日本后与孙中山结识，1900年7月潜回上海参加唐才常发起的“张园国会”，但他反对唐那种既要“排满”又要“勤王”的宗旨，为表明立场，他当场剪掉辫发与唐决裂，从此立志倡言革命排满。
1902年春逃往日本，再次同孙中山走在一起，商论中国的土地、赋税及革命成功后的政制和建都等问题。他还和秦力山（1877—1906，字力三，别名遁公、巩黄，湖南长沙人，1900年曾在天津联系义和团，使改“扶清灭洋”的口号。后至武汉参加唐才常的自力军，任后军统领）等发起“支那亡国二百四十二年纪念会”，号召留日学生“雪涕来会，以志亡国”。
章太炎是个“四铁”人物（铁嘴、铁笔、铁疯子、铁血党人）。他自许是个亦狂亦狷的“政治疯子”。许寿裳在《章太炎传》中介绍，章“生平蓬头垢面，芒鞋日行八九十里，运动浙东诸县豪俊起义，屡遭危难”。1903年3月，章太炎应蔡元培之邀，任教于蔡创办于上海的爱国学社。“蔡（即蔡元培）请章先生讲论，多述明、清废兴之事。教育会员每周至张园公开讲演革命，讲稿辄在《苏报》发表”。章发表的《驳康有为论革命书》，驳斥了保皇派的改良主义谬论，大骂光绪皇帝不过是“载淮小丑，未辨菽麦”的君主。邹容著的《革命军》，自署日“革命军中马前卒。”他求章太炎替这本小册子润色。“先生喜其文辞浅露，便于感动平民，且给它作序”。序中称邹容的《革命军》为革命排满的“义师先声”。《革命军》与《驳康有为论革命书》同时在《苏报》刊出，这些激烈的反清革命言论、驳斥康有为改良主义等政见的文章，深爱读者欢迎，“不及一月，数千册销行立尽。”清政府勾结上海公共租界工部局，“下了密谕，拿办上海爱国党”。《章炳麟传》中讲到发生《苏报案》后，章被抓入狱前后的情形时，为历史所罕见：
独有章先生不肯去（指蔡元培等人得到风声后已逃跑了，而他不逃跑），并且教邹容也不可去，说道：“革命没有不流血的。我被清政府查拿，现在已经第七次了。”
工部局于是年闰五月初六，出票拘人，西捕至爱国学社，进客室，问谁是章炳麟？先生正在客室，自指鼻端答道：“章炳麒就是我。”欣然跟了同去，真有“我不入地狱，谁入地狱”的节概。
邹容从后门逃出。先生从狱中作书，动以大义，使他自行投到，翌日，邹容果然自首了。
章、邹师徒在公堂上继续宣传革命，蔑视帝国主义和清政府的政治迫害。章太炎在狱中答《新闻报》记者时说：“余愿代表四万万人民志在流血。”他曾绝食七天以示抗议。因《苏报》设在租界内，捕人及关押都得在租界内。所以，清政府拿他们没办法，因此，当局向工部局和各国领事多方联系，要求“引渡”章、邹出来，企图押解到南京杀害，但遭到社会舆论的广泛抨击。1904年5月21日，章、邹分别判处监禁三年和二年。在这一年，陶成章、蔡元培等组建《光复会》，蔡任会长，与狱中的章联系，并委他为副会长。
1905年4月3日，邹容病逝狱中。
1906年6月，章太炎刑满出狱时，孙中山派代表从上海将他迎至日本东京，孙中山组织了两千人来欢迎他。章原是光复会的，陶成章的铁哥们，但在他还在坐牢时，又被同盟会员说服了。章太炎既是清朝的克星，康有为、梁启超的克星，也是孙中山的克星。《晚清尽头是民国》的作者思公说，孙中山对章太炎：
期望之深，寄托之重，无以复加。但孙寄托之重的神，对反清确实是尊大神，对他个人有点像克星了。同盟会成立时，来了很多人，孙中山在台上讲演，突然后面台板塌了几块，孙很镇静，继续说，这台塌预示清廷要倒台，不过清廷倒台是晚些年的事。同盟会没多久分裂在先，而这和章太炎的关系很大。
思公接着讲了章与孙翻脸的由来：
1907年，清延要挟日本政府驱逐孙中山，日本政府暗中是支持孙的，私下和孙达成秘密，给了孙一笔可观的钱，让他离境，同时也有日本财团向他赠款。孙中山留给了章两千元做《民报》经费，章嫌太少，疯劲上来，与孙闹起来，声称孙把大量钱财据为己有，并要孙把与日本秘密协商公开。他攻击孙给起义准备的军火都是残劣品，他在报上公开发表声明说孙中山是贪污犯，甚至把民报馆的孙的画像扯了，一下子弄得满城风雨。以章在革命党人舆论界的地位，一时议论纷纷，有要求孙下台的，有要求查孙财产的，孙也气得够呛，声称不再是章太炎的总理，但坚决不辞职。黄兴等同盟会大佬也纷纷劝和。而老章死不认错，被赶出《民报》，最终致光复会和同盟会分裂。老章出任光复会会长，但他不是干事的料。
孙中山对章太炎的期望值成了伤害自己形象的反期望值。梁启超按理应高兴才是，但他没有。章太炎与孙中认识是在1899年，原本是梁启超有意识促成他们结识的。他了解章这人的神经是有问题的。他上次邀章来，自己连同康有为都受到他的嘲弄，正如这次孙中山邀他来受到他羞辱一样。原来，章太炎应梁邀请到日本后，竟然批判起他的康老师来了，章对康的《孔子改制考》骂得一文不值，蔑视康的学问，他嘲弄康有为讲的光绪帝享有“天命”说是蛊惑人心的，并引用《中庸》开头一句话来批驳、否定开去。他说，“天命之谓性”是开头，结尾一句话是“上天之载，无声无臭”，以“天命”二字开始，以带有“载”之的一句告终。对照清朝历史，清初努尔哈赤建国年号是“天命”，现在光绪帝名“载潴”，正应着清朝的国运到光绪为止。为此，梁启超气得把他揍了一顿。而孙中山等“革命党人精神振奋”。这回章太炎释放到日本，在欢迎他的会上，就自嘲“不错，在下是疯子，因为政治家都是疯子”云云。因此，梁不想惹这个章疯子，但对章在《民报》上公开与孙决裂，并说些粗野的辱人话，他也十分反感。梁虽走改良、走立宪，团结改良、立宪人士，但他并不愿意看到革命党阵营自相攻击，一盘散沙。于是他不想惹章，也不想再与《民报》争论下去。
梁启超的内心是矛盾的。并不像有人所说，如此前所未有的激烈的革命与改良的思想交锋之文字战争，改良派梁启超的《新民丛报》终于偃旗息鼓。
最大的原因是，梁启超读到了来自《民报》由一个广东老乡学生胡衍鸿写的演说文章。这篇文章猛烈地抨击了康有为和梁启超，文章说：“康有为、梁启超应对许多人的死亡负责任，应承担虚伪改良者的名号，你们追求的是你们自己的而不是国家的利益。”随后的言论，作者对康梁进行人身攻击。梁只觉得这是荒唐好笑，抬高自己的把戏。
最终，革命派四分五裂。孙中山被逼走了，章太炎等在东京掀起的风潮深深地伤害了孙的感情，但他并没丧失斗志，也没有公开回应指责。他曾对友人说：“我有一颗心，一半在流血，一半在博爱。孔夫子说，‘人不知，我不愠’。我并不是只有政治热情的人，如果有人这么想，那是他没有认识到政治派系的斗争恰恰是以此来贬损、贬低对方的。太炎有领袖之欲，但无领导之才，这种人才是政治热情的搅屎棍。”孙中山来到南洋后，又积极支持同盟会在新加坡创办《中兴日报》，使它成为宣传革命和与改良派继续论战的新阵地。与此同时，他积极整顿南洋各地同盟会，并酝酿将同盟会改组为中华革命党。1908年秋，他设同盟会南洋支部，委任胡汉民为支部长。这样，南洋支部实际上形成一个与东京总部并峙的中心。
然而，他又再派汪精卫到东京复刊《民报》，没让章太炎知道。谁知章愤怒之下，散发了《伪（民报>检举状》，大肆攻击孙中山，“综观孙文所为，岂欲为民请命，伸大义于天下？但作贼耳。”章攻击的对象孙中山是当时中国革命党人的一面旗帜，因此给革命党人的威信造成了不可估量的损失。
康有为保皇党在新加坡的机关报《南洋总汇新报》全文干登了改题为《请看章炳蝼宣布孙文罪状书》，作为进攻革命党人的重磅炸弹。若干年后，即辛亥革命推翻帝制建立民国后，据《晚清史事》称：“1913年二次革命失败，袁世凯编印反动小册子《国贼孙文》，也从中撷取了不少材料。”
但，孙中山到底是民主革命派的精神领袖，他是玩不砸的。