作为管理海外留学生的专职行政机构，日本文部省在19世纪几乎没有这方面的中国事务。在此期间，有关海外留学生的规则几度变化，1882年，将贷费生改为官费，由文部卿从东京大学毕业生中选拔。1885年又将选拔范围扩大到文部省直辖学校的专门科如师范科，所派人数甚少，每年约5—10人。此前还规定东京大学教员任满5年，可以所得薪水自费到海外留学，以学术研究为目的。1892年颁布的《文部省外国留学生规程》规定，由该省所派留学生总数同时不得超过22人。以后逐渐有所增加，1896年定为35人，次年扩大到60人，接着又取消了定额限制。其原因是甲午战争前，日本政府财政开支极为窘促，通过战争获得大笔赔款，得以缓解。另外早期留学生待遇较高，贷费生时期除旅费外，每人每年1000日圆。改官费之初，每年为180英镑或1800圆，到1898年，减至年150镑或1500圆。
范围扩大和定额增加，为主要以培养师资为目的派遣留学生的文部省派人前往中国提供了可能。1877年东京大学成立时，共设法、理、文、医四个学部，其中文学部第一科为史学、哲学、政治，第二科为和汉文学。史学科因教授不得其人，于1879年废止。而和汉文学科应考学生也寥寥无几。校方担心国学、汉学中绝，作为权宜之计，于1882年设古典讲习科（国书课），次年设中国古典讲习科（汉书课），附属于文学部。汉书课继承日本汉学传统，教授史学、法制、考证等，历时两年即停止。
这时日本国粹主义逐渐抬头，汉学随之有复兴之势。1886年改为帝国大学，按照明治天皇的旨意，文科大学内单独设立汉文学科，以后哲学、史学科也增加有关中国的分支。1896年，又动议创设京都大学。日本《东华》杂志载文《汉学再兴论》，分析汉学、国学、西学的变迁大势：“明治以前，汉学最盛，士人所谓学问者，皆汉学耳。除汉学则无有学问也。及政法一变，求智识于西洋，学问之道亦一变，贬汉学为固陋之学，如论孟子史之书，一委诸废纸之中，无复顾问者。然其衰既极，意将复变也。比年以来，国学勃然大兴，其势殆欲压倒西学，而汉学亦于是乎将复兴也。”“试观近十年来，东京学业情形，前则政治、法律之学，盛行于时，此等生徒，满于四方。其后学风一变，生徒修习文学者日众，而论其种类，虽分为日本文学、西洋文学，今将见有修习汉学者出焉。”预言“汉学再兴之机运将渐开”。
1899年，东京帝国大学文科助教授服部宇之吉以研究汉学为目的，由文部省选派到中国和德国共留学4年，当年9月，服部宇之吉赴北京。1900年4月，拟建中的京都大学以法学部讲师名义派狩野直喜作为文部省留学生来华留学，以便归国筹办该校文科大学。然而，这时义和团运动已经发展到京津地区，北京城内对外国人的态度渐趋激烈。服部宇之吉和狩野直喜本来住在东四牌楼北六条胡同旧公使馆的陆军武官官舍，后因形势严重，移到使馆区内，经历了两个月的“北京笼城”。义和团运动与国际汉学界似乎有某种机缘，服部宇之吉、狩野直喜后来分别为东西两京中国学界的领袖人物，同时被困的东京日日新闻社特派员古城贞吉，也是日本近代中国学的元老之一。而在法国公使馆，则有后来成为西方汉学泰斗、巴黎学派领袖的伯希和。除了两位文部省留学生，还有外务省留学生野口多内，正金银行留学生小贯庆治，西本愿寺留学生川上季三以及留学生大和久义郎、竹内菊五郎等。他们编成义勇队，由以自费留学名义来华的陆军大尉安藤辰五郎为队长，参与作战以及辅助行动。8月中旬，八国联军进入北京，使馆之围解除。9月中旬，服部宇之吉、狩野直喜奉文部省之命归国。
文部省派服部宇之吉来华，本来目的不是留学。而是鉴于中国的维新改革，原文部大臣外山正一和东京女子高等师范学校校长矢田部良吉等主张派人到中国帮助养成教育人才，推荐服部宇之吉为候选人。此举既能培养中国的亲日倾向，缓和甲午战争以来的紧张关系，又可进而争夺控制中国的教育权。文部省接纳了这一主张，但中日两国政府尚未就此正式交涉，因而以留学生名义派遣，目的却是指导中国的教育界。不过服部宇之吉来华时正值戊戌政变后清政府趋于守旧排外之际，想通过结识达官名流以影响中国教育的尝试大都遭到回避逊拒，允诺见面的只有袁昶一人，只好转而专门研究中国的民族性和一般国情。他后来转赴德国留学，1901年9月，因清政府重开新政，日本政府急电召其回国，接着应清政府招聘，赴北京出任京师大学堂师范馆正教习。
狩野直喜则于1901年再度来华，留学上海3年，住在日本人所开的旅馆，到在华外国人士有志于中国研究者组织的英国皇家亚洲协会北华分会图书馆读书，并周游江南，与张之洞、罗振玉、沈曾植、郑孝胥、陈毅等人交往。1902年11月26—28日，狩野直喜与冈幸七郎到沪见郑孝胥、陈毅、陈善馀、陈衍。首次留学给他们印象最深的是中国民众激烈的排外情绪，甚至有人当面向他们显示不怕死的精神。但在使馆被围之前，服部宇之吉、狩野直喜等人还曾去琉璃厂的书肆访书。这一成为后来被吉川幸次郎称之为“学问的留学生”通例的举动，表明他们毕竟不同于此前的同类。
经过庚子事变的惨痛教训，中国朝野清楚地认识到普及新式教育的重要性。而日本则乘此机会，扩大对华交往和影响。1901年4月颁行的《文部省外国留学生规程细则》规定，留学生学资分为三等，到欧美各国、清国、韩国分别为每年1800、1200和1000圆，另有支度费200、150和100圆。两年后又补充规定来华单程旅费为140圆。尽管一般倾向仍是留学欧美，毕竟为有志于中国研究者提供了正式的机会。
1906年，筹办已久的京都大学文科大学终因日俄战争的胜利解决了经费来源而成立，师资虽多来自东京帝国大学，风格主张却不相同。由此形成的中国学派，与东京的东洋学相并立。以后随着日本政府的鼓励和教育的发展，大学增多，专门和高等学校水准提高，研究中国的专业人员日益增加，赴华留学成为专业化趋势。开始还是零星个别现象，学习语言则自请教师，钻研经史文学则投拜名师，有的四处周游，拜会学者，查访书刊，游览名胜，凭吊古迹。1907年至1909年京都大学的桑原骘藏为研究东洋史，作为文部省留学生来华留学，东京帝国大学的宇野哲人也以文部省留学生名义来华。1910年初松崎鹤雄到长沙拜叶德辉、王闿运为师，学习《说文解字》、《尚书》等典籍。同年底又有三位日本人前来拜王为师，其中毕业于日本善邻书院的小平总治欲治元史。王因自己完全不通蒙古语，告以宜访沈曾植和曾广钧。是年由文部省派遣的盐谷温从欧洲留学归来，按预订计划还须到中国留学，也前往长沙投入叶德辉门下，学习词曲，亲眼目睹了辛亥革命，1912年8月才归国。
进入民国时期即日本的大正时代，以文化取向转为东亚中心和对华利益扩张为背景，日本朝野日益重视中国问题，各教育机构的中国研究显著增加。为了提高水准，推动研究，除文部省继续提供资助外，一些民间财团也出资设立奖学金，鼓励留学中国。如东京有岩崎奖学金，京都有怀德堂奖学金、上野育英会奖学金等。怀德堂的钱本来是给内藤湖南私人，仅5000圆，岩崎、上野则资金雄厚。上野为大阪实业家，出资10万圆在京都大学设立基金，规定由研究中国文史哲的教授协商，选派研究生赴华留学，原则上每次一人，为期两年，对京都大学的中国研究影响甚大。这一时期先后由文部省派遣来华留学的有1916年铃木虎雄，1921年藤冢邻，1922年羽田亨，1925年和田清、青木正儿；岩崎奖学金所派有1920年诸桥辙次，1921年竹田复（后转为文部省研究员）；由上野育英会所派有1919年冈崎文夫等。
20世纪20年代后期到30年代，日本资助留华学生的机构又有所扩大。如帝国学士院的松方基金向留华学生开放，东亚考古学会也争得了专门基金。该会成立于1925年，由东西两京的考古学者合作组成，目的是与中国学者合作，进行考古发掘，同时在北京大学和东京帝国、京都大学之间交换留学生。据说资金系由外务省提供。
此外，日本用退还庚子赔款举办的东方文化事业，从1930年11月起补助在华日本留学生，分为三种，其中第三种为日本大学或专科学校毕业以及具有同等学力在中国大学研究所或专门学校进修研究者。由帝国学士院松方基金资助者有1927年加藤常贤。由文部省派遣来华者有1928年仓石武四郎、冢本善隆、楠本正继，1929年大渊慧真、玉井是博、奥村伊九良、原富男、鸟山喜一。东亚考古学会从1928年开始，每年1人，依次为驹井和爱、水野清一、江上波夫、三上次男、田村实造。由上野育英会资助的有佐藤广治、吉川幸次郎（先为自费）、木村英一、小川环树、今西春秋等。由东方文化事业总会资助者人数较多，如1936年平冈武夫，1937年奥野信太郎。此外还有目加田诚、桂太郎等。
不过，总体看来，文部省派遣留华学生比例很小。据文部省年报，从1918年到1935年，派遣留学生最多的年份为1922年，达217人，1919年至1928年以及1931年，均超过100人。若以累计在外留学人员计算，1922年至1928年每年约350—450人，其中留学中国者最多为6人，一般仅三四人，后来更减少到1人，甚至出现空缺的年份。
与此同时，其他类型的留学生也继续派遣。1907年宇野哲人留学时，即与三井的留学生都筑、铃木、母袋等合宿。1923、1924年，日本大谷大学教授稻田圆成、东京帝国大学教授木村泰贤、法相宗长佐伯定胤等相继来华，与太虚商议交换佛教留学生事宜。
1927年以前，北京是政治文化中心，各类留华学生汇聚于此。仅位于东城东四牌楼演乐胡同39号延英舍住宿的就达20人之多。北伐以后，国民政府定都南京，与政治军事关系密切的外务省和陆军留学生纷纷转移，延英舍住宿者下降到不足10人。但为学问而来的留学生人数反而有所增长，当时在北京东有延英舍的吉川幸次郎、水野清一、江上波夫、三上次男；北有六条胡同本愿寺的冢本善隆、大渊慧真；南有船板胡同日本旅馆一二三馆的加藤常贤、玉井是博、楠本正继，绒线胡同盛昱故宅的奥村伊九良；西有寄居孙人和家的仓石武四郎，所以吉川幸次郎戏称这是留中史的鼎盛时期。其实此后来华者更多，1930年至1933年留华的法本义弘，即记述了原、森口、铃木、杉村、熊田、山野、福本、吉田、仓井等十几位留学生在北京的生活情形。这时东单牌楼附近有所谓“日本人村”，留学生还组织了大兴学会。
卢沟桥事变后，从7月27日至8月9日，庆应大学的奥野信太郎、东京帝国大学的钓田正哉等留学生再次经历了“笼城”。抗日战争期间，日本仍有以留学生名义来华者，但性质已不同，无论主观意愿如何，都只能视为文化侵略的组成部分。