明朝的故宫在今南京市中山门内。明太祖朱元璋定鼎金陵后，命刘基卜建大内，从洪武二年（1369年）开始，历时6年修成。分为皇城与宫城二重，平面略呈方形。皇城南为洪武门，往北有外五龙桥、承天门、端门，东西置长安左、右门。御街两侧都是官署所在，又置太庙于东、社稷坛于西。皇城东门称东华门，西门称西华门，北称玄武门。
宫城在皇城中央稍偏东，南墙置午门，其内是内五龙桥和奉天、华盖、谨身三殿（相当于清故宫太和、中和、保和三殿），又有文华、武英殿在其两侧。后宫以乾清官、坤宁宫为主。宫城的东、西、北三门分别称东安门、西安门、北安门。
永乐帝北迁后，南京宫殿仍然保存，设置了官司留守。到了清朝就成了八旗军驻防处，故而又称为驻防城。后来的太平天国与清朝作战时毁坏了大部分建筑。现在的遗迹中仅有外、内五龙桥、御河一段和午门城基。桥没有栏板，仅有石券。午门门楼已佚，城中有门券五道，其须弥座的石刻基本保持完整，构图与技法秀丽流畅，反映了当时工匠的高湛水平。