梁启超自民元归国后，即少谈日籍，也不大与日本学者交往，在中日两国学术界联系日益密切的当时显得有些怪异，不过，作为文化学术界的名流，毕竟不能完全置身于风气之外。他时常参与各种交际应酬活动，不免与日本学者对面，还要接待个别来访者。他见过短期来华的田中萃一郎，更与长期在华从事文化学术活动的今关寿麿、桥川时雄等人有所接触。今关寿麿自1918年到北京主持三井公司下设的研究室，负责调查中国国情，每年游历大江南北，结交各界名人，尤其注重与文化学术界广结善缘。经柏原文太郎介绍，他与梁启超相识。1922年在所撰关于中国学术界状况分析的小册子中，将梁启超的研究系视为北方新学的一派，后来又于所著《近代支那の学艺》一书中，对梁启超作了正面的积极评介。
桥川时雄来华二十余年，先入《顺天时报》社，后在东方文化事业总会，“与中国学者交游之广，堪称现代第一人”。“凡故都耆宿，新学英流，靡不倾身延接，气谊殷拳”。后来编写的《中国文化界人物总鉴》，“取近代人士凡学问文章才艺技能有名于时者都四千六百人，人为之传”，其中不少为其亲接。桥川时雄号称研究陶渊明的第一人，这方面与梁启超有共同兴趣，他写过《满洲文学著述考》，还翻译了梁的《清代学术概论》，表面似有缘分，实际上并不投缘。1924年2月底，桥川时雄在林长民家见过梁启超后，对吴虞道：“梁任公为人随波逐浪，表面清淡，内容猎利，其学亦甚杂。”不过，桥川时雄本人在日本占领北京期间积极从事所谓文化事业，旁观者似不无微词。
第一次世界大战后，出于国际形势压力和自身利益需要，日本朝野提议归还庚子赔款，以举办文化事业。中国南北各地的教育、学术、文化界人士对此反应相当热烈，作为其中一派代表的梁启超也不甘人后。1923年，东京医科大学校长入泽达吉和对支文化事业局主任冈部长景奉命来华考察，并与中国人士交换意见，游历南方各地后，于8月初回到北京。日本驻华公使特设宴招待中日两国人士，梁启超代表与会的三十余位中方官员专家致答辞，声称：“吾东方文化实为世界之第一等文化，最少限度，亦为第一流文化中之一部分。故发挥光大此种文化，不仅为吾东方诸国之事，实为其世界人类之贡献。而发挥光大之责任，则非吾东方人自负不可。”文化非一国之事，没有国界，应当合作。日本古代受中国文化实多，当时则有可为中国师资者。他主张分思想、文献、自然科学三部进行。鉴于中国政局纷扰，无暇顾及，日本此举对中国、东方乃至世界均有重大贡献。中国近年私家研究日多，颇有文艺复兴之势，得此款资助，可大见成效。
1918年梁启超访问欧洲后，受西方中心主义动摇和东方文化思潮兴盛的影响，转而鼓吹东方传统文化，基本观念与日本中国学界主张保存东方文化遗产的主导倾向相当合拍，他曾先后提议创建中国文化学院和国学院，计划举办的事业之一是编辑海外国学文编，“专译欧美日本人研究中国学术、事业之著作”。虽然均未实现，却为其进一步介入日本东方文化事业制造了舆论。
1925年中日文化委员会总会（后改称东方文化事业总会）成立，按照对华文化事业协定，组织北平人文研究所和图书馆之事提上日程。此事在中国各方争夺十分激烈，其中北京大学借天时地利之便，势在必得。早在1922年，胡适、蒋梦麟等人就拟订计划，企图以国立大学名义全盘包揽，校方还授意一些留日出身的教授与日本官员合组中日学术协会，积极活动。而与之竞争最力的，就是梁启超的研究系。1924年4月王国维函告蒋汝藻：“东人所办文化事业，彼帮友人颇欲弟为之帮助，此间大学诸人，亦希其意，推荐弟为此间研究所主任。（此说闻之日人）但弟以绝无党派之人，与此事则可不愿有所濡染，故一切置诸不问。大学询弟此事办法意见，弟亦不复措一词。观北大与研究系均有包揽之意，亦互相恶，弟不欲与任何方面有所接近。近东人谈论亦知包揽之不妥，将来总是兼容办法。兄言甚是，但任其自然进行可耳。”
北大推举王国维出任主任，主要是想借其名以争利，对抗声望甚隆的研究系领袖梁启超。后来又有鼓吹“将图书馆及人文研究所馆长、所长归校长兼理之说”，引起校外学者的普遍不满。张星烺致函陈垣，认为：“北大党派意见太深，秉事诸人气量狭小，其文科中绝对不许有异己者。而其所持之新文化主义，不外白话文及男女同校而已。当其主义初创时，如屠敬山等史学专家皆以不赞同白话文而被摈外间，有知其内容者皆深不以其事为然。北大现在已几成为政治运动专门机关，不宜再使与纯学术牵混，故图书馆馆长及研究所所长皆宜立于党派之外，且人须气量宽洪也。闻日人有派柯劭忞或梁任公充所长之说，烺意此两人甚相宜。柯则为遗老，与世无争，梁则无党，且气量宽洪，可容纳异派人也。”他希望陈垣将此意见转告日方，如公开发表，则愿具名。
关于所长人选，以后实由柯劭忞以东方文化事业总会委员长身份兼任，王国维说也有所据，而梁启超说则似无根。此事发端于1923年狩野直喜与政友会山本鹈次的谈话，狩野直喜后来回忆道：“关于东方文化事业，我屡次对当局谈起，除两三位老先生外，第一希望王静安君参加；又对中方委员说，东方文化事业要着手研究学问的话，首先必须王君参加。任何人都表示赞成。”所谓两三位老先生，狩野直喜在公开场合均未指名，但在1927年1月18日与来访的董康谈及，为李盛铎、章炳麟、章槿、傅增湘等，并不包括梁启超。可惜柯劭忞也不能秉公办事，任用私人，仍为包揽。而狩野直喜心目中的各家“并无一人厕列其间”，令其大失所望，表示“如斯配置，宜乎旁观”。他屡屡公开对此表示不满，均是为王国维抱不平。
1929年，梁启超因病逝世，所引起的社会反响远远不及两年前自沉于昆明湖的王国维，而日本学术界几乎可以说无动于衷，东西两京中国学界的各主要杂志，找不到任何报道，不要说与王国维之死的强烈震动相比，甚至赶不上在此前后亡故的叶德辉、柯劭忞等人。这种与其地位声望以及当时中日学术界频繁往来情形极不相称的异象，很大程度表明了日本学术界对梁启超的态度，也是双方关系跌落谷底的显著表征。其实，导致王国维自杀的主要原因，即国民革命军在上海通缉所谓反动学者以及北伐军即将北上京津，也曾令梁启超萌生再度流亡日本以避其锋的念头。尽管他自称从反袁护国起，便对日本名为援华实则侵华感到可怕可怖，仍不得不以东瀛为避难所。
即使学术上，与日本的关系也是剪不断，理还乱。他受聘清华国学研究院，除了是国内的“硕学重望”，还有赖于对日本学术的认识，因为该院教授讲师必备的三种资格之一，是“稔悉欧美日本学者研究东方语言及中国文化之成绩”。梁启超的欧洲语言更差，所以还是以不甚好的日语为招牌。清华国学研究院招考新生的日语试题原由王国维出，王死后，则由梁启超代命。只是所交往的日本人士大都并非学术界中人，而在学者眼中，他的学术声誉不佳，政客形象又太过突出。另一方面，日本中国学界不少人是清代文化的仰慕者，对于“文字收功日，全球革命潮”的梁启超也不免心存异见。由此而生的思想与学术的关系，至今仍然困扰中国学术界。梁启超式的以政论带动学术，在中国学术史上留下的负面影响多于积极作用。早在辛亥以前，王国维就批评《新民丛报》等“喜事之学生”或“亡命之逋臣”所办杂志，“本不知学问为何物，而但有政治上之目的。虽时有学术上之议论，不但剽窃灭裂而已”。认为只有以学术为目的而不以为政论的手段，中国学术“庶可有发达之日”。世纪回首，慨叹先哲不幸而言中。就此而论，尽管萧一山等人在梁启超身后曾为其“见轻于人”鸣不平，日本学术界从严格的学术观念批评梁启超，反而多少有些先见之明。只是日本学者通识不足，治学难免走上专而偏的歧途，终究难逃梁启超所指摘的流弊。而要取长补短，专博互济，达到精通的境界，则为双方心有余而力不足。