李鸿章在遇刺以后，朝廷就下旨让其进行休养，并派出了李经方作为全权大臣。但实际上一切事情还是由李鸿章决断，他虽受伤严重，卧病在床，却依旧口授机宜，为此医生们都对其身体担忧不已。三月七日，伊藤博文等将所草拟出来的和约底稿交了过来。十一日，李鸿章则准备进行答复，将条约根据大纲分为四款：一、朝鲜成为独立自主的国家；二、割让土地；三、赔偿军费；四、通商权利。除了第一条“朝鲜独立自主”以外，其他的都极力进行驳回。十五日，又另外草拟了一份和约送到日本去，即拟请求赔偿军费一亿两，割让奉天南部的四个厅县等地，日本也逐条进行了驳斥。十六日，伊藤博文等人又将修改过的订约稿寄了过来，和之前相比所提出的要求稍微减轻了一些，这就是《马关条约》的雏形。这一天李鸿章的伤已经好了，于是再次到春帆楼与日本全权大臣进行面谈。经过反复地磋商，日本丝毫不让步，只是声明如果能够在两三年内还清赔偿款，那就免去所有利息，威海卫的驻军费用，也可以减少一半。现将条约的全文列出：
大日本帝国大皇帝陛下以及大清帝国大皇帝陛下，为了订立和约，使两国及两国的臣民重修平和，共享幸福，并杜绝以后再发生纠纷事端，大日本帝国大皇帝陛下特派大日本帝国全权办理大臣内阁总理大臣从二位勋一等伯爵伊藤博文、大日本帝国全权办理大臣外务大臣从二位勋一等子爵陆奥宗光，大清帝国大皇帝陛下特派大清帝国钦差头等全权大臣太子太傅文华殿大学士北洋通商大臣直隶总督一等肃毅伯爵李鸿章、大清帝国钦差全权大臣二品顶戴前出使大臣李经方为全权大臣，相互检查了所奉谕旨承担的任务，都认定一切准确无误，一起协商议定各条款，并列出如下：
第一款中国承认朝鲜国确为完全独立自主的主权国家，因此凡是有损于独立自主国家体制的行为，比如该国向中国的进贡和参拜礼仪等，从今以后全部废除。
第二款中国将管理下列地方之权力，将这些地方的所有堡垒、军工厂，以及一切公共的设施，永远转让给日本。
一、下列划界以内的奉天省南部地区，从鸭绿江口开始，上溯此江到达安平河口，再从该河口划到凤凰城、海城直到营口为止。折线以南的地方，所有的城市、乡邑，都包括在划界线之内。这条线到达营口的辽河以后，即顺流到入海口停止。彼此之间以河的中心作为分界。辽东湾东岸及黄海北岸，奉天所属的各个岛屿，也全都在所割让的范围内。二、台湾全岛，及其所有附属岛屿。三、澎湖列岛，即英国格林尼治东经一百一十九度起至一百二十度止，北纬二十三度起至二十四度之间的各岛屿。
第三款依上一款所述，以及黏附于本条约后面的地图所划定的疆界，等到本条约批准和互换之后，两国应当各自选派两名以上官员，作为共同划定疆界的委员，进行实地勘察检测，确定所划定的疆界。如果遇到本条约所订的疆界由于地形或是管理方面等问题受到阻碍不便实施的情况，两国各自所派的委员等，应当在妥善地进行研究讨论后更正和确定。两国所派的委员等，应当迅速地办理此划定疆界的事务，从而能够保证在接受委任之后限定的一年时间内能够完成。但如遇两国所派的委员等，对划界有所更改，那两国政府在未经确认以前，应当根据本约所确定的划界为准。
第四款中国将库平银二亿两交给日本，作为战争的军费赔偿。该赔款分为八次交完，第一次五千万两，应在本条约批准互换后六个月内交清；第二次五千万两，应在本条约批准互换后十二个月内交清；余款平分为六次，逐年交纳，交纳的方法如下：第一次平分逐年之款，在两年内交清，第二次在三年内交清，第三次在四年内交清，第四次在五年内交清，第五次在六年内交清，第六次在七年内交清。其年度划分，均从本条约批准互换之后起算。此外，第一次赔款交清后，还没有交完的赔款，应该按照每年百分之五来缴纳利息。但无论何时，如果是要将应该赔偿的款项提前全部交清，或是分期提前全部交清，则完全由中国来自主决定。如果从条约批准互换之日起，三年之内就能够全部还清赔款的话，除了将已付的利息，或两年半，或不到两年半，在应付的本银中扣还外，其余的全额免除利息。
第五款本条约批准互换之后，在二年的期限内，日本准许中国割让地的人民，自愿迁居到割让地以外的地方，任意变卖自己的所有产业，搬到割让地界外。但期限日满之后，尚未迁徙出去的，则应当被视为是日本的臣民。此外，对于台湾省，两国应该在本条约批准互换之后，立即各自派遣大员到台湾，在本条约批准互换后的两个月期限内将权力交接完毕。
第六款日中两国间之前的所有条约，因本次战争，全部自动废除。中国应当在本条约批准互换之后，迅速派出全权大臣，和日本所派出的全权大臣一起，共同商议订立通商行船条约，以及陆路通商章程。两国之间新签订条约，应当以中国与西洋各国签订的现行条约为蓝本。此外，本条约从批准互换之日起，到新订条约未经实施之前，所有日本政府的官吏、臣民以及商业、工艺、行船船只、陆路通商等方面，与中国最为优待的国家所享有的礼遇和照顾相比，一律不能有所差异。中国应将下列让给日本权利的款项，自两国全权大臣画押盖印之日起六个月后照办。第一，在现今中国已经开放的通商口岸以外，还应批准增设以下各处作为通商口岸，以便日本臣民往来侨居，从事商业、工艺制作。所有增设的口岸，均按照以往开设通商口岸，或以往开设内地市镇的章程，一样办理。应当得到的优待和利益等，也当一律享受。一、湖北省荆州府沙市；二、四川省重庆府；三、江苏省苏州府；四、浙江省杭州府。日本政府可以派遣领事官到前述的各个通商口岸驻扎。第二，日本的轮船可以驶入以下各个口岸，搭载行客，装运货物。一、从湖北省宜昌到长江上游的四州省重庆府；二、从上海驶进吴淞江及运河，以至苏州府、杭州府。日中两国在没有商定行船章程以前，上述各通商口岸行船，务必依照外国船只驶入中国内地水路现行章程办理。第三，日本臣民在中国内地购买经工货件，或自己生产的货物，或是将进口的商货运往内地的时候，想暂时存放货物，除了不须缴纳税款和摊派的一切费以外，可以暂时租用客栈存货。第四，日本臣民可以在中国通商口岸城市任意从事各项工艺制造活动，并可将各种机器任意装运进口，只需要交纳所规定的进口税即可。日本臣民在中国制造的一切货物，其在中国内地的运送税、内地税、钞课、各种摊派费用，以及在中国内地涉及货物寄存客栈等，都按照日本臣民运入中国的货物，一体办理。而应享有的优待豁免，也无不相同。以后如有因出现以上事情而应增加章程和规约的，就载入本款所称的《行船通商条约》中。
第七款日本军队现在还驻扎在中国境内的，应当于本条约批准互换之后三个月内撤回，但须依照本条约的下一款规定办理。
第八款为保证中国能认真履行条约内所订立的条款，须允许日本军队暂时占守于山东省威海卫。在中国将本条约所规定的第一、第二两次赔款交清，通商行船约章也经过批准互换之后，中国政府和与日本政府共同确定出周全、妥善的办法，将通商口岸关税作为剩余赔款及利息的抵押，日本则可以撤回军队。倘若中国政府不能很快地确定抵押办法，则在没有交清最后一次赔款之前，日本仍然不会撤回军队。但是在通商行船约章未经批准互换以前，即使交清了赔款，日本同样不撤回军队。
第九款本条约批准互换之后，两国应该将各自手中的所有俘虏，全部都放还。并且中国对于由日本所放还的俘虏，不能加以虐待，或者是对他们进行治罪。中国应将认为是军事间谍，或者是因犯罪嫌疑而遭到逮捕的日本臣民，立即释放。并对此次战争当中，所有与日本军队有关联的中国臣民，予以宽贷，并命令有关部门不得擅自逮捕。
第十款本条约批准互换之日起，应当按兵停战。
第十一款本条约经大日本帝国大皇帝陛下，以及大清帝国大皇帝陛下批准之后，定于明治二十八年五月初八日，即光绪二十一年（1895年）四月十四日，在烟台互换。
纵观李鸿章此次议和的情形，就如同春秋时期齐国的国佐出使晋国，1870年法国的梯也尔出使普鲁士。在敌人戎马压境的情况下，说一些忍气吞声的话，旁观者都为之感到心酸，何况是李鸿章身临其境。回望十年前签订《天津条约》时的意气风发，就如同是昨日的梦境一般。唉！应龙落入井中，蚂蚁都能困住他，老骥趴在马厩，被劣马都耻笑，天下还有比这更使英雄气短的事情吗？在这样的时候，就算是有苏秦、张仪的辩才，也没有办法使用，就算有贲育之力，也无法施展他们的勇猛。除了低声下气地乞求怜悯以外，还能有什么办法？有人把和谈的讯速达成作为李鸿章的功劳，这也是不对的，即使没有李鸿章，日本也不会不讲和；而有的人又把和谈的责任归到李鸿章一人身上，把他看作是和秦桧、张邦昌一样的奸臣，但他们是否想过若是把他们放到李鸿章的位置上，结局又能如何呢？所以可以说李鸿章在这场战争当中，没有什么功劳，也没有什么罪过。他所尝试的外交手段，也是英雄无用武之地。平心而论，李鸿章的误国行为，是前面一章所列举的失误的十二件事，而这次和谈，只不过是这十二件事的结果，不用再详细地论述了。