经过御史刘廷元审讯，刺客张差是蓟州井儿峪人，语言颠三倒四，常提到“吃斋讨封”等语。刑部提牢主王之认为事有蹊跷，觉得张差决不像疯癫之人，用饭菜引诱他：“实招与饭，不招当饥死。”张差低头，又说：“不敢说。”王之命众人回避，亲自审问。原来张差靠砍柴与打猎为生，在一个月前，张差在济州卖完货后，赌钱输了，结果遇上一位太监，太监说可以带他赚钱，张差随这位太监入京，见到另外一位老太监，老太监供与酒肉。几天后，老太监带他进紫禁城。老太监交木棒给张差，又给酒让张差饮。带他到慈庆宫，让他进宫后见人即打，尤其见到穿黄袍者（指太子朱常洛），说他是奸人，要把他打死。老太监言明，如打死穿黄袍者，重重有赏，如被人捉住，他会救张差。张差的供言，结果供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成指使。朝臣有人怀疑是郑贵妃想要谋害太子，王志、何士晋、张问达奏疏谴责外戚郑国泰“专擅”；郑贵妃则惶惶不可终日，向皇上哭诉，神宗朱翊钧要她去向太子表明心迹。结果皇帝和太子不愿深究，最后以疯癫奸徒罪将张差处以凌迟。张差临死前曾说：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。 ”（据《先拨志始》）。不久刑部、都察院、大理寺三法司前后五次会审庞保、刘成两人，由于人证消失，庞、刘二犯有恃无恐，矢口否认涉案。六月一日，明神宗密令太监将庞保、刘成处死，全案遂无从查起。这就是“梃击案”。
“梃击案”是明宫三大案之首，其疑点重重，首先，张差怎么会轻易地拿着一根棍子闯进了东宫？其次，假若是郑贵妃幕后指使，她为什么不采用更为隐蔽更有把握的方式，反而采用这个极易让人抓住把柄的方式？再次，明神宗为什么要秘密处死庞保和刘成，他是不是知道事情的真相？还有，主审官员审讯犯人所获得的供词有没有造假……
种种谜团随着庞保和刘成的死呈现在了我们眼前，不管这些问题的答案是什么，“梃击案”使郑贵妃势力大衰，神宗不得不放弃封福王为皇太子的想法。而太子朱常洛的地位也因而稳固。
明宫“红丸案”是谁的阴谋？
万历四十八年（1620年）七月二十一日，万历皇帝病死。太子朱常洛继位，改年号为泰昌，所以习惯把他叫做泰昌帝。特殊的身世，坎坷的经历，使朱常洛形成胆小怯懦的性格。有两件事可以证明：他出阁读书时，正值寒冬，太监居然不给他生火取暖。他冻得浑身发抖，也不敢吭气，气得讲官郭正域训斥太监，太监们才给他生火；在万历帝病重时，朱常洛带着儿子朱由校（后来的天启帝）等去探望，守门太监拦着不让进去，朱常洛不敢抗争，从早到晚一直等在门外，后来是兵部右给事中杨涟、御史左光斗和东宫太监王安等周旋，他才见到父亲万历帝最后一面。
太子朱常洛既没有统兵征战沙场的锻炼，也没有协助父皇治理朝政的阅历，更没有苦读经书的学养，甚至几乎未出过皇城，又长期受到父皇的冷落，心情压抑，寂寞寡欢，无所事事。于是借酒色填补精神空虚，长期“惑于女宠”。尽管如此，泰昌帝在登基大典上，还是“玉履安和”，“冲粹无病容”，就是行走、仪态正常，没有疾病的征候。
光宗朱常洛即位之后，开始行使皇帝职权，致力于扭转万历朝后期的一系列弊政，他发内帑犒劳前线军队，解决了长期缺饷的燃眉之急；还停止了民愤甚深的矿税太监的活动；起用了许多万历年间因为直言进谏而遭贬斥的大臣；他还亲自考课大臣，破格提拔人才。种种作为，显示出光宗皇帝要做一代明君的努力。但是，这个愿望随着“红丸案”的发生而变成一个历史的春秋大梦。
神宗驾崩之前，曾经留下一纸遗诏，要朱常洛继位之后封郑贵妃为皇太后。但是，朱常洛 30多年来，受尽了郑贵妃的压制和打击，当然不会同意，而且这种做法显然不符合祖宗的典章制度，也遭到大臣们的强烈反对，所以这件事就暂时搁置了下来。郑贵妃等人为了保住自己的地位，取悦新帝，从侍女中挑选了八名能弹会唱的美姬进献给泰昌帝。郑贵妃又竭力笼络泰昌帝的宠妃李选侍，二人合谋，欲以美人计为己请封皇太后和皇后之号。贪恋酒色的泰昌帝纳八姬后，一时间元神大耗。不到半个月便一病不起了。关于这段历史，在文秉《先拨志始》中也有所记载：“光庙御体羸弱，虽正位东宫，未尝得志。登极后，日亲万机，精神劳瘁。郑贵妃欲邀欢心，复饰美女以进。一日退朝内宴，以女乐承应。是夜，一生二旦，俱御幸焉。病体由是大剧。”李逊之《泰昌朝记事》也有类似的说法：“上体素弱，虽正位东宫，供奉淡薄。登极后，日亲万机，精神劳瘁。郑贵妃复饰美女以进。一日退朝，升座内宴，以女乐承应。是夜，连幸数人，圣容顿减。”
此时，司礼监秉笔、掌管御药房的原郑贵妃宫中的内医崔文升入诊帝疾，光宗本是纵欲伤身，身体虚弱以致卧床不起。这个崔太医不知道什么原因，却诊断为肾虚火旺，需要泻火，便给光宗皇帝开了一服药性很强的泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。后来，廷臣们对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对崔文升进行猛烈的抨击。给事中杨涟说：“贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。”杨涟认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，其心叵测。当时，朱常洛的生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家两家外戚都认为其中必有阴谋，遍谒朝中大臣，哭诉宫禁凶危之状：“崔文升药，故也，非误也！”八月二十二日，朱常洛召见首辅方从哲等大臣，六品的给事中杨涟也在召见之列。朱常洛看了杨涟很久，说：“国家事重，卿等尽心。朕自加意调理。”之后，朱常洛下令，将崔文升逐出皇宫。
八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼说有仙丹要呈献给皇上。太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲。方从哲说：“彼称仙丹，便不敢信。”接着，内阁大臣们进乾清宫探视朱常洛。朱常洛此时已着意安排后事，将皇长子交由阁臣小心辅佐，又问起自己的陵墓的营建事宜。在安排好一切之后，朱常洛问：“有鸿胪寺官进药，何在？”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。”朱常洛自知命在旦夕，遂抱着试一试的想法，命李可灼入宫献药。到中午时分，李可灼调制好一颗红色药丸，让皇帝服用。朱常洛服完红丸后，感觉还好，让内侍传话说：“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”傍晚，朱常洛命李可灼再进一粒红丸。尽管御医们都表示反对，但是朱常洛坚持要再服一颗。于是，李可灼再让皇帝服用了一颗红丸。服后，朱常洛感觉安适如前，没有什么不良反应。然而，次日（九月初一）五更，朱常洛便死去。
大臣们联想到梃击案以来的风波，不禁疑窦丛生，所谓“张差之棍不灵，则投以丽色之剑；崔文升之泄不逮，则促以李可灼之丸”，这一系列事件岂非正是有目的地陷害皇帝吗！继泰昌帝而后新登基的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，罢免未力阻李可灼进药的内阁首辅方从哲，将崔文升发配南京，李可灼充军，此案草草收场。但泰昌帝之死究系何因，郑贵妃是否是幕后主谋，始终未解，“红丸案”也成为明宫疑案之一。
明宫“移宫案”的真相如何？
明朝末年的宫廷斗争并没有因为明光宗的死而结束，反而更加扑朔迷离。“红丸案”的真相还没有查清，接着又发生了一件大案“移宫案”。明万历四十八年（1620年）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。
事情还得从明光宗说起，明光宗有一位非常宠爱的李选侍。李选侍入宫之后，很快讨得了朱常洛的欢心。在宫里的地位迅速上升，并且替光宗抚养日后的皇太子朱由校，地位由此更加特殊，几乎掌握了后宫的实权。而且她还同郑贵妃保持着密切的联系，李选侍极力地想通过郑贵妃的力量将自己扶上皇后宝座，郑贵妃则想利用李选侍在皇帝面前说话方便的机会，帮她实现做皇太后的梦想。
当初，朱由校由于其父泰昌帝朱常洛不得万历皇帝的宠爱，他自幼也备受冷落，直到万历帝临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人虽位尊于李选侍，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死，临终前遗言：“我与李选侍有仇，负恨难伸。”而朱由校从小亦受李选侍的“侮慢凌虐”，终日涕泣，形成了惧怕李选侍的软弱性格。
泰昌元年（1620年）九月初一，朱常洛在宫中暴毙。李选侍却仍住在皇帝、皇后的寝宫乾清宫，丝毫不想搬出乾清宫。按照明代的制度，外廷有皇极殿，内宫有乾清宫，都是属于皇帝、皇后专用的。而李选侍是想借年仅 15岁的光宗长子朱由校掌握朝政，坐镇乾清宫，进而统驭后宫。
此举引起朝臣的极力反对。泰昌帝驾崩当日，杨涟、刘一等朝臣即直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事，但受到太监们的阻拦。兵部右给事中杨涟挺身而出，厉声斥责道：“你们这些奴才想干什么？我们都是受皇帝召见的，皇帝晏驾了，你们敢造反不成！”太监们这才让开。李选侍把朱由校藏在自己房里，不让出来。大学士刘一爆问：“太子到哪里去了？”太监们都不答话。比较正直的东宫伴读太监王安走进房内，哄李选侍道：“太子出去一下就回来。”才将朱由校带出。但李选侍马上就后悔了，叫太监把朱由校带回来。太监们上前拉住朱由校的衣服，朱由校一时也没有了主意。这时，杨涟上前将太监斥退。群臣簇拥着朱由校来到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登基大典。为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。
李选侍挟持朱由校的目的落空后，群臣纷纷上书，要求李选侍搬出乾清宫。李选侍却“居乾清宫自若”。而朱由校（天启帝）要登临大位，就必须回到乾清宫。为了让李选侍尽快“移宫”，御使左光斗上书朱由校明白指出：“内廷有乾清宫，犹如外廷有皇极殿，唯天子御天得以居之，唯皇后配天得以共居之。其他妃嫔不得常住。这非但为避嫌，也为了区别尊卑。选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，殿下反而退处慈庆宫，名分又从何说起？不早作决断，势必借抚养之名，行****之实。武氏之祸，将在今日重演。”朱由校听了，觉得甚是有理，便发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，着礼部再议。
随着朱由校登基大典日期迫近。至初五日，李选侍尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。杨涟便直言上奏：“选侍托保护之名，图专擅之实，宫不可不移。臣言之在今日，殿下行之在今日，诸大臣赞决之，也在今日！”
随后，杨涟又去拜见首辅大臣方从哲。方从哲起初认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。杨涟却说，太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗？选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗？方从哲最终被杨涟说服，两人统一了意见后，又去请求太子颁下严令。于是，朱由校登基在即时下令，命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿。他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。如此情形下，势单力孤的李选侍还是敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局。李选侍终于无奈地决定移宫。九月初五，她抱着皇八女，徒步从乾清宫走向宫中宫妃养老处——仁寿殿哕鸾宫。于是，这件震动宫闱的明朝三大疑案之一的“移宫案”终于落下了帷幕。李选侍以失败而告终，熹宗朱由校进驻乾清宫，登上宝座。
李选侍封后的要求没有实现，做皇太后控制朝政的愿望也落了空。她赖在乾清宫不走是否是受到了郑贵妃的幕后指使，这个后人亦无从得知。但是其意图很明显，就是要通过控制新皇帝朱由校来操纵整个朝政。李选侍虽已“移宫”，但斗争并未结束。“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。反对移宫的官员散发谣言：选侍投缳，其女投井，并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责朱由校违背孝悌之道。朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。至此，“移宫”风波才算暂告结束。它与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案一直是天启朝争论的问题，史称晚明三大疑案。