那时，曾国藩已经接受了独自征讨太平军的重任，肩上的责任很重，没有人可以替他分担，也没有人可以牵制他。于是他派李鸿章负责平定江苏，左宗棠负责平定浙江，曾国荃负责平定南京。南京，是太平天国的根据地，而南京与江浙两省相互庇护，才形成了太平天国国强大的势力。所以若不扫清江苏的太平军，则南京不可能被包围，而如果不包围太平军的老巢南京，则扫清江苏的敌人也是不可能实现的。所以就在淮军前往上海的时候，曾国荃和杨载福（后改名为杨岳斌）、彭玉麟等，计划以水陆并进，击破长江南北两岸的太平军堡垒。四月份，曾国荃从太平府出发，顺着长江而下，拿下金柱关，夺取东梁山营寨，进一步攻克秣陵关、三汊河、江心洲、蒲包洲等军事要塞。五月份，他便率军进驻南京城外的雨花台。实际上他的这些战功得力于李鸿章解除了松江之围。所以，说起这次战役的战绩时大家清楚，湘军之所以能够攻下南京，消灭大量敌军，并不是曾国荃一个人的功劳，实际得益于李鸿章等人消灭了其他的一些势力，断绝他们的粮饷和支援部队，让这些军队形成了孤立的局面，这样一来，太平军的主力也不得不坐以待毙。而淮军之所以能够平定江南，立下大功，也不是李鸿章一个人的功劳，实际得益于曾国荃等人直捣太平天国的巢穴，使他们的精兵强将产生了后顾之忧，战斗的锐气受到了挫败。苏东坡词曾有言：“江山如画，一时多少豪杰。”同治元年、同治二年期间，也呈现出了中国有史以来的一次豪杰并起的局面。
李秀成，这位李鸿章的劲敌，乃是太平军将领后起之秀当中最为优秀的。洪秀全最开始起兵造反的时候，他队伍当中的杰出将领是东王杨秀清、南王冯云山、西王萧朝贵、北王韦昌辉，翼王石达开，当时人称为“五王”。后来，冯云山、萧朝贵战死于湖南；杨秀清、韦昌辉在南京争权夺利，互相残杀；石达开则自己胸怀远大志向，不满足于现状，独树一帜，转战湖南、江西、广西、贵州、四川等省，我行我素，自此，从前的“五王”也就不复存在。咸丰四年（1854年）、五年（1855年）之间，是政府军队最萎靡不振的时候，也是太平天国的士气最为低落的时候。李秀成出身于普通士兵，地位低下，当太平天国定都南京，割据一方时，他也只不过是杨秀清军中的一个服役的小侍卫。但是他非常聪慧机敏，擅长谋略，胆识过人。所以在太平天国晚期的时候，他得以扬起太平天国的余力，翻江倒海，掀起一阵巨浪，使政府官兵疲于应对，使得太平天国运动能够推迟六七年的时间才被平定，全是由于李秀成和陈玉成二人的力量所致。陈玉成驰骋于长江上游地区，在河南、安徽、湖南、湖北掀起一阵飓风，李秀成则出没于长江下游及入海口一带，在苏州、杭州、常州、扬州等地激起狂波巨浪。等陈玉成战死以后，洪秀全所能依靠的能撑起太平天国的将领，就只剩下李秀成一个了。李秀成不但智勇过人，而且胸怀宽广，对待下属宽仁厚爱，深得将士之心。所以，当时虽然安庆已被清军收复，但下游的太平军仍然奋勇作战，形势更加糟糕。自从曾家兄弟合围雨花台之后，在江苏各地和南京的大小战役仍然持续着，并让李鸿章、曾国荃费尽心力，付出了巨大的代价才勉强求得了表面上胜利的人，正是李秀成。所以谈论李鸿章，就不可不知晓李秀成这个人。
李鸿章自南汇战役之后，根基渐渐稳固下来，就打算和南京的官兵相互配合，牵制太平军的兵力，于是确定了进攻的策略。这一年的七月，他派程学启、郭松林等人突袭青浦县城，随后收复了该县，又命另外的一支军队乘坐汽船渡海，进攻浙江绍兴府的余姚县，又收复了该县。八月，李秀成派谭绍洸率领十多万人，进犯北新泾（江苏地界，离上海只有几里地），刘铭传在半路堵截，进攻并大败谭绍洸，于是太平军便退守苏州。
同月，淮军和常胜军一同进入浙江，进攻慈溪县，将其收复。在这场战役当中，常胜军的统帅华尔奋勇向前，不幸胸部中弹身亡，死前留下遗命要求身着中国的服装下葬。之后美国人白齐文代理统率常胜军。
这一年春秋之交的那段时间，江南地区瘟疫流行，很多官兵被传染，一个接一个地死去。李秀成想乘着这个机会，解救南京之围，于是在闰八月的时候，挑选了苏州、常州的精兵十多万人奔赴南京，将曾国荃军队大营团团围住，调用了几十门西洋开花大炮，集中火力轰炸。连续十五天，清朝官兵拼死战斗，士气没有丝毫受挫。九月，李秀成又令李世贤从浙江率领十多万人合围南京，攻击也变得更加猛烈了。曾国藩听到消息后，非常担心，急忙从别处调集了大量援兵。然而当时浙江以及长江以北各支清朝政府官兵，都各自有各自的任务而无法进行救援。这一场战役，可以说是两军自开战以来从未有过的激烈战争。当时太平军有大军二十多万人，而陷于重围当中的清朝官兵不过区区三万多人，而且有过半的将领和士兵先后病死、战死以及负伤。而曾国荃与将士同甘苦、共患难，就像家人、父子间一样团结关爱，因而三军将士愿意为其战死，所以能够抵抗并战胜十倍以上的敌人。李秀成看到其并不能解南京之围，又因为江苏省内的官兵的士气又逐渐高涨起来，于是他便担心江苏地区失守而南京也不能够独全。十月，李秀成便带兵撤退，解除了雨花台之围。
[按语：在这场战役以后，洪秀全的太平天国大势已去。驻军于敌人坚固的城池下，乃是兵家大忌。向荣、向春，都曾犯此大忌而两度遭受失败，所以曾国藩非常警惕，也非常慎重。最开始曾国荃驻扎在雨花台的时候，曾国藩就多次告诫他。到这场战役时，外有十倍于政府军的敌军，内有走投无路、拼死一战的末路之人，政府官兵的危险处境，可以说前所未有。太平军明知清朝官兵此时力薄势寡，而且伤亡惨重，却不敢奋力搏杀，与之决一死战，抓住转瞬即逝的机会建立非凡战功，而是功亏一篑，率领军队退去，导致进退失策，随后走向灭亡，到底是什么原因？这大概都是由于当时太平军将领已极度富贵荣华、骄奢淫逸、贪生怕死，因而导致了这种局面的出现。这种现象也是清朝官兵们始料不及的。曾国藩曾说：“军队最怕士气低落。”在道光、咸丰两朝之际，清朝官兵全都暮气沉沉、士气低落，而太平军却朝气蓬勃、士气高涨；到了同治初年，太平军都变得士气低落，而清朝官兵则朝气蓬勃。成败的关键，正在于此。实在地讲，以李秀成这样的贤能之才，尚且不能避免失败，像洪秀全这样的冢中枯骨，更是不值一提了！所谓灭亡六国的，实际上是六国自己，并不是秦朝；灭亡秦朝的，实际上是秦朝统治者自身，而并不是天下之人。殷鉴不远，有志于夺取天下的人，应该以此来警告自己。洪秀全最早不过是一个市井无赖，等抓住机会后在短时间里崛起，不到几年的时间便席卷了大半个中国，但他却没有在当时风起云涌的社会局势下，通过战争来成就一番大业，而是很快就偏安苟且于南京，将其作为安乐窝，不求进取，筑起宫宅院，真是和陈涉一般目光短浅、见识低微的人。死守在一座城市里，等着别人来包围。所以向荣、和春的溃败，并不是因为洪秀全有克敌制胜、起死回生的招数，实在是洪秀全所遇到的对手也和他相当，差不了多少，从而得以苟延残喘，勉强支撑了一段时间。唉！洪秀全的崛起和失败都在一线之间，这究竟是天意，还是人为所致？君子都会说：“是人的原因。”
[又按：这场战役是淮军和湘军诸位将领最终立下功劳的最大关键点。如果没有包围南京，就不能够牵制江苏、浙江一带的太平军，而李鸿章新创建的淮军，也难以很快取得胜利；如果没有攻打江苏、浙江一带，那也不能够解除南京的重重包围，这样的话曾国荃的久战疲惫的军队也将难以保全。读史的人不能不对此有一个清醒的认识。]
李秀成包围南京的时候，让他属下的将领谭绍洸、陈炳文在苏州留守。九月时，谭绍洸等率领十多万兵力，分别从金山、太仓向东进发。淮军的各位将领防御、抵挡了他们，并和他们在三江口、四江口展开了交战，相互间各有胜负。太平军又沿着运河安营扎寨，绵延几十里，还在运河及其支流上面架起了浮桥，从而方便相互往来和联系，进攻黄渡，把清军包围在四江口，狂攻猛打。九月二十二日，李鸿章命令各位将领，攻打太平军的大本营。可太平军骁勇善战，淮军很快就招架不住。而此时，刘铭传、郭松林、程学启等将领身先士卒，挥剑冲杀，淮军的士气为之大振，于是大败太平军，抓获、歼灭了一万多人，四江口之围才得以解除。
常胜军的统帅华尔死后，白齐文凭借副手的资格继任其职位。白齐文这个人的为人，与华尔完全不同，是个满腹阴谋、贪权狡诈之徒。当时他看到清朝官兵在战场上的被动和窘迫后，便在私底下接洽太平军将领李秀成。十月，白齐文暗中计划在松江城为李秀成做内应。到了上海以后，白齐文胁迫上海道台杨坊，向他索取巨额的军费。杨坊没有答应他，于是他便殴打了杨坊一顿，抢到四万两白银后逃走。李鸿章听到这件事以后，勃然大怒，马上和英国领事馆进行交涉，罢免了白齐文的职务，并让其偿还他抢劫所得的全部财物，随后又用英国军官戈登接替了他的职务。常胜军这才开始重新听命于李鸿章，发挥其作用，时为同治二年二月。这实际上是李鸿章与外国机构交涉的第一件事情，他的果敢决断以及强硬的外交姿态，得到了评论家们的肯定和赞许。
白齐文被罢免以后，李鸿章本想要杀了他，但是因美国领事馆的阻止，于是便将其放了。之后，白齐文又投降于李秀成，为李秀成担任军事参谋，策划了多次战役，但都比较局限，没有多大成效。他曾劝说李秀成放弃江苏、浙江一带，砍掉那里的桑茶，毁掉那里的房屋，然后集结兵力北上，占据陕西、山西、山东、河南等中原腹地，而控制东南地区，因为清朝官兵水师的势力范围到不了那里，由此大业可成。但李秀成并没有听从他的建议。白齐文又为太平军购买大量军械，抢掠了一些汽船，得到了几门最新式的大炮，献给李秀成，正是由于这个缘故，在苏州战役当中，清朝官兵几百人战死于宝带桥。后来，白齐文感到在李秀成那里也不得志，便又前往漳州投靠其他的太平军部队，最终被郭松林所抓获并杀掉。
先前曾国藩抓住了太平军的一个信使，从他那里得到了洪秀全给李秀成的手谕，说湖南、湖北以及江北地区，现在正兵力空虚，让李秀成率领二十万军队前往，先攻下常熟，然后一边攻打扬州，一边紧盯着安徽、湖北一带。于是曾国藩便派遣李鸿章率部先发制人，告诉他应该迅速拿下太仓州以便干预常熟的形势，从而牵制李秀成，让其没有将军队开赴江北地区的机会。李鸿章所持想法也正好如此。同治二年（1863年）二月，李鸿章就下令常熟的守将，让他们死守城池，等待援军的到来，而后派遣刘铭传、潘鼎新、张树珊率领军队驾轮船前往福山，与太平军交战几十次，都获得了胜利；此外，派遣程学启、李鹤京攻打太仓昆山县，分散太平军的兵力，而命令戈登率领常胜军与淮军一起，共同攻打福山，最终攻克下来，常熟之围得以解除。三月，收复了太仓、昆山，抓获太平军七千多人。在这过程中，程学启居功至伟，从此戈登愈加佩服程学启。
五月，李秀成从无锡出发，与他的五名部将一起，率领水陆大军数十万人企图增援江阴，占领常熟。李鸿章派遣他的弟弟李鹤章以及刘铭传、郭松林等人分路抵御太平军。刘铭传、郭松林与太平军的先锋部队相遇，并击败他，取得了胜利。然而太平军来势汹汹，非常猛烈，双方的伤亡人数几乎差不多。当时太平军沿着运河的河岸筑起连营，北起北，南到张泾桥，东起陈市，西到长寿，纵横六七十里，其间有堡垒上百座，全都扼守在运河的险要位置。太平军还把运河的桥梁全部拆毁，在河上备置了炮船，水陆军队相互呼应，形势一度极为紧张。
李鹤章与刘铭传经过商量后，偷偷收集木材建造了浮桥，在半夜时候迅速渡河奇袭太平军，攻破在北的太平军营地三十二座。郭松林同样发动进攻，奋力作战，攻破在南的太平军营地三十五座。周盛波的部队，则攻破在麦市桥的太平军营地二十三座。于是太平军大溃败，死伤几十万人，横尸遍地、河流堵塞。又擒拿了太平军的将领一百多人，获得马五百余匹，战船二十艘，兵器、弹药、粮草等不计其数。从此顾山以西再也没有太平军活动的踪迹，淮军的士气也受到了极大鼓舞。六月，吴江的太平军守将望风投降。