海洋生物入侵是指非本地海洋物种由于自然或人为因素从原分布海域进入本地海域（进化史上不曾分布）的地理扩张过程。外来海洋生物一旦入侵到新的适宜生存的区域中，就可能发生不可控制的“雪崩式”大量繁殖，疯狂地掠夺当地生物的食物，造成有害寄生虫和病原体的大面积迅猛繁殖，使生物多样性减少，而且使系统的能量流动、物质循环等功能受到影响，严重者会导致整个生态系统的崩溃。外来海洋生物的入侵降低了区域生物的独特性，打破了维持全球生物多样性的地理隔离。
目前，国际自然资源保护联合会公布的世界上100种最危险的外来生物物种中已有一半入侵到中国。大米草就是对中国造成越来越严重的生物入侵危害的新案例。20世纪60～80年代，福建省分别从英、美等国引入大米草时的初衷是抵御风浪和保滩护岸，但因其密集生长，抗逆性与繁殖力极强，原先生长红树林、海草的地方被挤占，儒艮及鱼、贝、虾、蟹等生物失去栖息环境，导致滩涂生态失衡、航道淤塞、海洋生物窒息致死，因而被称为“害人草”。现在大米草已经传播到北起辽宁锦西，南至广西合浦的100多个县市的沿海滩涂，以及黄河三角洲、渤海湾等处，严重威胁我国海岸生态安全。
滨海湿地滨海湿地是一种特殊的湿地类型。我国的学者陆健健将其定义为陆缘为含60％以上湿生植物的植被区，水缘为海平面以下6米的近海区域，包括江河流域中自然的或人工的、咸水的或淡水的所有富水区域（枯水期水深2米以上的水域除外），不论区域内的水是流动的还是静止的、间歇的还是永久的。简言之，滨海湿地是指低潮时水深浅于6米的水域及其沿岸浸湿地带。
滨海湿地处于海陆交错地带的边缘区域，受海洋和陆地双重作用。其复杂的动力机制造成了复杂多样的滨海湿地类型，包括永久性浅海水域、河口水域、海草床、珊瑚礁、岩石性海岸、沙滩砾石与卵石滩、滩涂、盐沼、潮间带森林湿地、咸水或碱水渭湖、海岸淡水湖和海滨岩溶洞穴水系等。
滨海湿地除了具有湿地的普遍功能，如抵御洪水、调节径流、蓄洪抗旱、降解污染、调节气候、控制土壤侵蚀、促淤造陆、美化环境外，还具有许多独特功能，包括：减弱海流对海岸的侵蚀；防止海水入侵，减轻海水倒灌导致的土壤盐渍化；形成海景、海滩等独特的旅游资源；为洄游鱼类提供生长繁殖所需的生境等。
海洋缺氧区海洋缺氧区又称为海洋低氧区，是指海水中缺氧，海洋生物难以生存的区域。丰富的有机物和稳定的水体环境是形成缺氧区的必要条件。海水中有机物含量过高，其氧化分解会消耗大量的溶解氧。海水中的溶解氧主要来源于大气和光合作用，透光层以下水体中氧的供应主要依赖表层水体的移流和扩散作用，当有温跃层存在时，上下水体交换不畅从而阻断表层海水和下层海水进行氧气交换，这时就会出现缺氧区。
在我国，每年8～9月，长江口海区的氧含量最低。但每当台风来临，氧含量趋于正常，台风过后，氧含量又回到低谷状态，这是因为台风等风暴潮会影响水体的结构，打乱原有的稳定的温盐跃层，水体交换频繁，氧含量得到迅速补充。所以，低氧区大都出现在稳定的水体中，常受大风浪影响的海域一般不会存在低氧区。
近年来，随着海洋有机污染的加重，海洋缺氧区的面积逐年扩大。缺氧区主要分布在城市化程度高、人口密集城市的海岸地区、近海岸河口区域以及部分海湾。缺氧区面积的逐年扩大，严重威胁着海洋生物的生存，影响海洋生物种类和数量的变化，危害海洋生物多样性，进而影响海洋生态系统结构的稳定性。
海洋自净能力海洋自净能力是海洋通过其自身的物理、化学和生物作用，使污染物浓度自然地逐渐降低乃至消失的能力。净化速度一般表示为浓度下降率或与污染物有关参数的变化率。海洋自净是一个错综复杂的自然变化过程，按其发生机理可分为：物理净化、化学净化和生物净化。三种过程相互影响、同时发生或相互交错进行。
物理净化主要发生于河口和内湾。径流带入的污染物受海水稀释，污染物不断向外海扩散，一些杂质被吸附在固态物体上，另一些沉淀在水底，具挥发性的污染物还可以逐渐气化，这都使水体不断净化。净化速度主要取决于水平流动和湍流扩散等物理过程的快慢。
化学净化主要是污染物在海水中发生氧化还原、化合分解、吸附凝聚、交换和络合等化学反应转变成无害物质甚至消失。如有机污染物经氧化还原作用最终生成二氧化碳和水等；汞、镉、铬、铜等金属离子在海水酸碱度和盐度变化影响下，离子价态可发生改变，从而改变毒性或由胶体物质吸附凝聚共沉淀于海底。
生物净化是通过微生物和藻类等生物代谢作用，将污染物质降解或转化成低毒或无毒物质。例如，将甲基汞转化为金属汞，将石油烃氧化成二氧化碳和水。
由于海洋辽阔，自净能力也大，人们一直把它看成是天然的最大净化池而任意倾废或排污，但海洋的自净能力并不是没有限制的。为了合理利用海洋环境自净功能，保护和改善海洋环境，研究和掌握海洋环境自净机理，是海洋环境科学研究的一项重要任务。
海洋钻孔生物海洋钻孔生物是能够穿凿海洋中的木船、木竹建筑、红树、岩石、珊瑚礁以及贝壳等物体的海生生物。它们钻孔的目的有的是为了填饱肚子；有的是为了躲避其他动物的侵害。海洋中会钻孔的动物有海绵动物、环节动物的多毛类、软体动物的双壳类、节肢动物的甲壳类、苔藓动物和棘皮动物的一些种类，其中以双壳类和甲壳类最为重要，危害也最大。海绵类中的穿贝海绵、多毛类中的某些才女虫和一些苔藓动物经常穿凿扇贝、牡蛎等经济贝类，使其生长受到影响。棘皮动物中的球海胆等能用坚硬的棘穿凿珊瑚礁等。软体动物中的住石蛤、钻岩蛤、石蛏等以及海笋科中的许多种类都能穿凿岩石、珊瑚礁和贝壳等。软体动物双壳类的船蛆科、甲壳类中的蛀木水虱等穿凿木材并以木材为饵料，会严重破坏木船和海港、码头的木、竹设施。
海洋钻孔生物中研究最多的是船蛆科生物，一共有60多种，中国沿海已发现10多种。海洋钻孔生物长期地在木、竹中生活，它们的贝壳已经退化，仅剩下很小一部分包裹在身体前面，成为钻洞的工具。船蛆、马特海笋、蛀木水虱和光背团水虱等4类代表性物种在我国沿海最为常见。防除海洋钻孔生物的方法有：船只定期上岸，用手工清除污物、用淡水冲洗；用烟熏火烤，烤干后表面涂刷配制石灰水；船在海中航行一段时间后，再到江河淡水中航行一段时间；用铅包覆木船的船底；船体涂刷防污漆；焦油压入木材等。
入海河口生态系统河口是地球上海水和淡水交汇和混合的、介于陆海两类生态系统之间的交界地带。河口生态系统是河口环境生物群落与周围环境相互作用构成的自然系统，具有相对稳定功能并能自我调控。就入海河口而言，它是一个半封闭的海岸水体，与海洋自由沟通，海水在其中被陆域来水所冲淡。
根据动力条件和地貌形态的差异，一般把河口分为河流近口段、河口段和口外海滨。河流近口段以河流特性为主，口外海滨以海洋特性为主，河口段的河流因素和海洋因素则强弱交替地相互作用，有其独特的性质。
河口的主要特征之一是盐度的变化，涨潮时盐度增高，退潮时盐度降低；雨季时盐度近似于淡水，干季时近似于海水。因为冬季河水较海水冷而夏季较海水暖，所以河口区温度变动较沿海和外海大。河口的水中含有一定量的泥沙，透明度比外海水域低。
河口的底质往往被泥沙覆盖，底泥中含有丰富的、主要来自沿潮线以上的植物等的有机碎屑。这些植物主要由温带区沼泽草地的水草和芦苇或热带区的红树所组成。河口动物主要来自海洋，许多浅海种类，即生活在大陆架浅水域的种类，在洄游入海前把河口作为索饵场。