1950年6月18日凌晨1时，陈仪于马场町刑场行刑，当天“国防部”随判决书发布新闻云：……卅七年冬季，东北、华北、徐蚌全线失利，战局迅速恶化，共匪一面渡江南犯，一面发动局部投降攻势，诱惑我军政长官投降，陈仪当时任浙江省主席，受匪谍及一班投机分子的包围，竟忘恩负义，背叛党国，为了保全个人既得利益，阴谋出卖京、沪、杭，导致江南局部投降，迎接共匪渡江。他曾亲笔写下有关投降的准备工作八项和投降条款五条，旋卅八年元月30日和2月1日，先后派他的外甥丁名楠及旧属胡邦宪去煽惑京沪杭警备总司令汤恩伯将军，劝他停止军事行动，与陈共谋早日实现局部投降。汤恩伯将军以陈仪身为高级官吏，担负地方重任，不思竭智尽忠报效国家，挽救危局，居然勾结匪党，煽惑部队叛变，实属罪大恶极，此时若不坚持国家至上、民族至上的原则，将私人情感关系置之度外，革命事业前途实不堪设想，遂不顾一切，采取断然处置，将陈逮捕，转解来台，交付军法会审，经过详密侦讯，陈承认派遣亲信，策动叛乱不讳，依照修正惩治叛乱条例第四条第一项第十一条规定，叛处陈仪死刑，褫夺公权终身，全部财产除留一部分做他的家属必需生活费外，一律没收，判决书业经呈奉核准，于6月18日将陈仪提庭宣判，验明正身，执行枪决。
可见，枪毙二级上将陈仪的作用，已远远超出了一般的意义，作为蒋介石整肃决心的表现，陈仪为之铺垫，事实上成了政治斗争的殉葬品，就像祭祀中的牺牲一样，它的象征意义取代了生命本身的意义。因此，毛人凤在这件事上的不够尽力，私怨是一说，审时知趣也是一说。
用枪毙陈仪“镇压人心”，起到的作用确实不小。接踵而来的“整肃失职高级军政官员”的运动弥漫着温情顿失，人人自危的肃杀气氛，尤其是带兵打仗的将领，差不多全是“罪臣”，殃及深重者，莫过于老头子在大陆的宠儿一一“黄埔系”的将领们，先是黄埔一期出身的原福州绥靖公署副主任、第六兵团司令李延年和第七十三军军长李天霞因失守平潭岛，被老蒋以“擅自撤退，有亏职守”的罪名扣押，交令军法审判，李延年被判处有期徒刑十二年，李天霞被判处有期徒刑八年。
毛人凤不带兵打仗，难与“罪臣”有染，但落脚台湾后修建的集中营，却成了收容“罪臣”的所在，其间最著名的就是台东的绿岛监狱，规模和地位相当于大陆时期的息烽，中美合作所的白公馆、渣滓洞。这里，开始关押着大量的中共或“共嫌”人员，后来成为“失职官员”与“异己力量”的服刑地，如果要追溯变换的界点，“整肃”运动是个发端。昨日座上宾，今日阶下囚。毛人凤触景生情，忆及当年饱受“黄马褂”凌辱的往事，直视仕途沉浮，祸福难测的颠簸，心里道不出是何滋味。要说与“罪”无染吧？并不觉有幸；要说积怨可吐吧？心中犹不觉畅快。总之，作为一段历史的结束，毛人凤毕竟与“黄马褂”是同时代的人，兔死狐悲，落日徐徐，多少要牵扯出几许迟暮的惆怅。
不久，李延年、李天霞案累及到了汤恩伯，一来汤恩伯是福建绥靖公署的主任，不可能对失去福建不负责任；二来，有人趁机发难，向行政院告发，指称汤恩伯在上海抢运物资去台湾省时曾私自将一船金银运到日本，为此“财政部”准备立案调查，党内的攻击势头也由此日益强劲，纷纷陈情中央，要汤黑子承担丢失京、沪、杭的责任，承担丢失福建的责任，否则于理不公（指办李不办汤）。此时的老蒋已对汤恩伯失望之极。
1949年10月，解放军即将攻打厦门，蒋介石临阵换将，撤了朱绍良的官，让汤恩伯接替。当时，老蒋确实对汤寄予厚望，曾单独找他谈话，希望汤能为党国树一个不成功，便成仁的榜样，以唤起血性，激励斗志。谁知交火不足一周，汤恩伯既没成功，也没成仁，而是于厦门丢失前，逃到了金门，丢下西北军的刘汝明在那里负隅顽抗。这事对老蒋的刺激很大，从此不再视其为股肱砥柱。汤恩伯回台湾后，老蒋对他的态度发生了根本性的变化，仅以一个“总统府战略顾问”的虚名，将汤闲置起来，时不时地还加以斥骂。比如，陈仪死后，汤恩伯在家里设牌位哭奠，老蒋知道后，劈头痛责，并严令其止哭停奠撤牌位。1954年6月29日，汤恩伯病逝于日本，7月5日，老蒋在“革命实践研究院”党政军干部联合作战研究班上有一段肺腑之言，十分坦诚地说出了他对汤恩伯的看法。老蒋说：“这几日以来，由于汤恩伯同志的病逝日本，使我更加感觉革命哲学的重要。本来汤恩伯在我们的同志中，是一位极忠诚、极勇敢的同志，今Et我对他只有想念、感慨，而无追论置评的意思。我之所以要对大家说我的感慨，亦只是提醒大家，对生死成败这一关，总要看得透，也要勘得破才行。汤同志之死，距离他指挥上海保卫战的时候，只有五年光景。这五年时间，还不到二千天，照我个人看法，假使汤同志当时能够在他指挥上海保卫战最后一个决战阶段牺牲殉国的话，那对他个人将是如何地悲壮，对革命历史将是如何地光耀！我想他在弥留的时候，回忆前尘，内心感慨与懊悔，与其抱恨终天的心情，一定是非常难过，所以值得我们检讨痛惜和警惕的。”因此，追溯起来看，汤恩伯受多方责难时的处境，概括为凶多吉少，不失恰当，这点连汤本人也以为在劫难逃了。
常言道：落难朋友贵如宝。在汤恩伯的问题上，毛人凤似乎是做到了。他不顾舆论汹汹，多次在公开场合声明：“汤对党国、对领袖的忠诚无可怀疑，检举陈仪通共谋降就是明证，这事，我和毛森同志可以作证。”又说：“京、沪、杭失守，罪魁祸首是李宗仁，还有张治中，汤有过失，主观上是竭尽全力的。”当有关部门调查私运金银一事，毛人凤主动作证担保，“绝无此事”，因为抢运工作，保密局自始至终都参加了，“要不是汤将军尽其努力，撤出这么多物资和金银来台湾，我们哪来今天反攻大陆的物质基础？”类似的话，毛人凤还在蒋介石和蒋经国面前陈述多次，终于使汤恩伯免遭“罪臣”之惩。
毛人凤为汤恩伯解难，明里是感于同宗同脉，未忘戴笠时期缔结的袍泽之谊。暗里，确实也有同病相怜的心态在起作用，他看到汤恩伯的“英雄末路”，难免会触动“老臣暮年”的通感，当然还有更重要的一点，是他谋事的老道，确信汤恩伯绝非第二个陈仪，只要老蒋不置汤于死地，其他人的非难算不了什么。事实证明，毛人凤的判断一点都没错，蒋介石最后还是采取了得饶人处且饶人的宽容态度，未把汤列入“整肃”范围。所以，当回忆起这场死里逃生的劫难时，汤恩伯口口声声说，不忘毛人凤的援手之情。
“整肃”时期，胡宗南的境遇并不比汤黑子舒坦，一开头便露凶兆。“监察院”四十六个监察委员联名对胡宗南提出弹劾，案由是：“胡宗南丧师失地，贻误军国，依法提出弹劾，以肃纪纲，而振军威。”要论失职罪错，胡比汤有过之而无不及，从1949年5月算起：先是不战而弃西安；二是不愿配合青、宁、甘的“马家军”反攻咸阳，致使关中尽失；三是不撤兰州，丢弃陕南，整个大西北不保；四是退守四川，不坚守职责，先逃往海南，丢失大西南；五是“重以在西昌之措施，适足以促西昌之速亡”。全部概括起来，也就是胡宗南从丢失大西北到丢失大西南，直至“党国”在大陆的最后一块地盘（即西昌），真可谓半壁江山尽毁其手，其实在是罪责重大！因此，监察院发难弹劾，除了李宗仁为第一号弹劾案外，第二号就是胡宗南了。
另外，还有一点十分相像，那就是老蒋对胡宗南的失望。1949年12月，老蒋离开成都，曾三次找胡宗南谈话，暗示他做出个杀身成仁的榜样，好歹给黄埔同辈们争个脸（此时，汤恩伯丢失厦门，擅自逃命，已辜负了老蒋的期望）。胡宗南当面信誓旦旦，向老蒋保证与西南共存亡，谁知节骨眼上怜惜起性命来，悄悄地钻入飞机逃往海南。相比之下，倒是王陵基这帮杂牌，在胡宗南“离开”后，又坚持了一个星期。
汤恩伯、胡宗南本是老蒋最信用的部属，关键时刻比不上刘汝明、王陵基，这颗苦果叫老蒋怎生下咽！便生出了愤怒，一道手谕下往海口，不许胡宗南回台湾，只能去西昌，无论如何死守三个月，否则就无需相见。按照当时的战况，四川一丢，西康不保，死守三个月简直如天方夜谭！因此，谁都以为，老蒋的做法是惩罚胡宗南，是以送死来惩罚其怕死，由此可见老蒋愤怒的程度。然而，天不灭曹自有路，胡宗南竟然不可思议地坚持到了三个月，最后一天，许多事前为胡宗南捏把汗的同道袍友们（其间也包括毛人凤）开始向老头子说情，呈请同意派飞机接胡宗南回台湾。老蒋阴沉着脸半晌不语。于是大家又变换方式，说飞机已备好，总统没有特别的关照，就起飞了。老蒋仍没有言语，但从缓和下来的面色看，是默许了，就这样，胡宗南侥幸走出死局。当接他的飞机离开数小时后，解放军攻进了西昌。
胡宗南逃出西昌，先飞海南，躲在海口不敢回台湾，挨到4月初，眼看海南朝不保夕，才硬起头皮飞回台湾，第一站到台南，住了一夜，第二天飞台北，大受冷遇，刚“复职”总统的蒋介石不见，“行政院长”陈诚也不接见，胡宗南想想无趣，带着老婆叶霞翟和儿子跑到东部的花莲窝了下来。没多久，大整肃开始，胡宗南从花莲返转台北，借住锦州街汤恩伯家，一对难兄难弟，愁眉相视，不得不四处走门子、托关系，少不了要踏毛公馆的门槛。毛人凤不支不吾，爽快地答应帮忙，还拖上俞济时，全力向老蒋游说。说得蒋介石重新惦记起宝贝门生，同意不予追究。剩下来的四十六个监察委员怎么对付呢？最好的办法当然莫过于让他们自动撤回弹劾案子。为此，毛人凤联络上胡宗南的同窗同僚，分头说服监察院大佬，结果人家不买账，迫不得已再另起炉灶，打出“民意”对“民意”的旗帜，重新发动“国大代表”和“立法委员”，使尽浑身解数，纠集了三十多人，号称一百零八人，联名上书，替胡宗南粉饰，终于把声势扳了过来。随后，由“国防部军法处”出面对弹胡案进行“司法询查”，被征询者有的是胡宗南的旧属同僚，有的经毛人凤招呼在先，大多提供了于胡有利的证词，“国防部军法处”最后作出了“应予不会军法会审”的结论。
胡宗南逃过了一劫，不久便被任命为大陈岛“江浙反共救国军总指挥”。这一天，他去毛公馆辞行，不知怎的，毛人凤回忆起了抗战初期胡宗南到重庆的往事，顿生感慨。当时，戴笠正巧外出，分管总务的沈醉请示如何招待？毛人凤不假思索地说：“你尽管按对待老板一样的规格去招待好了。”那一副小心翼翼，唯恐闪失的巴结模样，至今想来，依然历历在目。然而，十年风云，天旋地转，当年视为巨擘的胡长官，一夜之间，桂冠落地，“西北王”居然成了指挥海盗、流寇的“土匪头子”，真可谓：得之如登，失之如崩。时乎？运乎？毛人凤不堪细想。
向影心知道胡宗南是特殊的朋友，有意将饯行宴准备得十分精心。偏偏主人与客人胃口不佳，谈的活题也不着边际。因为毛人凤确实说不出仕途发达，再造辉煌之类的恭维话，落在这里，对客人无疑是个刺激。反过来，怜悯、抱怨、同情的意思也不宜渲染。常言道：瘦死的骆驼比马大，胡宗南人在泥里，气在云端，仍不乏“英雄”气概。最后还是胡宗南说起戴笠的周年，道出一通肺腑之言。当时，他正从西昌跑到海南，惶惶无可安宁，没有烧纸祭奠，直到前几天，才定下心来为雨农默祷，忽觉英雄与粪土咫尺天涯，轰轰烈烈也罢，百折不挠也罢，晚节失风终为遗憾，想想还是雨农兄了断得麻利，没有趟偏时背运的浑水，盖棺立论已成定局。眼下，年华迟暮，新人辈出，即使粉身碎骨，也难有出辙。胡宗南说完，连饮三杯，告别而去。那一番字字如“金”的言语，回肠荡气，一直在毛人凤的脑际萦绕。
这些天来，毛人凤总觉得心底里埋着一种若有所失、削弱自信的东西，起初以为是大局吃紧，岌岌可危所致，但比及西南的动荡、成都的涉险，似乎不至于今不如昔。接着目睹旧人一个个落为罪臣，牵出几多物伤同类的感怀，心境大起波澜，但缓过神来细想，又觉得不幸之有幸，上有总统的信任，陈长官（指陈诚）的支持，旁有俞济时等老友为支援，今日阿毛位呈现上升之势，理该庆幸，何必自扰呢？继而又想起戴笠殉难前的情景，因患于功高震主的气势，差一点落到了墙塌众人推的地步，是不是盛极必衰，高处不胜寒呢？毛人凤记得有一句古语云：木秀于林，风必摧之，堆出于岸，流必湍之；行高于人，众必诽之。琢磨良久，深以为谨慎容忍的可贵。后来苦于身心劳累，觉得体弱多忧虑，也是一个原因。总之，想得很多，都没点中要害，直到今日恭听胡宗南一席话，才幡然醒悟：心病其实是困在“晚节”一脉上。
1950年6月25日，岛内的整肃运动开展得正酣，保密局“汉城组”突然发来急电，说是朝鲜战争已经爆发，详情有待细查后禀报。为此，老蒋异常激动，认为翘盼已久的第三次世界大战即将来临，特意关照毛人凤要为迎接新的战略转变做好准备。6月25日夜，“国民党”驻韩大使邵毓麟的详细报告送到，证实了保密局“汉城组”的情报无误，毛人凤心情陡然松缓，如同掀除压顶巨石一般，兴奋得彻夜难眠。
6月27日，美国总统杜鲁门在白宫宣布武装干涉朝鲜。第二天，太平洋舰队的十三艘军舰开入台湾高雄港，伴之还有一道冠冕堂皇的总统声明，称：“鉴于共产党军队的占领台湾将直接威胁到太平洋区域的安全，并威胁到在该区域履行合法而必要之活动的美国部队，因之，本人已命令美国第七舰队防止对台湾的任何攻击，并且本人已请求台湾的中国政府停止对大陆的海空活动。”7月里，麦克阿瑟飞赴台湾与蒋介石磋商共同防御事务；8月，美国空军第十三航空队进驻台湾，自此，孤岛求得老美庇护，上下惶惶不安的气氛渐趋淡薄，接踵而来的则是为促成新的战略转变，即反攻大陆而摩拳擦掌。
从6月29日起，台湾“外交部”就向美国政府提出申请，愿意派遣三万三千精锐部队参加“联合国军”赴朝作战，趁机把战火引向大陆。美国政府的意愿恰恰相反，只希望通过“台湾中立化”，阻止中国军队解放台岛的步伐，并不想以此激怒中共，成为战争中的对手，因此，拒绝了蒋介石的请求。7月份，麦克阿瑟以“联合国军总司令”的身份到台湾访问，老蒋以自己的部队“距离韩国最近，是能够赴援最快”为理由，再次提出赴韩参战的请求，仍然遭到麦克阿瑟的拒绝。然而，从各自的战略需要出发，老蒋依然把配合“韩战”的文章与反攻大陆的目的联系在一起，从毛人凤的特工部门出发，第一个“杰作”就是阴谋策划“炮轰天安门”的事件。