人类在古代就知道发酵。古埃及人数千年前就会生产面包和奶酪。我们的祖先在3000年前就掌握了酿酒技术。不论是制作面包、奶酪，还是酿酒，都有一个不可缺少的过程——发酵。但是，古人不知道这发酵是怎么回事。他们不知道发酵是酶的作用，更不知道酶是由微生物产生的。所以古希腊人把发酵说成是“沸腾”，实在是一个糊涂概念。而我们祖先所称的“发酵”则要科学得多。
发酵工程，又叫微生物工程。它是利用微生物所特有的发酵作用，与现代工程技术相结合，或直接用微生物反应器，进行大规模的发酵生产。发酵产物既可以是微生物本身（单细胞蛋白），也可以是发酵过程的代谢产物。
现代发酵工程与传统的发酵工艺操作不同，它有如下优越性：它可以进行连续发酵和半连续发酵；有电脑控制实行高度的自动化；采用经过基因重组的工程菌生产；可以在45℃左右加压生产。而传统的发酵工艺是间歇发酵，人工操作，用的是天然菌种，只能在常温常压下进行。
正因为发酵工程有如此多的优点，受到各国的重视也就很自然了。国际微生物学会联合国咨询委员会主席海登这样告诉人们：“微生物工程可能成为一股引起工业结构调整和社会结构改革的力量。”此话不假。