20世纪初发端的中国国学研究，与日本的关系至为密切。梁启超作为国学研究的重要肇始者，其学术生涯与国学研究的前半期相始终，在许多方面不能不与日本发生联系和影响。不过，仔细考察，与这一时期中日两国学术界交往繁密的情形相比，梁启超与日本中国学研究者的关系可以说相当疏离，而且前后更显示出由合而分的过程趋势，以至当其生命终结之时，日本东西两京的中国学界几乎毫无反应。由此不仅可以探讨梁启超学术中外来成分的渊源，更能进而验证其利弊得失。因为对于他的学术贡献与局限，见仁见智，其在世之日即分别甚大，身后评价更加判若云泥。此案于理解近代中国学术发展至关重要，梳理清楚，适以鉴今人而昭来者。
梁启超的学术研究，严格说来是从流亡日本后才正式发端，且一开始就与国学结缘。其生平一般大别为戊戌、辛亥、民初、晚年四期，始终摇摆于政治与学术之间，而各有侧重。距政治越远，即与学术越近。其政治活动又分为政论与政务，政务越多，则学术越少；反之，纯粹政论时，学术比重相应上升。原因很简单，虽然梁启超批评中国传统思想“好依傍”的旧习，由经史中寻求经世之道，毕竟是那时人们的立论基础，例外则为无根。万木草堂时期，梁启超已开始听康有为与陈千秋等人论学，但程度尚浅，“有听受，无问难”。掌教时务学堂之际，思想鼓动大于学术研讨，“其论学术，则自荀卿以下汉唐宋明清学者，掊击无完肤”，几乎是康有为万木草堂言论的翻版。众门生事迹显著者，多在从政一面。至于论学，则后来成名的杨树达虽然师事甚谨，所宗反而倾向与之对立的叶德辉。戊戌变法失败，梁启超被迫离开权力中枢，避祸东瀛，主持政论之外，便欲开始深入一步的学术研究。
1902年夏秋间，梁启超致函黄遵宪，提出创办《国学报》，由他本人和黄遵宪、马鸣三人分任其事，其意在于“养成国民，当以保国粹为主义，取旧学磨洗而光大之”。黄遵宪虽然称赞“至哉斯言。恃此足以立国矣”，但表示两点异议：其一，“《国学报》纲目体大思精，诚非率尔遽能操觚”，建议先作一国学史；其二，认为“中国旧习，病在尊大，病在固蔽，非病在不能保守也”，主张先“大开门户，容纳新学”，待数年后新学盛行，再倡国学。此事议而未成，却是近代国学概念的重要肇始。
梁启超拟办《国学报》，动因之一，当为针对康有为的保教尊孔主张。戊戌后，师徒二人一度政见分歧明显。1902年初，梁发表《保教非所以尊孔论》，与康的宗旨公开冲突。其欲磨洗光大旧学，显然有从经史正途中寻找不尊孔的依据之意。在梁启超看来，中国学界最光明的时代莫过于战国，原因在于思想自由，“孔子之所以为孔子，正以其思想之自由也”。保教尊孔，则精神相反。在答复康有为的指责时，他接受了黄遵宪暂不宣传旧学的意见，以鼓吹新学说改变国人思想为救国急务，但仍坚持连黄遵宪也不以为然的批孔。动因之二，欲以保国粹养成国民，则是受日本国粹主义思潮的影响，且引日本为依据。1902年3月，梁启超在《新民丛报》第3号发表《论中国学术思想变迁之大势》，开卷即揭出由学术思想求一国之精神的主旨，并特意对青年声言：“自今以往二十年中，吾不患外国学术思想之不输入，吾惟患本国学术思想之不发明……不然，脱崇拜古人之奴隶性，而复生出一种崇拜外人、蔑视本族之奴隶性，吾惧其得不偿失也。”所以黄遵宪婉转反驳道：“持中国与日本较，规模稍有不同，日本无日本学，中古之慕隋唐，举国趋而东；近世之拜欧美，举国又趋而西。当其东奔西逐，神影并驰，如醉如梦，及立足稍稳，乃自觉身在亡何有之乡，于是乎国粹之说起。”后来梁启超致函康有为时引申其意，称日本明治初年亦以破坏为事，“至近年然后保存国粹之议起。国粹说在今日固大善，然使二十年前而昌之，则民智终不可得而开而已”。此外，喜好佛学的梁启超曾与日本僧人讨论过佛教救国之事。这一段反复，为第一次世界大战后欧游归来转向东方主义埋下伏线，表明他虽然趋时擅变，毕竟有一以贯之的思想根源。
19世纪20世纪之交，正值日本国粹主义盛行之际，这一大语境无疑促使梁启超萌生保存国粹之念，但具体到创造性使用国学概念，还有因人而异的殊遇。其要有二：
一为交友。梁启超到东后，与“日本人订交，形神俱亲，谊等骨肉者数人，其余隶友籍数十”。其中直接影响其国学概念者有二人，即陆实和古城贞吉。前者号称日本反对欧化，主张国粹，倡导日本主义的中流砥柱，以所办《日本》报为轴心，聚集了不少汉学者和国文学者。他曾对梁启超批评日本当局一味模仿德国主义办教育，表面文明，内容腐败，“孰知假文明之名，以行焚书坑儒之术者，其祸更惨于秦政十倍乎！”虽然梁启超由此领悟的是以自由反对服从，陆实的所谓独立自重，则应以国粹为本。
古城贞吉与梁启超的关系由来已久。早在戊戌前《时务报》刊行之时，古城贞吉就是该报聘任的东文翻译，与主笔于此的梁启超算是同事。这位从与日本汉学关系极深的济济黉中学出身者，1897年便出版了号称世界上最早的《支那文学史》。这一阅历势必影响其译事。1897年4月，他翻译了《东华杂志》所刊《汉学再兴论》，登载于《时务报》第22册。该文描述明治维新前后日本汉学的兴衰起伏及其与西学、日本国学的关系道：“明治以前，汉学最盛，士人所谓学问者，皆汉学耳，除汉学则无有学问也。及政法一变，求智识于西洋，学问之道亦一变，贬汉学为固陋之学，如论孟子史之书，一委诸废纸之中，无复顾问者。然其衰既极，意将复变也。比年以来，国学勃然大兴，其势殆欲压倒西学，而汉学亦于是乎将复兴也。”古城贞吉在中国游学及担任新闻特派员数年，归国后任东洋协会殖民专门学校（后改名拓殖大学）讲师。1902年吴汝纶赴日考察教育，古城贞吉曾明确劝其“勿废经史百家之学，欧西诸国学堂必以国学为中坚”。可见国学一词，源自日本，本意在与西学、汉学相区别。日本人士在向中国人鼓吹保存既有文化时，不能称汉学，而以国学为替代。中国遂借指本国学术。因而东亚三国，各有其国学。
至于日本中国学研究的主流学者，与梁启超也有所接触。1899年5月，经姉崎正治介绍，梁启超出席了日本哲学会的春季例会，并发表《论支那宗教改革》的论文，与会长加藤弘之、汉学家重野安绎、佛学家井上圆了、东洋史家三宅米吉等有一面之识。不久，《清议报》两度刊载井上哲次郎的文章。后来成为京都学派主帅之一的内藤虎次郎，戊戌后曾一度与梁启超会晤，并载文对梁刊于《日本人》杂志的《论中国政变》发表读后感，后又在上海与张元济谈及梁启超。他开始对梁期望甚高，以后则渐有保留，对当时日本“支那通”与亡命的康、梁频繁来往的情形不以为然，闭门自修。在此期间，内藤虎次郎与同样避祸日本的文廷式交往而回避康、梁，政治原因当在其次，学术方面主要是出身学海堂的文氏与康、梁渊源迥异，而与自己服膺张之洞的好恶相近。
要因之二为读书。梁启超流亡日本，稍学日文，即“广收日本书而读之，若行山阴道上，应接不暇”。“畴昔所未见之籍，纷触于目；畴昔所未穷之理，腾跃于脑，如幽室见日，枯腹得酒”，“脑质为之改易，思想言论，与前者若出两人。每日阅日本报纸，于日本政界、学界之事，相习相忘，几于如己国然”。所读不仅为日本翻译的政治、经济、哲学、社会学等西书，也有日本学者按照西学新法撰写的中国文史论著。他写于1902年的《东籍月旦》，在第二章“历史”第二节“东洋史”中，列举评点了桑原骘藏、儿岛献吉郎、市村瓒次郎、藤田丰八、那珂通世、田中萃一郎、木寺柳次郎、泷川龟太郎、田口卯吉、白河次郎、中西牛郎等人关于东洋史和中国史的著作，几乎囊括当时日本学术界在这一领域的重要著述。
其时影响近代日本中国研究至深且远的京都学派尚未出世，东京的东洋学派仍在草创之中，而梁启超目光如炬，反应敏锐，所评多能中的。他知道东洋史学为新创，“故凡以此名所著之书，率现行东洋史之最良者”。又指最晚出的桑原骘藏著《中等东洋史》，“颇能包罗诸家之所长……条理颇整，繁简得宜，论断有识”。儿岛献吉郎是出道新手，市村瓒次郎则为东京帝国大学名家，但后者所著《东洋史要》仅有中国，忽略其他，并非完璧。而以田中萃一郎的《东邦近世史》为最佳本。对于日人所著中国史，梁启超的评价较低，虽也指出其注意民间和不避讳等优点，总体认为或体例过旧，或内容太略。他较重视中西比较的史论，从中受到的启发较多。可以说，梁启超对此时日本中国研究的版本目录学（包括中译本的优劣）相当熟悉，尽管其立论角度不免偏重于思想性。他的基本看法是：“以中国人著中国史，常苦于学识之局而不达；以外国人著中国史，又苦于事实之略而不具。要之，此事终非可以望诸他山也。”了解日本的中国历史研究学术史，应是他写作《中国史叙论》、《新史学》，并有意撰写《中国通史》的重要学术准备。
《东籍月旦》在近代中国人的日本中国学研究史上，占有重要席位，显示转折意义。近代以来，中日两国学者交往不断，开始主要与旧式汉学名家，如竹添进一郎、冈千仞、岛田瀚等，以后逐渐转移到新进的东洋学者和中国学者。但这时中国能用近代眼光看待日本学术变化的尚乏其人，不要说与日本汉学者有所交往而未曾东渡的晚清诸大儒如俞樾、王闿运、张裕钊、叶德辉等，就连到过甚至久住日本，并与新旧学者均有联系的杨守敬、文廷式、陈毅、吴汝纶等人，也无此眼界。曾经论及日本学术的杨守敬，只能指出旧式汉学多宗明代学术的粗疏。而章炳麟鄙视东瀛汉学，罗振玉尚未致力于学问，王国维则仍在求学之际。梁启超在毫无凭借的情况下，仅靠半解半猜地阅读日文书籍，便能够划清汉学研究的新旧派分，足以显示其用功之勤与悟性之高。可惜当时中国尚无人致力于此，否则不失为入门捷径。
不过，梁启超虽然极力鼓吹学习日文，所用“数日小成，数月大成”的和文汉读法，却于了解日本学术文化只能浅尝，难以深究。而梁氏仅看懂大略，即任意敷衍发挥。其在报刊上所撰时论杂文，多有源自德富苏峰等人的著作而不注明者，因此留学生斥其剿袭剽窃。学术著作方面，也往往类此。据说所著《新史学》、《论中国学术思想变迁之大势》等，均本于日本学者的著作。就观念架构而言，日本的影响显而易见，但这方面情形较为复杂，因为日本学者的有关论著，时常依据中国学者的著述，而梁启超也可以读到原著，行文又极少注明出处，分清源流，甚为不易。1921年武内义雄撰文论述中国古代南北学术的异同，引俞樾《九九销夏录》和黄以周《子游子夏文学说》作为学分南北始于南北朝或始于周末的依据，与梁启超写于20年前的《论中国学术思想变迁之大势》中有关章节的旨趣引征颇多重合。如果梁著本于日本书，则武内义雄并未提及，当为失察；否则两人均直接依据俞、黄旧著，而梁书尚在前面甚远。日本学者虽然很少引据梁启超的著述，实际上却颇为关注，只是梁书无注，行文又往往凭借日常读书印象，作为学术论著难以征引。