先天性心脏病主要是由于胎儿时期心脏发育的障碍所引起。这种障碍的根本原因虽尚未彻底了解，但近10多年来由于遗传学、胚胎学、生物化学、传染病学和代谢疾病等科研的进展，目前已有了不少认识。其主要原因可分为遗传因素和环境因素两类，遗传因素包括单一基因突变、染色体畸变、多基因病变，多见的比如21-三体综合症（先天愚型）伴先天性心脏病；先天性代谢紊乱，其基本缺陷是某种酶缺乏。如Ⅱ型糖原累积病和同型胱氨酸尿症，心血管畸形表现为巨大心脏、肺动脉和主动脉关闭不全等，环境因素中重要的是官内感染，特别是母孕早期3个月内患病毒感染（如风疹、腮腺炎、流行性感冒、柯萨基病毒等）容易发生先天性心脏畸形，有人报告在全部先天性心脏病畸形中，由病毒引起的大约占10％。其他如放射线的接触，营养中某些物质的缺乏（如叶酸缺乏），药物影响（保胎药、避孕药、抗癌药、甲糖宁等），代谢紊乱性疾病（糖尿病、高钙血症、苯丙酮酸尿症）及引起子宫内缺氧的慢性疾病等可能与发病有关。因此加强对孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹、流感等病毒性疾病和避免与发病有关的一切因素，对预防先天性心脏病具有积极意义。
