安东尼奥很愿意借钱给他。但他的货物都在海上，手头没有现钱。为了帮助自己的朋友，他决定用他的船作担保向夏洛克借钱。
夏洛克看到安东尼奥来借钱，在心里暗暗地说：我恨他因为他是个基督徒，尤其因为他是个傻子，借钱给人不取利钱，把咱们在威尼斯城里干放债这一行的利息都压低了。要是我有一天抓住他的把柄，一定要痛痛快快地向他报复我的深仇宿怨。他憎恶我们神圣的民族，甚至在商人会集的地方当众辱骂我，辱骂我的交易，辱骂我辛辛苦苦赚下的钱，说那些都是盘剥得的肮脏钱。要是我饶过了他，那我们的民族永远没有翻身的日子。在这里可以看出，夏洛克憎恨安东尼奥的原因是多方面的，既有经济方面的原因，也有宗教、民族方面的原因。
夏洛克假装慷慨地对安东尼奥说：“我愿意跟您交个朋友，得到您的友情；您从前加在我身上的种种羞辱，我愿意完全忘掉；您现在需要多少钱，我愿意如数供给您，而且不要您一个子儿的利息。”接着，他又居心险恶地提出一个条件：“要是您不能按照契约中所规定的条件，在什么日子、什么地点还给我一笔什么数目的钱，就得随我的意思，在您身上的任何部分割下整整一磅白肉，作为处罚。”
巴萨尼奥不愿意他的朋友为了他冒这种可怕的处罚的危险，不让安东尼奥签约。可安东尼奥对自己的货船能如期归来充满信心，毫不犹豫地签了契约，借了3000块钱，答应在三个月内归还。
在美丽的贝尔蒙特城里，鲍西娅正在为父亲的遗嘱而烦恼。她的父亲临终时立下遗嘱：要女儿在选择丈夫时，必须让求婚者在金、银、铅三只匣子中选择一只，谁选中了装有鲍西娅画像的匣子，就可以娶鲍西娅为妻。
第一位求婚者是摩洛哥亲王。他选择了金匣子，因为上面刻着“谁选择了我，将要得到众人所希求的东西”。他认为“一颗贵重的心，决不会屈躬俯就卑贱的外表”。这位根据外表做出选择的人打开匣子后看到的是一个死人的骼髅，一张纸上写着：发闪光的不全是黄金，
古人的说话没有骗人；
多少世人出卖了一世，
不过看到了我的外形……第二位求婚者是阿拉贡亲王。他比摩洛哥亲王聪明些，没有仅凭外表选择。但他又自视太高，选择了银匣子，因为上面刻着：“谁选择了我，将要得到他所应得的东西。”打开银匣子以后，他看到的是一张眯着眼睛的傻瓜的画像，一张纸上写着：……有的人终身向幻影追逐，
只好在幻影里寻求满足……第三个求婚者是巴萨尼奥。尽管鲍西娅已经爱上了他，非常担心他做出错误的选择，却又不得不遵从父亲的安排。巴萨尼奥选择了铅匣子，上面刻着：“谁选择了我，必须准备把他所有的一切作为牺牲”。在做出选择之前，巴萨尼奥说了这样一段话：外观往往和事物的本身完全不符，世人却容易为表面的装饰所欺骗，在法律上，哪一件卑鄙邪恶的陈诉不可以用娓娓动听的言词掩饰它的罪状？在宗教上，哪一桩罪大恶极的过失不可以引经据典，文过饰非，证明它的确上合天心？任何彰明昭著的罪恶，都可以在外表上装出一副道貌岸然的样子……总而言之，它是狡诈的世人用来欺诱智士的似是而非的真理。铅匣里放着美丽的鲍西娅的头像，一张纸上写着：你选择不凭着外表，
果然给你直中鹄心！三匣选亲的情节表达了这部戏剧的主题之一：不应简单凭借外表对事物做出判断，因为“外观往往和事物的本身完全不符”。这是莎士比亚想要告诉我们的一个人生哲理。
获得了爱情的鲍西娅和巴萨尼奥感到无比幸福，两人山盟海誓。鲍西娅送给巴萨尼奥一个戒指，并对他说，这是他们爱情的标志。千万不要把它丢了，或是转送给别人。巴萨尼奥发誓说，他决不会让这戒指离开他的手指，除非有一天他死了。
巴萨尼奥的朋友葛莱西安诺看上了鲍西娅的使女尼莉莎，他们俩也决定结婚。当葛莱西安诺戴上尼莉莎送给他的戒指时，也发誓要终生戴着它。
夏洛克的女儿杰西卡是个美丽而温柔的姑娘。她反对父亲的为人，把自己的家看成是一座地狱。她爱上了信奉基督教的青年罗兰佐，夏洛克反对这门亲事。于是，杰西卡便拿了家里的一部分钱和罗兰佐私奔了。夏洛克知道女儿逃走了，发疯似的满街大喊大叫，四处寻找女儿。其实他心疼的不是女儿，而是丢失的金钱。他恶毒地咒骂他的女儿：我希望我的女儿死在我的脚下，那些银钱都放在她的棺材里！在这颗完全被金钱腐蚀了的灵魂里，亲情已找不到踪影了。他爱钱胜过世上的一切。在打听女儿下落的同时，他听说安东尼奥的商船在海上出了事。夏洛克这才有点转悲为喜，连喊几声“好消息，好消息！”因为没有了安东尼奥这个对手，他的高利贷生意就可以做得更顺利了。
正当巴萨尼奥和鲍西娅、葛莱西安诺和尼莉莎在准备自己的婚礼时，安东尼奥给巴萨尼奥写来一封信。信上说，他的货船全沉了。他没有钱还给夏洛克，按照契约，他将会被割掉一磅肉。他估计自己性命难保，希望能和好友见上最后一面。
鲍西娅知道了事情的经过后，立即让巴萨尼奥带上比那笔债款多20倍的钱，和葛莱西安诺去威尼斯替安东尼奥偿还债务。巴萨尼奥走了以后，她又决定和尼莉莎女扮男装去威尼斯，帮助安东尼奥打赢这场官司。
在法庭上，夏洛克一再要求公爵大人按照法律，同意他割安东尼奥一磅肉作为处罚。公爵希望夏洛克能仁慈为怀，放弃对安东尼奥的处罚，夏洛克不肯。巴萨尼奥提出还夏洛克三倍的债款，要他放弃处罚，夏洛克还是不肯，他就是要割安东尼奥一磅肉。他还在法庭使劲地磨刀，葛莱西安诺不禁愤怒地说：“无论哪种铁器，就连刽子手的钢刀，都赶不上你这刻毒的心肠一半的锋利。”
鲍西娅带着她的表兄法学博士培拉里奥的推荐信，和尼莉莎分别乔装成律师和书记，来到威尼斯的法庭。鲍西娅先对夏洛克动之以情、晓之以礼，告诉他一个人的慈悲比任何东西都可贵，希望他做几分让步。夏洛克还是坚持要割安东尼的一磅肉。于是，鲍西娅一本正经地说，按照威尼斯的法律，夏洛克可以割安东尼奥一磅肉。
鲍西娅回过头来问安东尼奥还有什么话要说。安东尼奥沮丧地回答说，他没有什么话要说，他早就准备去死了。于是他站起身和巴萨尼奥握了握手，对他说：“替我向尊夫人致意，告诉她安东尼奥的结局，对她说我怎样爱你，又怎样从容就死；等到你把这一段故事讲完以后，再请她判断一句，巴萨尼奥是不是曾经有过一个真心爱他的朋友。”
巴萨尼奥听了这话非常悲伤。他痛苦地回答说：“安东尼奥，我爱我的妻子，就像我自己的生命一样，可是我的生命、我的妻子以及整个的世界，在我的眼中都不比你的生命更为贵重。”鲍西娅听了这话，立刻便插嘴道：“尊夫人要是就在这儿听见您说这样的话，恐怕不见得会感谢您吧。”
夏洛克看到律师也认为应该执行契约，便得意洋洋地准备下手。这时，鲍西娅又对夏洛克说：“这契约上并没有允许你取他的一滴血。只是写明着‘一磅肉’，所以你可以照约拿一磅肉去，可是在割肉的时候，要是流下一滴基督徒的血，你的土地财产，按照威尼斯的法律，就要全部充公。”这一下，夏洛克呆住了。他惊慌异常，连忙表示，只要按三倍的钱还他的债就行了，他不要割那一磅肉了。但鲍西娅却说除了照约处罚以外，夏洛克不能接受其他的赔偿。夏洛克又说只要还他本钱就行了。鲍西娅说，那也不行，因为刚才夏洛克已经当众拒绝过接受赔偿三倍的钱。她坚持要求夏洛克冒着危险去割下那磅肉。
毫无退路的夏洛克只好表示放弃这场官司。但鲍西娅又引用了一条威尼斯法律：“凡是一个异邦人企图用直接或间接手段，谋害任何公民，查明确有实据者，他的财产的半数应当归受害的一方所有，其余的半数充入公库，犯罪者的生命悉听公爵处理，他人不得过问。”公爵本着基督教宽容仁爱的精神，赦免了夏洛克的死罪，宣布将他的一半财产充入公库，另一半归受害人安东尼奥所有。慷慨的安东尼奥答应接管夏洛克的一半财产，但等夏洛克死后，就把它转交给他的女儿杰西卡和女婿罗伦佐。此时的夏洛克只好垂头丧气地表示服从公爵的裁决。
巴萨尼奥始终没有认出这位足智多谋的律师就是自己新婚的妻子。他要把本来预备还给夏洛克的三千块钱送给律师，报答他的辛苦。她表示不要什么酬谢。巴萨尼奥又说：“请您随便从我们身上拿些什么东西去，不算是酬谢，只算是留个纪念”。这时，鲍西娅就向安东尼奥要了他的手套，然后又向巴萨尼奥要他手上的戒指。
巴萨尼奥为难起来。这戒指是他妻子送给他的，他已经发誓永远不把它送给任何别人。年轻的律师看巴萨尼奥犹豫不决的样子，便说巴萨尼奥只是个口头上慷慨的人，装作很不高兴的样子走了。
安东尼奥看到这幅情景，便劝巴萨尼奥把戒指送给年轻的律师。他说：“看在他的功劳和我的交情的分上，违反一次尊夫人的命令，想来不会有什么要紧。”巴萨尼奥只好叫葛莱西安诺追上律师，把戒指送给他。当那位律师接过戒指后，他的书记也要求葛莱西安诺把手上的戒指送给他作纪念。葛莱西安诺无法拒绝，也只好把新婚妻子送的戒指给了那位书记。
鲍西娅和尼莉莎从威尼斯回到贝尔蒙特，她们悄悄地回到自己的房间，换掉了男装，等到自己的丈夫归来。
巴萨尼奥带着安东尼奥来到贝尔蒙特。他把自己的好朋友介绍给妻子。鲍西娅表示热烈的欢迎，祝贺他们打赢了官司。但这时尼莉莎却和葛莱西安诺吵闹起来。尼莉莎闹着说，她新婚的丈夫结婚不到两天，就把定情的戒指送给了别人。葛莱西安诺发誓说，他只是把戒指送给了律师的书记，那是个年轻的男孩，他根本没有把戒指送给女人。
鲍西娅责备葛莱西安诺不该把妻子送的定情的信物转送给别人。她说她的丈夫巴萨尼奥一定不会这样做的。说着，她还瞟了丈夫一眼。葛莱西安诺说，正相反，巴萨尼奥也把戒指送给了那位年轻的律师。
鲍西娅装出很生气的样子，对巴萨尼奥说了很多责备的话。巴萨尼奥非常尴尬，一再道歉。安东尼奥也感到很不安。这时，鲍西娅觉得玩笑开得差不多了，就把自己如何装扮成律师，如何到威尼斯的法庭，如何战胜了夏洛克的事源源本本地讲了出来。巴萨尼奥和安东尼奥这才恍然大悟，惊奇得说不出话来。
这时，鲍西娅又递给安东尼奥一封朋友写给他的信，信中说，他的三艘商船没有触礁，而是满载货物，马上就要进入威尼斯港了。大家一听这消息，都高兴极了。全剧就在这种欢乐的气氛中结束了。
《威尼斯商人》的主题是歌颂慷慨无私的友谊和真诚美好的爱情，谴责贪婪、自私、残忍和唯利是图等人性中那些恶的方面。
这部戏剧中塑造得最成功的人物是犹太商人夏洛克。他有凶狠残暴、贪婪吝啬的一面，又有被欺辱、被压迫的一面。他既引起人们无比的憎恨，又使人不能不去同情怜悯他。这种性格的丰富性和复杂性使夏洛克的形象获得了不朽的艺术生命力。
首先，夏洛克是一个放高利贷的商人。贪得无厌是他的本性，聚敛财富是他生命中最重要的事，他恨不得占有世界上所有的金银财宝。他希望他的金钱，像母羊生小羊似的快快为他生利息。对金钱的强烈占有欲使他成为一个守财奴，一个吝啬鬼。莎士比亚笔下的夏洛克，莫里哀笔下的阿巴贡，巴尔扎克笔下的葛朗台以及果戈理笔下的泼留希金，是世界文学史上四个著名的吝啬鬼形象。
对金钱的狂热，使夏洛克成为一个缺乏人性的冷血动物，父女之情远没有金钱重要。当杰西卡带走他的金钱私奔之后，他最心疼的不是女儿，而是他的钱财，他甚至用最恶毒的话诅咒自己的女儿去死。在对待安东尼奥的态度上，则表现出他的凶狠残忍。他坚持要割下一磅肉来报复安东尼奥，他甚至说：“拿来钓鱼也好，即使他的肉不中吃，至少也可以出出我这口气。”